南京地区腹泻婴幼儿新型诺如病毒GII.17变异株的检出及基因分析

目的了解南京地区腹泻婴幼儿新型GII.17诺如病毒变异株的检出及其基因特征,为疾病预防控制及疫苗研制提供切实有力的科学依据。方法收集2015年1-6月南京市妇幼保健院疑似病毒性腹泻粪便标本178份,采用荧光定量PCR方法对标本进行诺如病毒检测并对阳性标本进行基因分析。结果 178份粪便标本中,检出GII型诺如病毒27份,阳性率为15.2%,未检测出GI型诺如病毒,对该地区诺如病毒阳性标本进行衣壳蛋白区测序,发现27份GII标本中14株为新型GII.17变异株,8株为GII.3型,5株为GII.4-Sydney型;对其中5株GII.17变异株进行完整的衣壳蛋白VP1测序,发现其VP1区部分氨基酸已经出现了突变,而有些氨基酸位点的突变是与病毒抗原性及人群易感性密切相关。结论新型GII.17诺如病毒变异株在南京地区患病毒性腹泻的婴幼儿中检出,且检出率高于其他诺如病毒株,表明其可能已成为本地区新的诺如病毒流行变异株,考虑到其已在国内引起暴发流行,提示该毒株将会是本地区在今后重点预防控制监测的诺如病毒株。

广州市一起诺如病毒GII.17变异株引起的医院内感染性腹泻暴发调查

目的调查2016年广州市某医院一起医务人员感染性腹泻暴发病因、传播途径以及危险因素,为疫情防控提供参考。方法根据病例定义开展病例搜索,采用描述性及回顾性队列研究的方法分析事件特征及危险因素;采集病例、厨工的粪便/肛拭子及环境拭子,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒核酸,阳性标本进行基因序列扩增和测定并进行同源性分析。结果共报告病例158例,罹患率为5.2%(158/3010)。回顾性队列研究显示,诺如病毒检测阳性厨工配餐科室医务人员发病风险是检测阴性厨工配餐科室医务人员的3.5倍(RR=3.52,95%CI:1.54~8.06);共采集各类标本141份,阳性率27.0%(38/141),基因测序结果为GII.17毒株,病例与食堂送餐阳性人员同源性为100%。结论本起疫情为GII.17毒株感染引起的院内诺如病毒暴发疫情,疫情在中心手术室医护人员中传播后,引起食堂配餐人员感染进而通过配餐环节扩散到其他科室。诺如病毒暴发调查时要注意排查厨工的感染情况。

诺如病毒GII.17型流行特征和基因变异进化研究进展

诺如病毒是导致人类非细菌性急性胃肠炎的主要病原体之一,给全球的社会医疗和公众健康带来了严重负担。2014年,亚洲开始集中出现诺如病毒GII.17型导致的聚集性腹泻暴发疫情,随后逐渐向世界各地蔓延,给公众健康带来了新的威胁。本文综述了诺如病毒GII.17型流行特征和基因特征以及变异进化规律的研究进展。

一起旅游团中急性胃肠炎的暴发与GII. 17型诺如病毒相关

为了解2016年夏季一起发生在某赴内蒙古旅游团游客中的急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。分别采集此次胃肠炎暴发流行中两名患病游客腹泻症状发生后第3天、5天和7天的粪便标本,提取核酸后首先用荧光定量PCR扩增诺如病毒核酸进行检测,阳性标本分别用RT-PCR扩增病毒VP1基因和RdRp区域基因,通过基因测序和序列比对进行基因分型,构建进化树确定进化同源性。通过荧光定量PCR法检测到两名患者的粪便标本均为诺如病毒阳性,提示此次胃肠炎暴发流行的病原为诺如病毒,进一步的RT-PCR扩增病毒基因分析显示检测到的诺如病毒为GII.P17-GII.G17型;构建系统进化树分析显示本次与2014~2015年度广州、中国香港、中国台湾和日本等地的病毒亲缘关系更为接近;氨基酸序列分析显示该基因型与2014年以来流行的毒株同源性较近,与2014年之前流行的毒株相比变异较大,氨基酸变异主要出现在主要衣壳蛋白的P结构域。提示GII.P17-GII.G17型诺如病毒也是引起内蒙地区急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。

诺如病毒GⅡ.17新变异株引致福建省2014～2015年病毒性胃肠炎暴发

本文旨在鉴定福建省2014~2015年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究。收集福建省2014~2015年胃肠炎暴发期间急性病例的标本,开展诺如病毒检测并对衣壳蛋白基因片段进行分子特征分析。共检测3起暴发疫情标本31份,检出GⅡ型诺如病毒阳性标本17份。测序结果证实有13份标本为诺如病毒GⅡ.17新变异株,与2014年日本毒株Kawasaki 323同源性最高,在系统进化上形成一个新的独立的分枝,有别于近年来本地散发流行及全球暴发流行的优势基因型GⅡ.4。是福建省内首次检出诺如病毒GⅡ.17,并引起病毒性胃肠炎暴发。

2013-2017年中山市20起诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

目的分析2013-2017年间中山市诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征,为中山市诺如病毒感染疫情防控提供分子生物学实验依据。方法收集2013-2017年间中山市20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情病例标本,采用RT-PCR方法测定诺如病毒VP1基因全序列,并对序列进行系统发育分析。结果 20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发主要发生在幼儿园及小学,占疫情总数的80.0%(16/20)。获得了77株病毒的VP1基因全序列, 20起疫情分别由GII.4 Sydney2012(25.0%, 5/20),GII.3(25.0%, 5/20),GII.17(25.0%, 5/20),GII.2(15.0%, 3/20),GII.21(5.0%, 1/20),及GII.6(5.0%,1/20)亚型引起,5起暴发中GII.4 Sydney2012分为两个不同分支。结论 GII.17型为中山市新发现流行毒株,2016年底发现的两起GII.4 Sydney2012区别于以往出现GII.4 Sydney2012,可能为新亚型的重组毒株(GII.P16-GII.4 Sydney2012)。VP1基因序列分析可作为有效的诺如病毒分型工具, RdRp基因分析应作为重要补充以确定毒株的重组变异情况。

牡蛎养殖区人群诺如病毒感染监测对暴发的预警作用

目的了解牡蛎养殖区人群诺如病毒感染病例的流行特征,研究病例监测对暴发的预警作用。方法 2014年1—12月,采用多阶段抽样方法从牡蛎养殖区选取部分社区人群进行入户调查,回顾其过去4周内急性胃肠炎的发病情况。采用实时RT-PCR与半巢式PCR相结合的方法检测诺如病毒,测序并绘制系统发育树。结果调查共发现75例急性胃肠炎病例,年发病率为0.10次/人年;诺如病毒阳性率为20.0%(15/75);系统发育分析显示,诺如病毒优势流行株为GII.4 Sydney 2012;发现新型GII.17变异株,检出时间为2014年3月。结论 GII.4 Sydney 2012仍是引起当地诺如病毒感染急性胃肠炎的主要流行株,在牡蛎养殖区哨点医院诺如病毒感染病例监测中发现的GII.17变异株对2014年冬季的暴发流行具有早期预警作用。