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诺如病毒新重组株GII.P16/GII.2引起福建省2016年冬季病毒性胃肠炎暴发 被引量:13
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作者 吴冰珊 黄枝妙 +3 位作者 欧剑鸣 齐孝旗 黄业伟 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期805-808,813,共5页
目的本文旨在鉴定福建省2016年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究。方法对疫情暴发地上送的福建省2016年胃肠炎暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT-PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基... 目的本文旨在鉴定福建省2016年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究。方法对疫情暴发地上送的福建省2016年胃肠炎暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT-PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果在3起暴发疫情中18份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中15份标本RT-PCR检测判为GII型诺如病毒,9份标本成功测序。分析测序结果,证实引起本轮疫情为诺如病毒新重组株,该重组株有别于本地散发流行及全球暴发流行的优势基因型GII.4。毒株RNA聚合酶核苷酸序列与2016年日本的GII.4悉尼变异株Kawasaki194毒株的同源性最高,达98%,为GII.P16亚型;衣壳蛋白核苷酸序列与2008年比利时的IPH2161-08VG06毒株同源性最高(97.7%~98.8%),为GII.2亚型。结论这是福建省首次报道诺如病毒重组株GII.P16/GII.2的检出,并引起病毒性胃肠炎暴发。 展开更多
关键词 病毒性胃肠炎 暴发 诺如病毒 gii.P16/gii.2 分子特征
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舟山海岛地区新重组GII.P16-GII.2型诺如病毒基因特征分析 被引量:1
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作者 陈灿 王虹玲 +4 位作者 严剑波 李科峰 张辉 吴昺 李鹏 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1026-1032,1048,共8页
目的对舟山市海岛地区2017年4起诺如病毒暴发疫情进行型别鉴定及分子特征研究。方法对舟山市县区暴发疫情所在地上送的40份急性胃肠炎病例样本,采用荧光PCR筛查病原体,常规RT-PCR扩增诺如病毒聚合酶及衣壳蛋白区基因序列,并进行分子特... 目的对舟山市海岛地区2017年4起诺如病毒暴发疫情进行型别鉴定及分子特征研究。方法对舟山市县区暴发疫情所在地上送的40份急性胃肠炎病例样本,采用荧光PCR筛查病原体,常规RT-PCR扩增诺如病毒聚合酶及衣壳蛋白区基因序列,并进行分子特征分析。结果 27份样本筛查为诺如病毒GII型阳性,经基因序列分子特征分析,证实本轮暴发疫情由新重组GII.P16-GII.2型诺如病毒所引起,重组位点位于ORF1-ORF2连接区处1 120-1 122bp,并分别与同处沿海地区江苏省,北京市2016年报道的GII.P16及GII.2型毒株同源性最高;对其中1例样本近乎完整的聚合酶区及衣壳蛋白区氨基酸序列与代表株相比对,发现2016-2017年GII.P16型c簇中聚合酶区5个特异位点发生变异。结论本次为舟山市海岛地区首次检测出诺如病毒重组株GIIP.16-GII.2型,并引起急性胃肠炎暴发,在今后的监测工作中应同时开展诺如病毒的聚合酶区及衣壳蛋白区的序列检测,及时识别新出现的变异株,为本区域诺如病毒的防控提供依据。 展开更多
关键词 诺如病毒 gii.P16-gii.2 暴发 变异
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两起GII.2型诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情的病原学分析 被引量:1
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作者 闫革彬 彭华 +4 位作者 舒高林 李东迅 王维钧 徐代庆 严寒秋 《国际病毒学杂志》 2017年第6期384-388,共5页
目的 调查2016年10月昌平区某两所幼儿园两起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,为疫情防控提供依据.方法 采集两所幼儿园各一起急性胃肠炎暴发疫情的病例和密切接触者粪便标本,采用实时荧光RT-PCR检测方法检测病毒核酸,抽取部分阳性标本采用... 目的 调查2016年10月昌平区某两所幼儿园两起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,为疫情防控提供依据.方法 采集两所幼儿园各一起急性胃肠炎暴发疫情的病例和密切接触者粪便标本,采用实时荧光RT-PCR检测方法检测病毒核酸,抽取部分阳性标本采用一步法RT-PCR扩增诺如病毒衣壳蛋白区部分基因,将PCR产物双向测序,采用Bio Edit和MEGA 6.06软件进行序列比对和进化分析.结果 70份粪便标本中37份为诺如病毒GII组核酸阳性,检出率为52.86%;未检出GI组.13份阳性标本的测序结果经序列比对均为诺如病毒GII.2基因型.两所幼儿园疫情代表毒株同源性为99.6%,与2016年北京和江苏毒株(GenBank序列号KY421122和KY421121)同源性最高.进化分析显示,两所幼儿园疫情代表毒株与诺如病毒GII.2基因型位于一个大的进化簇上,同中国的3株GII.2基因型毒株(GenBank序列号KY457736、KY421122、KY421121)亲缘关系最近.结论 北京昌平区两所幼儿园出现的病毒性腹泻疫情的毒株为GII.2型,应加强日常监测与防控. 展开更多
关键词 诺如病毒 暴发 gii.2 进化树
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Genetic Analysis of an Emerging GII.P2–GII.2 Norovirus Associated with a 2016 Outbreak of Acute Gastroenteritis in China 被引量:5
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作者 Yuanyun Ao Xiaolu Xie +2 位作者 Xiaogen Dong Miao Jin Zhaojun Duan 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期111-114,共4页
Dear Editor,Noroviruses are positive-sense, single-stranded RNA viruses belonging to Caliciviridae and account for more than 50%of all acute gastroenteritis (AGE) outbreaks worldwide and cause an estimated 200,000 dea... Dear Editor,Noroviruses are positive-sense, single-stranded RNA viruses belonging to Caliciviridae and account for more than 50%of all acute gastroenteritis (AGE) outbreaks worldwide and cause an estimated 200,000 deaths per year among children\5 years of age, primarily in developing countries (Hall et al. 2012;Glass et al. 2009). The norovirus genome contains three open reading frames (ORFs). 展开更多
关键词 gii.2 NOROVIRUS Associated with a 2016 OUTBREAK of Acute GASTROENTERITIS in China Genetic Analysis of AN EMERGING gii.P2
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西安市4起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的分子特征分析 被引量:2
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作者 李焱 吴瑞 +5 位作者 陈海龙 张辉 刘继锋 冀贞浩 邓杨妮 马超锋 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期613-619,共7页
诺如病毒(Norovirus,NoV)属于杯状病毒科诺如病毒属,能造成急性肠胃炎暴发,在全球流行广泛,但其在西安市的流行情况不明。为明确2018年10月西安市4起幼儿园急性肠胃炎疫情的病原及其基因特征,本研究采集了患者肛拭子,用实时定量PCR检出... 诺如病毒(Norovirus,NoV)属于杯状病毒科诺如病毒属,能造成急性肠胃炎暴发,在全球流行广泛,但其在西安市的流行情况不明。为明确2018年10月西安市4起幼儿园急性肠胃炎疫情的病原及其基因特征,本研究采集了患者肛拭子,用实时定量PCR检出诺如病毒阳性核酸,对其扩增部分多聚酶区和衣壳区基因并测序。将所得序列上传分型网站以明确基因型,并用软件分析系统进化、重组位点和正选择位点。共检出GII组阳性核酸31份,测序成功25份。4起疫情均由GII.2[P16]型诺如病毒引起。疫情株扩增序列全长、部分多聚酶区和衣壳区的序列与2018年美国流行株(MK773571)的核苷酸同源性分别为99.8%、99.5%和100%。疫情株与GII.2[P16]型中国参考序列(KY421122、KY806296和MG763377)的核苷酸同源性为99.6%,氨基酸同源性为100%。重组位点约在基因组的5 075bp。疫情株基因组的1 613~1 790aa没有正选择位点。及时的流行病学、分子流行病学研究和全基因组测序对控制诺如病毒相关疫情是必要的。 展开更多
关键词 诺如病毒 gii.2[P16] 肠胃炎 重组 选择压力
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