诺如病毒GIX.1[GII.P15]型山东株SD20191568全基因组序列特征分析

目的分析诺如病毒山东株SD20191568全基因组序列,了解其基因组结构特点。方法取诺如病毒阳性者粪便,提取核酸。根据诺如病毒参考株序列设计引物,用RT-PCR分段扩增病毒全基因组,经测序后进行核苷酸、氨基酸序列比对和系统进化分析。结果通过扩增获得SD20191568株接近完整的基因组序列,由7470个核苷酸(nt)组成,在ORF1和ORF2分别属于GII.P15和GIX.1基因型,SD20191568株在ORF1、ORF2和ORF3与GIX.1[GII.P15]基因型参考株的核苷酸同源性分别是90.1%~98.8%、92.7%~98.8%和92.2%~97.3%。根据完整VP1核苷酸系统进化分析,来自GenBank的GIX.1型参考株分为6个基因群(ClusterA-F),SD20191568株与2016-2018年的毒株共同划分在F群,核苷酸同源性为97.2%~98.8%。通过衣壳区氨基酸比对,SD20191568株与F群参考株氨基酸序列相同,未发生变异。结论诺如病毒山东株SD20191568属于GIX.1[GII.P15]型毒株,VP1区核苷酸与原型株差异较大,全长序列可为病毒的遗传进化研究、快速诊断试剂的研制及疫苗的设计提供参考。