基于生物信息学分析GLIS3在胃癌中表达与免疫浸润的临床意义

目的研究GLIS3在胃癌中的表达与预后价值,探索GLIS3在胃癌中免疫细胞浸润情况及其参与的生物学功能。方法从TCGA数据库中下载胃癌患者GLIS3基因表达谱数据及临床病理信息,比较胃癌组织和癌旁组织中GLIS3的表达差异,分析GLIS3表达与胃癌患者临床病理特征的关系。利用Kaplan-Meier法和Cox回归分析GLIS3表达与胃癌患者临床预后相关性。运用miRWALK、TargetScan及TCGA数据库,预测调控GLIS3异常表达的miRNA。利用GSEA富集分析预测GLIS3在胃癌中可能参与的信号通路。使用TIMER2.0分析GLIS3表达与免疫细胞浸润之间的关系。结果GLIS3在胃癌组织中表达明显上调,且GLIS3的表达与肿瘤组织学分级相关(P<0.05)。生存分析显示GLIS3高表达患者比低表达患者预后更差,差异有统计学意义(P<0.05),是胃癌的独立预后因素(HR=1.288,95%CI:1.004~1.653,P<0.05)。miR-204-5p在胃癌中表达明显下调,且与GLIS3表达负相关(P<0.05)。富集分析结果显示:GLIS3基因主要富集在细胞外基质(ECM)受体相互作用、钙、黏着斑等信号通路。免疫浸润分析结果显示GLIS3表达与CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞相关(P<0.05)。结论GLIS3在胃癌中表达上调,可作为胃癌的诊断和预后的标志物,且与免疫浸润有关。

先天性甲状腺功能减退症患儿GLIS3基因突变研究

目的 研究先天性甲状腺功能减退症（CH）患儿GLIS3基因突变的类型和特点,为CH患儿的早期诊断及治疗提供理论依据.方法 选取2007年2月至2016年11月山东地区50例CH患儿,并提取其外周血中白细胞全基因组DNA,用Primer5.0软件设计11对序列特异性引物对GLIS3基因第2～11外显子进行聚合酶链反应扩增,对扩增产物采用一代测序法（Sanger测序法）进行直接测序.采用DNA MAN软件与GLIS3基因的参考序列（美国国立生物技术信息中心Reference Sequence：NC_000009.12）进行序列比对分析,根据比对结果进行基因突变筛查.结果 50例确诊为CH的新生儿中,男22例,女28例,男女比例为1.0∶1.3;年龄（2.5±0.5）岁;甲状腺发育不良、缺如、异位的比例分别为12％（6/50例）、46％（23/50例）、42％（21/50例）.在1例甲状腺缺如患儿第10外显子区发现GLIS3基因cDNA的2 507位点发生了C＞A的突变（c.C2507A）,导致第836密码子的脯氨酸变为谷氨酰胺（p.P836Q）.此突变为杂合型的错义突变.在另1例甲状腺缺如患儿第2外显子区发现一个GLIS3突变体（rs780019691,c.C289T）,该位点为无义突变,导致第97密码子的精氨酸变为终止密码子（p.R97X）.结论 山东地区CH患儿中GLIS3基因突变率较低,且基因型与表型关系尚不明确,需进一步研究.