稳定的RNA发夹结构在人类88个mRNA编码区中的分布

以UNCG ,GNRA ,CUUG (N =A ,U ,C或G ;R =G或A)为端环能够形成稳定的、保守的发夹结构 .它们具有特殊的结构特征 ,并在体内发挥着重要的生物学功能 .这些稳定的发夹广泛分布于体内rRNA ,催化RNA和非编码mRNA中 .但对人类 88个编码区mRNA二级结构的研究当中 ,却没有发现C(UUCG)G发夹 .而且 ,与rRNA不同 ,这些编码区mRNA四环序列的分布没有明显的偏好性 .

稳定的RNA发夹结构及其生物学功能

以UNCG、GNRA、CUUG(N=A、U、C或G,R=G或A)为端环能够形成稳定的、保守的发夹结构。高分辨率的溶液结构、晶体结构和计算机模拟等方法从原子水平上解析了这些发夹特殊的结构特征。在体内,它们发挥着重要的生物学功能:在折叠过程中作为折叠的起始位置帮助组织RNA分子正确折叠;与核酸受体结合参与三级相互作用;与蛋白质发生相互作用;阻止逆转录酶的延伸等等。另外,由于C(UUCG)G发夹极其稳定的特征,在体外RNA分子的实验测定中它还是稳定核酸结构的理想工具。这些稳定的发夹广泛分布于体内rRNA、催化RNA和非编码mRNA中。但在对人类编码区mRNA结构特征的研究当中,却未发现C(UUCG)G发夹。

羊草microRNA和靶基因的生物信息学预测

为鉴定羊草microRNA基因信息并明确其在羊草生长发育、抗逆过程中的调控作用,用羊草small RNA的SRA数据,根据miRBase21.0信息比对,分别获得隶属于39个microRNA家族的141个已知microRNA基因及新注释的6个novel microRNA,并且预测到新microRNA的二级结构为颈环结构。利用单子叶植物ESTs文库预测到1196个靶基因信息,对羊草microRNA基因具有调控作用。Nr注释及COG注释显示多数靶基因参与羊草的信号转导过程,揭示microRNA参与了羊草的生长发育、新陈代谢、逆境调控等。

猪繁殖与呼吸综合征病毒5'非翻译区中一顺式结构因子对病毒感染必要性的分析

人们广泛认为动脉炎病毒的基因组5'非翻译区(untranslated region,UTR)在病毒基因组RNA复制、亚基因组mRNA转录和蛋白翻译过程中发挥关键作用,然而其结构与功能仍然在很大程度上不为人知。现基于2型猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染性克隆pAPRRS的基础,构建了一系列5'UTR的5'末端缺失突变体,利用RNA和DNA转染,分析了拯救病毒的遗传学与病毒学特征,发现拯救病毒的5'末端突变位点被一些不知来源的AU-rich外源序列所修复。基于T7启动子与CMV启动子转录起始位点的不同,我们人为引入一段GC-rich的序列以研究病毒的自我修复是否为模板依赖性,结果发现病毒的外源序列修复机制是非模板依赖的。通过二级结构预测分析发现,在PRRSV5'UTR中的第一个茎环结构是病毒感染性必不可少的。

单股正链RNA病毒基因组3'非编码区功能

单股正链RNA病毒数量众多,对人、动物和植物造成很大的危害。病毒基因组3'末端都具有一段非编码区,基因组3'非编码区在病毒的复制过程中发挥着重要的作用。本文简单介绍了单股正链RNA病毒基因组3'非编码区结构的预测、测定和功能的研究方法,并重点概括了不同单股正链RNA病毒3'非编码区一级序列、茎-环结构、假结体、TLS等结构在病毒基因组的复制、转录和翻译中的调控作用以及目前存在的问题。

植物小RNA的巨大作用

microRNA(或miRNA)是一种长度介于20～24个核苷酸的单链RNA,由III型RNase Dicer从含有茎环结构的内源转录本中切割产生。作为一种负调控因子,miRNA作用于它们的靶标mRNA,能够在转录或翻译水平上对基因的表达起到调控作用。从1993年首个miRNA在线虫中的发现开始,到2002年第一个植物miRNA的发现,miRNA引发了世界各国科学家的极大兴趣与高度重视,其普遍性和重要性才逐渐被人们所认识。miRNA于2002年成为当年十大科技榜首之位。

RNA A_6膨胀环的动力学特征

通过对RNA A6膨胀环在水溶液中的动力学模拟发现,在A6膨胀环中,环区构象主要以非堆积构象为主,环区具有较大的构象柔性,膨胀环区链的构象波动对已形成的RNA分子弯折的影响不大,弯折角只是在小范围内变动,提示作为全局结构,带大尺寸膨胀环的RNA分子仍然具有一定的刚性,柔性主要表现在膨胀环区域.

抗HBV核酶的研究进展

乙型肝炎病毒(HBV)是引起乙型肝炎的病原体,据统计全球HBV慢性携带者的总数超过2.8亿。我国是HBV感染的高发区,据血清流行病学调查国人HBsAg携带率达10％,约1.5亿人。