目的筛选2型糖尿病(T2DM)大鼠与正常大鼠血液中差异表达的microRNA(miRNA),通过生物信息学分析预测差异miRNA调控的靶基因及功能。方法取20只健康雄性SD大鼠随机分为空白对照组和T2DM模型组,每组10只。采用高脂饲料联合腹腔注射链脲佐菌...目的筛选2型糖尿病(T2DM)大鼠与正常大鼠血液中差异表达的microRNA(miRNA),通过生物信息学分析预测差异miRNA调控的靶基因及功能。方法取20只健康雄性SD大鼠随机分为空白对照组和T2DM模型组,每组10只。采用高脂饲料联合腹腔注射链脲佐菌素(STZ)制作T2DM大鼠模型,2周后提取糖尿病大鼠及正常大鼠全血,应用miRNA测序技术筛选差异miRNA。利用生物信息学方法对差异表达的miRNA靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果与空白对照组相比,T2DM模型组大鼠随机血糖均≥16.7 mmol/L且明显升高、持续稳定。与空白对照组相比,T2DM模型组大鼠血液中共有56个差异表达的miRNA,其中32个上调,24个下调。GO富集分析显示差异表达miRNA的靶基因主要集中在细胞质、细胞核、细胞膜等细胞组分,DNA及RNA的转录调控等生物学过程,与蛋白结合、金属离子结合、ATP结合等分子功能相关。KEGG通路富集分析显示差异表达miRNA的靶基因主要富集于糖尿病并发症、癌症等疾病通路,内吞、自噬等细胞功能通路,MAPK、mTOR、Ras、FoxO等信号通路。结论T2DM模型大鼠血液miRNA较正常大鼠差异表达变化明显,其差异表达的miRNA可能通过影响细胞的炎症免疫反应、增殖、生长分化等功能进而参与糖尿病及其并发症的发生发展。展开更多
目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选...目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选子宫颈癌组DEGs和肝癌组DEGs,并取交集获得其共有DEGs。通过“ggplot2”和“clusterProfiler”包对DEGs进行GO和KEGG功能注释分析。应用STRING数据库在线工具构建子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs的PPI网络分析图。使用Cytoscape软件对PPI网络分析图进行进一步处理,鉴定出核心基因。结果对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行KEGG富集,三者共有的通路涉及细胞凋亡、抗原加工与呈递、类固醇生物合成。对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行GO富集,前两者共有的生物过程(biological process,BP)条目涉及凋亡信号通路、免疫反应、生物黏附,三者共有的BP条目为细胞-底物黏附。子宫颈癌DEGs的核心基因为EP300。EP300对癌症细胞凋亡、迁移有调控作用。肝癌DEGs的核心基因为HSP90AB1。HSP90AB1可介导细胞程序性死亡、炎症和自身免疫、迁移等过程。共有DEGs的核心基因为RPS3。RPS3是一种核糖体蛋白,可通过影响核糖体的生物发生而影响癌细胞的生长、增殖和转移。结论BAZ2A可通过调节细胞凋亡、免疫反应、细胞运动、迁移而影响子宫颈癌、肝癌的发展,这为癌症的靶向治疗提供了新思路。展开更多
文摘目的筛选2型糖尿病(T2DM)大鼠与正常大鼠血液中差异表达的microRNA(miRNA),通过生物信息学分析预测差异miRNA调控的靶基因及功能。方法取20只健康雄性SD大鼠随机分为空白对照组和T2DM模型组,每组10只。采用高脂饲料联合腹腔注射链脲佐菌素(STZ)制作T2DM大鼠模型,2周后提取糖尿病大鼠及正常大鼠全血,应用miRNA测序技术筛选差异miRNA。利用生物信息学方法对差异表达的miRNA靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果与空白对照组相比,T2DM模型组大鼠随机血糖均≥16.7 mmol/L且明显升高、持续稳定。与空白对照组相比,T2DM模型组大鼠血液中共有56个差异表达的miRNA,其中32个上调,24个下调。GO富集分析显示差异表达miRNA的靶基因主要集中在细胞质、细胞核、细胞膜等细胞组分,DNA及RNA的转录调控等生物学过程,与蛋白结合、金属离子结合、ATP结合等分子功能相关。KEGG通路富集分析显示差异表达miRNA的靶基因主要富集于糖尿病并发症、癌症等疾病通路,内吞、自噬等细胞功能通路,MAPK、mTOR、Ras、FoxO等信号通路。结论T2DM模型大鼠血液miRNA较正常大鼠差异表达变化明显,其差异表达的miRNA可能通过影响细胞的炎症免疫反应、增殖、生长分化等功能进而参与糖尿病及其并发症的发生发展。
文摘目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选子宫颈癌组DEGs和肝癌组DEGs,并取交集获得其共有DEGs。通过“ggplot2”和“clusterProfiler”包对DEGs进行GO和KEGG功能注释分析。应用STRING数据库在线工具构建子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs的PPI网络分析图。使用Cytoscape软件对PPI网络分析图进行进一步处理,鉴定出核心基因。结果对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行KEGG富集,三者共有的通路涉及细胞凋亡、抗原加工与呈递、类固醇生物合成。对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行GO富集,前两者共有的生物过程(biological process,BP)条目涉及凋亡信号通路、免疫反应、生物黏附,三者共有的BP条目为细胞-底物黏附。子宫颈癌DEGs的核心基因为EP300。EP300对癌症细胞凋亡、迁移有调控作用。肝癌DEGs的核心基因为HSP90AB1。HSP90AB1可介导细胞程序性死亡、炎症和自身免疫、迁移等过程。共有DEGs的核心基因为RPS3。RPS3是一种核糖体蛋白,可通过影响核糖体的生物发生而影响癌细胞的生长、增殖和转移。结论BAZ2A可通过调节细胞凋亡、免疫反应、细胞运动、迁移而影响子宫颈癌、肝癌的发展,这为癌症的靶向治疗提供了新思路。