基于生物信息学构建GOPC的皮肤黑素瘤预后模型

目的:基于生物信息学构建GOPC(golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing)的皮肤黑素瘤(Skin cutaneous melanoma,SKCM)预后模型,进一步为SKCM的早期筛查发挥一定的指导意义。方法:提取癌症基因组图谱TCGA数据库中的SKCM数据和GTEx数据库对应的正常组织数据。利用ggplot2包绘制GOPC在两者之间的表达差异。采用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对GOPC基因进行进一步功能富集分析,探索该基因潜在的功能和通路。采用单因素/多因素Cox回归分析筛选与SKCM相关的影响因素,再通过rms包构建列线图建立SKCM患者预后模型,ROC曲线评价构建的模型预测SKCM患者预后的价值,最后通过survival包构建关于总生存期(Overall survival,OS)的生存曲线。结果:在1282例样本中正常组织样本有813例、皮肤黑素瘤组织样本有469例,发现GOPC在这两组之间有表达差异(P <0.001)。该模型预测SKCM患者总生存的ROC曲线下面积(AUC)为0.776,说明其具有一定的诊断价值。K-M曲线中GOPC高表达预后较差(P=0.036)。在多因素COX回归中GOPC在SKCM中也是独立预后风险因素(HR=0.506,95%CI=0.263~0.971,P=0.041),表明模型对SKCM患者生存具有较高的预测能力。结论:构建的SKCM的GOPC基因预后模型可用于预测SKCM患者的预后,为黑素瘤的精准化治疗提供了新的思路。

GOPC与mGluRla的相互作用抑制mGluRla介导的MAPK的激活

代谢型谷氨酸受体mGluRla通过与G蛋白偶联引发体内多种生物学效应。其羧基末端含有PDZ结合序列模体（motif），暗示它与PDZ蛋白的潜在结合。因此，我们利用PDZ蛋白芯片筛选与mGluRla羧基末端相结合的PDZ蛋白，