基于领域本体的生物医学语义检索机制研究——以GoPubMed和SEGoPubMed为例

基于领域本体对大型文本语料库的语义检索研究成为近年来信息检索领域研究的热点。GoPubMed和SEGoPubMed作为该领域研究成果的杰出代表，为PubMed存在的问题提供了良好的解决方案。对GoPubMed和SEGoPubMed语义检索机制进行深入研究后显示，GoPubMed应用基于语义网的语义分类工具——_GO和MeSH，将PubMed检索结果统计并对应到相应的分类导航目录，使用户利用该导航便可以快速找到自己所需要的文献，但其仍是基于布尔逻辑模型的字符串匹配机制；而比GoPubMed性能更优越的SEGoPubMed应用潜在语义分析（LSA）技术开创了语义敏感地浏览、连接大型文本语料库与本体的新模式，将具有更广泛的应用前景。

GoPubMed与Web of Knowledge分析工具Analyze Results的比较研究

GoPubMed是基于本体论的生物医学文献分析工具,它可以对检索到的PubMed文献进行全方位的统计分析,Web of Knowlegde平台的Analyze Results分析功能也可对检索结果进行统计分析。对这2种文献分析工具特点进行对比分析。

基于语义搜索引擎的学科知识服务研究——以GoPubMed为例

大数据环境下,人与大规模数据量之间的交互成为重要议题。从语义层面进行知识组织、挖掘和服务是学科知识服务转变的必然要求。生物医学领域的GoPubMed是基于GO本体和MeSH主题词表的语义检索工具,本文介绍了GoPubMed的工作原理与关键技术,通过一个检索案例展示了其知识分类、计量与导航的服务功能。最后,从基于学科本体的知识组织、基于语义挖掘的知识发现和面向主题的知识可视化三个角度总结GoPubMed对学科知识服务的启示。

GOPubMed:基于GO和MeSH的信息检索与分析研究

GOPubMed是一种基于PubMed的结果可视化和后处理类型的智能搜索引擎。从工作原理、关键技术以及扩展功能3个方面对其性能进行解析。研究显示,GOPubMed利用基于语义网的语义分类工具——GO(Gene Ontology,基因本体)和MeSH,对PubMed检索结果进行分类,帮助用户快速地找出最相关的命中文献,实现语义网与生物医学信息检索的完美结合,并能对检索结果从多角度进行可视化统计分析。

基于GoPubMed对病耻感相关文献的计量学分析

目的:探讨国内外病耻感研究现状和未来发展趋势,为进一步研究病耻感提供参考依据。方法:采用GoPubMed数据库的在线分析软件,以病耻感(stigma)为检索主题,检索病耻感相关文献。检索时限为建库起至2016年5月。对其发表的年代分布、国家与城市地域分布、期刊分布及核心作者等进行计量分析。结果:病耻感研究文献共检出14 742篇。得到分布前20位的高频词、核心作者、核心期刊、发表论文国家(地区)分布等。文献数量呈逐年上升趋势;其中以来源于美国的文献数量和影响力居首位。美国发文5350篇(36%)排在第1位,加拿大位居第2位(1338篇,9%),中国居第6位(331篇,2%)。排名前20位的主要期刊分布在欧美国家。结论:我国病耻感研究文献在数量和质量上均还有待于进一步提高。提示国内精神卫生工作者对病耻感研究重视不够。病耻感相关研究人员需要进一步加强对慢病患者病耻感的研究。

GoPubMed用于医学科技查新的信息分析

采用GoPubMed在线信息分析软件将医学科技查新课题的相关文献进行统计分析,包括文献的研究主题、著者、期刊、年代、城市和国家的分布。医学科技查新中对相关文献进行定性与定量相结合的分析方法,以保证科技查新更为全面、客观、准确。

基于GoPubMed针灸治疗抑郁症的文献计量学分析

目的:分析PubMed中收录的针灸治疗抑郁症相关文献,以了解应用针灸治疗抑郁症的概况。方法:应用GoPubMed检索针灸治疗抑郁症的相关文献,获得从主题、出版年限、期刊、作者所属国家和城市等方面分析的可视化结果。结果:PubMed中共收录文献845篇,最近10年保持稳定增长的趋势;文献中高频词有抑郁、人类、针灸、针灸疗法、焦虑等;发文期刊主要分布在中国、英国、美国。结论:针灸治疗抑郁症的文献量逐年增加,但影响仍然有限。针灸治疗抑郁症的相关动物研究很难应用到临床实践,也缺乏确切的疗效证明,这些阻碍了针灸临床研究的发展。

基于GoPubMed有关高原病研究文献的信息分析

依托Pub Med数据库,采用Go Pub Med进行检索,从研究内容、发文作者、地区分布、发文时间等方面分析有关高原病的研究文献,获得高原病研究的主题内容、年代、地区分布、期刊、核心作者等信息,并利用结构方程模型对高原病研究文献量的影响因素进行分析,探索与高原病研究的相关趋势,最后提出了借鉴印度德里的经验,将我国相对分散的高原病研究资源进行适当集中,加强国内外科研人员的相互协作,加大高原医学研究的支持力度,在进行大规模非战争军事行动(如救灾)时应结合我国高原、高山地貌比例高、高原人口较多、地质灾害多发等特点,将我国的高原病救治机构适当向高原腹地前移等建议。

专业化的语义智能搜索引擎GoPubMed

GoPubMed是德国2006年创建2008年成熟推出对PubMed进行语义智能检索、分类导航和深度开发的体现崭新思维的网络检索工具,也是一种对检索结果进行多维统计分析的软件。通过它用户可以节省90%以上的网上搜索时间,检索者可以很快了解检索到文献的概貌和该研究领域的研究态势,如论文作者的研究轨迹、论文的年度分布、全球核心作者及核心期刊、合著者可视化关系网络图以及作者分布世界地图等等。

基于GoPubMed对慢性非传染性疾病患者药学监护研究的文献计量学分析

目的:了解全球对慢性非传染性疾病(以下简称"慢病")患者药学监护的研究现状。方法:在GoPubMed网站首页搜索框内输入"‘Chronic Disease’[mesh] AND ‘Pharmaceutical Care’[mesh]"进行检索,搜集PubMed数据库中关于对慢病患者药学监护的文献,检索时限为建库至2018年6月19日,利用Go Pub Med网站的统计功能,分析相关文献的发表年份、主题、国家和刊载期刊等情况。结果:共检索到4 110篇文献。2008年以来每年发表相关文献超过200篇。发表对慢病患者药学监护相关文献较多的国家依次是美国(1 530篇)、英国(266篇)和加拿大(233篇),我国发表相关文献76篇。结论:近年来对慢病患者药学监护相关研究日益受到关注,我国相关研究较少,做好对慢病患者药学监护的实践与研究对于保障患者用药安全、充分发挥药师专业作用具有重要意义。

Gopubmed有关医院图书馆学研究的信息分析

采用GoPubmed数据库的在线分析软件对有关医院图书馆学研究的文献信息分析,获得Pubmed数据库中有关医院图书馆学研究的文献概貌,为我国医学图书馆学研究提供借鉴。

GoPubMed在药物研发信息挖掘中的应用

采用GoPubMed数据库的在线分析软件进行科技查新,对国内外1983-2012年发表的钩虫抗凝肽研究文献信息进行数据挖掘,获得其研究文献主题、年代、地区分布、期刊、核心作者等相关信息,探索与药物研发密切相关的重组基因产物和药物作用机制。

利用GoPubMed对甲状腺癌与辐射的文献计量分析

介绍了GoPubMed在甲状腺癌与辐射文献计量分析中的的应用。

GoPubMed——Google时代生命科学的搜索利器

简要说明了GoPubMed与PubMed的关系与不同,重点介绍GoPubMed的主要检索功能。

基于GoPubMed的银屑病与抑郁症的文献计量分析

目的总结银屑病与抑郁症相关研究的现状及发展趋势。方法应用Go Pub Med检索并收集相关资料,并应用其Statistics对文献发表的时间、地域、期刊及研究主题等分布特征进行计量分析。结果共检索出529篇文献,自2003年以后,该领域的文献量逐渐增加,至2016年达历史最高。文献发表前三位的国家依次是美国(48篇,9.07%),意大利(22篇,4.15%),德国和英国相等(各21篇,各占3.97%)。大约占总文献的21%。来自中国的研究文献共5篇,占0.9%。按城市统计,前三名分别是罗马(10篇,1.9%),波士顿(9篇,1.7%),巴黎和多伦多并列第三(各6篇,1.1%)。中国台北和兰州相等(各2篇,各占0.4%),武汉(1篇,0.2%)。发表前5位的期刊依次为J Am Acad Dermatol(10篇,),Int J Dermatol(9篇),J Eur Acad Dermatol Venereol(7篇),Br J Dermatol(7篇),J Dermatolog Treat(6篇),J Invest Dermatol(5篇)。患者、抑郁、银屑病、焦虑、人,为主要研究主题。Gupta A,Gupta M,Griffiths C发表的文献量居于前三。且前两位形成了一定的合作网络。结论银屑病与抑郁症之间相互关系的研究日趋成为研究的热点,我们国家应该加强该领域的研究。

利用SCI和GoPubMed进行文献计量分析以研究学科发展趋势——以中医药学为例

运用文献计量法,从发表年度、国家、科研机构、期刊分布、学科类别和高频主题等不同维度,对2000-2010年SCI和GoPubMed中检索到的中医药学相关文献进行统计分析,初步探究中医药学的现状及发展趋势,为相关研究者和决策者适时调整科研策略、发展政策等提供参考和依据,发挥学科馆员在高校图书馆参考咨询服务中应有的作用。

基于GoPubMed 针灸治疗颈椎病的文献计量学分析

目的:分析PubMed中收录的针灸治疗颈椎病相关文献,以了解应用针灸治疗颈椎病的概况。方法:应用GoPubMed检索针灸治疗颈椎病的相关文献,获得从主题、出版年限、期刊、作者所属国家和城市等方面分析的可视化结果。结果:PubMed中共收录文献981篇,最近10年保持相对稳定增长的趋势;文献中高频词有针灸、病人、人类、针灸穴位、女性、针数、男性、研究报告、颈部疼痛等,发文期刊主要分布在中国、英国、美国。结论:针灸治疗颈椎病的文献量逐年增加但影响仍然有限,针灸治疗颈椎病的作用机制研究还不够深入,其盲法的选择与实施对针灸治疗颈椎病的临床研究存在一定的干扰性,且疗效评价不够客观,这些都阻碍了针灸临床研究的进展。

GoPubMed有关云南省艾滋病研究的信息分析

[目的]了解GoPubMed收录云南省艾滋病发表文献情况,分析原因并探讨对策。[方法]运用文献计量学方法,采用GoPubMed数据库的在线分析软件,对云南省1990年～2011年6月发表的艾滋病研究文献信息进行分析。[结果]获得云南省艾滋病研究文献主题、年代、地区分布、核心期刊、核心作者以及作者分布等相关信息。[结论]云南省艾滋病研究论文呈逐年上升趋势,与同期发表在国内的艾滋病研究文献比较,GoPubMed收录的云南省艾滋病研究论文仅占28%,核心作者大多为中科院驻昆研究机构,云南省卫生系统艾滋病研究机构无一上榜。

基于GoPubMed中医药治疗前列腺炎的文献计量学分析

目的:探讨分析PubMed中收录的中医药治疗前列腺炎相关文献的研究趋势和发展概况。方法:利用GoPubMed检索输入“prostatitis[mesh]”,通过“Find concepts in Knowledge Base”查找“Chinese Medicine”,检索1980年1月1日至2018年10月28日被PubMed收录的中医药治疗前列腺炎的相关文献,选取Statistics功能进行文献计量分析,以获得从主题、出版年限、期刊、作者所属国家和城市等方面分析的可视化结果。结果:PubMed中共收录文献451篇,检索结果研究整体呈上升趋势,近10年出现阶段性回落;高频主题词以前列腺炎相关内容为主;发文期刊主要分布在中国、美国、欧洲区域;中医药防治的研究以中国区域学者为主;缺乏明确的中医药防治前列腺炎的理论研究和科研基础。结论:利用GoPubMed可较好地反映PubMed数据库中医药治疗前列腺炎的研究现状和发展趋势,为今后的系统理论建立和学科建设提供参考依据。

基于GoPubMed显微手术治疗精索静脉曲张研究的文献计量分析

目的:本文对PubMed数据库中显微手术治疗精索静脉曲张相关研究进行文献计量统计,分析该领域的发展现状及研究趋势。方法:利用GoPubMed检索输入"varicocele[mesh]",通过"Find concepts in Knowledge Base"查找"microsurgery",检索1977年1月1日至2019年12月31日被PubMed收录的显微手术治疗精索静脉曲张相关文献,并基于Statistics功能展开计量方法,从主题词、出版年限、载文期刊、核心著作群、作者所属国家和城市等方面进行可视化分析。结果:PubMed中共收录文献262篇,整体研究呈上升趋势,至2012年达历史最高,但近3年来出现阶段性回落;文献中高频词有显微手术、精索静脉曲张、男性、人类、患者等;文献发表前三位的国家依次为美国(46篇,17.56%)、意大利(34篇,12.98%)、中国(32篇,12.21%),约占总文献的43%;按城市统计,前三名分别是纽约(24篇,9.16%)、多伦多和罗马并列第二(12篇,4.58%)、蒙特利尔(9篇,3.44%),中国(广州、上海)作者发表文献共14篇;发表前3位的期刊依次为《Urology》(35篇)、《Journal of Urology》(19篇)、《Fertility and Sterility》(16篇),但影响因子普遍较低;目前显微手术治疗精索静脉曲张的研究仍以国外区域学者为主,Zini A、Gupta M发表的文献量居于前列,且合作关系密切。结论:尽管以"varicocele[mesh]microsurgery"为主题词来检索GoPubMed,仍未完全检索出我国学者发表的中文文献,作为检索到的部分文献样本可在一定程度上反映近年来显微手术治疗精索静脉曲张的状况。通过分析发现,显微手术与精索静脉曲张之间的相互关系已逐渐成为研究热点,我国应需进一步加强对该领域的相关研究。