东湖杂交羊产羔性状的GWAS分析及候选基因GRID 2的验证

旨在研究影响东湖杂交羊产羔性状的关键基因并挑选关键基因的变异位点进行验证,以期为东湖杂交奶绵羊多羔性状的选育提供分子标记。本研究从西北农林科技大学金昌奶绵羊试验示范基地采集身体健康无疾病的东湖杂交二代奶绵羊168只进行全基因组重测序,GEMMA和SnpEff软件进行全基因组关联分析,KOBAS 3.0数据库对注释的基因进行富集分析,LDBlockShow软件对显著性最强SNPs周边的连锁区域进行连锁不平衡分析。使用竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele-specific PCR,KASP)技术对GRID 2基因进行SNP的分型检测,统计该基因两个多态位点的遗传多样性参数,并将其与产羔性状进行关联分析。结果显示,全基因组关联分析确定了6号染色上1163个达到显著性水平的SNPs位点,通过对候选位点的注释,确定与产羔性状相关的候选基因BMPR 1B、PDLIM5、PDHA2、UNC 5C、GRID2、NFKB1、TSPAN5、STPG2、PPP 3CA。同时结合已有报道和最强关联区域的注释,选择GRID 2上的两个SNPs(g.35685218A>G和g.35685499C>T)作为候选位点。通过统计学分析发现,本研究中涉及的两个位点均处于P>0.05的哈代-温伯格平衡状态,表明这两个位点均没有受到过强选择,并且这两个位点与东湖杂交羊的产羔性状有显著关联,两个位点的野生型均处于优势状态,且两个位点在胎次增加时均值也增加。综上所述,GRID 2基因2个SNPs对东湖杂交奶绵羊产羔性状有显著影响,可以作为分子标记辅助选择的候选位点。本研究为提高东湖杂交奶绵羊产羔率,促进奶绵羊的遗传育种进展提供了坚实的理论依据。