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脊椎动物GSDM基因家族的生物信息学分析
1
作者
焦文浩
杨晶
+1 位作者
雷霄
舒广文
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期2565-2573,共9页
多数脊椎动物的基因组中都存在gasdermin(GSDM)基因家族成员。该家族中的gasdermin D(GSDMD)和gasdermin E(GSDME)与高等动物体内的细胞焦亡紧密相关。然而,目前关于GSDM家族其它成员的研究还比较缺乏,对其系统演化的模式也知之甚少。...
多数脊椎动物的基因组中都存在gasdermin(GSDM)基因家族成员。该家族中的gasdermin D(GSDMD)和gasdermin E(GSDME)与高等动物体内的细胞焦亡紧密相关。然而,目前关于GSDM家族其它成员的研究还比较缺乏,对其系统演化的模式也知之甚少。本研究首先对人GSDM家族基因的基因结构、染色体定位、表达的组织特异性、编码蛋白的理化性质与二级结构进行了生物信息学分析。随后,对18个物种中的GSDM基因家族成员进行系统进化树的构建和选择压力分析。结果表明,人GSDM家族各成员的基因结构和表达的组织分布均存在较大差异。其编码蛋白多为酸性,亲水性高,二级结构则以α-螺旋与无规则卷曲为主。系统发育分析表明,Pejvakin(PJVK)和GSDME存在于脊椎动物的所有类群中,是GSDM基因家族中的原始成员。GSDMB、GSDMC和GSDMD存在于哺乳动物中,可能是由鸟类GSDMA演化而来。选择压力分析表明,GSDMB、GSDMC、GSDME和PJVK均受负选择作用,且以PJVK所受的负选择最强。GSDMD则受到明显的正选择作用。以上结果既可为理解GSDM基因家族的功能提供新线索,又可为进一步针对该家族开展实验研究提供新的参考依据。
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关键词
gsdm基因家族
脊椎动物
生物信息学
系统发育
选择压力
原文传递
山羊GSDM家族相关基因的克隆及细胞焦亡效应蛋白GSDMD-NT的原核表达
被引量:
2
2
作者
任旭皎
黎振标
+5 位作者
刘健新
张凯照
鲁荣
李慧子
张彭涛
宁章勇
《中国兽医科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第8期1043-1049,共7页
为了解GSDM家族蛋白在山羊疾病发生过程中的作用,采用RT-PCR方法克隆了海南黑山羊GSDM家族相关基因,并对其进行序列及编码蛋白结构分析;基于对GSDMD的氨基酸序列分析,寻找到了其Caspases切割位点,扩增了GSDMD-NT序列,并将其克隆至原核...
为了解GSDM家族蛋白在山羊疾病发生过程中的作用,采用RT-PCR方法克隆了海南黑山羊GSDM家族相关基因,并对其进行序列及编码蛋白结构分析;基于对GSDMD的氨基酸序列分析,寻找到了其Caspases切割位点,扩增了GSDMD-NT序列,并将其克隆至原核表达载体进行诱导表达。结果显示,海南黑山羊GSDM家族基因种间同源性低,都存在Gasdermin超家族结构域,是结构保守蛋白;His标签GSDMD-NT的原核表达质粒经诱导后表达出51.2 ku的融合蛋白,该蛋白可以与抗His标签的单克隆抗体发生特异性反应。本研究结果为GSDM家族蛋白功能的物种间比较研究提供了基础数据,也为进一步探究GSDMD-NT诱导细胞焦亡的机制奠定了基础。
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关键词
海南黑山羊
gsdm
家族
基因
gsdm
D-NT
原核表达
原文传递
题名
脊椎动物GSDM基因家族的生物信息学分析
1
作者
焦文浩
杨晶
雷霄
舒广文
机构
中南民族大学药学院
中交第二公路勘察设计研究院有限公司
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期2565-2573,共9页
基金
中南民族大学药学院2020年度大学生创新项目(项目负责人:焦文浩)资助
文摘
多数脊椎动物的基因组中都存在gasdermin(GSDM)基因家族成员。该家族中的gasdermin D(GSDMD)和gasdermin E(GSDME)与高等动物体内的细胞焦亡紧密相关。然而,目前关于GSDM家族其它成员的研究还比较缺乏,对其系统演化的模式也知之甚少。本研究首先对人GSDM家族基因的基因结构、染色体定位、表达的组织特异性、编码蛋白的理化性质与二级结构进行了生物信息学分析。随后,对18个物种中的GSDM基因家族成员进行系统进化树的构建和选择压力分析。结果表明,人GSDM家族各成员的基因结构和表达的组织分布均存在较大差异。其编码蛋白多为酸性,亲水性高,二级结构则以α-螺旋与无规则卷曲为主。系统发育分析表明,Pejvakin(PJVK)和GSDME存在于脊椎动物的所有类群中,是GSDM基因家族中的原始成员。GSDMB、GSDMC和GSDMD存在于哺乳动物中,可能是由鸟类GSDMA演化而来。选择压力分析表明,GSDMB、GSDMC、GSDME和PJVK均受负选择作用,且以PJVK所受的负选择最强。GSDMD则受到明显的正选择作用。以上结果既可为理解GSDM基因家族的功能提供新线索,又可为进一步针对该家族开展实验研究提供新的参考依据。
关键词
gsdm基因家族
脊椎动物
生物信息学
系统发育
选择压力
Keywords
gsdm
gene family
Vertebrates
Bioinformatics
Phylogenesis
Selection pressure
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
Q953 [生物学—动物学]
原文传递
题名
山羊GSDM家族相关基因的克隆及细胞焦亡效应蛋白GSDMD-NT的原核表达
被引量:
2
2
作者
任旭皎
黎振标
刘健新
张凯照
鲁荣
李慧子
张彭涛
宁章勇
机构
华南农业大学兽医学院
出处
《中国兽医科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第8期1043-1049,共7页
基金
广东省科技计划项目(2016A020210079)
文摘
为了解GSDM家族蛋白在山羊疾病发生过程中的作用,采用RT-PCR方法克隆了海南黑山羊GSDM家族相关基因,并对其进行序列及编码蛋白结构分析;基于对GSDMD的氨基酸序列分析,寻找到了其Caspases切割位点,扩增了GSDMD-NT序列,并将其克隆至原核表达载体进行诱导表达。结果显示,海南黑山羊GSDM家族基因种间同源性低,都存在Gasdermin超家族结构域,是结构保守蛋白;His标签GSDMD-NT的原核表达质粒经诱导后表达出51.2 ku的融合蛋白,该蛋白可以与抗His标签的单克隆抗体发生特异性反应。本研究结果为GSDM家族蛋白功能的物种间比较研究提供了基础数据,也为进一步探究GSDMD-NT诱导细胞焦亡的机制奠定了基础。
关键词
海南黑山羊
gsdm
家族
基因
gsdm
D-NT
原核表达
Keywords
Hainan black goat
gsdm
family genes
gsdm
D-NT
prokaryotic expression
分类号
S852.42 [农业科学—基础兽医学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
脊椎动物GSDM基因家族的生物信息学分析
焦文浩
杨晶
雷霄
舒广文
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2021
0
原文传递
2
山羊GSDM家族相关基因的克隆及细胞焦亡效应蛋白GSDMD-NT的原核表达
任旭皎
黎振标
刘健新
张凯照
鲁荣
李慧子
张彭涛
宁章勇
《中国兽医科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
2
原文传递
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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