基于GSS序列的猴面花miRNA生物信息学研究

应用miRtour在线分析工具对猴面花GSS序列进行分析,预测猴面花的miRNA序列,应用psrobot预测miRNA的靶基因。结果发现50条不同的猴面花miRNA成熟序列,尿嘧啶在miRNA 5′端第1碱基出现频率最高,有64条编码序列受到猴面花miRNA的调控。靶基因中有15个编码转录因子,有21个编码酶。

采用基于GSS序列的极大节旋藻(Arthrospira maxima)的基因克隆策略及其应用实例

电子克隆是随着基因组计划的实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法,已经公布的极大节旋藻GSS序列使得电子克隆极大节旋藻的功能基因成为可能。为建立极大节旋藻功能基因的高效克隆策略,应建立利用GSS序列克隆极大节旋藻功能基因的基本策略并加以应用。具体操作方法:对dbGSS数据库中的605条极大节旋藻GSS序列进行拼接及功能注释,并在分析编码区完整性的基础上设计引物并进行PCR扩增以获得基因全长序列,利用以上策略成功克隆了极大节旋藻功能基因ureaseβ和dUTPase的全长序列。

GS介导RNase P对人巨细胞病毒ul54基因mRNA的切割作用

引导序列(Guide Sequences,GSs)是与mRNA靶序列互补并引导RNase P切割的小RNA片段。设计与人巨细胞病毒HCMV(Human Cytomegalovirus,HCMV)ul54基因D片段mRNA序列互补的GS,将其共价结合到大肠杆菌来源RNase P催化核心M1 RNA,构建成T7-M1GS核酶。通过对ul54基因D片段转录产物体外切割实验和将T7-M1GS构建在含有U6启动子的逆转录病毒载体,与构建在真核载体pEGFP-N1的ul54基因D片段共转染人宫颈癌细胞系HeLa的体内切割实验,证实该核酶具备对ul54基因D片段mRNA的特异切割能力,为利用核酶治疗HCMV感染提供实验基础。

南方红豆杉SSR分布特征分析及分子标记的开发

利用基因组勘测序列(GSS序列)探讨开发南方红豆杉(Taxus wallichiana var.mairei)SSR标记的可行性。从1923条GSS序列中搜寻到184个SSR位点。其中二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复所占比例分别为88.6%、10.3%和1.1%。不同核苷酸在重复序列中的频率分析表明,a和t所出现的频率远远高于c和g的频率。对所获得的184个SSR位点设计引物,开发出90个候选SSR引物。在所获得的获选标记中选取20对引物在南方红豆杉中进行试验检验,结果19对(95%)SSR引物能够获得清晰稳定的主带,表明GSS序列可以高效地用于开发基因组SSR标记,这些标记将为南方红豆杉的相关研究奠定基础。