基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析

采用GSS高通量测序技术分别测定怀山药根和茎中内生真菌的内转录间隔区ITS序列,将真菌归类到种或亚种水平。用Qiime和Mothur等软件分析样品的序列数目和操作单元数量,进而分析物种的丰度和Alpha多样性。本试验从怀山药根和茎分别获得的有效序列数为64 774条和273 930条;根、茎OTU数分别为268、308。其中根部内生真菌含5门,14纲,36目,65科,92属,109种;茎部内生真菌包含4门,14纲,38目,66科,95属,112种。结果表明,怀山药根、茎中内生真菌非常丰富,且茎中内生真菌多样性程度略高于根。根的优势菌群为葡萄孢盘菌属(Botryotinia),茎的优势菌群为链格孢属(Alternaria)。

利用GSS高通量测序技术分析不同生境下霍山石斛内生真菌群落的分布

目的研究不同地域及不同生长环境下霍山石斛内生真菌群落的分布特征。方法采用DNA分子标定技术确定不同霍山石斛样本的属种,利用GSS高通量测序技术分析霍山石斛样本内生真菌的种类。结果供试的所有来源的霍山石斛样本均为Dendrobium huoshanense。从10个霍山石斛样本(编号LP1、LP2、LD1、LD2、LS1、LS2、HP1、HP2、JP1、JP2)中分别获得OTU数540、390、405、376、121、601、423、426、392、394个,通过分析每个OTU对应的物种分类信息,这些霍山石斛样本的内生真菌群落分布可归属至种水平,且分别包含内生真菌140、110、134、128、133、142、144、127、151、135种;样本LP1和LP2共有的OTU在物种水平上占84.22%,LD1和LD2共有的OTU在物种水平上占95.58%,LS1和LS2共有的OTU在物种水平上占94.52%,HP1和HP2共有的OTU在物种水平上占93.59%,JP1和JP2共有的OTU在物种水平上占94.05%。结论不同地域及不同生长环境下霍山石斛(Dendrobium huoshanense)的内生真菌种类存在着差异性,相同地域及相同生长环境下霍山石斛(Dendrobium huoshanense)的内生真菌群落组成基本相同,霍山石斛(Dendrobium huoshanense)内生真菌的生长存在着地域专属性。