基于TCGA与GTEx数据库分析AEBP1基因在不同分型胶质瘤中的表达及对预后的影响

目的探讨AEBP1基因及其剪接异构体在不同分型胶质瘤中的表达,分析AEBP1基因对不同分型胶质瘤患者预后的影响。方法利用GEPIA2可视化网络分析工具,对TCGA数据库中胶质母细胞瘤(GBM)(经典型、间充质型、神经元型、原神经元型)与低级别胶质瘤(LGG)(星型细胞瘤、少突星型细胞瘤、少突胶质细胞瘤)组织,与TCGA和GTEx数据库中人体正常组织样本采用单因素方差分析法比较AEBP1基因表达水平。绘制小提琴图分析AEBP1基因剪接异构体在胶质瘤中的分布趋势。绘制Kaplan-Meier生存曲线并采用Logrank检验分析GBM与LGG肿瘤组织中AEBP1基因表达水平对胶质瘤患者预后的影响。结果GBM总体及4种分型GBM的肿瘤组织中AEBP1的表达均高于正常对照组织(P<0.05)。LGG中星型细胞瘤与少突星型细胞瘤肿瘤组织中AEBP1的表达高于正常对照组织(P<0.05)。GBM与LGG中有9种AEBP1基因剪接异构体表达且GBM中表达水平均较高。GBM患者总体与原神经元型GBM患者的AEBP1低表达组整体生存期(OS)优于高表达组(P<0.05)。LGG患者总体与星型胶质细胞瘤患者AEBP1低表达组OS与无进展生存期均优于高表达组(P<0.05)。结论AEBP1在GBM与LGG的发病与发展中具有重要临床价值,可作为评估原神经元型GBM与星型胶质细胞瘤患者预后的标志物,并可能成为靶向治疗的候选基因。

基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选

目的:应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用Cox分析构建风险模型,通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果:通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据,获得差异表达的lncRNA 424个(211个上调,213个下调),mRNA 3827个(1618个上调,2209个下调)。构建了包含9个lncRNA的风险模型,参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染,神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论:筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA,为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。

二氢丹参酮Ⅰ在胃癌AGS细胞中作用机制的生物信息学分析

目的利用GEPIA数据库,包括TCGA数据库和GTEX数据库,探讨二氢丹参酮Ⅰ通过氧化应激治疗胃癌的潜在靶点。方法在数据库中检索二氢丹参酮Ⅰ在胃癌中潜在靶点的文献,利用GEPIA数据库工具分析二氢丹参酮Ⅰ在胃癌中的潜在作用机制,分析潜在靶基因与表达关键抗氧化应激蛋白基因的相关性;二氢丹参酮Ⅰ对胃癌潜在靶基因表达水平的分析;二氢丹参酮Ⅰ对胃癌潜在靶基因的预后分析。结果二氢丹参酮Ⅰ对潜在靶基因的主要靶向基因(蛋白)为缺氧诱导因子-1 (hif-1)和瓜氨酸组蛋白h3 (cith3),其基因分别为HIF1 A和NOS2;GEPIA数据库显示HIF1 A与CAT (P=e-04,r=0. 18)、GPX1 (P=0. 033,r=0. 11)或NFE2L2呈正相关。(P=0,r=0. 41),而NOS2与SOD1仅呈正相关(P=0. 21,r=0. 18),与其它三个基因均无相关性;HIF1 A和NOS2在胃癌组织中的表达水平高于正常胃旁组织;HIF1 A的高表达降低了胃癌患者的总生存率。结论二氢丹参酮Ⅰ可通过活性氧介导的氧化应激诱导AGS细胞凋亡,抑制HIF1 A和NOS2的表达,从而抑制AGS细胞的抗氧化应激,提高胃癌患者的总生存率。

构建“免疫相关lncRNA基因对”模型预测未发生远处转移的原位肝癌预后及药物敏感性

目的构建“免疫相关lncRNA基因对”模型预测未发生远处转移的原位肝癌预后并分析不同组别肿瘤免疫微环境特征及药物敏感性。方法从XENA数据库获取肝细胞肝癌样本正常肝脏样本的RNA-seq数据,筛选出未发生远处转移的原位肝癌样本,提取免疫相关lncRNA,构建免疫相关lncRNA基因对的预测模型;随后将免疫相关lncRNA基因对预测模型与患者的预后及临床因素进行相关性分析;同时利用肿瘤免疫细胞浸润数据计算高低风险组免疫微环境特征差异,并评估肝癌相关药物在不同风险组的敏感性。结果筛选出免疫相关lncRNA基因对13个,并结合生存状况建立预测模型,低风险组患者的生存获益显著优于高风险组(P<0.001)。在肿瘤免疫微环境方面,高风险组表现出了更为突出的免疫抑制状态,药物敏感性分析表明索拉非尼、阿昔替尼在基于风险分组的患者中敏感性显著不同。结论免疫相关lncRNA的基因对模型能够较好的预测未发生远处转移的原位肝癌患者预后情况,高风险的患者中免疫抑制状态明显,而不同的风险组对肝癌特定药物治疗敏感性不同。