广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

参考已发表的猪瘟病毒 (CSFV) Shimen株、HCL V株、Paderborn株的核苷酸序列 ,设计并合成 1 1对引物 ,应用RT- PCR技术 ,成功地分 1 1个片段扩增了 CSFV广西流行毒株 GXWZ0 2的全基因组。将这 1 1个基因片段克隆 ,并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件 Vector NTI将 1 1个基因片段进行拼接 ,确认 CSFV GXWZ0 2株全基因组序列的长度为 1 2 2 96个核苷酸 (Gen Bank收录号 AY3 6 776 7)。将 GXWZ0 2株与国内外已发表的 Shimen、HCL V、3 9、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort1 87、Paderborn、CS、AL D、GPE- 、P97、L PC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较 ,核苷酸同源性分别为 85 .4 %、 84 .6 %、88.7%、85 .7%、 85 .7%、 85 .3 %、85 .6 %、 95 .3 %、 85 .7%、85 .7%85 .4 %、83 .4 %、84 .3 % ,推定的氨基酸同源性分别为 92 .6 %、91 .7%、94 .2 %、 93 .1 %、92 .9%、92 .3 %、 93 .0 %、97.7%、92 .6 %、93 .0 %、92 .6 %、90 .5 %、90 .6 %。 GXWZ0 2与 Shimen、HCL V的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异 ,表明 GXWZ0 2株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析 ,所比较的 1 4株 CSFV被分为2个群 :GXWZ0 2、Paderborn和 3 9这 3个毒株被归为群 .

猪瘟病毒同源重组的试验研究

以23株来自全世界的CSFV的编码序列为试验研究对象,首先利用临界偶联法(neighbor-joining)做出23条序列的系统发生树,然后通过SimPlot程序分析找到疑似重组病毒的基因序列以及2条疑似亲本链,结果表明:CSFV39(AF07339)可能是强毒株Shimen和GXWZ02之间发生同源重组后的基因产物。