甘肃黑猪H-FABP基因多态性筛查及蛋白功能预测

为了明确甘肃黑猪H-FABP基因的遗传特征,采用DNA池结合直接测序技术快速筛查甘肃黑猪H-FABP基因遗传多态性,并利用生物信息学方法预测其编码氨基酸的理化性质及蛋白功能。结果显示,甘肃黑猪H-FABP基因在扩增区域共发现4个突变位点,分别为C^(734)T-Intron1、T^(152)C-Exon2、G^(30)A-Intron2、T^(121)G-Intron2,各等位基因频率在突变前后存在明显差异;该基因编码区全长402 bp,共编码133个氨基酸残基,其中,编码区序列有1个T^(152)C-Exon2的错义突变,氨基酸由原来非极性的异亮氨酸(Ile)转变为极性的苏氨酸(Thr); H-FABP编码蛋白是一种稳定的亲水性蛋白,二、三级结构均为混合型,β-折叠所占比例最高。蛋白质功能预测结果显示,甘肃黑猪H-FABP编码蛋白存在19个潜在磷酸化位点和1个N-糖基化位点,可能会影响H-FABP基因调控肌内脂肪含量的增加。同源性比较和系统发育树分析表明,甘肃黑猪与偶蹄目动物亲缘关系最近。研究结果可为甘肃黑猪肌内脂肪含量沉积的分子遗传标记提供理论基础,该基因的多态性筛选已成为家畜肉质性状改良的分子研究热点。

甘肃黑猪血浆蛋白多态性与初生重、早期日增重关系的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳 (PAGE)对 37头甘肃黑猪合成系猪的转铁蛋白 (Tf)、前白蛋白 (Pa)、脂酶 (Es)、淀粉酶 1 (Am1 )、淀粉酶 2(Am2 ) 5个蛋白质基因座的多态性进行了检测。并运用通用线性模型分析了这 5个蛋白质基因座的共 1 7种基因型对初生重、 45日龄内平均日增重的相关效应。结果表明Am1AA型具有显著提高初生重的效应 ,PaAA型具有显著提高 45日龄内平均日增重的效应。因此这 2个位点可望用于标记辅助选择。

甘肃黑猪H-FABP基因克隆、SNPs筛查及生物信息学分析

采用生物信息学方法从分子水平对甘肃黑猪H-FABP基因编码蛋白质的功能和性质进行分析。采用DNA池和直接测序技术对甘肃黑猪H-FABP基因进行SNPs快速筛查及其编码区蛋白质功能预测。结果表明,甘肃黑猪H-FABP基因编码区全长402 bp,编码133个氨基酸残基,共检测出4个SNPs,分别为C^(734)T-Intron1、T^(152)C-Exon2、G^(30)A-Intron2、T^(121)G-Intron2,其中T^(152)C-Exon2为错义突变,氨基酸由原来的异亮氨酸(Ile)转变为苏氨酸(Thr)。生物信息学预测发现,甘肃黑猪H-FABP蛋白是一种稳定的亲水蛋白,蛋白质二三级结构均以β-折叠为主的混合型蛋白。