基于天麻转录组数据,设计特异引物,克隆天麻DRP1E(dynamin-related protein 1E)基因,命名为GeDRP1E(GenBase登录号为C_AA018577.1),借助ExPASy、ClustalW、MEGA等软件对基因进行生物信息学分析利用拟南芥、马铃薯遗传转化体系获得转基...基于天麻转录组数据,设计特异引物,克隆天麻DRP1E(dynamin-related protein 1E)基因,命名为GeDRP1E(GenBase登录号为C_AA018577.1),借助ExPASy、ClustalW、MEGA等软件对基因进行生物信息学分析利用拟南芥、马铃薯遗传转化体系获得转基因植株,并对转基因拟南芥株高、结实率,转基因马铃薯微型薯的块茎长、宽、重量和淀粉含量等农艺性状进行检测和分析,初步解析GeDRP1E基因的功能。结果显示,GeDRP1E基因ORF全长1899 bp、编码632个氨基酸残基,相对分子质量为69.90 kDa,分子式为C3079H4973N883O933S19;理论等电点为7.27,不稳定系数为43.34,亲水性平均指数为-0.259,预测属于不稳定亲水性蛋白。GeDRP1E不存在跨膜结构,无信号肽,定位于细胞质。系统进化树显示,GeDRP1E与其他种类植物DRP1E蛋白之间具有较高的同源性,其中与铁皮石斛DcDRP1E(XP_020689662.1)同源性最高,为90.05%。运用双酶切法构建植物表达载体pCambia1300-35Spro-GeDRP1E,并通过农杆菌介导转化法获得了GeDRP1E基因的拟南芥互补突变体、马铃薯过表达株系。与拟南芥AtDRP1E基因突变体相比,GeDRP1E基因互补突变体株高、结实率表型得以恢复。与野生型马铃薯相比GeDRP1E基因过表达株系微型薯体积、重量显著增大,淀粉含量显著增高。初步推测GeDRP1E很可能参与调节线粒体的形态,从而影响拟南芥植株、马铃薯微型薯的生长发育。上述研究结果为深入阐明天麻块茎生长发育的分子机制奠定了基础。展开更多
目的以箭麻(天麻Gastrodia elata的一个生长阶段)和共生天麻(白麻与蜜环菌共生的天麻)为实验材料,通过转录组测序分析初步揭示箭麻和共生天麻生长代谢特征。方法采用Trizol Reagent(Invitrogen)提取天麻样品中的RNA,建立测序文库并利用I...目的以箭麻(天麻Gastrodia elata的一个生长阶段)和共生天麻(白麻与蜜环菌共生的天麻)为实验材料,通过转录组测序分析初步揭示箭麻和共生天麻生长代谢特征。方法采用Trizol Reagent(Invitrogen)提取天麻样品中的RNA,建立测序文库并利用Illumina Hiseq^(TM)2000进行测序,通过与基因数据库比对分析注释和发现差异表达基因。结果箭麻与共生天麻间共获得72244条序列,其中有26312条得到注释。在False Discovery Rate(FDR)<0.05和|log2FC|>1筛选条件下,共有12498条基因发生显著差异表达,其中9000条基因表达上调,3498条表达下调。京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析表明,差异基因显著富集在20个代谢途径中,其中包含氮代谢,碳代谢和能量代谢等途径。差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)注释到蛋白相邻类的聚簇(cluster of Orthologous Groupsof proteins,KOG)的25个分类中,其中差异表达基因与生长代谢过程相关过程能量的产生和转化(energy production and conversion,C)、碳水化合物转运与代谢(carbohydrate transport and metabolism,G)、次生代谢产物的合成、转运和代谢(secondary metabolites biosynthesis,transport and metabolism,Q)类别获得2218个注释结果。基于转录组数据,分析了生长代谢过程中相关基因差异表达水平,发现有利于碳、氮、能量等物质积累的谷氨酰胺合成酶(glutamine synthetase,GS)、天冬酰胺合成酶(asparagine synthetase,ASNS)、蔗糖合成酶(sucrose synthase,Su Sy)、可溶性淀粉合成酶(soluble starch synthase,SSS)、ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(ADP-glucose pyrophosphorylase,AGPase)、丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK)、己糖激酶(hexokinase,HK)、丙酮酸脱氢酶(pyruvatedehydrogenase,PDH),苹果酸脱氢酶(malatedehydrogenase,MDH),异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH)基因呈上调表达,除分解ATP的ATP酶(adenosine-triphosphatase,ATPase)上调外,分解氮、碳物质的谷氨酸脱氢酶(glutamate dehydrogenase,GDH)、精氨酸酶(arginase,Argase)和淀粉酶(amylase,AMS)基因呈下调表达。q RT-PCR分析结果表明这些基因表达水平与转录组表达情况基本一致。相比较于箭麻,共生天麻生长代谢中物质积累比较旺盛。结论共生天麻通过消解侵入的蜜环菌合成有机营养物质和能量,有利于其从蜜环菌和周围环境吸收营养物质供箭麻生长需要,为进一步研究天麻不同发育阶段代谢特征奠定基础,并为天麻栽培提供理论指导。展开更多
文摘基于天麻转录组数据,设计特异引物,克隆天麻DRP1E(dynamin-related protein 1E)基因,命名为GeDRP1E(GenBase登录号为C_AA018577.1),借助ExPASy、ClustalW、MEGA等软件对基因进行生物信息学分析利用拟南芥、马铃薯遗传转化体系获得转基因植株,并对转基因拟南芥株高、结实率,转基因马铃薯微型薯的块茎长、宽、重量和淀粉含量等农艺性状进行检测和分析,初步解析GeDRP1E基因的功能。结果显示,GeDRP1E基因ORF全长1899 bp、编码632个氨基酸残基,相对分子质量为69.90 kDa,分子式为C3079H4973N883O933S19;理论等电点为7.27,不稳定系数为43.34,亲水性平均指数为-0.259,预测属于不稳定亲水性蛋白。GeDRP1E不存在跨膜结构,无信号肽,定位于细胞质。系统进化树显示,GeDRP1E与其他种类植物DRP1E蛋白之间具有较高的同源性,其中与铁皮石斛DcDRP1E(XP_020689662.1)同源性最高,为90.05%。运用双酶切法构建植物表达载体pCambia1300-35Spro-GeDRP1E,并通过农杆菌介导转化法获得了GeDRP1E基因的拟南芥互补突变体、马铃薯过表达株系。与拟南芥AtDRP1E基因突变体相比,GeDRP1E基因互补突变体株高、结实率表型得以恢复。与野生型马铃薯相比GeDRP1E基因过表达株系微型薯体积、重量显著增大,淀粉含量显著增高。初步推测GeDRP1E很可能参与调节线粒体的形态,从而影响拟南芥植株、马铃薯微型薯的生长发育。上述研究结果为深入阐明天麻块茎生长发育的分子机制奠定了基础。
文摘目的以箭麻(天麻Gastrodia elata的一个生长阶段)和共生天麻(白麻与蜜环菌共生的天麻)为实验材料,通过转录组测序分析初步揭示箭麻和共生天麻生长代谢特征。方法采用Trizol Reagent(Invitrogen)提取天麻样品中的RNA,建立测序文库并利用Illumina Hiseq^(TM)2000进行测序,通过与基因数据库比对分析注释和发现差异表达基因。结果箭麻与共生天麻间共获得72244条序列,其中有26312条得到注释。在False Discovery Rate(FDR)<0.05和|log2FC|>1筛选条件下,共有12498条基因发生显著差异表达,其中9000条基因表达上调,3498条表达下调。京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析表明,差异基因显著富集在20个代谢途径中,其中包含氮代谢,碳代谢和能量代谢等途径。差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)注释到蛋白相邻类的聚簇(cluster of Orthologous Groupsof proteins,KOG)的25个分类中,其中差异表达基因与生长代谢过程相关过程能量的产生和转化(energy production and conversion,C)、碳水化合物转运与代谢(carbohydrate transport and metabolism,G)、次生代谢产物的合成、转运和代谢(secondary metabolites biosynthesis,transport and metabolism,Q)类别获得2218个注释结果。基于转录组数据,分析了生长代谢过程中相关基因差异表达水平,发现有利于碳、氮、能量等物质积累的谷氨酰胺合成酶(glutamine synthetase,GS)、天冬酰胺合成酶(asparagine synthetase,ASNS)、蔗糖合成酶(sucrose synthase,Su Sy)、可溶性淀粉合成酶(soluble starch synthase,SSS)、ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(ADP-glucose pyrophosphorylase,AGPase)、丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK)、己糖激酶(hexokinase,HK)、丙酮酸脱氢酶(pyruvatedehydrogenase,PDH),苹果酸脱氢酶(malatedehydrogenase,MDH),异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH)基因呈上调表达,除分解ATP的ATP酶(adenosine-triphosphatase,ATPase)上调外,分解氮、碳物质的谷氨酸脱氢酶(glutamate dehydrogenase,GDH)、精氨酸酶(arginase,Argase)和淀粉酶(amylase,AMS)基因呈下调表达。q RT-PCR分析结果表明这些基因表达水平与转录组表达情况基本一致。相比较于箭麻,共生天麻生长代谢中物质积累比较旺盛。结论共生天麻通过消解侵入的蜜环菌合成有机营养物质和能量,有利于其从蜜环菌和周围环境吸收营养物质供箭麻生长需要,为进一步研究天麻不同发育阶段代谢特征奠定基础,并为天麻栽培提供理论指导。
