目的:克隆1,4-α-葡聚糖分支酶1(GBE1)基因,并对其编码蛋白进行生物信息学以及差异表达分析。方法:根据家鸡转录组数据,利用PCR扩增GBE1的全长cDNA并进行生物信息学分析。使用qRT-PCR法检测基因在家鸡6个组织中的表达差异。结果:克隆得...目的:克隆1,4-α-葡聚糖分支酶1(GBE1)基因,并对其编码蛋白进行生物信息学以及差异表达分析。方法:根据家鸡转录组数据,利用PCR扩增GBE1的全长cDNA并进行生物信息学分析。使用qRT-PCR法检测基因在家鸡6个组织中的表达差异。结果:克隆得到全长为2145 bp GBE1基因,开放阅读框(ORF)为2130 bp,编码709个氨基酸。GBE1蛋白相对分子质量为81.993,理论等电点6.25,稳定指数为35.40,平均亲水性值为-0.484,属于稳定酸性亲水蛋白;GBE1蛋白含有67个磷酸化位点,不存在跨膜区域与信号肽序列,主要定位在细胞质、细胞核、线粒体、胞液中;二级结构主要包括α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和延伸链,三级结构表明为单体蛋白;同源性分析表明,家鸡中GBE1蛋白氨基酸序列与珠鸡亲缘关系最近。qRT-PCR结果表明,GBE1基因在家鸡心、肝、脾、肺、肾、鸡内金6个组织内均有表达,但在肝脏和鸡内金中的表达量显著高于其他脏器。结论:该结果为进一步探讨家鸡GBE1基因的功能及其对葡聚糖分支酶的调控机制积累了必要的研究基础。展开更多
文摘目的:克隆1,4-α-葡聚糖分支酶1(GBE1)基因,并对其编码蛋白进行生物信息学以及差异表达分析。方法:根据家鸡转录组数据,利用PCR扩增GBE1的全长cDNA并进行生物信息学分析。使用qRT-PCR法检测基因在家鸡6个组织中的表达差异。结果:克隆得到全长为2145 bp GBE1基因,开放阅读框(ORF)为2130 bp,编码709个氨基酸。GBE1蛋白相对分子质量为81.993,理论等电点6.25,稳定指数为35.40,平均亲水性值为-0.484,属于稳定酸性亲水蛋白;GBE1蛋白含有67个磷酸化位点,不存在跨膜区域与信号肽序列,主要定位在细胞质、细胞核、线粒体、胞液中;二级结构主要包括α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和延伸链,三级结构表明为单体蛋白;同源性分析表明,家鸡中GBE1蛋白氨基酸序列与珠鸡亲缘关系最近。qRT-PCR结果表明,GBE1基因在家鸡心、肝、脾、肺、肾、鸡内金6个组织内均有表达,但在肝脏和鸡内金中的表达量显著高于其他脏器。结论:该结果为进一步探讨家鸡GBE1基因的功能及其对葡聚糖分支酶的调控机制积累了必要的研究基础。
