银杏GbR2R3-MYB1基因的克隆及非生物胁迫应答分析

R2R3-MYB转录因子是MYB家族中成员数量较多的亚家族成员之一,在植物生长发育、激素信号传导、次生代谢产物形成及逆境胁迫调控等方面具有重要的作用。以银杏为材料,克隆获得GbR2R3-MYB1基因,并利用生物信息学方法分析GbR2R3-MYB1蛋白理化性质、结构与功能;通过构建pCAMBIA1300-R2R3MYB1-GFP融合表达载体及农杆菌介导烟草浸染实验,观察GbR2R3-MYB1基因亚细胞定位情况;利用RT-qPCR方法检测GbR2R3-MYB1基因在非生物逆境胁迫下的表达水平。结果表明,GbR2R3-MYB1基因编码区全长为819 bp,共编码272个氨基酸;蛋白质理论等电点为6.59,相对分子量大小为30001.60 Da,此蛋白为不稳定亲水蛋白,其二级结构中含有28.31%的α-螺旋、4.78%的β-转角、61.03%的无规卷曲和5.88%的延伸链;GbR2R3-MYB1蛋白与火炬松、白云杉R2R3-MYB蛋白的氨基酸序列相似性较高,亲缘关系较近,与系统发育树进化分析结果基本相符;亚细胞定位检测发现GbR2R3-MYB1蛋白定位于细胞核。RT-qPCR分析表明,GbR2R3-MYB1基因对盐、干旱、低温及高温胁迫均有响应,其相对表达量在盐和干旱胁迫下出现先上升后下降的波动,而低温和高温胁迫下表现出先下降后上升再下降的趋势。GbR2R3-MYB1基因的克隆及功能分析可为进一步阐述银杏抗逆分子机理及其他植物的品种改良提供资源和依据。

铁十字秋海棠R2R3-MYB基因家族的鉴定及表达分析

【目的】对铁十字秋海棠(Begonia masoniana)R2R3-MYB基因家族进行鉴定分析,并检测R2R3-MYB基因家族成员在铁十字秋海棠叶片不同生长发育时期中叶斑区和非叶斑区的表达模式,为铁十字秋海棠叶斑分子调控机制和叶色改良及新品种培育提供理论参考。【方法】以铁十字秋海棠3个关键生长发育时期的叶片为试验材料,参考拟南芥R2R3-MYB家族蛋白序列,利用生物信息学方法从铁十字秋海棠基因组数据库中鉴定出R2R3-MYB基因家族成员,并对其理化性质、染色体定位、系统发育、基因结构、保守基序及启动子顺式作用元件等进行预测分析,并通过实时荧光定量PCR检测7个BmaMYBs基因在铁十字秋海棠3个生长发育期中叶斑区和非叶斑区的表达模式。【结果】从铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,该基因家族成员的氨基酸数量为128~870个,分子量为14660.85~97435.93 Da,理论等电点(pI)为4.92~10.10,成员之间差异较大,大部分为不稳定的疏水性蛋白,均定位在细胞核。110个R2R3-MYB家族基因在15条染色体上均有分布,部分基因在同一染色体上集中分布,形成基因簇;BmaMYBs含有0~10个内含子;约94%的成员含有Motif1、Motif2和Motif3基序;R2R3-MYB基因家族成员启动子均含有大量光响应元件;BmaMYB10、BmaMYB18、BmaMYB38、BmaMYB53、BmaMYB97、BmaMYB99和BmaMYB109基因在叶片发育过程中叶斑区与非叶斑区均有表达,叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量较非叶斑区高达19.41~131.99倍。【结论】在铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,叶斑区与非叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量差异最大,推测该基因是调控铁十字秋海棠叶斑形成的关键基因。

基于百脉根两代基因组的LjR2R3-MYB家族比较鉴定

【目的】探明LjR2R3-MYB转录因子家族的结构和功能,为二代测序与三代测序的差异研究、百脉根转录因子发掘鉴定及LjR2R3-MYBs的调控功能鉴定提供参考。【方法】对二代测序(SGS)与三代测序(TGS)2个版本百脉根全基因组数据的LjR2R3-MYB转录因子进行鉴定分析,研究其成员组成、进化特征、基因结构、蛋白性质、空间结构、染色体定位、顺式作用元件等。【结果】在SGS和TGS版本中,LjR2R3-MYB家族分别有96个和135个成员,TGS的基因序列比SGS多3条保守基序;家族成员均属于14个亚族,TGS获得的独有序列比SGS多39条;SGS中有86条基因含有UTR,TGS中有78条,二者的LjR2R3-MYB成员motif类型存在差异;所有LjR2R3-MYB基因编码蛋白均为亲水性蛋白,不含信号肽,定位于细胞核,二级结构组成基本一致;SGS的0号染色体上分布有25条R2R3-MYB基因,TGS含有6条染色体且无0号染色体;LjR2R3-MYB基因启动子含有逆境胁迫、防御、激素以及生长发育响应等顺式作用元件。【结论】同SGS相比较,从TGS数据中获得的基因信息量更完整丰富,百脉根TGS组装质量高于SGS。

黄瓜R2R3-MYB亚家族鉴定及生物信息学分析

【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质互作进行分析。【结果】黄瓜全基因组中含99个具有典型结构域的R2R3-MYB转录因子,蛋白序列含195~552个氨基酸,有保守基序及氨基酸位点;基因在染色体上分布不均匀;大部分亚家族成员蛋白质的不稳定指数大于40,属于不稳定蛋白。顺式作用调控元件分析发现:大部分基因启动子区所含元件与激素调节、MYB结合位点、胁迫密切相关。【结论】通过黄瓜全基因组鉴定,获得黄瓜基因组99个R2R3-MYB家族成员,分为30个亚组,映射于7条染色体上,该家族成员的上游启动子区含逆境相关作用元件。

假俭草R2R3-MYB基因家族的鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析

R2R3-MYB家族是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与各种生理响应和分子调控。本研究利用假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro.))基因组数据和生物信息学手段鉴定了R2R3-MYB转录因子,并对系统进化、结构、顺式作用元件等进行分析;同时对R2R3-MYB转录因子响应干旱胁迫的表达模式进行分析。结果显示,假俭草中有113个R2R3-MYB成员;蛋白二级结构和三级结构都表明R2R3-MYBs蛋白都含有螺旋-转角-螺旋结构;顺式作用元件分析发现启动子区含有大量植物激素响应和胁迫响应元件,为R2R3-MYB基因进化分析提供了依据。基因表达模式分析表明,与野生型相比,抗旱突变体叶中有39个基因、根中有58个基因在一个或多个干旱时期表达量提高,推测这些R2R3-MYB基因在响应干旱胁迫过程中发挥着重要作用。本研究结果为进一步深入研究假俭草R2R3-MYB基因家族的功能奠定了基础。

杠柳天然橡胶合成相关R2R3-MYB基因克隆及表达分析

首次克隆了杠柳中调控天然橡胶生物合成途径的R2R3-MYB基因,为杠柳天然橡胶生物合成调控机制的研究提供候选基因。利用生物信息学的方法,对杠柳的基因组数据进行分析,发现122条R2R3-MYB基因。通过构建系统进化树、氨基酸多序列比对、保守结构域和三级结构分析,确定杠柳中可能参与调控天然橡胶合成的R2R3-MYB基因,并进行基因在杠柳中的组织特异性表达分析。结果表明:PsMYB79、PsMYB102、PsMYB159和PsMYB178与巴西橡胶树HbMYB在同一分支上,均具有典型的R2R3-MYB结构域及SHAQKYF保守基序,而且氨基酸之间序列相似性分别为72.5%、64.5%、61.6%和57.8%。RT-PCR分析结果表明,4个基因在乳胶形成的部位中均表达,其中PsMYB79和PsMYB178在根中表达最强,PsMYB102在幼叶中表达强烈,PsMYB159在根、茎、幼叶和老叶中普遍表达。因此推测杠柳R2R3-MYB转录因子家族中PsMYB79、PsMYB102、PsMYB159和PsMYB178基因可能参与调节植物不同组织器官中天然橡胶生物合成过程。

菜豆R2R3-MYB基因家族鉴定及其在BCMV侵染后的表达分析

为了明确菜豆R2R3-MYB基因家族的成员及受到BCMV侵染后的表达情况,利用生物信息学方法对菜豆R2R3-MYB基因家族成员进行鉴定和系统分析,同时利用BCMV侵染菜豆后在显症期的转录组数据筛选可能与BCMV侵染调控相关的R2R3-MYB基因家族成员,并对这些基因在病毒侵染不同阶段的表达模式进行实时荧光定量PCR分析。结果表明,菜豆R2R3-MYB基因家族共有159个成员,不均匀分布于菜豆11条染色体上,多含有2个内含子,编码184~554个氨基酸,均为亲水性蛋白。系统进化关系将菜豆R2R3-MYB基因家族成员分为32个亚组(P1~P32),同一亚组成员具有高度保守的基因结构和基序。菜豆基因组内共线性分析表明,片段复制事件和串联复制事件均进行了纯化选择。转录组数据显示,BCMV侵染前后菜豆接种叶和系统叶分别有20、33个差异表达基因;qRT-PCR分析表明,这些基因在病毒侵染后表达均有变化,其中,PvMYB18、PvMYB33、PvMYB92、PvMYB93在侵染早期和显症期均呈现先升高后降低的趋势,而PvMYB29、PvMYB97、PvMYB124、PvMYB128、PvMYB134仅在侵染早期剧烈响应,这些基因的表达特点揭示其可能参与了菜豆对BCMV侵染不同阶段应答反应的调控。

月季花青素苷相关R_2R_3-MYB蛋白基因的克隆和表达分析

【目的】花青素苷是月季花瓣呈红色或粉色的重要因素。R2R3-MYB蛋白是调控植物花青素苷合成的关键转录因子。从月季花瓣中克隆花青素苷调控相关的R2R3-MYB蛋白同源基因,并分析这些基因与月季花瓣颜色和花青素苷合成的关系,为花色基因工程改良奠定基础。【方法】根据植物花青素苷调控相关R2R3-MYB蛋白的保守序列设计简并引物,结合3'-RACE和Y-RACE方法从月季花瓣中扩增同源基因的全长编码序列。用植物第四(Sg4)和第六(Sg6)亚家族的R2R3-MYB蛋白、拟南芥次生代谢调控相关的R2R3-MYB序列和克隆基因的编码蛋白进行多序列比较和进化分析。通过比较不同颜色的月季花瓣中花青素苷含量和R2R3-MYB蛋白基因的表达水平,分析月季花瓣中R2R3-MYB蛋白基因与花青素苷调控的关系。【结果】从月季‘红胜利’的红色花瓣中克隆了2个R2R3-MYB蛋白基因(Rh MYBs4-1和Rh MYBs6-1,Gen Bank登录号分别为KJ664810和KJ664811)。序列分析表明,Rh MYBs4-1和Rh MYBs6-1蛋白均含有保守的R2R3-MYB结构域,分别与植物Sg4和Sg6 R2R3-MYB蛋白同源。Rh MYBs4-1具有Sg4 MYB蛋白典型的C1、C2抑制子和锌指结构。Rh MYBs6-1具有Sg6 MYB蛋白特有的(A/S/G)NDV和KPRPR(T/S)基序。表达分析显示Rh MYBs4-1和Rh MYBs6-1均在月季‘红胜利’的花瓣中高水平表达,在叶片和花药中表达水平很低。比较7种不同颜色月季花瓣中的花青素苷含量和Rh MYBs4-1和Rh MYBs6-1的表达水平,发现红色花瓣中花青素苷含量远高于其他材料,相应地,Rh MYBs4-1和Rh MYBs6-1均在红色花瓣中具有最高的表达水平。在粉红色月季花瓣中,花青素苷含量不到红色花瓣的10%,Rh MYBs4-1的表达水平极低,而Rh MYBs6-1的表达水平与红色花瓣相当。【结论】月季Rh MYBs4-1和Rh MYBs6-1分别编码Sg4和Sg6亚家族的R2R3-MYB蛋白,均在红色月季花瓣中高水平表达,可能是月季花青素苷合成和花瓣颜色的重要调控基因。

菠萝R2R3-MYB基因家族鉴定与表达分析

R2R3-MYB转录因子参与植物众多生命活动的调控,在植物生长发育中至关重要。本研究采用生物信息学分析方法,从菠萝基因组中筛选鉴定R2R3-AcMYB转录因子,并对其基因结构、编码蛋白和系统进化进行了分析;基于转录组数据和荧光定量PCR分析,研究了乙烯利处理后菠萝顶端分生组织MYB基因的表达模式。研究结果显示,菠萝基因组含有103个R2R3-AcMYB转录因子,其中67个的基因结构组成为3(外显子)+2(内含子),17个为2(外显子)+1(内含子)。103个R2R3-AcMYB蛋白中,有31个偏碱性,55个显酸性和17个呈中性。亚细胞定位预测显示,有67个编码蛋白定位于细胞质,20个定位于细胞核。保守基序分析发现,有91个R2R3-AcMYB的序列包含SANT结构的motif 1和motif 2。系统进化树分析表明,81个R2R3-AcMYB转录因子可以分别被归入18个亚组,其余22个R2R3-AcMYB转录因子则未能进行明确归类。基于转录组数据和荧光定量PCR分析结果,发现菠萝顶端分生组织中多个MYB基因的表达受到乙烯利的诱导或抑制,暗示这些基因可能参与了乙烯利诱导条件下菠萝生长发育(包括开花诱导等)调控。这些研究结果为进一步挖掘菠萝激素响应、生长发育和开花调控等基因,揭示菠萝生长发育调控机制提供了数据支持。

PPP1R3基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病的相关性研究

目的 旨在研究 1型蛋白磷酸酶骨骼肌特异的糖原靶向调节亚单位基因 (PPP1R3)Asp90 5Tyr以及 3′ -UTR5bpD/I多态性与安徽省汉人群的 2型糖尿病 (T2DM )相关性。方法 运用PCR -RFLP法对安徽省合肥地区 36 6例汉族受试者 (T2DM患者 2 6 2例 ,健康成人 10 4例 )进行基因型测定。结果 (1)PPP1R3基因Asp90 5Tyr以及 3′ -UTR 5bpD/I多态性的基因型及等位基因频率在T2DM与健康对照组间分布均没有显著性差异 (P >0 .0 5 )。 (2 )PPP1R3基因Asp90 5Tyr以及3′ -UTR 5bpD/I多态性间呈连锁不平衡 ,其分布频率在不同人群中不尽相同。结论 PPP1R3基因Asp90 5Tyr以及 3′ -UTR 5bpD/I多态性可能在安徽省合肥地区 2型糖尿病发病中不起重要作用。两种多态性的分布表现明显的种族性。

PON1Q192R基因多态性与冠心病患者使用氯吡格雷疗效的关系

目的:探讨不同民族PON1Q192R等位基因变异频率以及PON1Q192R基因多态性与冠心病患者氯吡格雷抵抗(CR)的关联性。方法:纳入新疆医科大学第二附属医院2020年1月至2020年12月使用氯吡格雷且诊断为冠心病的患者127例,患者每日服用氯吡格雷75 mg,5 d后用血栓弹力图测定相关参数,并进行CYP2C19*2、CYP2C19*3、CYP2C19*17和PON1Q192R基因分型检测。结果:不同民族之间PON1Q192R基因突变频率差异具有统计学意义(P <0.05),患者的血栓弹力图参数结果显示,PON1Q192R基突变并不会显著降低氯吡格雷疗效。结论:PON1Q192R基因突变频率与冠心病患者氯吡格雷反应的相关性还需要进一步研究。

PPP1R3基因3′非翻译区5bp缺失/插入多态性与安徽汉族人2型糖尿病相关性研究

目的 研究 1型蛋白磷酸酶骨骼肌特异糖原靶向调节亚单位 (PPP1R3)基因 3′ UTR 5bpD/I多态性与 2型糖尿病 (T2DM )及其中间表型的相关性。方法 选取安徽省合肥地区汉族T2DM患者 16 0例 ,健康成人 10 6例 ,运用聚合酶链反应片段长度多态性技术进行基因型测定。结果 ①PPP1R3基因 3′ UTR 5bpD/I多态性的基因型及等位基因频率在T2DM与健康对照组间分布差异没有显著性 (P >0 0 5 ) ;②不同基因型组间空腹血糖、血压、空腹胰岛素、胰岛素敏感指数、体重指数、腰臀围比差异均无显著性 ,糖尿病组中基因型D/D的餐后 2h血糖显著低于基因型D/I、I/I(P=0 0 32 )。结论 PPP1R3基因 3′ UTR 5bpD/I多态性与安徽汉人

马尾松R2R3-MYB基因特征及进化和表达分析

MYB类转录因子在植物生长发育、代谢、应答生物胁迫和非生物胁迫的响应等生物过程发挥重要作用。为探究马尾松R2R3-MYB基因结构及功能,该研究以转录组数据为研究区域,从中筛选获得了17个马尾松R2R3-MYB基因,利用生物信息学对基因进行理化性质、系统进化树等分析,同时利用荧光定量PCR技术分析基因的组织特异性以及在花发育时期和非生物胁迫下的表达模式。结果表明:(1)17个PmMYBs亚细胞定位于细胞核,均无跨膜结构,且均含有Motif1、Motif2保守基序。系统发育进化树将马尾松PmMYBs划分为9个亚家族,且与火炬松、白云杉等裸子针叶植物关系较近。(2)17个基因均属于组成型表达,但在不同组织的表达量不同;所有基因均参与了花发育和非生物胁迫,不同基因在花发育不同时期的表达存在差异,有7个基因可能参与了雌雄性状转变;大部分基因响应非生物胁迫上调表达,但响应胁迫的时间存在差异;少数基因在胁迫中下调表达,尤其是PmMYB11基因在所有胁迫中均明显下调表达。该研究较系统地分析了马尾松R2R3-MYB基因的结构特征、系统进化及其在花发育时期和非生物胁迫下的表达模式,为深入探究马尾松R2R3-MYB基因的功能及逆境响应机制提供了参考。

枣R2R3-MYB亚家族基因鉴定及其在果实发育中的表达分析

【目的】MYB作为植物中最大的基因家族之一,在植物生长、果实发育等方面具有重要作用。本研究拟鉴定枣R2R3-MYB亚家族成员,并进行生物信息学和表达模式分析,为深入探究该类基因在枣生长发育尤其是果实发育中的功能提供参考。【方法】以拟南芥R2R3-MYB亚家族成员为探针,利用BLAST和HMMER方法,在枣全基因组数据库中筛选R2R3-MYB亚家族成员;利用植物转录因子、UniProt、Gcorn plant等数据库,采用MEGA-x、ExPASy、TBtools、PheatMap等软件进行生物信息学分析;利用转录组和实时荧光定量PCR技术分析该类基因的表达,对重点基因进行互作蛋白的预测及验证。【结果】在枣全基因组范围内,鉴定出118个R2R3-MYB亚家族成员,均具有典型的MYB超家族结构域,分为18个亚组,依次命名为ZjMYB1-ZjMYB118。理化性质分析表明,该家族基因编码的氨基酸数目介于200-400;95个成员定位到12条染色体上,其中4号染色体上分布最多;谱系分析表明该类基因进化过程中发生了直系和旁系同源事件。通过转录组和实时荧光定量PCR分析,发现一些R2R3-MYB基因参与枣果实的发育过程,并进一步筛选出了可能与果实膨大和色泽发育相关的候选基因ZjMYB59、ZjMYB104。并利用蛋白互作预测和酵母双杂试验证明ZjMYB104和ZjMPK3存在互作。【结论】鉴定出118个枣R2R3-MYB亚家族成员,结构高度保守,分布在12条染色体上,在进化中发生了直系和旁系同源事件,并筛选出了与果实发育密切相关的候选基因,为进一步的功能分析提供了线索和参考。

Kiwifruit(Actinidia chinensis)R1R2R3-MYB transcription factor AcMYB3R enhances drought and salinity tolerance in Arabidopsis thaliana

Kiwifruit is an important fruit crop that is highly sensitive to environmental stresses,such as drought,heat,cold,water logging and phytopathogens.Therefore it is indispensable to identify stress-responsive candidate genes in kiwifruit cultivars for the stress resistance improvement.Here we report the isolation and characterization of a novel kiwifruit R1R2R3-MYB homolog(AcMYB3R)whose expression was induced by drought,salinity and cold stress.In vitro assays showed that AcMYB3R is a nuclear protein with transcriptional activation activity by binding to the cis-element of the kiwifruit orthologue of G2/M phase-specific gene KNOLLE.The Arabidopsis transgenic plants overexpressing AcMYB3R showed drastically enhanced tolerance to drought and salt stress.The expressions of stress-responsive genes such as RD29A,RD29B,COR15A and RD22 were prominently up-regulated by ectopic expression of Ac MYB3R.Our study provides a valuable piece of information for functional genomics studies of kiwifruit and molecular breeding in improving stress tolerance for crop production.

黄花蒿R2R3-MYB转录因子全基因组鉴定及生物信息学分析

MYB家族转录因子广泛参与植物的各种生物过程,其中R2R3-MYB数量最多、功能最广泛,有研究表明黄花蒿R2R3-MYB转录因子能调控分泌性腺毛的发育及青蒿素的生物合成,但相关研究还较少。以黄花蒿基因组数据为基础,通过本地BLAST和HMMsearch的方法,获得黄花蒿R2R3-MYB转录因子序列132条,并对其保守结构域进行分析,同时构建了与拟南芥R2R3-MYB转录因子的系统进化树,结合BLAST2GO软件的注释结果进行功能预测;此外,本研究还通过转录组数据库分析了R2R3-MYB基因在不同组织的表达模式。综合以上生物信息学分析数据获得了可能参与青蒿素生物合成的R2R3-MYB转录因子基因,同时为参与关键生物过程的R2R3-MYB转录因子基因的筛选提供依据。

簸箕柳R2R3-MYB转录因子家族全基因组分析

为研究簸箕柳中R2R3-MYB转录因子家族成员的分类和进化,以及在抗重力刺激中可能具有的功能,本研究使用全基因组鉴定策略和其它生物信息学手段对簸箕柳相关家族成员进行详细的分析.结果表明,在簸箕柳中共鉴定出158个R2R3-MYB蛋白,这些成员进一步被分为23个亚组.基因结构和基序组成分析表明,在同一亚组中的基因通常具有相似的内含子-外显子结构和相似的基序组成,进一步支持了系统发育分析的结果.通过共线性分析了Ss MYB家族的进化,85对Ss MYB基因被预测来自串联或者片段复制事件,这在Ss MYB家族的扩展中起着重要作用.此外,本研究利用RNA-seq数据分析重力刺激下Ss MYB基因的表达情况,筛选出20个潜在的MYB抗重力刺激蛋白.

多用途基因捕获C3H/10T1/2细胞阳性克隆库的构建及鉴定

目的：以10T1／2细胞为间充质干细胞模型，构建用于间充质干细胞分化及恶性转化分子机制等研究的基因捕获阳性克隆库．方法：Dra I线性化逆转录病毒基因捕获载体ROSAFARY后，与pIRES2-EGFP用脂质体共转染phoenix细胞，LacZ染色证明转染成功后收集病毒上清感染10T1／2细胞．经潮霉素筛选获得阳性克隆，为排除假阳性克隆用LacZ部分片段PCR进行鉴定．结果：ROSAFARY脂质体转染phoenix细胞后48h，GFP指示的转染效率约为20％～30％，LacZ染色有大约10％的阳性率．150mg／L潮霉素筛选病毒感染的10T1／2细胞，挑取药物抗性克隆，PCR鉴定后获得43个阳性克隆，LacZ染色5个为捕获基因高表达细胞克隆．结论：基因捕获技术建立非胚胎干细胞的克隆是可行的，成功建立的基因捕获阳性克隆库为应用基因捕获技术揭示成体干细胞分化及恶性转化分子机制奠定了基础．

阳桃R2R3-MYB家族成员鉴定及其在木质素合成过程中的表达

MYB家族已被证实在植物生长发育、类黄酮合成、环境胁迫、木质素生物合成等多个生理方面发挥着重要的作用。为探究阳桃MYB家族在木质素生物合成过程中的作用,本研究基于全基因组数据,对阳桃(Averrhoa carambola L.)R2R3-MYB转录因子进行了全面的生物信息学分析,并采用RT-qPCR技术,对8个阳桃R2R3-MYB基因在阳桃小枝3个发肓时期(T1、T3、T6)、果和叶的表达情况进行了验证。结果显示,阳桃基因组中共包含57个1R-MYB、100个R2R3-MYB、4个3R-MYB,100个阳桃R2R3-MYB(AcMYBs)基因不均匀地分布在11条染色体上,被分为24个亚组,相同亚组的基因具有相似但不完全相同的基因结构和保守基序。片段重复和串联重复在阳桃MYB家族的扩张中发挥了重要的作用,且重复产生的基因都经历了纯化选择。同时,阳桃R2R3-MYB家族与拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh.)及毛果杨(Populus trichocarpa Torr.&A.Gray)都具有较强的共线性关系。RT-qPCR结果表明,除AcMYB05外,AcMYB41、AcMYB65、AcMYB84、AcMYB87、AcMYB92、AcMYB97和AcMYB100都在T3和T6时期呈现出较高的表达,在T1和果、叶中几乎不表达。本研究表明,7个AcMYBs的表达具有明显组织特异性,其可能参与了阳桃木质素生物合成,为进一步研究MYB家族对木质素生物合成的影响提供了重要的参考价值。

小兰屿蝴蝶兰R2R3-MYB转录因子分析

[目的]本研究为了探讨在植物发育和抗逆过程扮演着重要角色的MYB转录因子的潜在功能。[方法]利用拟南芥MYB转录因子家族蛋白序列(At MYBs)和已报道的蝴蝶兰R2R3-MYB转录因子家族蛋白序列(Pe MYBs),采用本地化软件BLASTP对小兰屿蝴蝶兰全基因组数据库进行搜索,并利用Pfam数据库验证MYB结构域,获得小兰屿蝴蝶兰MYB转录因子家族编码序列(Pe MYBs)125条,包含1R-MYB结构域的Pe MYBs蛋白序列27条,R2R3-MYB结构域96条,R1R2R3-MYB结构域2条。重点对96条R2R3-MYB结构Pe MYBs蛋白序列特点进行生物信息学分析。[结果]依据拟南芥的分类标准将小兰屿蝴蝶兰R2R3-MYB类转录因子划分为20个亚群,预测获得同源性较高的直系和旁系同源基因;各基因在四种器官(花、叶、根、茎)中的表达情况各异,39个Pe MYBs基因在4种器官中均表达,48个基因在不同器官中有特异性不表达现象,一些基因呈现器官特异性表达特点,推测其可能参与相应组织特定发育时期的调控。[结论]预测获得125条Pe MYBs蛋白序列,并对部分Pe MYB转录因子可能的调控功能进行了预测,将为细致研究蝴蝶兰MYB转录因子调控植物生长发育和逆境胁迫响应的分子机理提供一定的数据基础。