应用GeXP遗传分析系统检测病毒性脑炎患儿脑脊液中的人类鼻病毒

目的探讨儿童脑炎与鼻病毒的关系以及GeXP多重基因表达遗传分析系统在病毒性脑炎患儿脑脊液人类鼻病毒检测方面的应用价值。方法选择2012年1-12月因发热抽搐等症状就诊于汕头大学医学院第二附属医院儿科重症监护室的患儿脑脊液140份,应用GeXP遗传分析系统对脑脊液标本进行包括人类鼻病毒在内的常见呼吸道病毒筛查,巢式RT-聚合酶链反应（PCR）扩增鼻病毒阳性标本,并对扩增产物进行核酸序列测定和同源性比对。结果 GeXP遗传分析系统共检测出6份鼻病毒阳性标本,经巢式RT-PCR扩增、核酸序列测定和同源性比对,结果为鼻病毒C型4份,与GenBank数据库参考序列同源性为95.8%-98.3%。鼻病毒A型和B型各1份,与参考序列同源性分别为96.0%和99.0%。结论鼻病毒是引起儿童脑炎的病原之一,GeXP遗传分析系统为病毒性脑炎的病原学研究提供快速高通量的检测。

基于RAPD分析的中国野桑蚕和家蚕遗传多样性和系统发育关系研究

对具代表性的中国 11个地区的野桑蚕Bombyxmandarina进行了随机引物扩增多态性DNA (RAPD)分析 ,结果表明 :不同地区的野桑蚕的遗传距离较大 ,最大为 0 46 5 (安康 镇江 ) ,最小的也有 0 2 0 9(武汉 合肥 ) ;同一地区不同个体野桑蚕的遗传距离也较大 ,最大为 0 318,最小的为 0 144。它们均远大于家蚕B .mori品种内个体间的遗传距离 (最大为0 0 6 8、最小为 0 0 15 ) ,甚至超过了家蚕品种间的遗传距离 (最大为 0 2 5 8、最小为 0 197)。这表明中国野桑蚕是一个十分混杂的、遗传多样性非常丰富的群体。另外 ,在大多数情况下野桑蚕的遗传距离表现出与空间距离正相关。遗传距离和系统发育分析结果显示陕西一带的野桑蚕成分复杂 ,有重要的演化意义。

多基因遗传表达分析系统检测rhIL-24诱导人卵巢癌细胞凋亡相关基因的应用

目的:探讨重组人白细胞介素24(recombinant human interleukin-24,rhIL-24)诱导人卵巢癌SKOV3细胞株、SKOV3/ddp人卵巢癌耐顺铂细胞株的凋亡相关6个基因表达的变化。方法:体外培养人卵巢癌SKOV3细胞株、人卵巢癌耐顺铂SKOV3/ddp细胞株,用rhIL-24单独及其联合顺铂作用于两种不同的细胞株,提取RNA,经逆转录和聚合酶链反应,应用多基因遗传表达分析系统(GeXP)同时检测6个凋亡基因。结果:rhIL-24诱导上调人卵巢癌SKOV3细胞株Bax、Rb、P53基因,激活Caspase-3,下调Bcl-2、Birc5基因;rhIL-24诱导上调人卵巢癌耐顺铂SKOV3/ddp细胞株Bax、Rb基因,激活Caspase-3,下调Bcl-2基因;rhIL-24联合DDP组其上述基因表达变化更加显著。结论:rhIL-24诱导人卵巢癌细胞凋亡主要通过上调Bax、Rb、P53,激活Caspase3,下调Bcl-2,Birc5等凋亡相关基因。

基于遗传算法和数据包络分析法的水火电力系统发电多目标经济调度

为充分提高水电站发电效益及达到节能降耗目的,建立了以梯级水电站发电量最大和火电机组煤耗量最小的水火电力系统短期发电多目标经济调度模型,并利用遗传算法与数据包络分析(data envelopment analysis,DEA)法求解该模型,并通过惩罚因子法将各约束条件融合到目标函数中,通过设置不同权重系数获得10种调度方案。比较不同调度方案的目标值和DEA评估值,并依据决策者喜好选取最优决策方案。算例结果验证了该方法的有效性。

基于遗传算法的锅炉效率优化在电厂耗差分析系统中的应用

为解决电厂耗差分析系统中锅炉侧运行参数基准值的问题,结合神经网络和遗传算法技术,建立了锅炉效率优化模型,对飞灰合碳量进行在线预测,同时确定锅炉效率、排烟含氧量等参数的最优值,为通过调整运行参数提高锅炉效率提供了有效手段。基于此模型开发的耗差分析系统能有效改善运行人员的操作水平和全厂运行管理水平。

亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区(ITS)序列,结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据,构建Lentinula属内的系统发育树。结果将该属分成了两大支共7个谱系,西半球一支2个谱系,东半球一支5个谱系,聚类结果与形态种的划分明显相关。亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席,系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊,不可缺少。谱系Ⅴ的菌株数量明显扩大,覆盖范围的地理空白也得以填补,成为了亚洲香菇的主流谱系之一;谱系Ⅰ的菌株数量庞大,覆盖了绝大部分被研究区域,有进一步分化成两类的趋势。这表明中国(亚洲)是重要的香菇自然群体遗传多样性中心。将谱系Ⅰ分成Ⅰa和Ⅰb 两个亚类,与谱系Ⅴ一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析,发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富,是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域。

63株IBV分离株M基因的遗传变异与系统进化分析

对1993-2010年从中国不同地区分离的63株传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)野毒株,采用RT-PCR方法克隆测定所分离野毒株的M基因核苷酸序列,并与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究中国IBV的分子流行病学特点和分子遗传变异规律。结果显示,所测毒株M基因具有6种不同长度的开放阅读框,这些长度的差异是由于5′端的核苷酸插入或缺失造成的;N端含有1～2个N-糖基化位点,其中1个糖基化位点"Asn-Cys-Thr"(NCT)是高度保守的。63个IBV分离株间氨基酸序列相似性为88.9%～100%,分离株与参考株间相似性为87.2%～100%。系统进化分析结果显示,本研究的63个IBV分离株可分为9个基因型,2005-2010年IBV中国流行株大部分与Mass型疫苗株处于不同的基因型,而且氨基酸序列相似性都小于94%。

多位点序列分析揭示我国16SrI组植原体不同株系间遗传变异和系统发育关系（英文）

【目的】16SrI组植原体对我国作物和生态植物危害严重。目前植原体尚不能分离培养,对于我国植原体不同株系间遗传变异和种群结构尚不清晰,通过多位点序列分析(MLSA)揭示我国不同地区16SrI组不同植原体株系的遗传多样性及其地理分布特征,比较不同植原体株系间不同持家基因的变异程度,为我国不同植原体株系的检测、分类鉴定和系统发育研究提供一定的参考方法和依据。【方法】应用rp,tuf,secA,secY,ipt,dnaK,fusA,gyrB,pyrG和rpoB共10个持家基因序列,结合16S rDNA序列,以全基因序列已完成的洋葱黄化植原体(OY-M)、翠菊黄化丛枝植原体(AYWB)、澳大利亚葡萄黄化植原体(CPA)、草莓致死黄化植原体(SLY)和苹果簇生植原体(CPM)共5种植原体株系为参照,分析我国10个省(市)苦楝丛枝、莴苣黄化、桑萎缩、泡桐丛枝和长春花绿变植原体株系(共18株)的遗传变异规律和系统发育关系,通过多重序列比对分析不同基因片段的序列多态性和变异程度。【结果】我国18株苦楝丛枝、莴苣黄化、桑萎缩、泡桐丛枝和长春花绿变植原体株系的rp,tuf,secA,secY,ipt,dnaK,fusA,gyrB,pyrG和rpoB多位点序列共有15种序列类型,从而揭示16SrI组不同植原体株系间丰富的遗传多样性。基于rp等10个基因多位点序列分析可将16SrI-B、D亚组的不同植原体株系清晰地分开。10株苦楝丛枝植原体株系与2株桑萎缩植原体株系系统发育关系最近,多位点序列分析可将这2种基于16S rDNA序列难以区分的植原体株系清晰地区分。10株苦楝丛枝植原体株系分为4个进化枝,其多位点序列存在8种序列类型,这4个分枝与植原体株系的地理分布关系密切。与我国长春花绿变和泡桐丛枝植原体株系相比,福建三明2株莴苣黄化植原体株系与日本洋葱黄化植原体株系OY-M系统发育关系较近。在已检测分析的植原体不同基因序列片段中,dnaK基因序列片段的变异水平最高。【结论】多位点序列分析可做为一种对植原体鉴定、区分以及株系遗传多样性全面检测的有效、可靠方法。在以后的研究中该方法可广泛应用于深入探讨植原体不同组间或亚组间株系的遗传变异和系统发育关系。

沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育分析

利用16S rDNA RFLP、16S-23S rDNA RFLP和16S rDNA序列分析方法,对分离自宁夏和内蒙古阿拉善地区的沙冬青根瘤菌进行了遗传多样性和系统发育分析。结果表明,分离自不同地区沙冬青根瘤菌的44株测试菌株分别归属于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、叶杆菌属(Phylobacterium)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)5个属种。受寄主和地理环境因素的影响,沙冬青根瘤菌具有丰富的遗传多样性。

基于主成分分析法的遗传神经网络模型对电力系统的短期负荷预测

针对BP神经网络的两个主要缺点,网络训练速度慢,对初始权值阈值敏感,容易陷入局部极小点,本文利用多元统计分析的主成分分析方法(Principal components analysis,PCA),在不损失原始负荷数据主要信息的前提下提取负荷数据的主成分,有效地减少了预测模型的输入量.同时将遗传算法(GA)与BP神经网络结合,利用GA的全局搜索优化BP网络的结构参数,有效克服BP算法的局部收敛等问题.实验结果表明,该方法提高了预测精度,得到了较好的预测结果.

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异和系统进化分析

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株间变异广泛,而且这种变异能够筛选出强毒株。在结构蛋白中GP5的变异率最高,其变异能够导致病毒毒力的变化。为了确定PRRSV在我国的进化趋势和毒力增强的原因,对从2003年以来分离到14株PRRSV GP5蛋白的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行分析并构建了系统进化树。结果显示2006年以来从国内分离的毒株其糖基化位点发生了明显改变,并且在系统进化树上形成了新的分支,进化分析显示它们可能来源于1995年的中国分离株CH-1 a。

南京及周边地区螺原体菌株的系统发育及遗传多样性分析

利用系统发育分析和RAPD技术对我国南京及周边地区的20株昆虫和植物花螺原体的分类地位和遗传多样性进行分析。结果表明:大多数菌株与Spiroplasma melliferum聚类,位于以16S rDNA序列构建的螺原体系统发育树的Citri-Chry-sopicola-Mirum类群;菌株ZHUF0901和MF0905位于Apis群内,但二者又分为2个不同的分支。利用筛选的34条RAPD引物共检测出664个位点,其中多态性位点数644个,多态性比率为96.99%。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数达到0.6时,与Spiroplasma melliferum聚类的18株菌可根据螺原体宿主的不同分为明显的3个类群,菌株ZHUF0901与MF0905各为一类。同一时期不同宿主(植物花、蜜蜂以及其他昆虫)中的蜜蜂螺原体Spiroplasma melliferum亲缘关系很近,说明自然界中螺原体可通过水平传播方式进行传播。

SAGE遗传分析系统的功能及应用

SAGE是集多功能于一体的医学遗传学群体与家系资料计算机分析系统。本文概述SAGE系统的主要功能及应用环境。重点介绍了FCOR2和TDTEX两个功能模块的数学原理和使用方法。应用TDTEX模块 ,我们发现微卫星标记 85ca与小儿失神症存在连锁不平衡 。

接合转移诱动系统在遗传分析和体内基因操作中的应用

接合转移诱动系统在遗传分析和体内基因操作中的应用赵巍，张成刚，蔺继尚（中国科学院沈阳应用生态研究所，１１００１５）细菌间ＤＮＡ的转移主要有转化、转导、接合和原生质体融合等几种形式。接合是通过供体菌和受体菌完整细胞间的直接接触，而传递大段ＤＮＡ的方法，...

基于层次分析法与遗传算法的动车组系统划分方法研究

提出了一种基于模块化理论的系统划分方法,该方法考虑了动车组零部件的功能、使用等基本属性,通过层次分析法明确各零部件的相关关系,得到了综合关系矩阵,建立了系统聚类数学模型。通过种群遗传算法及MATLAB仿真计算,给出了适用于对动车组进行可靠性分析的系统划分结果,根据敏感度分析验证了该算法的可行性和有效性,可为后续动车组可靠性建模提供依据。

遗传算法在油液光谱分析诊断系统中的应用

油液光谱分析诊断系统(SADS)由人机交互、数据管理、知识库管理、推理机、自学习调整、远程故障诊断和系统输出等模块组成。将遗传算法用于SADS的机器自学习中,直接用初始模糊关系矩阵作为初始值,设计适应度函数和遗传算子,并对遗传算子进行改进。通过自调整知识库实现机器自学习。

系统性红斑狼疮多因子遗传的通径分析

本文应用ATRIBUTE软件对 2 15例先证者及其核心家系进行了通径分析 ,以探讨SLE可能的遗传模式。结果表明 ,与一般模型比较 ,H =0和 (H =0 ,C =0 )的假设被拒绝 ,提示SLE不符合单基因遗传 ,存在多基因遗传模式。本病可能是一多因子疾病 ,遗传度为 49.9%。

大豆7S变异系统含硫氨基酸的遗传分析

本文利用大豆籽粒贮藏蛋白质7S低下变异系统“LA”与省内品种丰交7607和通农9号的杂交后代中选育出的8个稳定的优良品系所组成的“7S变异系统”，进行了有关含硫氨基酸含量的遗传力、遗传相关、遗传进度以及相关遗传进度分析．结果表明：（1）脱氨酸、蛋氨酸、含硫氨基酸的遗传力、遗传进度比较低；（2）它们与一荚粒数和蛋白质含量的遗传相关系数比较大，而与株高和百粒重的遗传相关则较小；（3）就相关遗传进度而言，含硫氨基酸与一荚粒数的相关遗传进度较大，而与蛋白质、株高、百粒重的相关遗传进度较小．

全自动遗传分析系统的原理及其临床应用

全自动核酸测序分析系统具有遗传信息检测和分析功能,随其应用范围增加,开始进入临床。本文介绍了该仪器的工作原理、结构、功能、操作要点以及临床医学应用。

种猪遗传育种分析系统的设计

利用数据库技术和面向对象程序设计方法 (OOPM) ,结合对种猪遗传育种工程中的最优选配问题 ,设计出种公猪、种母猪及后裔数据库等 ,在此基础上计算遗传力、重复力以及育种值 ,建立了种猪遗传育种分析系统 。