核酸染料Gelred在两种凝胶检测系统中的应用研究

由于无毒的核酸染料Gelred价格比较昂贵,在不影响实验效果的情况下,探讨Gelred在聚丙烯酰胺凝胶电泳和琼脂糖凝胶电泳中的最小用量。笔者将10000×核酸染料Gelred稀释成1×、10×、20×、30×、40×、50×,将稀释后的核酸染料直接加入到甜菜PCR产物中,然后点样到聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶上,电泳后直接利用凝胶成像系统进行检测。另外一种方法是利用1×Gelred分别对聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶进行泡胶,用凝胶成像系统进行检测。结果表明:Gelred 30×及以上的稀释浓度均适合于聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶,而1×Gelred稀释液更适合于对聚丙烯酰胺凝胶进行泡胶。将稀释后的Gelred直接和PCR产物混合后,配合聚丙烯酰胺凝胶电泳,不仅减少了Gelred的使用量,而且减少了显影的时间。

核酸荧光染料在琼脂糖凝胶电泳中的染色特性

目的建立比溴化乙锭(EB)更为安全的核酸染色方法。方法对SYBR Gold,SYBR GreenⅠ,Gold-View和EB等4种核酸荧光染料在琼脂糖凝胶中的染色特性进行比较分析。结果SYBR Gold和SYBR GreenⅠ可改变核酸的电泳迁移率及相应的DNA大小判断,但二者是比EB更为完全和经济的核酸荧光染料;对于小片段DNA,SYBR Gold的灵敏度高于SYBR GreenⅠ。结论SYBR Gold和SYBR GreenⅠ是比EB更为完全和经济的核酸荧光染料,适合于分子生物学实验室的常规应用。

荧光染料探针与脱氧核糖核酸作用机理研究

核酸与各类物质的相互作用与探测核酸的结构与功能密切相关是揭示核酸的生物功能和一些药物的作用机制的重要途径。本文研究了染料ZR、甲酚红、苏木色精等与DNA的作用给出它们在不同结合数下的生成常数。此外还求取了它们的能量转移效率、给体受体之间的距离。

三种染色方式下四种核酸染料的灵敏度比较

目的探讨补镁对高脂高糖膳食诱导大鼠肥胖模型形成的影响及作用机制。使用染胶法、染样品法及后染法比较溴化乙锭(EB)与3种新型核酸染料GoldViewnaII、GoldView及DNA Green染色DNA的灵敏度。方法在琼脂糖凝胶电泳中,分别在3种染色方式下使用4种核酸染料对凝胶中的DNA进行染色,观察并分析电泳结果。结果核酸染料比较结果:GoldViewnaII的灵敏度最高,DNA Green的灵敏度与EB相当,GoldView的灵敏度略低于EB。染色方式比较结果:使用染胶法的灵敏度最高,后染法次之,染样品法最低。结论三种新型核酸染料完全可以替代EB,用于琼脂糖凝胶电泳DNA染色。使用新型核酸染料建议采用染胶法染色DNA。

核酸-某些碱性三苯甲烷染料体系的RRS及其分析应用

在Tris缓冲溶液中 ,核酸能与某些碱性三苯甲烷染料如乙基紫 (EthylViolet,EV)、结晶紫 (CrystalViolet,CV)和甲基紫 (MethylViolet,MV)结合而使共振瑞利散射 (RRS)急剧增强并产生新的RRS光谱 .以鲱鱼精DNA (HerringSpermDNA ,hsDNA)为例考察了其相应的光谱特征、影响因素和适宜的反应条件 ,体系均在hsDNA浓度为 0～ 2 0μg/mL时与散射强度呈直线关系 ,方法具有较高的灵敏度 ,其检出限 (3σ)分别为 4 7ng/mL(EV hsDNA体系 ) ,13 0ng/mL (CV hsDNA体系 )和 12 2ng/mL (MV hsDNA体系 ) .考察了某些共存物质的影响 ,并用于合成样品中核酸的测定 。

盐酸黄连素作为脱氧核糖核酸荧光染料染色效果的研究

考察了盐酸黄连素(berberine hydrochloride)的荧光强度与双链DNA的相关性;优选盐酸黄连素在琼脂糖凝胶电泳中的最佳条件;将其染色效果与溴化乙锭(EB)进行比较;并从相对迁移率角度研究盐酸黄连素对DNA凝胶电泳的影响。结果显示,双链DNA对盐酸黄连素有明显的荧光增强作用,荧光强度与dsDNA的浓度正相关;凝胶中10 mg/L的盐酸黄连素可分辨出10 ng的100 bp DNA条带,在完全相同的操作条件下,对于小片段dsDNA,其灵敏度略低于EB。因盐酸黄连素在碱性溶液中带正电荷,使DNA相对迁移率减小,但较染料EB的影响小。该研究为盐酸黄连素在日常分子生物学研究中的应用提供了理论依据。盐酸黄连素可以作为琼脂糖凝胶电泳中DNA的荧光染料,其荧光强度能够满足常规应用,可以替代强致癌性染料EB。

3种常见核酸染料的安全性和灵敏度研究

目的探讨Gold View、溴化乙锭(EB)、SYBR GreenⅠ3种实验室常用核酸染料的安全性与灵敏度,筛选出具有较高安全性和灵敏度的核酸染料。方法采用正常人胚肾细胞为研究对象,对比研究Gold View、EB、SYBR GreenⅠ对细胞增殖和细胞周期的影响;分别使用3种核酸染料对凝胶中的DNA进行染色,比较其灵敏度。结果 SYBR GreenⅠ对HEK-293细胞的周期与增殖影响最小,Gold View的影响最大。SYBR GreenⅠ和Gold View对DNA染色的灵敏度相当,略低于EB。结论 SYBR GreenⅠ具有较高安全性和较高的灵敏度。

基于分子信标及核酸染料SYBR Green Ⅰ定量检测土壤中的汞

利用分子信标、单链核酸（ss DNA）及核酸染料SYBR GreenⅠ,通过同步荧光分析法,建立了一种高灵敏、高选择性土壤汞（Hg2＋）的定量检测方法。在该体系中,分子信标的荧光基团设计为荧光胺（FAM）,分子信标的环设计为与ss DNA互补,但有4个T碱基错配的序列。在Hg2＋存在时,分子信标的环与ss DNA通过＂T-Hg2＋-T＂特异性结合形成双链DNA,分子信标的茎被打开,荧光基团与猝灭基团分开,荧光恢复;同时,核酸染料SYBR GreenⅠ与双链DNA作用,SYBR GreenⅠ的荧光信号显著增强。SYBR GreenⅠ与FAM的最大激发波长与最大发射波长都很接近,通过同步荧光分析法检测时,两种荧光染料的荧光峰重叠,荧光信号增强,可实现Hg2＋的高灵敏检测。体系的最优检测条件为：缓冲溶液的p H=8.0,孵育温度为50℃,孵育4 min,缓冲溶液中Na Cl的浓度为30 mmol/L,SYBR Green I工作液的体积为100 0L。在优化条件下,Hg2＋浓度在5×10 10~4.0×10 8mol/L时,SYBR GreenⅠ及FAM总的荧光强度（ΔI,为体系在存在和不存在Hg2＋时的荧光强度之差）与Hg2＋浓度（C）间有良好的线性关系,其拟合的回归方程为ΔI=1.3949C＋19.3596（R2=0.9976）,方法检出限（3σ）为3×10 10mol/L。本方法操作简单、快速、选择性好、灵敏度高、重复性好。

四种核酸染料对用LAMP方法检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的影响

本研究旨在建立一种基于颜色变化的北美洲型猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)RT-LAMP检测方法及结果判定方法,方便LAMP技术的现场检测应用。根据Gen Bank中美洲型PRRSV的保守序列设计一套LAMP引物,对反应进行优化后建立了PRRSV LAMP检测方法。对比Dye63、钙黄绿素(Calcein)、SYBR Green I和Picogreen 4种核酸染料对于LAMP反应的适用性。结果显示,只有Calcein、Dye63适于LAMP反应前加入,但对扩增效率均产生一定抑制,造成反应时间延迟:Calcein的延迟作用更强(约10min),Dye63延迟作用较小(约5min)。加入Dye63的LAMP反应灵敏度为2×101拷贝,而加入Calcein的灵敏度要低10倍。经多功能酶标仪对荧光强度的检测,含Dye63的反应阴阳性差异明显,可用于LAMP反应结果的判定。据此建立的基于新型核酸染料Dye63的PRRSV RT-LAMP检测方法操作简单、方便、直观,可大大减少环境污染造成的假阳性。Dye63有望成为继Calcein之后,可用于LAMP反应前加入,反应后闭管判定的一种新核酸染料,方便LAMP检测技术现场应用。

高效安全的核酸染料在琼脂糖凝胶电泳中的应用

核酸染料的高效安全性一直是高校生物类实验室关注重点。从染色效果、灵敏度、染色方式、安全性以及性价比等方面探讨了溴化乙锭(EB)和9种新型核酸染料在琼脂糖凝胶电泳中的应用。结果表明,采用胶染法0.2×GelRed可以检测到5 ng DL5000DNA Marker所有DNA片段,显示的DNA电泳条带平整、清晰易辨;GelRed具有高灵敏性、无毒性且性价比合理,可作为EB替代染料在琼脂糖凝胶电泳中推广应用。

核酸染料的应用研究进展

核酸染色是核酸研究的重要组成部分,溴化乙锭(EB)是核酸研究中常用的染料,因其自身存在的缺点,目前研究者正不断推出新的核酸染料,以期能找到可完全取代EB用于常规核酸染色的新型染料.本文对EB及近年新推出的一些新型核酸染料的特点进行了总结,并比较了它们的优缺点,为研究中选用何种染料进行核酸染色提供参考.

琼脂糖电泳中核酸染料Goldview最佳使用方案的建立

目的确定琼脂糖凝胶电泳中使用核酸染料Goldview的最佳浓度和方法,尽可能减少实验中Goldview用量,控制其对实验室环境的污染。方法配置含不同浓度Goldview的上样缓冲液,混合不同浓度DNA溶液的琼脂糖凝胶电泳,然后对比预染样品法、前染法及后染法的染色效果。结果实验结果显示上样缓冲液中含0.4%Goldview的预染样品法电泳检测核酸的效果最佳且能检测的核酸样品浓度在16.5ng或以上为最佳。结论核酸染料Goldview在核酸的琼脂糖凝胶电泳中使用的最佳方案为预染样品法,实验中推荐浓度达到普通实验要求,并且最易控制对周围环境的污染。

新型核酸染料SYBR-Green在检测基因扩增产物中的应用

目的 :将核酸 SYBR- Green染料应用于端粒酶活性检测和食物中毒致病菌的 PCR- SSCP分析。方法 :采用 TRAP法检测 A5 4 9肺腺癌细胞株、2 93细胞株、HL- 60白血病细胞株端粒酶活性。金黄色葡萄球菌、鼠伤寒沙门氏菌、大肠埃希氏菌、福氏志贺氏菌、腊样芽胞杆菌标准株增菌后 ,进行 PCR- SSCP分析。在上述两种检测方法中 ,扩增产物电泳后均采用 SYBR- Green染色。结果 :TRAP- SYBR- Green染色法检测 HL- 60白血病细胞株端粒酶活性的灵敏度可达 15个细胞左右。PCR- SSCP检测常见食物中毒致病菌的敏感性可达 10～ 15个鼠伤寒沙门氏菌细胞。结论 :SYBR- Green染色法用于端粒酶活性的检测和致病菌的 PCR- SSCP分析 ,具有快速、简便、灵敏度高。

四种核酸染料在琼脂糖凝胶电泳中的染色特性

为了建立比溴化乙锭(EB)更为安全有效的核酸染色方法。用后染方法对Gelview、SYBR Green I、UltrapowerTM和EB这4种核酸染料在琼脂糖凝胶中的染色特性进行比较分析。结果表明,Gelview和EB的灵敏度很高,SYBR Green I次之,UltrapowerTM最低。综合考虑,Gelview是替代EB的最好新型核酸染料。

4种核酸染料在实验教学中的应用研究

分别使用4种核酸染料对凝胶中质粒DNA进行染色,紫外凝胶成像仪下观察和记录结果,比较4种核酸染料对琼脂糖凝胶中DNA的染色效果,并对结果进行比较分析。结果表明,EB价格低廉,对含量为50ng以上的DNA着色效果最好,亮度较暗;而Gold view与EB相比染色效果无太大差别,但是亮度比EB稍亮;Sybrgreen在这4种核酸染料中亮度很明显,且对含量为10ng以上的DNA就有荧光呈现;Ultra power对含量为5ng以上的DNA染色效果明显,亮度最亮。由于EB有强致突变性,微毒,而后3种核酸染料基本无毒性,安全可靠,因此,本着经济、方便、可靠的原则,在实验室中用Gold view足以满足一般需要;经济允许且在做荧光定量PCR、即时PCR时,最好选用Sybr green。

一步法合成一例用于活细胞核酸标记的荧光染料

本文以4-N-甲基溴蒽吡啶酮为原料,经一步取代反应,获得了一例共轭结构可用于活细胞核酸标记的荧光染料H-1。通过对染料分子H-1的基本性质表征和活细胞内核酸的荧光标记测定,验证了其对核酸的标记性能。实验结果表明:染料分子H-1是一例性能优异的荧光染料;同时该染料分子具有较低的生物毒性、光稳定性及水油两亲性,可用于活细胞内核酸标记。

基于核酸杂交反应的荧光生物传感器的制备及在黄曲霉毒素B_1检测中的应用

采用核酸适配体作为特异性识别元件,SYBR Green I(SGI)荧光染料为信号输出单元,构建了黄曲霉毒素B_1(AFB_1)生物传感器,并对试验条件进行了优化。优化的试验条件如下:适配体互补链与适配体的物质的量比为1.5,SGI加入量为10μL,适配体双链与SGI的作用时间为2 min,适配体与AFB_1作用时间为14 min。结果表明,在AFB_1质量浓度为0.1~1 000μg·L^(-1)时,荧光强度变化量与其质量浓度对数呈线性关系,检出限(3S/N)为0.081μg·L^(-1)。对实际玉米样品进行加标回收试验,回收率为95.2%~105%,测定值的相对标准偏差(n=7)均小于6.0%。与其他适配体传感器进行比较,该方法所构建的荧光适配体传感器对AFB_1的检测具有操作简便、检测范围宽、灵敏度高、特异性强、成本低廉等优点,适合现场快速测定。

核酸荧光染料在单细胞凝胶电泳中的染色比较

目的探讨4种核酸染料(EB、SYBR GreenⅠ、Gold View和AO)在单细胞凝胶电泳(SCGE)中的染色特性,以分析用新型核酸荧光染料代替EB染料的可能性。方法分离提取健康人外周血淋巴细胞,分别用0、20、40、60、80μg/m L的H2O2进行处理,中性SCGE检测淋巴细胞DNA损伤情况;分别用EB、SYBR GreenⅠ、Gold View和AO进行染色,荧光显微镜下观察并比较染色结果。分析尾部DNA百分含量(%Tail DNA)以比较组间差异。结果 SCGE结果表明,SYBR GreenⅠ、Gold View和AO均能很好的反应实验结果,不同浓度中,1×~5×SYBR GreenⅠ、2×~5×Gold View、2~5μg/m L AO为最佳染色浓度范围。EB、SYBR GreenⅠ、Gold View和AO的回归系数分别为2.71、2.81、2.73、2.75,其染色效果较为一致,稳定性分析结果表明,3组细胞在48 h以内结果稳定,%Tail DNA差异无统计学意义(P均>0.05);SYBR GreenⅠ、Gold View和AO实验室内精密度分别为6.92%、7.10%、8.25%,优于EB染色(8.35%);SYBR GreenⅠ和Gold View重复性分别为3.07%、2.74%,优于EB染色(3.59%)。结论SYBR GreenⅠ、Gold View和AO均可用于本实验染色,Gold View是更适合用于SCGE中替代EB的核酸荧光染料。

基于核酸适配体调控噻菁染料聚集体构建铅离子检测方法

基于调控噻菁染料(Dye2)的超分子自组装性质及其与核酸适配体(T30695)特异性结合的能力,构建了Pb2+的特异性识别模块。结果表明,当体系中加入Pb2+时,T30695单链形成G-四链体,并将二聚体形式存在的噻菁染料诱导解聚为单体,引起422,445nm处紫外吸收峰变化,仅需通过UV-vis光谱仪便可实现对Pb2+的高选择性、高灵敏度识别。该体系在Pb2+浓度为0.25~10.00μmol/L时具有线性关系(R2=0.992 7),其检出限为0.115μmol/L。

GeneFinder^(TM)核酸染料对玉米花粉管通道导入路径的研究

花粉管通道法是一种借助于植物自身卵细胞或受精卵为转化对象的直接转化技术,是一种颇具特色的转基因技术。本试验将GeneFinderTM核酸染料加入外源DNA中,通过紫外成像仪对外源DNA导入后不同时期玉米花丝在亮度上的对比差异来观察外源DNA不同时间段所通过的路径变化,因而为研究外源DNA导入路径提供了一种新的试验方法。