猪细小病毒BJ2株的分离鉴定及全基因组序列分析

为了解国内猪细小病毒(PPV)的流行、毒株变异情况,采用PPV特异性PCR方法检测2020—2021年从江苏、河南和北京3个省市采集的组织样品,将PPV阳性病料接种猪睾丸细胞(ST)进行病毒分离,利用间接免疫荧光方法(IFA)、实时荧光定量PCR(qPCR)和电镜观察对分离株进行鉴定,并测定分离株全基因组核苷酸序列,之后应用MEGA 6.0和MegAlign软件对分离株进行遗传变异分析。结果表明,成功分离到1株PPV,命名为BJ2株;全基因组核苷酸一致性分析结果显示,BJ2株与皮炎型强毒株Kresse株、Challenge株核苷酸一致性为99.3%,与实验室2019年分离株HeN1202株核苷酸一致性为95.9%;VP2基因核苷酸一致性和遗传进化分析结果显示,BJ2株与德国27a株处于同一进化分支,其核苷酸一致性为99.3%,HeN1202株与弱毒株NADL-2株亲缘关系较近;BJ2株与德国27a株相比,VP2蛋白氨基酸序列存在2个位点差异。综上,PPV BJ2株与德国27a株亲缘关系较近。

转基因植物种植地土壤微生物区系生态变化及其外源基因的分子检测

对转基因植物种植地土壤中微生物种群数量的影响及外源基因是否转移到土壤微生物中的可能性进行检测,是转基因植物生态安全评价的重要组成部分。本研究从云南省农业科学院大棚采集了转基因西红柿及对照土壤样品12份,采用平板稀释法对该土样中的微生物进行分离鉴定,结果表明种植转基因西红柿的土样中微生物的数量和种类有一定的变化。设计35s启动子、反义基因、卡那霉素抗性标记基因等特异引物对上述土样的总DNA,以及菌株DNA进行PCR扩增,均未检测到外源基因扩增产物。

一种基于基因表达式程序设计的新算法

基因表达式程序设计是一种基于基因组和表现型组的新型遗传算法,该算法在运行时具有很高的运行效率,实验表明在求解很多问题时比遗传程序设计优越两个数量级以上。通过对基因表达式程序设计的变异算子进行分析,发现在个体变异过程中存在着大量的基因漂移现象,这些漂移的基因一方面造就了种群的多样性,但是另一方面也降低了算法的效率,阻碍了算法精度的提高。为此,构造了一种新的算子——漂移抑制算子,通过在基因表达式程序设计方法中加入此漂移抑制算子构造出一种新的算法—基因漂移抑制算法(Gene Drifting Suppression Algorithm Based on Gene Expression Programming,GDSA-GEP),该算法在保持种群多样性的同时,能有效地控制基因的过度漂移。实验结果表明,新算法能有效地提高问题的求解精度。

2003年广东省流感病毒的流行概况及特征

目的了解2003年广东省流感病毒的流行特点和抗原变异情况。方法根据广东地区流感监测资料进行分析;用交叉血凝抑制试验检测病毒的抗原性;用逆转录-聚合酶链反应扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,将序列和Genebank中相关序列进行比较,用MegAlign软件绘制种系发生树。结果全年分离到510株流感病毒,其中H3N2亚型流感481株,占92.4%;乙型流感29株,占7.6%。实验室证实流感爆发52起,其中50起暴发是由H3N2亚型流感病毒引起,2起暴发是由乙型流感病毒引起。H3N2亚型流感病毒抗原性和疫苗株A/Panama/2007/99(H3N2)有所不同。类似于A/Fujian/411/02(H3N2)。在HA1区氨基酸序列上,和疫苗株A/Panama/2007/99(H3N2)同源性为92.1%,存在有25个氨基酸差异。28株乙型流感病毒属于Victoria系,抗原性类似疫苗株B/HongKong/330/01,1株乙型病毒属于Yamagata系,抗原性不同于B/Sichuan/379/99。结论2003年广东省流感活动比2002年要强;同时流行着甲型(H3N2)和2个谱系的乙型流感病毒,H3N2亚型毒株是优势株,抗原性发生了漂移。

植物细胞培养生产重组蛋白

用植物细胞培养生产重组蛋白,集合了微生物发酵的快速性、动物细胞培养产物的多样性和完整植株培养系统的安全性,近年来引起了广泛的关注。虽然还未有用植物细胞培养来进行重组蛋白的商业生产,但是它的生产原则较规范,下游处理过程较简单,具有潜在商业生产的可行性。

不同初始基因频率下闭锁群体遗传漂变的模拟

在假定不发生基因突变、群体间无个体迁移的情况下,群体内实行随机留种,随机交配,世代不重叠,且每代参与繁殖的个体数相同。采用计算机模拟方法研究了不同初始基因频率、群体规模和公母比例下闭锁群体内单个双等位基因座位的遗传漂变。模拟试验共进行了50个世代,100次重复。结果表明:群体规模较大,公畜数较多以及初始基因频率处于中等水平时,基因频率在世代间发生随机波动的幅度较小,基因由于随机遗传漂变而发生丢失或固定的概率也较低。群体规模太小、公畜比例过低以及基因的初始频率过低或过高,均会增加基因丢失或固定的风险。

云南省2004年流感流行情况分析

目的了解2004年云南省流感流行情况及病毒的变异情况。方法定期采集流感样病人标本以及从暴发疫情中采集标本,利用MDCK细胞从标本中分离病毒,对分离病毒利用血清学方法进行抗原性分析;对病毒的HA1基因进行序列测定,用DNAstat软件进行基因种系发生树分析病毒的遗传变异情况。结果2004年云南省共分离到甲3亚型流感病毒50株,乙型流感病毒56株,没有分离到甲1亚型流感病毒。62%的甲3亚型流感病毒与A/福建/411/2002(H3N2)的血凝效价有4倍或以上差别;2004年4月份以后分离的甲3亚型流感病毒HA1区氨基酸序列上与A/福建/411/2002(H3N2)相比第145位K>N,159位Y>F,189位S>N,226位V>I发生氨基酸替换。5.8%的Yamagata系毒株与B/上海/361/2002血凝效价有4倍或以上的差别,HA1区氨基酸序列与B/上海/361/2002比较,第36、40、129、131、179、232、255位发生了氨基酸替换。10.8%的Victoria系毒株与B/浙江/2/2002有4倍或以上的差别。与B/浙江/2/2001比较第121,126,197位发生了替换。结论2004年云南省流行甲3亚型流感毒株和乙型流感毒株,并且它们的抗原性和基因特性发生了变异。

居群遗传学原理及其在珍稀濒危植物保护中的应用

居群遗传学在珍稀濒危植物保护研究中有着重要的应用价值。本文首先介绍了居群遗传学中的几个重要概念──有效居群大小、近交繁殖、遗传漂变和基因流，然后详细叙述了居群遗传学原理在珍稀濒危植物保护中的应用途径和前景。

种质资源世代更替中基因漂变的计算机模拟

用计算机产生的随机数来模仿随机抽样过程 ,对种质资源世代更替中基因漂变进行了模拟。程序Ⅰ模拟了不同起始基因频率和群体含量下基因漂变随世代的波动情况。程序Ⅱ模拟了基因保留概率随起始基因频率和群体含量不同而变化的情况 ,结果表明 ,基因保留概率与群体含量的关系随基因频率的不同呈现出不同的特征曲线。程序Ⅲ模拟不同起始基因频率在保留概率大于 0 .95时群体的含量情况。

汶上芦花鸡保种群体一对等位基因遗传漂变的计算机模拟

小群保种是我国家禽遗传资源保护的一种重要方式。在假定汶上芦花鸡保种群体不发生基因突变的情况下,群体内实行家系等量随机留种,采用计算机模拟方法研究一对等位基因(PRL基因)在群体内的实际频率和假设不同基因频率、不同群体规模保种群体内一对等位基因座位的遗传漂变。模拟试验共进行了800个世代。结果表明:汶上芦花鸡保种群体(群体实际有效含量为102)20世代后等位基因的丢失或固定率达5.34%。在假设群体中,群体规模越大,基因由于随机遗传漂变而发生丢失或固定的概率也越低。群体规模太小以及基因的初始频率过低或过高,均会增加基因丢失或固定的风险。

中华民族11群体HLA Ⅱ类基因遗传结构分析及流动轨迹探踪

目的：阐明ＨＬＡⅡ类基因在中华民族中的流动轨迹和规律，并探索某些ＨＬＡ等位基因的起源。方法：对中华民族１１群体和５个参考群体的ＨＬＡⅡ类７个多态座位的遗传结构进行聚类分析和频率分布的比较。结果和结论：初步揭示了自北向南流动的可能起源于白人或黑人的基因谱（如ＤＱＡｌ＊０５０１，ＤＱＢｌ＊０５０１等）和自南向北流动的可能起源于东南亚黄种人的基因谱（如ＤＱＡｌ＊０６０１，ＤＲＢｌ＊１２０２等）；提出存在一类可能起源于中华民族某个大陆群体的ＨＬＡ基因（分别如ＤＱＢｌ＊０３０３及ＤＲＢｌ＊０９０１，＊１５０１等）；并发现ＨＬＡ基因在中华民族各群体之间的融合深刻而普遍，但傣、布依等部分少数民族与外界仍有一定程度的隔离；结果也支持中华民族包含南北两大群体的观点。认为群体迁移、融合而产生的基因流动是ＨＬＡ基因频率变化的主要动力，但隔离导致的遗传漂变以及自然选择也有重要影响。

抗除草剂转基因作物的应用及其潜在的风险

抗除草剂转基因作物已在很多国家大规模种植,并且取得了显著的经济效益。综述了抗除草剂转基因作物的应用及其潜在的风险。

云南傣族、汉族HLA-G基因14bp插入/缺失多态性研究

14bp插入/缺失多态性是指存在于HLA-G基因第8外显子3′非翻译区(3′UTR)的一个插入/缺失多态,因其能影响HLA-GmRNA的稳定性,并进一步影响HLA-G蛋白的翻译而受到广泛关注。文章采用PCR和电泳技术对云南傣族和汉族两个人群进行了HLA-G基因14bp插入/缺失多态性的检测分析,结果显示傣族和汉族人群+14bp等位基因频率分别为31.97%和40.87%,+14bp/+14bp基因型频率分别为8.20%和17.31%,+14bp/-14bp基因型频率分别为47.54%和47.11%。与国内外已报道的其他人群的数据比较表明:云南汉族群体中HLA-G基因14bp插入/缺失的分布与其他群体相似;傣族则有自己独特的基因型和等位基因分布特点,推测其可能受到了遗传漂变的作用,但不排除自然选择作用的影响。

千万不可忽视良种黄牛的保种问题

阐述了良种牛保种的重要意义．基因的随机漂移、选择与杂交、近交是特定基因从群体中消失的主要原因，群体及其有效含量和系统选育的科学组织是保种的重要内容。最后介绍我国良种牛的保种方法及其存在的问题，并提出解决的办法。

基因弹性研究

以生物信息论的观点研究了基因弹性,定义了基因弹性等概念,提出了基因弹性系数表达与测定方法,并用水稻穗部性状受播期影响而获得的试验结果进行了演示.

不同代次S191株麻疹病毒HA基因的序列分析

目的 考察麻疹S191疫苗株在长期传代过程中HA基因的变化 ,以确定用于生产的最佳代次。方法 对麻疹S191疫苗株鸡胚细胞系 (CEC) 2 0、30代病毒株及S191株羊膜系病毒株 (强毒 )HAM42的血凝蛋白 (HA)基因进行RT—PCR ,克隆到PUC质粒后进行测序。结果 2 0代和 30代疫苗的HA基因的 185 4个碱基序列中未出现核苷酸的变化 ,但二者与HAM42株相比有两个核苷酸的变化 ,分别在 15 17和 1799位 ,并导致 5 0 6位的Gly变为Asp ,6 0 0位的氨基酸由Glu变为Val。结论 麻疹病毒的减毒株与强毒株存在差异。而麻疹减毒株在鸡胚细胞的长期传代中 ,HA基因未出现明显变化 ,没有出现抗原漂移 ,30代毒株与 2

随机漂变对群体遗传基础的影响研究

通过电子计算机的模拟实验,研究随机飘变对群体遗传基础的影响,结果表明,各世代亚群平均基因频率与原始群体的基因频率基本保持一致;原始群体基因频率与0.5离差越大,亚群平均杂合子频率下降的速度及基因频率方差增加的速率越慢,而亚群达到纯合固定的速率则越快。

百菌清降解菌的分离鉴定及功能基因分析

百菌清是一种广谱非内源性农药,在土壤中难以降解,已经成为农业环境污染的主要污染源之一。因此,其对环境的污染和被污染土壤的修复技术越来越受到关注。土壤环境中原位降解细菌的多样性对于评价环境毒理学、生物降解性、自净化能力和污染物的修复潜力具有重要价值。该研究从长期被百菌清污染的土壤中收集大量样本,分离到了14种能够明显降解百菌清的细菌。根据菌株形态和rDNA同源性分析,将它们分为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、无色杆菌属(Achromobacter sp.)、苍白杆菌属(Ochrobactrum sp.)、青枯菌属(Ralstonia sp.)和溶杆菌属(Lysobacter sp.)。其中溶杆菌属是该研究中新发现的具有百菌清降解能力的功能菌属,该发现扩大了已知的百菌清降解菌的菌属范围。通过进一步鉴定及生理生化分析,确定了该降解菌的分类地位及理化特征。此外,该研究通过基因文库法克隆到了发挥关键降解作用的水解酶基因,并发现该基因与转座子原件IS-Olup相连,二者组成代谢转座子,具有水平转移的分子基础。通过揭示降解基因在细菌间的漂移机制,初步明确了降解菌的功能基因及其分布规律。

转appA-MxA基因猪PCR检测灵敏度及环境安全评价研究

本试验旨在研究转appA-MxA基因猪中PCR检测外源基因的灵敏度及其通过粪便漂移到外界环境中的可能性。根据转基因猪目的基因植酸酶(appA)和抗粘液病毒(MxA)引物对不同浓度梯度的pcDNA-appA-MxA质粒进行PCR检测,评价常规PCR检测目的基因的能力;对适宜浓度的粪便DNA进行PCR检测来评价转appAMxA基因猪外源基因是否经粪便漂移到环境中。PCR扩增结果表明,在10μL PCR体系中对CMV-appA和CMV-MxA基因检测的最低浓度分别为2.4×104和2.4×103拷贝·μL-1。克服粪便PCR抑制反应量的适宜转基因猪粪便DNA检测结果表明,其粪便DNA中不含任何外源基因。本试验结果表明,转appA-MxA基因猪体内的外源基因通过粪便漂移到外界环境中的概率极小,从一定程度上证明了转基因猪不存在环境安全问题。

转基因猪中抗生素标记基因neo漂移风险评估

本试验旨在研究转基因猪中抗生素标记基因neo漂移的可能性。利用Southern blotting鉴定F1代仔猪的显隐性,结果发现6头仔猪中有3头为转基因仔猪,3头为阴性仔猪。通过PCR技术对试验仔猪血液和消化道组织中neo基因进行检测,结果发现neo基因没有在血液水平和消化道组织中发生漂移。通过PCR技术对试验仔猪肠道细菌中neo基因进行检测,在肠道细菌基因组中没有检测到neo基因的存在。检测结果表明,仔猪血液、肠道细菌和消化道组织等都没有发生neo基因的漂移。