Objective:The differential genes of left ventricle in middle cerebral artery occlusion model(MCAO)mice and Sham mice(Sham)mice at 24h and 72h after ischemia were compared respectively,and the differential genes and th...Objective:The differential genes of left ventricle in middle cerebral artery occlusion model(MCAO)mice and Sham mice(Sham)mice at 24h and 72h after ischemia were compared respectively,and the differential genes and their regulated functional pathways were analyzed at different time points after ischemic stroke,so as to analyze the mechanism of inducing cardiac dysfunction after ischemic stroke and provide evidence for its treatment.Methods:Gene-chip data from the left ventricle of MCAO mice and Sham mice were downloaded from the GEO database at the National Center for Biotechnology Information(NCBI).The differentially expressed genes were obtained by R language software programming.The GO functional enrichment and KEGG pathway enrichment analysis of the obtained differential genes were performed using DAVID 6.8 online analysis tool,and the Omicshare online analysis tool was used to visualize the enrichment analysis results.Results:At 24h after ischemia,187 differentially expressed genes were obtained,including 56 GO enrichment pathways and 5 KEGG enrichment pathways with significant significance.After 72h after ischemia,51 differentially expressed genes were obtained,14 GO enrichment pathways and 3 KEGG enrichment pathways with significant significance.The two time points involved Aplnr and Itgb6 gene targets and PI3K-Akt signaling pathway.Conclusion:①By analyzing the gene expression profile data,the differentially expressed genes and related pathways of cardiac dysfunction induced by ischemic stroke were obtained.②PI3K-AKT signaling pathway is closely related to the regulation of cardiac function,and regulation of PI3K-AKT signaling pathway may be an important direction for the treatment of cardiac dysfunction after ischemic stroke.展开更多
目的基于GEO数据库筛选接受干扰素α(IFN-α)治疗的慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者中应答者(Rs)和无应答者(NRs)之间差异表达的免疫基因,以探索IFN-α治疗CHB失败的分子基础。方法从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE27555,包含6例Rs和7例...目的基于GEO数据库筛选接受干扰素α(IFN-α)治疗的慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者中应答者(Rs)和无应答者(NRs)之间差异表达的免疫基因,以探索IFN-α治疗CHB失败的分子基础。方法从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE27555,包含6例Rs和7例NRs。使用R软件筛选Rs和NRs肝脏组织的差异表达基因,再从免疫相关基因数据库ImmPort下载包含1793个基因在内的标志性免疫基因集,提取差异表达基因中的免疫基因,获取差异免疫基因。再对差异免疫基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。通过STRING在线分析工具构建差异免疫基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba插件对差异免疫基因按Degree、MCC、MNC、Closeness算法计算评分位于前10的基因,再取交集,得到枢纽基因(Hub基因)。结果从Rs与NRs间共筛选出差异免疫基因88个,其中上调基因13个,下调基因75个。GO分析发现,这些差异免疫基因主要涉及的生物过程包括T细胞活化、细胞趋化性、细胞-细胞粘附的调节、抗原加工和提呈等方面。KEGG分析显示,这些差异免疫基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、Th细胞分化、抗原加工和提呈、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、IL-17信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Toll样受体信号通路等免疫应答信号通路中。在PPI网络中通过不同算法筛选出的7个共同的Hub基因分别为CD8A、I FNG、CCL2、CCL5、CXCL10、CCL4、FCGR3A。结论利用生物信息学方法分析了Rs与NRs之间的差异免疫基因及信号通路,并确定了7个与IFN-α治疗CHB无应答相关的Hub基因。这些Hub基因可能成为预测IFN-α治疗CHB应答情况的潜在生物标志物。展开更多
目的·利用生物信息学分析方法筛选狼疮性肾炎相关差异表达基因及相关信号通路。方法·从GEO公共数据库中下载GSE32591数据集矩阵数据,应用R软件limma包进行标准化以及筛选差异表达基因,应用ggpubr和pheatmap包对差异基因绘制...目的·利用生物信息学分析方法筛选狼疮性肾炎相关差异表达基因及相关信号通路。方法·从GEO公共数据库中下载GSE32591数据集矩阵数据,应用R软件limma包进行标准化以及筛选差异表达基因,应用ggpubr和pheatmap包对差异基因绘制火山图及热图。应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析,使用R语言ggplot包绘制柱状图及气泡图。运用STRING和Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,应用MCODE及cytohubba插件筛选出参与狼疮性肾炎的最显著模块及枢纽基因。采用GSE99339数据集验证枢纽基因的差异表达。结果·通过limma包分析GSE32591数据集,获得了367个差异表达基因,包括253个上调基因及114个下调基因。GO分析和KEGG通路富集分析表明,差异表达基因在病毒防御反应、质膜外侧、甲型流感、结核病、EB病毒感染、补体途径等方面显著富集。应用STRING和Cytoscape构建了差异表达基因的蛋白互作网络,并鉴定出与狼疮性肾炎相关的10个枢纽基因,在验证数据集GSE99339中有显著的差异表达。结论·获得的367个差异表达基因和10个枢纽基因可能是狼疮性肾炎潜在的生物标志物。展开更多
目的鉴定胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)甲基化与表达谱综合生物标志物,预测CCA患者预后。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载33例CCA样本和8例正常样本基因组甲基化数据及临床信息表达谱数据,同时从基因表达综...目的鉴定胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)甲基化与表达谱综合生物标志物,预测CCA患者预后。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载33例CCA样本和8例正常样本基因组甲基化数据及临床信息表达谱数据,同时从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载甲基化数据进行验证。鉴定差异甲基化基因(DMGs)与差异表达基因(DEGs)的交集基因,采用Cox比例风险回归模型鉴定甲基化生物标志物,并使用ROC曲线来评估该模型的性能。在验证组中对该模型进行验证,通过GO功能注释,探讨DNA甲基化标志物的生物学功能。结果通过对TCGA甲基化数据分析,共鉴定出600个差异甲基化基因和6876个差异表达基因,并从中筛选出与生存相关的2个甲基化基因(SOX9和FZD10),最终将SOX9和FZD10组合基因构建预后预测模型,作为CCA预后的生物标志物。ROC曲线下面积(AUC)为0.90。SOX9和FZD10组合生物标志物能够将CCA患者区分为高风险组和低风险组,低风险组患者总生存期明显高于高风险组(2.07年vs 0.92年)。多因素Cox回归分析表明,SOX9和FZD10组合生物标志物是CCA患者预后的独立预测因子。基因本体(GO)功能分析表明,SOX9和FZD10参与转录因子、转录调控、肿瘤蛋白多糖调节和干细胞的调控。结论本研究经过多组学分析,在TCGA数据中筛选出SOX9和FZD10基因组合的甲基化预后标志物,可以将CCA患者分为高风险组与低风险组,并且该组合基因是CCA独立的预后预测因子。展开更多
基金University-level Scientific Research Project of Ningxia Medical University:Startup Project of Ningxia Medical University for Special Talents(No.XT2017034)。
文摘Objective:The differential genes of left ventricle in middle cerebral artery occlusion model(MCAO)mice and Sham mice(Sham)mice at 24h and 72h after ischemia were compared respectively,and the differential genes and their regulated functional pathways were analyzed at different time points after ischemic stroke,so as to analyze the mechanism of inducing cardiac dysfunction after ischemic stroke and provide evidence for its treatment.Methods:Gene-chip data from the left ventricle of MCAO mice and Sham mice were downloaded from the GEO database at the National Center for Biotechnology Information(NCBI).The differentially expressed genes were obtained by R language software programming.The GO functional enrichment and KEGG pathway enrichment analysis of the obtained differential genes were performed using DAVID 6.8 online analysis tool,and the Omicshare online analysis tool was used to visualize the enrichment analysis results.Results:At 24h after ischemia,187 differentially expressed genes were obtained,including 56 GO enrichment pathways and 5 KEGG enrichment pathways with significant significance.After 72h after ischemia,51 differentially expressed genes were obtained,14 GO enrichment pathways and 3 KEGG enrichment pathways with significant significance.The two time points involved Aplnr and Itgb6 gene targets and PI3K-Akt signaling pathway.Conclusion:①By analyzing the gene expression profile data,the differentially expressed genes and related pathways of cardiac dysfunction induced by ischemic stroke were obtained.②PI3K-AKT signaling pathway is closely related to the regulation of cardiac function,and regulation of PI3K-AKT signaling pathway may be an important direction for the treatment of cardiac dysfunction after ischemic stroke.
文摘目的基于GEO数据库筛选接受干扰素α(IFN-α)治疗的慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者中应答者(Rs)和无应答者(NRs)之间差异表达的免疫基因,以探索IFN-α治疗CHB失败的分子基础。方法从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE27555,包含6例Rs和7例NRs。使用R软件筛选Rs和NRs肝脏组织的差异表达基因,再从免疫相关基因数据库ImmPort下载包含1793个基因在内的标志性免疫基因集,提取差异表达基因中的免疫基因,获取差异免疫基因。再对差异免疫基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。通过STRING在线分析工具构建差异免疫基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba插件对差异免疫基因按Degree、MCC、MNC、Closeness算法计算评分位于前10的基因,再取交集,得到枢纽基因(Hub基因)。结果从Rs与NRs间共筛选出差异免疫基因88个,其中上调基因13个,下调基因75个。GO分析发现,这些差异免疫基因主要涉及的生物过程包括T细胞活化、细胞趋化性、细胞-细胞粘附的调节、抗原加工和提呈等方面。KEGG分析显示,这些差异免疫基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、Th细胞分化、抗原加工和提呈、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、IL-17信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Toll样受体信号通路等免疫应答信号通路中。在PPI网络中通过不同算法筛选出的7个共同的Hub基因分别为CD8A、I FNG、CCL2、CCL5、CXCL10、CCL4、FCGR3A。结论利用生物信息学方法分析了Rs与NRs之间的差异免疫基因及信号通路,并确定了7个与IFN-α治疗CHB无应答相关的Hub基因。这些Hub基因可能成为预测IFN-α治疗CHB应答情况的潜在生物标志物。
文摘目的·利用生物信息学分析方法筛选狼疮性肾炎相关差异表达基因及相关信号通路。方法·从GEO公共数据库中下载GSE32591数据集矩阵数据,应用R软件limma包进行标准化以及筛选差异表达基因,应用ggpubr和pheatmap包对差异基因绘制火山图及热图。应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析,使用R语言ggplot包绘制柱状图及气泡图。运用STRING和Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,应用MCODE及cytohubba插件筛选出参与狼疮性肾炎的最显著模块及枢纽基因。采用GSE99339数据集验证枢纽基因的差异表达。结果·通过limma包分析GSE32591数据集,获得了367个差异表达基因,包括253个上调基因及114个下调基因。GO分析和KEGG通路富集分析表明,差异表达基因在病毒防御反应、质膜外侧、甲型流感、结核病、EB病毒感染、补体途径等方面显著富集。应用STRING和Cytoscape构建了差异表达基因的蛋白互作网络,并鉴定出与狼疮性肾炎相关的10个枢纽基因,在验证数据集GSE99339中有显著的差异表达。结论·获得的367个差异表达基因和10个枢纽基因可能是狼疮性肾炎潜在的生物标志物。