白细胞介素1B基因连锁不平衡与原发性冻结肩的易感性

背景:国内外大量文献证实白细胞介素1β的升高与原发性冻结肩相关,白细胞介素1B(IL-1B)基因多态性能够影响白细胞介素1β相关基因的转录及蛋白表达,使得体内细胞因子水平发生改变,从而改变原发性冻结肩的发生率。拟通过对白细胞介素1B基因多态性与原发性冻结肩易感性的研究,从分子生物学角度为原发性冻结肩的发病机制探索新的突破口,寻找原发性冻结肩的易感基因。目的:探索白细胞介素1B基因中3个基因位点连锁不平衡与原发性冻结肩易感性的关联性。方法:采用病例对照研究,将研究对象分为2组,一组为184例原发性冻结肩患者,另一组为260名健康对照人群。通过聚合酶链反应和限制性片段长度多态性方法检测两组白细胞介素1B基因位点-511C/T(rs16944)、+3954C/T(rs1143634)和-31C/T(rs1143627)的基因型,并比较分析这3个位点连锁不平衡概率以及形成单倍体与原发性冻结肩患病风险率之间的相关性。结果与结论:经非条件Logistic回归分析发现,在原发性冻结肩中rs1143634位点和rs1143627位点CT基因型比例明显增加且差异有显著性意义;连锁不平衡分析显示对照组中rs16944、rs1143634、rs1143627位点趋于平衡(D’值<0.1),而原发性冻结肩组中rs1143627与rs1143634位点之间存在一定程度上的连锁不平衡(D’值=0.595);单倍体型TTT相较于CCT型可使得原发性冻结肩风险增加6.66倍(TTT,OR=6.66,95%CI=1.59-27.88,P=0.0097)。结果表明,在原发性冻结肩患者中白细胞介素1B基因rs1143627与rs1143634位点之间存在一定程度上的连锁不平衡;由3个基因位点形成的单倍体型TTT可能会增加罹患原发性冻结肩的风险。

Amplified fragment length polymorphism analysis on D5S436 locus and its application to linkage analysis in gene diagnosis of asthma

Objectives To detect the polymorphism of D5S436 locus, and to carry out an amplified fragment length polymorphism (Amp FLP) genotyping linkage analysis in asthma families.Methods Allele and genotype frequencies of the high polymorphic D5S436 locus were determined in 92 unrelated Chinese individuals by using polymerase chain reaction (PCR). The amplified fragments were separated by denaturing polyacrylamide gel electrophoresis and silver staining techniques. Results Eight alleles and 22 genotypes were observed in this population. The heterozygosity was 78.26%. The polymorphism information content (PIC) was 0.76. Amp FLP genotyping linkage analyses were carried out in four asthma families, demonstrating that the locus was inherited according to Mendel's law and had a clear result.Conclusion The PIC of D5S436 is high in Chinese individuals, so it could be used as a genetic marker of asthma in Chinese and might be useful in the gene diagnosis of asthma.

全基因组扫描寻找强直性脊柱炎的易感基因位点

为了寻找中国人群强直性脊柱炎 (ankylosingspondylitis ,AS)的易感基因位点 ,采用全基因组扫描法对 9个强直性脊柱炎家系进行基因分型、参数连锁分析和非参数连锁分析。在参数连锁分析中 ,D6S2 76位点的最大LOD值为 3 882 1(θ =0 0 ) ,精细分析显示距D6S2 76位点附近的D6S1691和D6S1618的LOD值分别为 1 5717(θ =0 1)及2 0 0 56(θ =0 1)。在非参数连锁分析中 ,位于D6S2 76附近的LOD值高达 5 0 62 3 ,非参数连锁分析的NPL值为3 7561,最小P值为 0 0 0 0 2 3 3。上述结果提示 ,D6S2 76与强直性脊柱炎之间存在较强的连锁关系 ,D6S1691 D6S2 76 D6S1618区域可能存在强直性脊柱炎的易感基因位点。此外 ,D3S12 92、D4S153 5和D18S64的最大LOD值分别为1 2 768(θ =0 2 )、1 12 46(θ =0 2 )和 1 1851(θ =0 1) 。

利用营养缺陷诱变对金顶侧耳进行基因连锁分析研究

利用金顶侧耳的营养缺陷型菌株配制杂交菌株,通过营养缺陷型标记对其后代进行连锁分析,确定不亲和性因子和营养缺陷标记所在的连锁群及其排列顺序。截止目前的试验数据表明,金顶侧耳至少由6条染色体(连锁群)组成。其中A因子存在的第1连锁群上分布着ade2、pab1、ade5、met2、met7营养缺陷型基因位点;B(Bα、Bβ)因子存在的第2连锁群上分布着cho1、ade1营养缺陷型基因位点;第3连锁群上分布着met9、arg1、his1、ade7、his3、met1营养缺陷型基因位点;第4连锁群分布着nic1、nic2、ade4、pdx2营养缺陷型基因位点;第5连锁群分布着pan1、ino1营养缺陷型基因位点;第6连锁群分布着ile1营养缺陷型基因位点。金顶侧耳与其他担子菌的遗传图谱相同,第1连锁群A因子附近均分布着Ade及Pab营养缺陷型基因位点。

双列杂交设计的主-微位点组遗传分析方法研究

数量性状遗传研究通常以双亲本杂交后代为对象,而作物育种中常涉及多个具有优良性状的亲本作为有利基因的供体,因此有必要研究多个材料间的遗传关系,以便从中选择最佳亲本组合,这对杂种品种选育尤其重要。本研究在以往位点组分析方法的基础上,将其扩展为主基因+多基因遗传模型框架下双列杂交设计的主-微位点组遗传分析方法,将微位点组从原来的剩余部分中分离出来。该方法针对双列杂交设计的主位点组和微位点组及其与环境互作的统计遗传模型提出了主位点组检测与效应估计和微位点组效应估计的逐步选入回归法;因模拟实验发现逐步选入回归法的F测验有偏,提出了F测验的调整方法。利用模拟方法评估了遗传率、主位点组个数、增效基因型频率、主位点组间相似性和微基因效应等因素与方法功效的关系。然后通过模拟实验数据和油菜实际试验数据的分析验证了所提方法的应用效果。本研究建立的双列杂交设计的主-微位点组遗传分析方法为杂种品种的亲本选配提供了方法和理论依据。

中国汉族瘢痕疙瘩家系易感基因位点的定位分析研究

目的定位中国汉族瘢痕疙瘩家系的易感基因位点。方法采集2个4代发病的中国汉族瘢痕疙瘩大家系51例成员的外周静脉血样,提取基因组DNA;假定Fas基因为该家系致病基因的候选基因位点,选取位于10q23.31上Fas基因周围共约10Mbp范围内与细胞凋亡障碍有关的已知基因相邻的微卫星标记D10S1687、D10S1765、D10S1735和D10S1562,对这些微卫星位点进行PCR扩增,产物片断基因分型,再进行连锁分析。结果在重组率θ=0～0.5时,这些微卫星标记的两点LOD值绝大部分都小于1,排除连锁关系存在。结论研究发现中国汉族瘢痕疙瘩家系易感基因位点不在染色体10q23.31区域。

植物非整倍体及其在遗传研究上的应用

植物单体、三体、缺失体等非整倍体是遗传研究和染色体工程育种的重要基础材料 ,在基因及分子标记的物理定位、确定连锁群与染色体的对应关系上具有不可替代的作用。随着分子标记技术的不断进步 ,创建和研究新的系列非整倍体工具材料对促进基因及分子标记的染色体定位 。

瘢痕疙瘩家系17号染色体易感基因位点的定位分析

目的定位中国汉族瘢痕疙瘩家系的易感基因位点。方法采集2个4代发病的中国汉族瘢痕疙瘩家系51名成员的外用静脉血样，提取基因组DNA；假定p53基因为该瘢痕疙瘩家系易感基因住点，选取位于17号染色体区域的10个微卫星标记位点D17S849，D17S938，D17S1852，D17S799，D17S921，D17S1857，D17S1868，D17S787，D17S949，D17S784，对这些微卫星位点进行PCR扩增，产物片断基因分型，再进行连锁分析。结果在重组率0=0～0．5时，这些微卫星标记的两点LOD值绝大部分都小于1，可以排除连锁关系存在。结论研究发现中国汉族瘢痕疙瘩家系易感基因位点不在17号染色体区域。

家蚕27、28号染色体基因的生物信息学分析

利用家蚕基因组精细图分析第27、28号染色体上的基因结构及其编码蛋白的功能结构域,可为在家蚕资源库中鉴定这两条染色体上的突变基因以及发现新的形态标记提供重要线索。基因预测及结构分析显示:家蚕第27和28号染色体是基因数目最少的两条染色体,预测基因数目分别是241个和288个,平均每个基因分别具有7.7和5.3个外显子;蛋白质全长编码区序列(CDS)长度主要分布于400-800 bp之间;CDS的GC含量分别是49.72%和46.54%。蛋白质功能结构域分析发现,家蚕第27、28号染色体上基因所编码的蛋白分别具有76和92种结构域,其中最多的3种结构域分别为Sugar_tr、MFS_1、zf-C2H2和UDPGT、DUF、Serpin。将家蚕第27、28号染色体上的预测基因与果蝇突变基因进行同源检索的结果显示,家蚕第27、28号染色体上分别有16和15个基因具有明显的可能突变表型。

家蚕近等基因系育成研究

选用家蚕分子生物学研究常用品种“大造”为轮回亲本 ,以家蚕实验遗传图上各连锁群重要的形态性状标志基因系统为供体 ,培育家蚕近等基因系。通过 1995年春至 2 0 0 0年秋连续 6年的培育研究 ,在我国首次大批育成了包含家蚕全部连锁群各 1个标志基因的近等基因系计 2 8个。其中 2 2个与轮回亲本交配次数在 10次以上 ,分别为 10～ 17次不等 ;余 6个 (均为隐性基因者 )与轮回亲本交配次数达 7～ 9次不等。利用育成的近等基因系进行RAPD分析及克隆鉴定 ,目前已得到

家蚕突变基因分析和基因资源库的建立及应用研究

通过家蚕品种资源的基因调查，对８０多个突变基因进行了基因分析；确立了家蚕２８个连锁群的标志基因或代表基因；建立了较完整的家蚕基因资源库；修改了家蚕第１８连锁群图，并获得国际学术界公认和采纳。利用形态性状标记抗浓核病基因，研究出一种利用形态标记进行抗浓核病品种选育的新方法；利用突变基因，选育出几个有特殊用途的育种素材及基础材料。

偏分离群体连锁图矫正和QTL定位软件包DistortedMap的研制

为使偏分离群体连锁图矫正方法能被广泛应用,在Microsoft Visual Studio 2010操作平台下,利用C++语言研制了Windows界面友好的DistortedMap软件包。结果显示:DistortedMap软件包具有遗传群体模拟、偏分离群体连锁图矫正和数量性状基因座定位的功能。使用该软件包可获得偏分离标记间遗传距离的无偏估计值并消除标记偏分离对QTL定位的影响。

吉林骨髓库汉族造血干细胞捐献者HLA-A、B、DRB1基因分布和单体型分析

目的了解中国造血干细胞捐献者资料库吉林分库HLA基因及单体型分布特征。方法采用PCR-SSP、PCR-SSO和PCR-SBT法对吉林分库内10 120份吉林籍汉族捐献者HLA-A、B、DRB1基因低分辨分型,用Excel软件计算HLA基因频率、单倍型频率及其连锁不平衡参数。结果吉林分库内汉族捐献者的HLA-A、B、DRB1基因(含血清学特异性)分别有21、45、13种,频率高的基因是:A*02、A*24、A*11、A*30,B*13、B*60、B*61、B*62、B*35、B*46、B*51,DR*01、DR*03、DR*04、DR*07、DR*09、DR*12、DR*15。HLA单体型分布,两座位连锁频率较高的有:A30-B13、A02-B46、A02-B61、A02-B58,B13-DR07、B13-DR12、B46-DR09、B61-DR09,A2-DR09、A30-DR07、A02-DR12、A02-DR15;三座位连锁频率较高的是:A30-B13-DR07、A02-B46-DR09、A02-B13-DR12、A02-B61-DR09。结论为临床造血干细胞移植寻找合适匹配的供受对,以及吉林地区汉族人群HLA基因多态性与HLA相关疾病的研究提供了有意义的参照数据。

鼻咽癌易感基因定位的初步研究

目的 对鼻咽癌高癌家系进行基因扫描 ,从而找出鼻咽癌易感基因的位点。方法 收集了 9个鼻咽癌高癌家系 47例外周静脉血标本 ,其中鼻咽癌 2 3例 ,健康者 2 4例 ,以 80个位于第 5号和第 6号染色体上荧光标记的微卫星DNA序列为引物 ,进行基因扫描和基因定型 ,并将其结果进行连锁分析。结果 在 9个鼻咽癌高癌家系中 ,6个家系在第 5号染色体的D5S2 0 2 1位点存在连锁关系 ,3个家系拒绝连锁关系 ,其总的Lods值为 2 .1,而第 6号染色体上未发现有价值的Lods值。结论 9个鼻咽癌高癌家系的连锁分析结果 ,支持D 5S2 0 2 1位点存在连锁关系 ,提示D 5S2 0 2

云南稻毫梅抗白叶枯病新基因定位

本试验以12个标记基因系及其与毫梅的杂交F_1和F_2代为材料,以湖北省代表菌系江陵691为接种菌系,研究了分属于10个连锁群的14个标记基因的遗传方式及其与毫梅的抗白叶枯病新基因X_(a-i)的连锁关系。结果发现X(a-i)与第Ⅵ+Ⅸ连锁群即第2染色体的颈叶基因nl-1相互连锁。连锁值为39.1％。对毫梅在水稻育种上的利用进行了探讨。

多花黑麦草抗病基因类似物的克隆及CAPS标记

多花黑麦草具有适应性强、生物产量高和品质好等优点,为我国南方及其他温带地区重要的牧草。本研究利用目前已克隆出的抗病基因(R基因)所编码的蛋白质结构上所具有的共同氨基酸基序NBS-LRR设计寡核苷酸简并引物,对多花黑麦草基因组进行抗病基因类似物(RGA)克隆。从克隆中筛选出具代表性的RGA克隆115个,设计RGA-STS引物113对。利用细胞质雄性不育(CMS)F1群体对RGA-STS引物进行筛选,并采用限制性内切酶酶切扩增多态序列(CAPS)法进行抗病类似物的分子标记,共检测到22对RGA-STS引物的扩增产物具多态性,22个RGA-CAPS标记均被标记于多花黑麦草遗传连锁图中。结果还表明RGA在多花黑麦草遗传连锁图中分布范围较广,并具有簇状分布特性。

乳蛋白座位与泌乳性状座位连锁关系的研究

本文利用杂合度分析和连锁群分析对乳蛋白基因座位与产奶量及乳成分等数量性状基因间的连锁关系进行了探讨。结果表明，各乳蛋白基因均具有较高的纯合度，但３个酪蛋白基因同时考虑时纯合度较低。泌乳性状的变差对乳蛋白基因座位杂合度没有明显的回归关系。Ｋ－ＣＮ基因与乳脂率和乳蛋白率，α_（ｓ１）－ＣＮ基因与３０５无产奶量间有显著的连锁关系。

鼻息肉家系全基因组扫描分析的初步研究结果

目的对鼻息肉家系进行全基因组扫描,从而找出鼻息肉易感基因的位点。方法收集了8个鼻息肉家系,46份外周血标本,其中鼻息肉患者26例,健康者20例,以800个分布在23条染色体上的荧光标记的微卫星DNA序列为引物,进行基因扫描和基因定型,并将结果进行连锁分析。结果8个家系全基因组扫描未能发现存在易感基因位点的区域。结论虽然本实验未能找到鼻息肉易感基因位点,其原因可能与所收集的标本量不够有关,最后结果的确定需更多的鼻息肉家系来支持。

福建省两个汉族瘢痕疙瘩家系与染色体18q21.1的连锁分析

目的:探讨福建省两个汉族瘢痕疙瘩家系是否与18q21.1存在连锁关系。方法:收集来自福建省不同地区的两个汉族瘢痕疙瘩家系,分别命名为A和B家系,从中选出26名具有较高遗传学研究意义的成员作为研究对象,采集他们的外周静脉血样,提取基因组DNA。设定与瘢痕疙瘩形成关系密切的SMAD2、SMAD4、SMAD7及PIAS2基因为导致家系发病的候选基因,选取这些基因所在的染色体18q21.1区域内与其紧邻的微卫星标记D18S1312、D18S1327、D18S547、D18S1291;对这些微卫星位点进行PCR扩增,产物片断基因分型和连锁分析。结果:A家系微卫星标记D18S1291 LODZ MAX为0.89,D18S1312 LODZ MAX为0.82,D18S547 LODZ MAX为0.75,可以排除连锁;在θ=0.0～0.10时,D18S1327标记的所有LOD值都小于-2,排除连锁。B家系微卫星标记D18S1291 LODZMAX为0.84,D18S1312 LODZ MAX为0.78,D18S547 LODZ MAX为0.63,可以排除连锁;在θ=0.0～0.10时,D18S1327标记的所有LOD值都小于-2,排除连锁。结论:本研究提示这两个来自福建的汉族瘢痕疙瘩家系的易感基因位点不在染色体18q21.1区域。

甘薯杂交不亲和性研究进展

甘薯是一种重要的粮食作物,块根中具有高含量的淀粉和丰富的营养物质。在甘薯育种中,杂交育种为其主要育种途径,但因甘薯种内及种间存在较高程度杂交不亲和性,对甘薯育种亲本的选择及种质资源的利用造成了严重的限制。为了克服甘薯杂交不亲和性,国内外学者针对不亲和性机理及克服方法开展了大量研究,主要包括甘薯种内不孕群的划分、甘薯种内和种间杂交不亲和性生理及分子遗传机制的研究、甘薯杂交不亲和性克服试剂的筛选、体细胞杂交对甘薯种内及种间杂交不亲和性的克服等。主要从以上各方面对相关研究进展进行综述和讨论,以期为甘薯杂交不亲和性的克服及相关机理的研究提供参考。