陆地棉油菜素内酯信号基因GhBES1家族的鉴定及表达分析

BES1基因是植物激素油菜素内酯信号转导过程中的重要转录因子,为了解陆地棉油菜素内酯信号基因Gh BESI家族,通过对陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库的全面分析和鉴定,获得21个GhBES1基因,这些基因分布在不同的亚基因组,有9对基因在A亚组和D亚组上存在对应关系,AD亚组对应基因序列一致性高于95%。根据进化分析,21个GhBES1基因分为4个亚家族,除了亚家族Ⅲ,其他3个亚家族在拟南芥中均有对应基因;除了亚家族Ⅳ基因和亚家族Ⅱ中GhBES1-1基因外,其他GhBES1基因均有2个外显子。亚细胞定位结果表明,21个GhBES1蛋白主要定位到细胞核、细胞质等部位,其中7对基因的蛋白亚细胞定位完全一致。GhBES1基因在根、茎、叶、顶端分生组织中均有表达,但不同亚家族基因在不同组织中的表达水平存在差异。研究结果为棉花GhBES1基因家族功能的深入研究奠定了基础。

灰毡毛忍冬MADS-box基因家族鉴定与CMB1基因克隆

目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,并利用qRT-PCR验证MADS-box基因在不同品种中的表达模式,通过RT-PCR、RACE技术克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长。结果28个灰毡毛忍冬MADS-box蛋白长度为89~359 aa,碱性蛋白占比85.7%,不稳定蛋白占比96.4%,亲水性蛋白占比96.4%,均定位于细胞核,均为无跨膜结构的非分泌蛋白。转录组显示,与野生型比较,湘蕾型中28个MADS-box基因有17.86%表达下调,MIKCC型基因中有18.75%表达下调。克隆得到在两个品种的灰毡毛忍冬花中高度特异性表达的CMB1基因全长,均包含一个738 bp的ORF,编码245个氨基酸。CMB1基因在两个品种的花中表达量存在显著差异(P<0.01),且与茎、叶相比,在花中高度特异性表达(P<0.01)。结论基于灰毡毛忍冬转录组数据,鉴定了28个MADS-box家族基因,克隆得到湘蕾型与野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长,为进一步研究灰毡毛忍冬花发育、优良表型形成的分子机制提供研究基础与理论依据。

烟草NPR1基因家族鉴定及其在南方根结线虫胁迫下的表达分析

本研究旨在挖掘烟草抗南方根结线虫病程相关基因非表达子NPR1(non-expressor of PR genes)家族成员,并明确其功能。基于拟南芥AtNPR1家族成员蛋白序列,利用生物信息学方法鉴定分析烟草NtNPR1基因家族成员及其特征。通过qRT-PCR检测南方根结线虫侵染后抗病(NC95)、感病(长脖黄)烟草品种Nt-NPR1家族重要候选抗性基因的相对表达量,采用LC-MS/MS方法对2个品种烟草根系内源水杨酸含量进行检测。结果表明,从普通烟草基因组中共鉴定到12个NtNPR1基因,这些基因被分为3个亚组,同一亚组中NtNPR1家族成员蛋白结构、保守基序的长度和位置都极为相似。编码氨基酸长度范围为462~588,均为亲水性蛋白,均位于细胞核。南方根结线虫侵染抗、感烟草品种后,根系中水杨酸含量、NtNPR1基因家族成员表达量在抗病品种中均升高,在感病品种中则降低,其中NtNPR6的变化最为明显。综上,NPR1基因与烟草南方根结线虫抗性密切相关,NtNPR6基因可作为烟草响应南方根结线虫胁迫的重要基因。

CYP1基因家族对家禽繁殖性状的调控机制研究进展

CYP1基因家族是一类细胞色素P450酶,参与多种代谢反应和生理过程调节,在家禽繁殖中发挥重要作用。本文从CYP1基因家族的功能及其对家禽繁殖性状的调控机制以及CYP1基因家族在家禽中的研究进展等方面进行综述,为探明CYP1基因家族对家禽繁殖性状的影响机制提供参考。

9种鱼类嗅囊组织结构特征和V1Rs基因家族进化分析

为探究不同鱼类嗅觉器官组成差异及V1Rs基因的进化规律,实验采用组织形态学方法比较了9种鱼类的嗅囊结构特征,并通过比较基因组学和生物信息学手段对V1Rs基因家族进行鉴定、序列结构及进化分析;利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对泥鳅V1Rs基因的组织表达模式进行分析。结果显示,6种鲤形目鱼类的嗅基板类型均为G型,鲇形目为H型,而鲈形目则有F型和G型两种,嗅基板数量在9种鱼类中差异较大,其中大口黑鲈的嗅基板数量最少,只有7个,黄颡鱼最多,有80个。研究共鉴定出58个完整的V1Rs基因,这些基因属于G蛋白偶联受体家族。V1Rs基因分为6个亚型(V1R1、V1R2、V1R3、V1R4、V1R5、V1R6),9种鱼类基因组中均有1个V1R1和V1R2基因,但翘嘴鲌基因组中缺少V1R3和V1R4基因,鳜缺少V1R5基因,而团头鲂、黄颡鱼和翘嘴鲌各有2个V1R5基因。qRT-PCR结果显示,与对照组相比(肌肉组织),除V1R3b外,泥鳅V1Rs基因均在雌、雄嗅囊中显著高表达,但在脑和触须中的表达量较低,在性腺组织中,雌、雄泥鳅V1Rs基因表达量存在明显差异,其中,V1R1、V1R4、V1R5、V1R6在精巢中的表达量显著高于卵巢,而V1R3b基因在雌性泥鳅性腺中显著高于雄性,V1R2和V1R3a在雌、雄泥鳅中则没有显著性差异。本研究不仅阐明了不同鱼类嗅囊组织结构和V1Rs基因拷贝数、进化差异,结果也为后续深入探究鱼类异性识别的嗅觉分子基础和V1Rs基因在繁殖中作用机制奠定基础。

油菜ACO1基因家族成员及其蛋白质高级结构比较

乙烯对植物的生长发育具有重要的调节作用,尤其在植物抵抗逆境胁迫过程中扮演着重要角色。ACO1 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 1)是乙烯合成过程中的一个限速酶,对乙烯的生物合成具有调控作用。菜籽油是我国居民的主要植物食用油之一,提高油菜抗逆性和产品品质是保证我国植物油持续供应的重要育种环节。本文利用生物信息学的方法,对油菜ACO1基因家族进行全基因组鉴定,并从基因的基本信息、蛋白质的亚细胞定位、保守结构域、蛋白质高级结构以及进化关系等方面对油菜ACO1基因家族进行了分析研究。结果显示,在油菜基因组中,ACO1基因家族包含7个基因位点,其中1个为不编码假基因,其余6个基因位点各编码1个蛋白质,这些基因在A基因组和C基因组上都存在,编码的蛋白质均定位于细胞质中。油菜ACO1蛋白质序列长度均为310AA,其氨基酸组成差异较小,均属于PLN02403超家族,行使氨基环丙烷羧酸氧化酶的功能。在油菜ACO1蛋白质的二级结构中,α-螺旋和β-折叠都较多,α-螺旋数量在11~13个之间,β-折叠的数量在13~14个之间,蛋白质序列中间段的二级结构差异极其微小,为保守区,而N端和C端的二级结构差异较中间段的大,或许在功能上有一定的差异。同源建模法所得到的空间结构中N端和中间部分的空间结构差异微小,较保守,而C末端序列的空间结构差异较明显,为可变区,可能是活性位点,与酶的催化活性有关。

PRF1突变致家族性嗜血细胞综合征二例

目的探讨PRF1基因突变致家族性嗜血细胞淋巴组织细胞增多症2型(FLH2型)临床症状和基因型特点。方法报道2例河北省儿童医院神经内科住院一家系患儿的临床资料,提取患儿及其父母基因组DNA,采取靶向外显子捕获测序技术检测致病突变,并对检测到的突变进行Sanger测序验证。结果该家系2例患儿均以共济失调为首发症状,病情反复,查脑脊液白细胞数升高,头颅MRI提示多发脱髓鞘改变。基因检测显示为PRF1基因突变c.1189-1190dupTG(p.H398Afs*23)和c.394G>A(p.G132R)的复合杂合子,前者来自于父亲,后者来自于母亲。妹妹给予干细胞移植治疗,目前病情缓解。结论PRF1基因突变致FLH2型符合基因杂合变异遗传学特点。儿童可以中枢神经系统受累为首发症状,表现为共济失调、周围性面神经瘫痪,基因可早期诊断,干细胞移植治疗是获得长期生存的方法之一。

亚麻PLA1基因家族的鉴定及表达分析

磷脂酶A1(Phospholipase A1,PLA1)在植物生长发育及胁迫反应中发挥着重要作用,但目前关于PLA1在亚麻中的鉴定与表达特征尚未见报道。本研究利用生物信息学方法对包括亚麻在内的7个物种PLA1基因家族进行鉴定,分析了亚麻PLA1(LuPLA1)的序列特征、系统进化关系、顺式作用元件、共线性关系及其复制事件,并利用转录组数据分析了其在不同遗传背景、不同器官中的表达模式,利用qRT-PCR分析了其在不同组织、不同发育时期及胁迫处理下的表达模式。结果表明,在亚麻、拟南芥、玉米、水稻、大豆、蓖麻及木薯基因组中分别鉴定到14、21、15、20、41、18和35个PLA1成员;LuPLA1基因分布于8条染色体上。序列特征分析发现,除LuPLA1-7和LuPLA1-10外,其他家族成员都具有内含子且多数含有1个内含子;LuPLA1蛋白序列长度为388-1759 aa,等电点为5.99-9.19,分子量为41.55-192.61 kD,均为亲水性蛋白,大多数定位于液泡,含有4-25个Motif。系统进化分析将PLA1蛋白分为4个分支,其中第Ⅳ分支PLA1成员数量最多。共线性分析表明,LuPLA1在拟南芥、玉米、水稻、木薯及大豆中均具有同源基因且与大豆、木薯的同源基因最多。LuPLA1家族成员中共有2对基因发生串联复制,7对基因发生片段复制,且都经历了纯化选择。转录组分析发现大多LuPLA1成员表现为器官特异性表达。LuPLA1启动子区含大量激素与逆境响应相关元件,qRT-PCR分析进一步证实LuPLA1基因受激素、干旱、高盐、低温及高温诱导表达。其中LuPLA1-1受IAA诱导表达;LuPLA1-1和LuPLA1-6受NAA诱导表达;LuPLA1-1、LuPLA1-5和LuPLA1-6受GA_(3)诱导表达;LuPLA1-12/14受NaCl和PEG诱导表达;除LuPLA1-2/4外,其余基因均受高温诱导表达;所有LuPLA1受低温诱导表达,对低温的响应最为明显。本研究为进一步解析LuPLA1基因家族的功能奠定了基础。

大麦PHT1基因家族的鉴定及表达特性分析

植物磷转运蛋白1(phosphase transporter protein 1,PHT1)家族在植物磷吸收和转运中发挥着重要作用。为研究大麦PHT1基因家族成员的特性,利用生物信息学方法在全基因组范围内对大麦PHT1家族成员进行鉴定,结果共鉴定到14个大麦PHT1(HvPT1~HvPT14)基因,分布在2H、4H、5H和7H染色体上。根据系统发育关系、基因结构和保守蛋白基序,可将14个大麦PHT1基因分为3个亚群。基于RNA-seq数据对大麦品种GN121(磷高效基因型)根和叶片中12个PHT1基因的表达模式进行分析,发现在低磷胁迫处理下,根中HvPT1、HvPT7、HvPT10和HvPT12基因以及叶片中HvPT13基因均上调表达。进一步利用荧光定量PCR技术对大麦品种GN121和GN42(磷低效基因型)根中10个PHT1基因的表达模式进行分析,发现两个品种根中HvPT7、HvPT8、HvPT10、HvPT12和HvPT14基因在磷恢复后第3 d的表达量均显著低于低磷处理第22 d的表达量,推测这5个基因在低磷胁迫下参与磷的吸收和转运;此外HvPT5基因在磷恢复后第3 d的GN42根中表达量显著下降,而在GN121根中的表达量显著上升,说明HvPT5基因的表达与品种类型有关。

辣椒CaHMA基因家族的全基因组鉴定和表达分析

为了研究辣椒HMA家族基因介导的潜在机制,本研究从辣椒中鉴定出了6个辣椒HMA家族基因,并根据序列比对和系统发育分析将其划分为两个亚家族。对辣椒基因家族进行染色体定位、基因结构和基序组成分析,结果表明,辣椒HMA家族基因在进化过程中相对保守。启动子分析表明,大多数辣椒HMA家族基因含有与非生物胁迫相关的顺式作用元件。转录组数据分析表明,CaHMA2~CaHMA6基因在植物的各组织和各发育时期均有表达,而Zn/Co/Cd/Pb亚群的基因在辣椒各生育期不表达。通过qRT-PCR验证了该基因家族成员在镉和铜胁迫下的表达情况,发现在两种重金属的胁迫下,Cu/Ag亚群的CaHMA5基因表达显著上调,表明CaHMA5在镉和铜胁迫中发挥着重要作用。最后通过酵母镉耐受性试验发现,CaHMA5能够提高酵母的镉耐受性使其恢复生长,暗示CaHMA5具有Cd^(2+)转运功能。本研究为深入解析CaHMA5的功能以及培育辣椒新品种提供了理论依据。

高分辨CT三维重建联合肺泡灌洗液中SHOX2、RASSF1A基因甲基化检测诊断早期肺结节的价值

目的:探究高分辨CT三维重建联合肺泡灌洗液(BALF)中矮小同源盒基因2(SHOX2)、Ras相关区域家族A1(RASSF1A)基因甲基化检测诊断早期肺结节的价值。方法:选取2021年5月—2022年5月某院就诊并经纤维支气管镜(FB)检查的肺结节患者100例,FB下收集患者的BALF,通过实时荧光定量PCR法测定BALF中SHOX2和RASSF1A基因甲基化状态,同时收集高分辨CT三维重建检查、BALF检测结果。依据病检结果将患者分为恶性结节组(n=40)和良性结节组(n=60),分析高分辨CT三维重建检查、BALF中SHOX2、RASSF1A基因甲基化检测对早期肺结节的诊断价值,并绘制ROC曲线评价各检测方法在早期肺结节诊断中的效能。结果:SHOX2甲基化诊断恶性结节的敏感度为50.00%,AUC为0.708,RASSF1A甲基化诊断恶性结节的敏感度为52.50%,AUC为0.713,2基因甲基化联合诊断恶性结节的敏感度为75.00%,AUC为0.767。高分辨CT三维重建诊断恶性结节的敏感度为72.50%,特异度为73.33%,AUC为0.729,BALF对恶性结节的诊断敏感度为25.00%,特异度为100.00%,AUC为0.625。2基因甲基化联合+高分辨CT三维重建诊断恶性肺结节的AUC为0.890,敏感度与特异度分别为90.00%和73.33%,其诊断效能高于2基因甲基化联合+BALF细胞学分析和高分辨CT三维重建+BALF细胞学分析(Z=2.453、2.736,P均<0.05)。结论:高分辨CT三维重建联合BALF中SHOX2、RASSF1A基因甲基化检测在肺结节良恶性诊断中的鉴别效能较高,值得在临床中应用。

陆地棉NCS 1基因家族的全基因组成员鉴定及分析

核碱基阳离子转运蛋白-1(NCS 1)家族是一个次级活性转运蛋白家族,由细菌、古菌、真菌和植物等2500多个序列成员组成。在其他研究中发现,该蛋白与溶质特异性转运相关,进而影响植物的生长发育,本研究拟通过分析揭示核碱基阳离子转运蛋白在棉花生长发育中的作用。通过全基因组序列分析鉴定陆地棉NCS 1基因家族成员;在此基础上,对这些基因进行定位、结构分析、进化发育分析,并开展启动子顺式作用元件鉴定的系统研究。本研究在全基因组水平一共鉴定出4个陆地棉NCS 1基因,染色体定位发现,这些基因分布在A09和D09两条染色体上,motif结果显示所有NCS1蛋白质中都有NCS 1结构域的存在,基因结构分析发现,外显子、内含子结构和长度在亚组表现一致。棉花、拟南芥、水稻、玉米等物种的系统发育分析比较表明,该基因家族在物种进化过程中出现了明显的分化。启动子序列分析则表明,该基因家族中存在有大量与脱落酸、赤霉素反应相关的顺式作用元件。取开花后17和21 d的棉花纤维开展qRT-PCR验证实验,结果表明,NCS 1基因家族成员在纤维发育过程中具有显著的调节作用。本研究是首次在陆地棉中对NCS 1家族进行全基因组的鉴定分析,为进一步探索核碱基阳离子转运蛋白对棉花生长发育的影响提供理论基础。

双壳贝类CK1基因家族的鉴定及表达分析

酪蛋白激酶1 (CK1)是一种重要的蛋白激酶家族,其在DNA损伤应答和修复、细胞增殖和凋亡、胚胎发育和稳态等重要的生物学过程中都具有复杂多样的调控作用。为了理解CK1基因家族在双壳贝类中的特征、进化及生物学功能,实验采用比较基因组学及生物信息学的方法对双壳贝类CK1基因家族进行了鉴定分析,通过虾夷扇贝高温应激实验,研究了CK1基因家族在高温应激时的表达规律。结果显示,在虾夷扇贝、栉孔扇贝、长牡蛎与侏儒蛤中均存在CK1α,CK1αlike,CK1δ,CK1γ3,并发现CK1ε,CK1γ1,CK1γ2在双壳贝类中发生了丢失。时空表达分析发现,双壳贝类CK1基因均在胚胎发育早期集中表达,并以多细胞/囊胚期为界呈现出母源/合子特异性表达模式。CK1为关键基因的基因共表达模块显著富集在错配修复、核苷酸剪切修复等相关通路上,暗示了CK1基因在双壳贝类胚胎发育过程中参与调控DNA损伤修复过程,从而维持早期胚胎发育时的基因组稳定性。双壳贝类CK1基因在成体中呈现组织特异的表达模式,主要在鳃和雄性性腺中具有相对较高的表达量。虾夷扇贝受到高温应激后,其鳃中PyCK1α, PyCK1αlike和PyCK1δ在前3 h显著上调,但在12 h后趋于下调,而PyCK1γ3在高温应激不同时间点均表现出下降趋势,表明双壳贝类CK1基因参与响应高温应激反应。此项研究有助于理解双壳贝类CK1基因的功能和进化,为解析双壳贝类胚胎发育稳态维持和应激调节机制提供理论基础。

毛白杨PtoS1-bZIP亚家族成员的鉴定及表达分析

[目的]鉴定毛白杨PtoS1-bZIP亚家族成员,解析PtoS1-bZIPs基因响应干旱和盐胁迫等非生物逆境的表达模式。[方法]通过生物信息学方法对PtoS1-bZIP亚家族进行系统分析,利用实时荧光定量技术检测该亚家族成员在不同组织中的基因表达特征以及对非生物胁迫的表达响应模式。[结果]从毛白杨基因组中鉴定出10个S1-bZIPs基因,分布在8条染色体上,均无内含子结构。系统进化分析表明,PtoS1-bZIP亚家族可分为3个分支,在毛白杨基因组内有12对共线性基因。顺式作用元件分析发现PtoS1-bZIP亚家族成员的启动子中含有多个光信号、激素与非生物胁迫响应元件。荧光定量结果显示,PtoS1-bZIP亚家族成员的表达具有组织特异性。第一和第二进化分支中的多数成员在ABA和干旱处理下表达量上调,在盐胁迫下表达量下调;第三进化分支中的成员在ABA、干旱和盐处理下均表达上调。[结论]从毛白杨中鉴定出10个PtoS1-bZIPs基因,聚类为3个进化分支,第一和第二分支中多数PtoS1-bZIPs成员的表达受干旱胁迫诱导,而受盐胁迫抑制;第三分支成员的表达受干旱和盐胁迫诱导。表明毛白杨PtoS1-bZIPs不同分支成员可能具有功能分化,在响应非生物胁迫过程中发挥不同作用,研究结果为后续解析PtoS1-bZIPs基因调控杨树抗逆性的分子机制提供了基础。

玉竹蔗糖合成酶(SUS)基因家族的鉴定、表达分析及PoSUS1基因的克隆

多糖是玉竹的质量标志物,在免疫调节、抗肿瘤等方面具有显著的药理作用。作为多糖合成的关键酶之一,蔗糖合成酶(sucrose synthase,SUS)一直是揭示植物多糖合成的重要研究内容。基于转录组序列信息,本研究利用生物信息学手段对玉竹SUS基因家族及其成员进行鉴定,并利用荧光定量PCR(qPCR)对其成员表达模式进行分析。结果表明:玉竹转录组共获得8个具有ORF序列的PoSUS基因家族成员,其编码蛋白质含有111~310个氨基酸,分子量为12.81~35.43 kDa,其理论等电点为5.83~9.18。系统进化树分析表明,8个PoSUS基因家族成员可分为3个亚家族,其中第Ⅲ亚家族基因成员数目最多。亚细胞定位预测显示大多数PoSUS蛋白定位在叶绿体。基因表达模式分析表明,PoSUS1和PoSUS6基因在多糖积累的根茎组织中表达量最高,且高多糖种质HN1中PoSUS1和PoSUS2表达量显著高于低多糖种质AH2。此外,本研究还从种质HN1和AH2克隆得到PoSUS1基因CDS序列,其编码蛋白在2份种质间存在3处氨基酸差异,且这些差异位于PoSUS1蔗糖合成酶结构域。本研究结果为深入研究玉竹SUS基因功能奠定基础,也为玉竹药用品质形成分子机制研究提供理论依据。

缺血性脑卒中致血管性痴呆患者血清HOXA1 及SMAD3基因表达与认知功能和预后的关系

目的探讨缺血性脑卒中致血管性痴呆(VD)患者血清同源异性盒基因A1(HOXA1)、SMAD家族成员3(SMAD3)基因表达与认知功能和预后的关系研究。方法选择2021年1月—2023年2月辽宁省金秋医院神经内科收治的缺血性脑卒中患者241例为研究对象,根据3个月后是否发生VD分为痴呆组(n=117)和非痴呆组(n=124)。根据痴呆组患者出院3个月后预后功能障碍分为Ⅰ级亚组(n=48)、Ⅱ级亚组(n=43)、Ⅲ级亚组(n=26)。Spearman相关性分析缺血性脑卒中致VD患者血清HOXA1和SMAD3基因表达与简易精神状态量表(MMSE)评分的相关性;受试者工作特征(ROC)曲线分析血清HOXA1和SMAD3基因表达对缺血性脑卒中致VD患者预后功能障碍为Ⅲ级的预测价值。结果与非痴呆组比较,痴呆组血清HOXA1和SMAD3基因表达均明显升高(t=30.176、16.855,P<0.001);缺血性脑卒中致VD患者轻度亚组、中度亚组、重度亚组血清HOXA1和SMAD3基因表达依次升高,且差异均有统计学意义(F=308.625、153.360,P<0.001);与预后功能障碍Ⅰ~Ⅱ级亚组比较,Ⅲ级亚组患者血清HOXA1和SMAD3基因表达均明显升高(t=8.274、9.396,P<0.01);Spearman相关性分析结果显示,缺血性脑卒中致VD患者血清HOXA1和SMAD3基因表达与MMSE评分均呈显著负相关(r=-0.564、-0.518,P<0.01);血清HOXA1、SMAD3及二者联合预测缺血性脑卒中致VD患者Ⅲ级预后功能障碍的AUC分别为0.772、0.831、0.899,二者联合的AUC大于单项指标(Z/P=2.001/0.045、2.116/0.034)。结论HOXA1和SMAD3基因表达与缺血性脑卒中所致VD患者认知功能和预后密切相关,且血清HOXA1和SMAD3基因表达在缺血性脑卒中所致VD患者预后功能障碍的预测中具有较高的应用价值。

大豆BZR1基因家族进化与油菜素内酯响应分析

油菜素内酯(brassinosteroids,BRs)是植物体内一类重要的固醇类激素,在植物的生长发育过程中发挥着十分重要的作用.BZR1是BRs信号转导途径中的关键转录因子.为了深入研究大豆BZR1基因(GmBZR1)家族的生物学特性,通过生物信息学方法鉴定到15个GmBZR1家族成员,并将其分为3组(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ).基因复制方式分析表明,80%的GmBZR1基因来自全基因组加倍或片段复制.共线性分析表明,大部分GmBZR1旁系同源基因对产生于大豆物种形成之前,说明该家族基因在整个进化过程中均比较保守.基因表达量分析显示,绝大多数GmBZR1基因在BRs处理前后转录水平没有明显变化,而BRs处理后GmBZR1蛋白的磷酸化水平明显降低,推测GmBZR1同样作为转录因子在BRs信号通路中发挥重要作用.为进一步解析GmBZR1家族的功能奠定了基础.

胆绿素还原酶A rs699512和肝细胞溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B1 rs4149015位点基因多态性与新生儿不明原因高胆红素血症易感性相关性研究

目的:分析胆绿素还原酶A(BLVRA)rs699512和肝细胞溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B1(SLCO1B1)rs4149015位点基因多态性与新生儿不明原因高胆红素血症(HB)易感性的相关性。方法:选取不明原因HB新生儿90例为HB组,另选取同期健康新生儿90例为对照组。比较两组临床资料以及BLVRA rs699512、SLCO1B1 rs4149015位点基因型分布和等位基因频率。比较不同BLVRA rs699512、BLVRA rs699512基因型患儿血清胆红素水平。分析BLVRA rs699512、SLCO1B1 rs4149015位点基因多态性与HB易感性的关系。结果:HB组患儿总胆红素和结合胆红素水平明显高于对照组(均P<0.05)。两组BLVRA rs699512、SLCO1B1 rs4149015位点基因型分布比较差异有统计学意义(均P<0.05)。HB组患儿BLVRA rs699512位点GG基因型分布高于对照组,AA基因型分布低于对照组,G等位基因频率高于对照组(均P<0.05)。HB组患儿SLCO1B1 rs4149015位点AA基因型分布高于对照组,GG基因型分布低于对照组,A等位基因频率高于对照组(均P<0.05)。BLVRA rs699512中GG基因型总胆红素和结合胆红素水平高于AA基因型(均P<0.05)。SLCO1B1 rs4149015中AA基因型总胆红素和结合胆红素水平均高于GG基因型(均P<0.05)。BLVRA rs699512位点GG基因型与HB发生呈正相关,AA基因型与HB发生呈负相关(r=0.671、-0.608,均P<0.05)。SLCO1B1 rs4149015位点AA基因型与HB发生呈正相关,GG基因型与HB发生呈负相关(r=0.695、-0.633,均P<0.05)。结论:不明原因HB新生儿BLVRA rs699512位点GG基因型与SLCO1B1 rs4149015位点AA基因型会增加易感性,临床可建立早期防治体系以改善患儿预后。

非小细胞肺癌矮小同源盒基因2和Ras相关结构域蛋白家族1A基因甲基化的意义

目的:探究矮小同源盒基因(SHOX2)和Ras相关结构域蛋白家族1A(RASSF1A)基因甲基化与非小细胞肺癌(NSCLC)浸润、转移的关系。方法:采用甲基化特异性PCR法(MSP)分析NSCLC及其相应癌旁组织中SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化状态,分析其甲基化状态与患者临床病理特征的关系。结果:NSCLC癌组织中SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化率分别为68.97%(80/116)、33.62%(39/116),明显高于癌旁正常组织中的12.93%(15/116)、10.34%(12/116)(P<0.05);SHOX2和RASSF1A基因甲基化分布情况与NSCLC患者性别、年龄、吸烟史、肿瘤直径、分化程度无关(P>0.05),与其TNM分期、病理分型、淋巴结转移以及患者生存时间有关(P<0.05),TNM分期中Ⅲa+Ⅲb期患者SHOX2基因甲基化率明显高于Ⅰ+Ⅱ期患者(P<0.05),鳞癌患者基因甲基化率明显高于腺癌患者(P<0.05),有淋巴结转移患者基因甲基化率明显高于无淋巴结转移患者(P<0.05),生存时间<2年患者基因甲基化率明显高于生存时间≥2年患者(P<0.05);TNM分期中Ⅲa+Ⅲb期患者RASSF1A基因甲基化率明显高于Ⅰ+Ⅱ期患者(P<0.05),腺癌患者基因甲基化率明显高于鳞癌患者(P<0.05),有淋巴结转移患者基因甲基化率明显高于无淋巴结转移患者(P<0.05),生存时间<2年患者基因甲基化率明显高于生存时间≥2年患者(P<0.05)。结论:SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化可能是NSCLC发生浸润以及转移的原因之一,检测SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化可为NSCLC的诊断及预后评估提供参考价值。

Wilms瘤基因1、B7家族成员H3及自然杀伤细胞表面受体在多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的表达及临床意义

目的探讨Wilms瘤基因1(WT1)、B7家族成员H3(B7H3)及自然杀伤(NK)细胞表面受体在多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的表达及临床意义。方法选取56例多发性骨髓瘤患者和50例淋巴瘤患者,分别作为骨髓瘤组和淋巴瘤组,采用流式细胞仪检测两组患者NK细胞占有核细胞比例,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测两组患者WT1、B7H3 mRNA相对表达量以及NK细胞表面受体NKG2D、CD69、程序性死亡受体1(PD-1)mRNA的相对表达量。随访1年,比较不同预后情况多发性骨髓瘤和淋巴瘤患者WT1、B7H3 mRNA相对表达量及NK细胞占有核细胞比例。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC),评估各指标对多发性骨髓瘤患者和淋巴瘤患者预后的预测价值。结果骨髓瘤组患者B7H3 mRNA相对表达量低于淋巴瘤组,PD-1、NKG2D mRNA相对表达量及NK细胞占有核细胞比例均高于淋巴瘤组,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。随访结束,56例多发性骨髓瘤患者中,预后不良15例,预后良好41例,预后良好的多发性骨髓瘤患者B7H3 mRNA相对表达量明显低于预后不良患者,差异有统计学意义(P﹤0.01)。B7H3预测多发性骨髓瘤患者预后的AUC为0.748(95%CI:0.605~0.891),cut-off值为3.29,此时的灵敏度为0.867,特异度为0.659。随访结束,淋巴瘤组患者中,预后不良19例,预后良好31例,预后良好淋巴瘤患者B7H3 mRNA相对表达量低于预后不良患者,NK细胞占有核细胞比例高于预后不良患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。B7H3、NK细胞占有核细胞比例联合检测预测淋巴瘤患者预后的AUC为0.852(95%CI:0.731~0.973),灵敏度为0.871,特异度为0.737。结论B7H3及NK细胞受体在多发性骨髓瘤和淋巴瘤患者中的表达水平存在差异,但WT1水平的差异不明显,B7H3及NK细胞占有核细胞比例对多发性骨髓瘤及淋巴瘤患者的预后有一定的预测意义。