陆地棉GhZIP基因家族全基因组分析

ZIP基因家族是生物体内非常重要的一类金属阳离子转运蛋白基因家族,通过对陆地棉基因组的全面分析和鉴定,获得GhZIP基因家族系统性的生物学信息。运用比较基因组学的方法,从陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中鉴定出45个GhZIP基因,这些基因分布在除了A04、A09、D04和D09号亚基因组以外的22个亚基因组,D亚组比A亚组多5个GhZIP基因,有16对基因在A亚组和相对的D亚组上存在一一对应关系。有44个GhZIP基因具有跨膜结构,其中有36个GhZIP基因的跨膜结构域是6~9个,具有His富集区序列并位于膜内侧可变区的有20个GhZIP基因,只有1个GhZIP基因亚细胞定位不在细胞质膜。对NCBI中陆地棉的EST数据库做比对统计,有21个GhZIP基因没有可匹配的EST序列,其他24个GhZIP基因在棉花的根、茎、叶、花、胚珠、纤维等组织中广泛表达,其中有18个基因在根和/或茎中表达。研究结果为GhZIP基因的克隆和功能研究提供了理论基础。