基于CRISPR/Cas9的棉花GhbHLH71基因编辑突变体的分析

碱性/螺旋-环-螺旋(basic/helix-loop-helix,bHLH)转录因子在植物的生长发育、次生代谢、信号转导、逆境胁迫等方面起重要的调控作用。棉花GhbHLH71基因c DNA全长996 bp,编码331个氨基酸残基,蛋白序列中含有保守的bHLH结构域,属于bHLH转录因子家族成员。实时荧光定量分析结果表明,GhbHLH71基因在棉花纤维快速伸长期3~12 DPA (days post anthesis,DPA)相对高表达,暗示其主要在棉花纤维发育过程中发挥作用。构建该基因的CRISPR/Cas9基因编辑载体进行了棉花遗传转化,T_0代再生株经过Cas9基因的PCR检测以及靶位点突变情况检测分析,获得6个T_0代基因编辑突变体。T_1代不同突变株系在棉花生长发育期的表型性状与对照相比无明显差异,但成熟纤维的长度与对照相比皆明显变短。T_2代突变株系可以稳定遗传T_1代株系纤维变短的表型。其中4#和8#株系连续2代的纤维长度与对照相比缩短比率皆达20%以上,表明GhbHLH71基因的突变主要影响了棉花纤维细胞的伸长。本研究为深入了解棉花中bHLH转录因子的生物学功能以及棉花纤维发育的分子机制提供了一定的参考。

2013-2019年柳州市手足口病病原学监测结果及肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的 分析2013-2019年柳州市手足口病病原学监测结果,掌握该地区手足口病的病原组成以及肠道病毒71型(EV71)的分子流行病学特征,为当地手足口病的防控提供科学依据。方法 采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RTPCR)对收集的手足口病病例标本进行病原学检测。对重症或死亡病例的病原进行分型检测,选取2017年的5例EV71阳性手足口病重症或死亡病例标本进行VP1基因序列测定和特征分析。结果 2013-2019年柳州市共检测6 038例手足口病病例标本,肠道病毒通用型阳性标本4 210例(69.73%),其中EV71阳性659例(15.65%)、柯萨奇病毒A16型(Cox A16)阳性1 159例(27.53%)、其他肠道病毒阳性2 392例(56.82%)。2013年、2015年、2017年、2019年以其他肠道病毒为主(阳性率均>50.00%),2014年以EV71和其他肠道病毒为主,2016年、2018年以Cox A16和其他肠道病毒为主。2014-2019年重症或死亡病例的病原学分型显示,重症或死亡病例的主要病原是EV71、Cox A16、柯萨奇病毒A6型(Cox A6)、柯萨奇病毒A2型(Cox A2)。2017年该市手足口病重症或死亡病例中分离到的5株EV71毒株的病原基因亚型均为C4a亚型,毒株序列之间的核苷酸同源性为95.20%~100.00%,氨基酸同源性为97.50%~100.00%。结论 2013-2019年柳州市手足口病的优势病原发生了变化,主要病原由EV71逐渐转变为Cox A16和其他肠道病毒。引发重症或死亡病例的病原主要有EV71、Cox A16、Cox A6、Cox A2,EV71的优势基因型为C4a亚型。今后应进一步加强病原监测和相关分子流行病学研究,为落实手足口病综合性防控措施提供依据。

CD25基因多态性与EV71感染手足口病患儿易感性及严重性的关系

目的:探讨CD25基因多态性与肠道病毒71型(EV71)感染手足口病(HFMD)患儿易感性及严重性的关系。方法:将2020年11月—2022年11月我院收治的122例EV71感染HFMD患儿作为本次研究对象(HFMD组),根据疾病严重程度分为轻症组(n=79)和重症组(n=43)2个亚组。另外将同时期在我院进行健康检查的150例健康儿童纳入对照组。采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术鉴定CD25基因rs7072793位点基因分型;采用Hardy-Weinberg遗传平衡度检验对样本代表性进行评估;采用多因素Logistic回归分析探讨EV71感染重症HFMD发病的危险因素。结果:对照组和HFMD组CD25基因rs7072793位点基因型符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律,样本具有代表性(P>0.05)。对照组CD25基因rs7072793位点CC、CT、TT基因型频率和C、T等位基因频率与HFMD组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。轻症组CD25基因rs7072793位点CC、CT、TT基因型频率和C、T等位基因频率与重症组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,脑电图结果异常、CD25基因rs7072793位点TT基因型、CD25基因rs7072793位点T等位基因是EV71感染重症HFMD发病的独立危险因素(P<0.05)。结论:CD25基因rs7072793位点多态性与EV71感染HFMD患儿的易感风险和病情严重程度存在关联,且携带TT基因型、T等位基因患儿进展为重症的风险更高。

甜樱桃砧木PcWRKY71基因克隆及表达分析

为研究甜樱桃砧木WRKY71转录因子的功能及其对非生物胁迫和激素处理的响应,本研究克隆了甜樱桃砧木‘Gisela 6’的PcWRKY71基因序列,序列分析表明PcWRKY71完整开放阅读框为1 014 bp,编码337个氨基酸,含有1个WRKY保守结构域和1个C_(2)H_(2)锌指结构域,属于WRKY基因家族第Ⅱ类成员。生物信息学分析推测PcWRKY71编码蛋白分子量为37.41 kDa,理论等电点为6.72,属于不稳定的亲水性蛋白,定位于细胞核上,与甜樱桃和樱花的亲缘关系最近。荧光定量分析结果表明,PcWRKY71基因表达受干旱、盐害和低温胁迫诱导及激素SA和MeJA影响,说明PcWRKY71转录因子对甜樱桃砧木应答非生物胁迫和激素处理起着重要作用。

2018—2020年黔东南少数民族自治州肠道病毒A71型基因特征分析

目的对2018—2020年黔东南州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)进行鉴定分析,并对肠道病毒A组71型(enterovirus A71,EV-A71)VP1编码区进行基因特征分析。方法2018—2020年黔东南州共采集HFMD病例标本2789份,首先,采用荧光定量RT-PCR初筛肠道病毒核酸,阳性病例标本采用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞进行病毒分离,对分离到的病毒株提取病毒核酸,经RT-PCR方法扩增VP1编码区核苷酸序列并进行序列测定。使用MEGA 11.0软件构建遗传进化树进行基因特征分析。结果2789份HFMD标本中检出EV-A71核酸阳性标本为328份,阳性率为11.8%。从部分EV-71阳性患者的咽拭子及肛拭子中,分离培养获得7株病毒株,其中6株来自于轻症病例,另1株为重症病例,均属于EV-A71基因型C4a基因亚型,分成2个不同的簇。7株EV-A71 VP1序列之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.8%~99.9%和98.0%~99.7%;与BrCr原型参考株间的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.1%~78.8%和94.8%~96.6%;并在VP1有18处氨基酸位点发生变异。结论2018—2020年黔东南州EV-A71分离株属于C4a基因亚型,多处氨基酸位点存在变异,可导致多条传播链循环。

烟草NtWRKY71基因克隆与表达分析

【背景和目的】WRKY转录因子作为一类植物特有蛋白,不仅参与植物抗病、抗逆等防御反应,而且在植物分枝发育过程中发挥重要作用。为鉴定烟草分枝发育相关的WRKY转录因子。【方法】以拟南芥分枝发育相关转录因子AtWRKY71序列为参考,在烟草基因组中进行鉴定和克隆。利用生物信息学方法分析烟草NtWRKY71理化性质和进化关系。通过qPCR和芯片表达谱分析了NtWRKY71时空表达特征和激素诱导表达模式,利用本氏烟草瞬时表达系统进行亚细胞定位分析。【结果】烟草NtWRKY71基因的蛋白编码序列为930bp,编码一个由309个氨基酸组成的WRKY蛋白。烟草NtWRKY71含有保守的WRKY蛋白结构域。进化分析显示NtWRKY71与野生烟草WRKY71、土豆WRKY71以及拟南芥WRKY71进化关系较近。基因表达分析表明,NtWRKY71在雄蕊、雌蕊以及根中大量表达;另外,NtWRKY71受赤霉素、生长素和水杨酸的诱导上调表达。亚细胞定位实验表明,NtWRKY71定位在细胞核中。【结论】烟草NtWRKY71为拟南芥分枝调控基因AtWRKY71的同源基因,其表达受到多种激素的调控。研究结果为深入解析NtWRKY71在烟草分枝发育中的功能奠定了基础。

OSA1基因多态性与EV71所致中枢神经系统感染的关系

目的分析EV71引起的中枢神经系统感染过程中,其感染机制是否与OSA1基因多态性存在关系,为临床预防感染制定相关措施提供参考。方法收集2018年3月至2021年10月在本院就诊的EV71感染者,以及体检健康儿资料,使用SNP scan分析OAS1 rs2660和rs1131454 SNP分型。结果本次研究共收集86名EV71感染患儿纳入至观察组,另外收集60名健康体检患儿纳入至对照组。rs2660、rs1131454的基因型和等位基因分布之间比较,P>0.05。在OAS1 rs2660基因SNP方面,与轻度组进行比较,受累组与之比较存在显著差异(P<0.05),其中受累组AG基因型频率明显更高,OR为2.27,95%CI分布范围为1.07~4.85,受累组GG基因型频率明显更低,OR为0.27,95%CI分布范围为0.08~0.97。而受累组OAS1基因SNP与对照组进行对比无显著差异(P>0.05)。结论OAS1基因rs2660 SNP与CNS参与EV71感染的易感性。携带OAS1的儿童rs2660 AG基因型在EV71感染后存在CNS受累风险性更高。

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株。利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT PCR方法对病毒进行初步鉴别。根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别。RT PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71。10株病毒的RT PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法。对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26和CHN 87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89 3%～94 6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81 3%～84 0%,差异较大。在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26)的同源性较高,在94 5%～100%范围内。在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支。与CHN 87株的同源性在92 1%～93 6%之间。与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源?

小麦TaWRKY71a基因克隆、生物信息学及表达分析

WRKY蛋白是主要存在于植物体内一类转录因子家族,在植物的生长发育和逆境应答中发挥重要作用。为了揭示小麦WRKY基因功能,从普通小麦中克隆出Ta WRKY71a基因后进行氨基酸序列分析,并对Ta WRKY71a基因在不同组织及不同胁迫条件下的表达模式进行分析。结果表明,Ta WRKY71a基因编码一个含有355个氨基酸的蛋白质。氨基酸序列分析显示,Ta WRKY71a蛋白含有1个WRKY结构域及1个C2H2锌指结构。预测分析表明,Ta WRKY71a蛋白定位在细胞核;其二级结构包含28.17%的α-螺旋、16.34%的延伸链、4.79%的β-转角和50.70%的无规则卷曲。不同物种间WRKY蛋白的同源性分析比较表明,Ta WRKY71a与粗山羊草WRKY71、水稻WRKY71、高粱WRKY71和拟南芥WRKY40的氨基酸序列之间具有高度的保守性。q RT-PCR分析表明,Ta WRKY71a在叶、根、茎、花和种子中均有不同程度表达,并受ABA、Na Cl和PEG诱导表达,推测该基因可能参与小麦逆境胁迫应答。研究结果为进一步研究Ta WRKY71a的生物学功能奠定了基础。

我国分离的肠道病毒71型(SHZH03病毒株)全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒 71型 (enterovirus 71 ,EV71 )中国 (深圳 )分离株SHZH0 3进行了全基因组 (未包括多聚腺苷尾 )74 0 6个碱基的核苷酸序列测定。结果表明 ,SHZH0 3株与其它肠道病毒 71型毒株相比 ,在编码区没有核苷酸的缺失和插入 ,其 5′UTR和 3′UTR区的长度和序列有一定的差异。核苷酸同源性比较结果表明 ,在P1区SHZH0 3株与SHZH98株、中国台湾流行株 (TW 2 0 86、TW 2 2 72 )的同源性较高 (分别为 92 .5 % ,90 .1 %和 87.9% ) ,与新加坡流行株SIN5 6 6 6、SIN5 86 5及标准株MS、BrCr的同源性则在 81 %左右 ,而与CoxsackievirusA1 6 (Cox .A1 6 )的同源性最低 (6 3.6 % )。氨基酸同源性比较结果表明 ,在P1区SHZH0 3株与Cox .A1 6的同源性最低 ,但在P2和P3区SHZH0 3株与Cox .A1 6的同源性最高。P1区的遗传进化分析表明 ,SHZH0 3株和中国台湾 1 998年流行的EV71毒株的亲缘关系较近 ,属于同一型 (genogroup) ,而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远。

过量表达cyp71av1和cpr基因提高青蒿中青蒿素的含量

青蒿素是从青蒿植株地上部分提取的一种含有过氧桥结构的倍半萜内酯,是目前最有效的治疗疟疾的药物。为了提高青蒿中青蒿素的含量,根据GenBank中青蒿紫穗槐二烯氧化酶(CYP71AV1)和细胞色素P450还原酶(CPR)的基因序列设计特异引物,从青蒿cDNA中扩增出了cyp71av1和cpr基因片段,分别连上CaMV35S启动子和NOS终止子,然后将cyp71av1和cpr基因的表达盒依次插入到植物表达载体pCAM-BIA2300中,获得含有cyp71av1和cpr基因的植物表达载体p2300-GYR。通过农杆菌介导法转化青蒿,获得了20株转基因植株,PCR检测以及Southern杂交分析证实外源基因已被成功地导入青蒿基因组中。采用HPLC-ELSD测定转基因青蒿中青蒿素的含量,结果表明,大部分转基因青蒿中青蒿素的含量高于对照植株,其中,转基因青蒿中青蒿素含量最高约为对照的2.4倍。该研究证明过量表达cyp71av1和cpr基因是提高青蒿中青蒿素含量的有效方法。

湖北肠道病毒EV71型流行株VP1基因以及蛋白结构特征分析

目的全面研究和了解2011年湖北省肠道病毒71型的VP1基因及蛋白结构特征，分析EV71型病毒在湖北省的基因型别，探讨该型病毒在全省的地理分布特征。方法对2011年湖北省8个区市的20株EV71流行株进行VP1区全长基因序列测定，并对核苷酸序列进行同源性比较及系统进化分析，并对VP1蛋白序列的亲水性、柔韧性等二级和三级结构进行分析。结果2011年湖北省EV71型流行株的基因亚型为C4a亚型，其VP1区核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性较高，分别为96．5％～98．7％和98．3％～100％。VP1蛋白特征分析发现该区主要免疫表位均没有发生变异且存在较多亲水性区域。二级结构以无规则卷曲为主，其次为8片层。蛋白质同源建模未发现不同毒株间VP1蛋白三级结构差别。结论2011年湖北省Ev71型流行株与我国其它地区的毒株有较高同源性，且存在一定的地理区域聚集性特征和遗传多样性特点。同时综合多种方法预测EV71VP1的二级结构和三级结构，为进一步研究开发相关药品和防治EV71感染提供理论基础。

OAS1基因多态性与儿童肠道病毒71型感染合并中枢神经系统受累相关（英文）

目的探讨OSA1基因多态性与肠道病毒71型(EV71)所致中枢神经系统感染的关联性。方法选取180例EV71感染患儿进行病例对照研究,其中72例为无任何并发症的轻症,108例合并中枢神经系统受累,201例常规体检的儿童作为健康对照。应用SNPscan分型技术分析OAS1基因rs2660和rs1131454的单核苷酸多态性(SNP)。结果病例组和对照组在rs2660和rs1131454基因型和等位基因的分布上无显著差异。OAS1基因rs2660多态性在中枢神经系统受累儿童和轻度EV71感染者之间有显著差异,中枢神经系统受累患儿AG基因型频率较高(OR=2.27,95%CI:1.07-4.85),GG基因型频率较低(OR=0.27,95%CI:0.08-0.97)。rs1131454基因型和等位基因的分布在中枢神经系统受累患儿和轻症EV71感染儿童之间无显著差异。结论OAS1基因rs2660和rs1131454多态性和EV71感染易感性之间无显著相关。OAS1基因rs2660多态性与EV71感染合并中枢神经系统受累易感性相关,携带OAS1 rs2660 AG基因型的患儿感染后合并中枢神经系统受累的概率更高。

两株不同毒力EV71全基因组序列测定及分析

目的了解济南市2008年EV71的流行和变异情况,寻求潜在的EV71毒力决定位点。方法采用分段扩增的RT-PCR方法对EV71JN200803和JN200804株的基因组全长进行扩增、测序。对两株EV71的全基因组核苷酸、氨基酸序列进行比较,对非编码区进行RNA二级结构的预测和分析,并对VP1区和全基因组进行遗传进化分析。结果 EV71JN200803和JN200804株的基因组全长分别为7 405nt和7 404nt,编码区没有核苷酸的插入和缺失,全基因组序列的组成和结构均符合肠道病毒71型的特征。JN200803和JN200804全基因组有106个核苷酸突变,编码区98个,非编码区8个,编码区多数属于同义突变,仅造成16个氨基酸突变。遗传进化分析显示,EV71JN200803和JN200804株与2008年国内其他流行株同属C4亚型的C4a进化分支,与Fuyang/17.08/1株进化关系最近。结论 2008年济南市流行的EV71属于C4a亚型,济南分离株的毒力决定位点不但具有非单一性,而且具有较为独特的济南区域特点。

人类染色体17p13.3位点新克隆基因HC56、HC71和HC90对Jurkat细胞活力的作用

目的 探讨人类染色体 17p13.3位点新克隆基因HC5 6、HC71和HC90对T淋巴瘤细胞株Ju rkat细胞活力的作用。方法 应用脂质体介导的基因转染方法 ,将外源基因HC5 6、HC71和HC90分别导入Jurkat细胞 ,用苔盼兰拒染试验 ,观察基因的瞬时表达对细胞活力的作用。结果 Jurkat细胞瞬时转染HC5 6和HC71基因后 ,与转染PBK/CMV空载体的实验对照组比较 ,第 2 4、4 8、72和 96h ,细胞的活力明显受抑制 (P <0 .0 1) ;Jurkat细胞瞬时转染HC90基因后 ,仅在第 96h细胞的活力受抑制 (P <0 .0 5 ) ,而第 2 4、4 8和 72h ,未发现细胞的活力受抑制 (P >0 .0 5 )。结论 外源HC5

水稻P450基因Oscyp71Z2增强稻瘟病抗性的机制

【目的】分析水稻细胞色素P450基因Oscyp71Z2在稻瘟病抗性中的作用,并解析其介导的水稻抗稻瘟病机制。【方法】根据高抗稻瘟病转hrf1水稻NJH12表达谱结果,筛选到一个表达量高达114.6倍的细胞色素P450基因Oscyp71Z2(NCBI登录号:Os07g0217600)。根据Oscyp71Z2全长编码区序列设计引物,以水稻模式粳稻品种日本晴的cDNA为模板,通过PCR扩增Oscyp71Z2全长编码区序列。将所得的cDNA序列经测序后,与双元表达载体pVec8连接,构建超量表达载体pVec8::Oscyp71Z2。采用冻融法将构建的超量表达载体pVec8::Oscyp71Z2质粒转入农杆菌菌株EHA105,并利用农杆菌转化法获得Oscyp71Z2超表达水稻。常规PCR技术检测T4代Oscyp71Z2超量表达水稻中选择标记基因潮霉素磷酸转移酶编码基因(hygromycin phosphotransferase gene,hph),并通过qRT-PCR检测超量表达水稻中目的基因Oscyp71Z2的表达量。进一步对阳性超量表达水稻(T4、T5和T6)进行稻瘟病表型鉴定,并检测植保素含量变化(T4)。【结果】RT-PCR和qRT-PCR结果显示,水稻细胞色素P450基因Oscyp71Z2在高抗稻瘟病的转hrf1水稻中有较高的表达,与表达谱数据一致。通过生物信息学分析Oscyp71Z2全长1 554 bp,含有2个细胞色素P450保守结构域,是CYP71Z2亚家族成员。将Oscyp71Z2成功连接到双元载体pVec8,利用农杆菌介导法获得Oscyp71Z2超量表达水稻。超量表达水稻株系在各生育期、株高等性状,与非转基因水稻日本晴基本一致。超量表达株系中Oscyp71Z2的表达量较野生型有显著升高。超量表达水稻的穗颈瘟抗性等级维持在1—2级,表现为抗病或者中抗,而野生型水稻的穗颈瘟等级为3—4级,表现为感病,Oscyp71Z2在水稻中超量表达显著增强了对穗颈瘟的抗性。Oscyp71Z2超量表达株系每克新鲜叶片中植保素MA和PB含量平均是328和124 ng,相对于野生型的85和42 ng·g-1新鲜叶片有显著升高。Oscyp71Z2超量表达株系中涉及到植保素MA和PB合成通路的4个关键基因的表达量较野生型有显著地升高。【结论】水稻细胞色素P450基因Oscyp71Z2通过调控植保素生物合成通路,赋予水稻稻瘟病抗性。

福建省肠道病毒71型分离株(2010FJLY008)全基因组核苷酸序列分析

目的了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,追踪EV71流行过程中可能发生的变异。方法对2010年福建1例手足口病患儿标本中分离到的1株肠道病毒71型分离株(2010FJLY008)进行全基因组核苷酸序列测定,并对基因组序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010FJLY008株全长7 403bp,核苷酸及编码氨基酸序列同源性比较,均与08年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,整个基因组核苷酸同源性为98.2%,氨基酸同源性为99.5%;全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省EV71型病毒流行株(2010FJLY008)在病毒基因组结构、基因组核苷酸同源性比较、编码氨基酸同源性比较、全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析等方面,均与2008年阜阳流行株(Fuyang17.08-2)关系密切,未产生明显的抗原漂移及变异。

2010年福建省肠道病毒71型分离株的基因型特征研究

目的全面研究和了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,分析和探讨该型病毒在我省的地理分布特征及传播特征。方法对2010年福建省9个设区市的50株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010年福建省50株EV71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891bp,核苷酸及氨基酸序列同源性比较,50株EV71型分离株之间的VP1区核苷酸序列同源性为95.4%～100%,编码蛋白氨基酸序列同源性为97.3%～100%,与2008年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,核苷酸序列同源性为97.1%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.7%～100%;VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省50株EV71型分离株均属于C4a基因亚型,未产生明显的抗原漂移及变异;福建省及各个地市均分布亲缘关系较近的C4a基因亚型的EV71多传播链病毒,应加强长期动态地监测和分析。

TLR7基因rs3853839、rs179010多态性与EV71手足口病男性患儿易感性及病情严重程度相关

目的探讨Toll样受体7/髓样分化因子88(TLR7/My D88)信号通路基因多态性与肠道病毒71型(EV71)手足口病(HFMD)易感性及重症化的关联性。方法收集在西安交通大学第二附属医院和西安市儿童医院感染科收治的EV71 HFMD标本180例和健康对照标本201例。采用SNPscan多重SNP分型方法对381个样本的TLR7基因rs3853839、rs179010和My D88基因rs7744位点进行基因分型检测。结果男性患儿中TLR7基因rs3853839 C等位基因的易感性(OR=2.343,95%CI:1.516~3.621)与重症化(OR=1.939,95%CI:1.064~3.521)风险升高。男性患儿中TLR7rs179010 T等位基因的易感性(OR=1.701,95%CI:1.142~2.535)与重症化(OR=1.852,95%CI:1.038~3.305)风险升高。女性患儿中TLR7基因rs3853839、rs179010等位基因分布在病例组与对照组无明显差异。My D88基因rs7744多态性与EV71 HFMD易感性及病情轻重程度无明显关联性。结论 TLR7基因rs3853839、rs179010多态性与EV71 HFMD男性患儿易感性及病情严重程度相关。

肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型分离株的VP1基因特征分析

目的:探讨苏皖地区手足口病(HFMD)患者肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因特征。方法:采集南京市、马鞍山市2009至2010年HFMD患者临床标本进行病毒分离和RT-PCR鉴定;扩增并测定VP1基因序列;从GenBank中选取EV71和CA16不同基因型参考毒株,利用生物信息学软件进行同源性比对和系统进化树分析。结果:共分离到9株EV71和4株CA16,EV71分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.5%～99.8%和99%～100%;CA16分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性为96.2%～98.5%和99.3%～100%;系统进化树分析显示,9株EV71全部属于C4a基因亚型,而4株CA16则全部属于B1b基因亚型。结论:2009至2010年苏皖地区分离到的EV71和CA16毒株分别属于C4a和B1b基因亚型,与国内其他地区HFMD病原学及分子进化研究结果一致,有望成为疫苗候选株作进一步研究。