银杏雄株GinNdly全长基因的分离克隆

以银杏栽培品种大佛手(Ginkgo biloba L.cv.Dafushou)雄株为材料,用四月中旬幼嫩的叶片基因组DNA为模板,通过PCR扩增,获得银杏雄株LEAFY(LFY)同源基因GinNdly全长基因。结果分析表明,该全长基因含1493个核苷酸。与文献报道的银杏雌株GinNdly基因相比,碱基数少了三个,对应地氨基酸少一个,核苷酸同源性为99.7％,氨基酸同源性为99.3％。该基因的克隆为在分子水平上研究银杏开花调控机理奠定了良好的基础。

基于全长转录组的蚕豆WRKY基因家族分析及耐盐胁迫相关候选基因挖掘

WRKY基因是植物特有的转录因子基因,能够调控植物的生长发育和胁迫响应。为了鉴定蚕豆WRKY基因家族成员,揭示其进化关系并挖掘与盐胁迫相关的候选WRKY基因,本研究在完成蚕豆全长转录组测序(9个样品)和二代转录组测序(27个样品)的基础上,利用生物信息学方法对WRKY转录因子基因进行鉴定与分析,并通过拟南芥同源基因比对挖掘盐胁迫相关的候选VfWRKY基因。结果表明,蚕豆全长转录组测序共获得53.84 Gb数据量,通过比对和校正最终获得58885条转录本序列信息;基于蚕豆全长转录组共鉴定出113个WRKY家族成员,氨基酸数目为153~737 aa,等电点为4.84~9.87,113个WRKY家族蛋白质全部定位于细胞核中;根据拟南芥WRKY家族系统发育特征,VfWRKY基因家族可分为3组,分别为group 1(38个VfWRKY)、group 2(61个VfWRKY)、group 3(14个VfWRKY);Motif 1和Motif 3是VfWRKY基因家族的特征基序,并对应WRKY保守结构域,在进化过程中较为保守;VfWRKY基因家族主要富集在植物MAPK信号通路、植物与病原菌相互作用和剪接体3个通路中;通过同源比对,在蚕豆中发现14个盐胁迫相关候选WRKY基因,且主要在根中高表达。该研究结果为蚕豆的遗传学研究提供了丰富的参考数据,也为创制耐盐蚕豆新品种提供了基因信息。

MNS血型相关基因GYPA、GYPB、GYPE mRNA全长序列多态性分析

目的:分析MNS血型相关基因GYPA、GYPB、GYPE mRNA全长序列的特征,了解MNS血型基因的多态性。方法:随机选取无偿献血者500人份离体24 h内的抗凝血各8 ml,以血型血清学方法鉴定MN、Ss、Mia血型。从500例样本中随机选取MNS与Mia血型不同组合的5例样本,使用密度梯度离心法分离外周血中的单个核细胞(PBMC)并提取总mRNA,使用逆转录试剂盒制备cDNA,采用巢式PCR(nested PCR)方法扩增目标片段,切胶回收后分别对GYPA、GYPB、GYPE mRNA全长序列进行测序,通过Oligo 6.0软件分析碱基序列。结果:血清学检测得到MN、Ss和Mia表现型,不同个体间的红细胞与抗-Mia血清反应存在凝集强度差异。检测了5例不同表现型组合样本的GYPA、GYPB、GYPE基因mRNA全长序列,1例样本的GYPA mRNA中exon-6完整缺失,其他4例样本的GYPA mRNA全长完整;2例样本的GYPB mRNA中exon-2完整缺失,Mia血型阴性;2例样本的GYPB mRNA全长完整,Mia血型阳性;1例样本的GYPB mRNA中exon-5存在碱基替换;5例样本的GYPE mRNA全长完整。结论:MNS血型相关基因具有明显的多态性,mRNA全长序列的检测为GYPA、GYPB、GYPE基因结构的分析与MNS血型抗原表达的深入研究奠定了基础。

HIV-1新型重组毒株近似全长基因组结构鉴定分析

目的对3条人类免疫缺陷病毒(HIV)-1亚型不确定的近似全长基因组序列(NFLG)进行基因镶嵌结构分析。方法用近末端稀释法、系统发育树和基因重组断点分析等方法对3例男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例进行HIV-1 NFLG扩增、基因亚型分析和基因重组图谱分析。结果Neighbor-joining进化树分析结果显示,3条HIV-1序列均为单独分支,可能是新型重组毒株。jpHMM在线软件和SimPlot v3.5.1软件综合分析结果显示,NFLG 110和NFLG 171分别为CRF07_BC和CRF01_AE,NFLG 150为CRF01_AE和CRF07_BC二代重组毒株。基因重组断点分析结果显示,NFLG 150的重组模式是以CRF07_BC全长基因组为骨架,在gag区和env区分别插入了1个长度约为60和80 bp的CRF01_AE基因片段。结论在MSM人群中发现1株HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC二代重组毒株,建议持续监测相关性传播,特别是MSM人群HIV-1新型基因重组毒株。

基于第二代转录组、第三代全长转录组测序条件下草石蚕基因表达特性的初步研究

以宁夏贺兰县地方草石蚕(Stachys sieboldii)品种为试材,探讨应用第三代测序技术获得草石蚕全长转录本信息,应用第二代测序技术获得3个不同发育阶段草石蚕叶片和块茎的转录组信息,对测序结果进行转录组水平分析,筛选特有差异基因,并进行GO和KEGG富集分析,开展草石蚕基因表达特性的初步研究。结果表明,第三代测序后Polymerase read的数据量为50.82 G,FLNC序列的reads数为525593个转录本;在KEGG等7大数据库的基因功能注释中均注释成功的转录本数目为6857个,至少有1个数据库注释成功的转录本数目为14078个;与NR数据库比对注释后,草石蚕与同为唇形目的芝麻(Sesamum indicum)基因序列相似性最高,相似基因个数为9149个;与GO数据库比对注释后,生物学过程、细胞成分与分子功能中注释到基因个数最多的分别是新陈代谢过程5093个、细胞2004个、键联结合6645个;与KEGG数据库比对注释后,在细胞转化、环境信息处理、遗传信息处理、新陈代谢和有机系统功能中注释到基因数最多的分别是运输和分解代谢409个、信号传导729个、转化626个、碳水化合物代谢601个、内分泌系统297个。第二代测序后,ZLZ_2_S_3和ZLZ_2_S_1差异基因比较中的上调基因数最高,为2303个;ZLZ_2_L_3和ZLZ_2_S_3差异比较中的下调基因数最高,为2033个。叶片3个时期ZLZ_2_L_1、ZLZ_2_L_2与ZLZ_2_L_3组合之间比较差异基因总数为13610个,共有差异基因数为10203个;ZLZ_2_L_3独有的差异基因数最多,为437个。块茎3个时期ZLZ_2_S_1、ZLZ_2_S_2与ZLZ_2_S_3的组合之间比较差异基因总数为13732个,共有的差异基因数为11370个,ZLZ_2_S_3独有的差异基因数最多,为412个。ZLZ_2_S_3、ZLZ_2_S_2聚类图显示高表达基因的数值范围主要为0~2,显著高于其他处理,可以聚为一类。3个不同时期叶片的差异基因主要集中在光合作用生物碳固定、内质网中蛋白质加工以及乙醛酸和二羧酸代谢等通路上;3个不同时期块茎的差异基因主要集中在淀粉和蔗糖代谢、糖解与糖代谢合成等通路上。以上结论将为今后研究草石蚕的生物学特性、阐明特有表型差异机制提供参考,为提升草石蚕的基础理论研究水平提供技术支撑。

意大利蜜蜂Hippo信号通路相关基因及其全长转录本的鉴定与分析

采用Blast工具将已鉴定到的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)全长转录本比对Nr数据库,共鉴定到意蜂Hippo信号通路中相关的49个基因及其550条全长转录本。运用Gffcompare软件将鉴定到的Hippo信号通路相关全长转录本与西方蜜蜂参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较,分别延长西方蜜蜂参考基因组注释到Hippo信号通路的9个基因的5'UTR和7个基因的3'UTR。通过Astalavista软件鉴定到Hippo信号通路相关的4个基因的7次可变剪切(AS)事件,包括2次外显子跳跃、2次内含子保留和3次可变5'端剪接。通过PCR验证了1个基因的AS事件真实性。利用TAPIS pipeline鉴定到意蜂Hippo信号通路相关的24个基因含有1个及以上可变多聚腺苷酸化(APA)位点,其中含有1个APA位点的基因数量最多。通过TBtool软件鉴定APA位点上游motif的一致性序列HVNCCNBNDYVDVVHVNDBVDYCNBBDNNNHNNVNNVMNN。

利用中华蜜蜂工蜂幼虫肠道转录组纳米孔长读段数据完善东方蜜蜂参考基因组序列和功能注释

【目的】将已获得的中华蜜蜂Apis cerana cerana转录组纳米孔长读段数据比对到东方蜜蜂A.cerana参考基因组,进行注释基因的结构优化,鉴定未注释的新基因和新转录本并进行功能注释以及预测其SSR位点、完整ORF和转录因子(transcription factor,TF)家族及成员的分析验证,完善现有的东方蜜蜂参考基因组序列和功能注释。【方法】基于已获得的高质量的接种蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis的中华蜜蜂工蜂4,5和6日龄幼虫肠道转录组纳米孔测序数据,使用gffcompare软件将已鉴定到的全长转录本比对到东方蜜蜂参考基因组以优化已注释基因的结构;采用gffcompare软件鉴定参考基因组上未注释的新基因和新转录本,再通过比对Nr,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库进行功能注释;使用MISA,TransDecoder v3.0.0和animalTFDB 2.0软件分别预测SSR位点、完整ORF和TF家族及成员。【结果】共对东方蜜蜂参考基因组上已注释的4648个基因结构进行了优化,对1336个基因同时延长了5′UTR和3′UTR,分别延长了1688个基因的5′UTR和1624个基因的3′UTR;共鉴定到2148个新基因,其中分别有818,298,587,359和333个新基因可注释到Nr,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库;共鉴定到35432条新转录本,其中分别有30974,21222,29025,19852和9214条新转录本可注释到上述5个数据库;共发掘出22541个SSR位点,其中单、双、三和六碱基重复的SSR数量分别为12078,7140,2825和43个,混合SSR的数量为2964个,分布频率最高的类型是单碱基重复(153.37个/Mb);共预测到58个TF家族及1611个成员;共预测出28775个完整ORF,其中编码长度分布在100~200个氨基酸的ORF(38.99%)最多。【结论】研究结果优化了东方蜜蜂参考基因组上已注释基因的结构,并补充了参考基因组上未注释的新基因、新转录本、SSR、完整ORF及TF。

保定市1株新型HIV-1重组毒株的近似全长基因组鉴定分析

目的对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株(BD226AJ)进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE(HXB2,823—4224 nt)、Ⅱ_(B)(HXB2,4225—5991 nt)、ⅢCRF01_AE(HX B2,5992—9295 nt)、ⅣB(HXB2,9296—9406 nt)。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者(men who have sex with men,MSM)中的CRF112_01B序列聚集。结论本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。

滇山茶bHLH基因家族鉴定及花色形成相关基因筛选

【目的】通过生物信息学方法初步筛选与滇山茶花色相关的bHLH基因,为后续深入研究滇山茶花色提供支持。【方法】基于滇山茶全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定滇山茶bHLH基因家族成员,并对其理化性质、二级结构、系统发育关系和结构域等进行分析。利用二代转录组和代谢组数据挖掘与滇山茶花色相关的bHLH基因,通过实时定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)验证bHLH基因在滇山茶开花过程中和不同品种间的表达情况。【结果】在滇山茶全长转录组中鉴定到71个滇山茶CrbHLHs基因,蛋白分子量的范围在22994.58-102996.96 Da,等电位为4.98-9.51,均为亲水性蛋白。与拟南芥聚类分析发现,滇山茶bHLH基因家族成员可分布到14个亚族。多组学联合分析发现,CrbHLH8、CrbHLH61和CrbHLH63与矢车菊色素苷呈正相关,而CrbHLH59与其呈负相关;CrbHLH13和CrbHLH71与原花青素呈正相关,其中CrbHLH8和CrbHLH61为IIIf亚族成员。【结论】从滇山茶全长转录组中鉴定出71个CrbHLHs家族成员,其中6个CrbHLHs与滇山茶花色相关。

苏氏圆腹(鱼亡)全长转录组测序

为深入解析苏氏圆腹(鱼亡)的遗传信息和开展基因功能研究,本实验分别提取性成熟苏氏圆腹(鱼亡)脑、鳃、心脏、肝脏、脾脏、头肾、胃、肠、性腺和肌肉组织的总RNA,等质量混合为一个样本后,利用PacBio高通量测序平台单分子实时测序技术对其进行了测序分析,获得了性成熟苏氏圆腹(鱼亡)各组织的全长转录组信息。结果显示,在苏氏圆腹(鱼亡)中共获得1 487 336条高质量reads,平均长度和N50分别为83 592和162 901 bp;校正后共获得1 005 955条循环一致序列(circular consensus sequencing,CCS),过滤后共鉴定出667 973条含有polyA结构的全长非嵌合序列(full-length non-concatemer,FLNC)序列,平均长度和N50分别为2 057和2 359 bp。614 078条(91.93%) FLNC用于基因和转录本的注释,鉴定到的19 835个已知基因对应80 915个转录本,9 348个新基因对应9 954条新转录本,预测到50 311个开放阅读框、79 922个可变剪接、18个融合基因和20 215个选择性多聚腺苷酸化位点。新基因在NR、GO、KEGG、KOG和SwissProt数据库中分别有3 912、2 385、2 167、81和1 520个获得注释。另外,还预测到4 624个长链非编码RNA,调控32 283个靶mRNA。研究表明,通过全长转录组测序数据及功能注释分析,丰富了苏氏圆腹(鱼亡)的遗传资源信息。本研究可为进一步开展苏氏圆腹(鱼亡)生物学特性、基因功能研究提供基础。

蜜蜂残翅病毒基因组全长克隆及其克隆不稳定性

利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离株和亚型。国内的蜜蜂残翅病毒分离株在亲缘关系上非常接近,国外的蜜蜂残翅病毒分离株也可能存在克隆不稳定性。

基于PacBio 16S rRNA基因全长测序调查某校园水体微生物群落结构及多样性研究

水体是校园环境的重要部分,了解水体特征对于校园水体治理和完善校园生态环境研究具有重要意义。采用PacBio 16S rRNA基因全长测序技术,对某校园水体微生物群落的结构及多样性进行分析。结果显示各处校园水体的群落丰度与多样性呈现出差异,源湖、南一楼西湖和东湖的微生物群落丰度和多样性要高于东九湖、醉晚亭西湖和东湖。具体表现为水体的菌门和菌属的组成与丰度有所不同,呈现出复杂的变化情况。Beta多样性分析结果显示空间距离小的水体的微生物组成更为相似。水体微生物群落多样性受到NH_(3)-N、TP、DO等多种环境因子的共同作用。

蛇足石杉COBRA基因家族的分子生物信息学及表达分析

为探明蛇足石杉COBRA基因家族成员分子生物信息学特征及组织表达规律,该文基于蛇足石杉的全长转录组数据,通过生物信息学技术对该家族成员(HsCOBRAs)的理化性质、结构域、保守基序、顺式作用元件、基因表达量等进行分析。结果表明:(1)在蛇足石杉全长转录组中共筛选出24个HsCOBRAs家族成员,其中酸性蛋白9个,稳定蛋白11个,疏水性蛋白5个,具有跨膜结构的蛋白7个,具有信号肽的蛋白3个。(2)亚细胞定位在细胞壁、叶绿体、细胞核、细胞膜上。(3)结构分析发现HsCOBRAs有7种结构域和6种保守基序,部分成员具有高度保守的CCVS结构。(4)HsCOBRAs具有CAAT-box、TATA-box等45种顺式作用元件。(5)HsCOBRA2在叶、孢子、茎、芽胞中的表达量均最高。该研究结果可为HsCOBRAs的进一步研究及生物学功能验证等提供理论依据。

南方红豆杉全长转录组测序及生物信息学分析

为了充分挖掘南方红豆杉功能基因,开发利用其生物资源。选用PacBio Sequel第三代测序技术,对贵州省梵净山地区的南方红豆杉植株进行转录组测序,开展生物信息学分析。共获得68.03 Gb原始数据,包含1001302条原始序列读取片段。经组装、拼接、去冗余后获得65152条单基因簇(Unigene),平均长度为2591 bp。与已有数据库比对显示,南方红豆杉参与细胞和代谢活动的基因表达量较高,具有较强的代谢活动和遗传信息处理能力,转录组中与生长发育、抗逆、次生代谢和合成相关的转录因子,为全面开发南方红豆杉和遗传育种提供数据支持。

庚型肝炎病毒基因组全长cDNA的拼接及克隆

目的：构建ＧＢ病毒Ｃ／庚型肝炎病毒（ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ）基因组全长ｃＤＮＡ克隆。方法：以覆盖ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ分离株ＨＧＶ－Ｉｗ全长基因组且互相重叠的５个基因片段Ｉｗ５，Ｉｗｑ２，Ｉｗｈ６，Ｉｗ３和Ｉｗ３为起始材料，采用重叠延伸ＰＣＲ拼接和连接酶连接的方法，构建ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ基因组全长ｃＤＮＡ克隆。结果：ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ基因组全长ｃＤＮＡ克隆的酶切图谱与预期一致；核苷酸序列分析显示，克隆的ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ基因组全长ｃＤＮＡ的核苷酸及推测的氨基酸序列与原ＨＧＶ－Ｉｗ序列一致。结论：ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ基因组全长ｃＤＮＡ的克隆已经构建成功。该克隆的构建，为深入研究ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ的致病性及致病机制、复制及转录和翻译机制。

牛催乳素基因组及其cDNA全长序列的分子克隆和分析

通过LongPCR等技术首次克隆得到全长 9388bp的牛催乳素 (bPRL)基因组序列 (GenBank登录号AF4 2 6 315 ) ,其中包括bPRL基因全部 5个外显子和 4个内含子 ,5′端 85 4bp的上游调控区以及 3′端 6 9bp的UTR。AF4 2 6 315基因编码的蛋白质在GenBank中的序号为AAL2 80 75 ,由 2 2 9个氨基酸残基组成 ,1～ 30位氨基酸残基为信号肽序列 ,成熟的多肽含有 199个氨基酸残基。将bPRL基因组DNA真核表达载体转染COS 7细胞后通过RT PCR得到长度为80 4bp的bPRLcDNA序列 ,该序列涵盖了bPRL基因的全部ORF区 ,证明本研究所获得的bPRL基因组DNA具有转录的生物学功能。Blast搜索结果显示 ,GenBank数据库中收集有多条bPRL基因的mRNA和EST序列 ,各序列间存在多个SNP位点 ,主要分布于下游编码区和 3′端的UTR ,这些位点均未改变相应的氨基酸残基的性质 ,此外 。

赤眼鳟Mx基因全长cDNA克隆及其经GCRV攻毒后的组织表达分析

为研究赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)Mx蛋白(Myxovirus resistance protein)的功能,采用简并PCR和SMART RACE方法从赤眼鳟脾脏中克隆得到Mx基因全长cDNA,并通过生物信息学方法分析其同源性,再利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测其在脾、肝、肠、肾等9个组织中的表达,以及感染草鱼呼肠孤病毒(Reovirus of Grass carp)GCRV-104后不同时间点赤眼鳟Mx的时空表达规律。结果表明:赤眼鳟Mx基因cDNA序列(ScMx)全长2325 bp,包含5′-UTR 40 bp,3′-UTR 371 bp和ORF 1884 bp,共编码627个氨基酸,其编码的Mx蛋白分子量约为70.9 kD,理论等电点pI为8.25,具有脊椎动物Mx蛋白共有的结构特征;赤眼鳟Mx与鲫鱼Mx3同源性最高;Mx在赤眼鳟脾、肝、肠、肾等9个组织中均有表达,其中肝脏中的相对表达量最高,脾脏次之,肠组织中的表达量最低;经GCRV-104病毒感染刺激后,ScMx在肝和脾组织中的表达量显著上调,均在48h到达峰值,分别为对照组的10倍(肝)和5倍(脾),且在这两个组织中的表达模式相似,均表现为先升高后下降的波动型变化趋势。研究表明ScMx参与了赤眼鳟抗GCRV-104病毒的免疫反应。

一条新的人肺腺癌耐药相关基因全长cDNA片段的克隆及序列分析

背景与目的:肺癌细胞的多药耐药(multi-drugresistance,MDR)是药物治疗失败的重要原因,但其机制尚未完全清楚。我们已经通过SSH发现了1条新的耐药相关基因片段,经检索GenBank,发现其与2001年4月公布的一条新的基因序列BC006151同源性高达99%。本研究旨在克隆该基因的全长,并检验该基因在几种肺癌细胞株中的表达,为进一步研究其功能和调控奠定基础。方法:根据BC006151基因序列设计引物,通过RT-PCR证实肺腺癌MDR细胞SPC-A-1/cDDP确实包含BC006151基因后,扩增该基因全长cDNA,通过测序对所得序列进行分析,并对其编码蛋白的氨基酸序列进行预测。应用半定量RT-PCR方法检验小细胞肺癌SH77、大细胞肺癌H460、肺腺癌SPC-A-1和SPC-A-1/cDDP等细胞株中该基因mRNA的表达。结果:成功克隆了BC006151基因的全长cDNA片段,长1298bp,它具有完整的阅读框和编码区,并与经SSH获得的片段有极高的同源性。该基因在MDR细胞株SPC-A-1/cDDP的表达明显高于其亲代细胞株;SPC-A-1表达高于H460,SH77未见表达。结论:BC006151基因是与cDDP致肺腺癌MDR密切相关的一条新基因。该基因全长cDNA片段的克隆将有助于阐明其在肺癌MDR发生中的作用。

油茶FBPase基因的全长cDNA克隆及序列分析

FBPase是调控Clavin循环的关键酶之一,加速Clavin循环有利于提高植物的光合效率。在油茶cDNA文库和EST文库构建的基础上,以油茶"湘林1号"的近成熟种子为材料,采用5’RACE和3’RACE技术克隆油茶FBPase基因的全长cDNA序列;该基因全长cDNA序列为1 356 bp,其中开放读码框为1 020 bp,多序列比对发现其与毛果杨的亲缘关系最近,相似性为84%;该基因共编码339个氨基酸,其蛋白质属稳定蛋白质,等电点为5.54,不含二硫键,为胞质FBPase,将该基因命名为co-fbp。油茶FBPase基因的克隆对于进一步研究油茶光合作用、提高油茶光能利用率、提高油茶产量具有重要的意义。

全长细粒棘球蚴95抗原基因的克隆及DNA疫苗的构建

目的 :克隆分析新疆地区细粒棘球蚴 95 (Eg95 )抗原全长基因的结构特点 ,并构建 Eg95 DNA疫苗。方法 :根据细粒棘球蚴 95抗原基因序列设计 PCR引物 ,应用 PCR方法从新疆株细粒棘球蚴 c DNA文库中克隆获得Eg95全长抗原目的基因。利用定向克隆技术将全长 Eg95抗原基因片段克隆至真核表达质粒 pc DNA3上 ,构建DNA疫苗 pc DNA3 - Eg95 ,测序确定基因碱基序列。利用 DNAm an软件及 Gene Bank/ Blast功能 ,对其进行基因全序列分析及同源性比较。 结果 :从新疆株细粒棘球蚴 c DNA文库中克隆出全长 Eg95抗原基因。所克隆的全长Eg95抗原基因长度为 471bp,编码 15 6个氨基酸。pc DNA3 - Eg95阳性克隆均为正确连接全长 Eg95抗原基因的重组质粒 ,可作为 DNA疫苗作进一步的研究。新疆株全长 Eg95抗原基因与 Gene Bank中已登录的新西兰株 Eg95抗原基因序列一致。 结论:成功克隆并构建了新疆株全长细粒棘球蚴 95抗原基因