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银杏EST序列中微卫星的分布特征
被引量:
30
1
作者
樊洪泓
李廷春
+2 位作者
李正鹏
林毅
蔡永萍
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期869-873,共5页
本文利用从NCBI下载的21590条银杏EST序列,分析了银杏(表达序列标签微卫星)EST-SSR在银杏EST序列的分布和比较了在不同长度EST序列中的SSR特性。在剔除冗余和低质量序列后,得到总长为5708.385kb的无冗余EST序列7961条,发现了405个EST...
本文利用从NCBI下载的21590条银杏EST序列,分析了银杏(表达序列标签微卫星)EST-SSR在银杏EST序列的分布和比较了在不同长度EST序列中的SSR特性。在剔除冗余和低质量序列后,得到总长为5708.385kb的无冗余EST序列7961条,发现了405个EST序列(5.09%)含有475个SSR,长度400~1000bp的EST序列含SSR位点数为445个,占SSR总数的93.68%。二核苷酸和三核苷酸基元类型是银杏EST-SSR的主要类型,分别占SSR总数的73.89%和24.00%,最常见的SSR基元是:(AT)n、(AG)n、(AC)n、(AAG)n和(AAT)n。通过对银杏EST序列中SSR位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物,开发银杏EST-SSR分子标记奠定基础。
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关键词
银杏
表达序列标签
est-ssr
重复基元
下载PDF
职称材料
题名
银杏EST序列中微卫星的分布特征
被引量:
30
1
作者
樊洪泓
李廷春
李正鹏
林毅
蔡永萍
机构
安徽农业大学生命科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期869-873,共5页
文摘
本文利用从NCBI下载的21590条银杏EST序列,分析了银杏(表达序列标签微卫星)EST-SSR在银杏EST序列的分布和比较了在不同长度EST序列中的SSR特性。在剔除冗余和低质量序列后,得到总长为5708.385kb的无冗余EST序列7961条,发现了405个EST序列(5.09%)含有475个SSR,长度400~1000bp的EST序列含SSR位点数为445个,占SSR总数的93.68%。二核苷酸和三核苷酸基元类型是银杏EST-SSR的主要类型,分别占SSR总数的73.89%和24.00%,最常见的SSR基元是:(AT)n、(AG)n、(AC)n、(AAG)n和(AAT)n。通过对银杏EST序列中SSR位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物,开发银杏EST-SSR分子标记奠定基础。
关键词
银杏
表达序列标签
est-ssr
重复基元
Keywords
ginkgo (ginkgo biloba l.)
,
expressed sequece tags
,
est-ssr
,
repeat motif
分类号
S664.3 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
银杏EST序列中微卫星的分布特征
樊洪泓
李廷春
李正鹏
林毅
蔡永萍
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2009
30
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职称材料
已选择
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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