三七根腐病菌尖孢镰刀菌的Real-time PCR检测方法

为了建立一种准确、快速检测三七根腐病病原真菌尖孢镰刀菌的实时荧光定量PCR方法,基于尖孢镰刀菌脂肪酸ω-羟化酶基因设计了实时荧光定量PCR的特异性引物对Fo-QF和Fo-QR,制备了该基因的重组质粒标准品,建立了尖孢镰刀菌的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法。从三七种植区采集到14个具有根腐病、黑斑病典型症状的三七病株及三七种植土壤样品,并提取了这些样品的总DNA,运用本研究建立的荧光定量PCR方法进行了检测。结果显示,本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法特异性强,脂肪酸ω-羟化酶基因只以尖孢镰刀菌DNA为模板扩增出特异的PCR产物。此外,该方法灵敏度高,检测模板浓度可低至0.35 pg/μL。构建的荧光定量PCR标准曲线Ct值与模板浓度呈良好的线性关系,熔解曲线的吸收峰单一,扩增效率好。利用该定量检测体系,能从几种不同的三七病株中快速检测出携带尖孢镰刀菌的根腐病病株,从而达到准确诊断的目的。本方法不仅能明确三七种植土壤以及三七病株中尖孢镰刀菌数量的动态变化,并且可以为三七土壤处理、根腐病的早期诊断和动态监测以及带病三七种子、种苗的快速分子检测提供技术支持。

应用real-time PCR定量检测果园葡萄霜霉病菌潜伏侵染

为明确葡萄霜霉病菌潜伏侵染阶段的菌量与病害发生的关系,本研究对贺兰山东麓宁夏立兰酒庄酿酒葡萄园3个试验样地进行采样调查,分析3个样地检测的分子病情指数(MDI)与果园田间调查的病情指数(DI)的相关性。结果表明,宁夏立兰酒庄酿酒葡萄园3个样地的MDI和DI呈极显著相关,3个样地的MDI均与采样后15 d的DI拟合性最高;当MDI值为0.0035~0.1841时,采样后12 d葡萄霜霉病在果园零星发生。MDI大于0.0035时,可作为当地酿酒葡萄霜霉病防治预警指标。

基于ARMS-PCR技术检测SLC39A13基因核苷酸多态性方法的建立

为了实现核苷酸多态性(SNP)的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A(PPIA)的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性对照质粒;最后,以基因分型精确度为指标,优化引物探针组合,以及检测试剂的PCR反应体系和反应条件。结果表明:野生型最优引物探针组合为WF1、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5,突变型最优引物探针组合为FMF3、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5;每个检测样品的最优反应体系为SLC39A13基因上下游引物探针各0.1μL,内标上下游引物探针各0.1μL,10μL PerfectStart^(■)ⅡProbe qPCR SuperMix UDG,5.4μL纯水,4μL样品基因组。重复性实验和70个样品的检测验证,确认了检测体系的可行性,为研发SLC39A13基因rs755555位点多态性检测试剂盒提供了技术基础。

改良分子信标-实时PCR快速检测副溶血弧菌

目的 :建立改良分子信标 -实时 PCR检测副溶血弧菌的快速方法 ,应用于副溶血弧菌食物中毒的快速诊断和海产品检验。方法 :根据 Gen Bank公布副溶血弧菌的耐热直接溶血毒素基因 (TDH)的保守序列 ,设计一对引物和改良分子信标探针 ,用 FAM荧光剂标记探针的 5′,并进行特异性和灵敏度分析 ;同时以 11种细菌作对照 ,建立改良分子信标检测副溶血弧菌的实时 PCR反应体系 ,应用于副溶血弧菌食物中毒快速诊断和食品微生物检测。结果 :检测 12种细菌 ,只有副溶血弧菌有荧光信号 ,与其他细菌无交叉反应 ,DNA灵敏度为 16 6 .6 fg/ μl,菌液灵敏度为 6 9cfu/ ml或 6 cfu/ PCR反应体系。改良分子信标 -实时 PCR反应体系检测 4 0株副溶血弧菌均出现特异的荧光信号 ,无干扰。对 3起细菌性食物中毒共 4 8份样品和 10 0份海产品进行检测 ,9份副溶血弧菌实时 PCR阳性 ,其中 7份副溶血弧菌细菌培养阳性 ,其余样品都为阴性。检测时间仅需 2 h。结论 :改良分子信标 -实时 PCR检测体系快速、灵敏度高 ,特异性强 ,可用于副溶血弧菌食物中毒的快速诊断 。

分子信标荧光定量PCR快速检测结核分枝杆菌方法的初步研究

目的建立分子信标荧光定量PCR快速检测结核杆菌方法,为临床结核病的诊断提供特异性强、灵敏度高、可标准化、自动化的检测方法。方法根据GenBank数据库公布的结核分枝杆菌IS6110基因的保守序列,设计引物与分子信标探针,建立结核分枝杆菌荧光定量PCR检测方法;以10种细菌作对照分析该方法的特异性与灵敏度;应用已建立的方法检测结核分枝杆菌,评价其应用价值。结果所建立的分子信标荧光定量PCR检测10种细菌,只有结核分枝杆菌有荧光信号,与其他细菌无交叉反应,4拷贝/PCR反应体系的结核分枝杆菌都能有效检出。对100株结核分枝杆菌的检测结果为阳性,单一检测时间仅需2h。结论分子信标荧光定量PCR检测方法快速、灵敏度高、特异性强,可用于快速诊断结核病,为结核病的诊断与治疗提供新的检测手段。

应用TaqMan探针进行马铃薯金线虫实时荧光PCR检测技术研究

马铃薯孢囊线虫是全球性的植物检疫性线虫,亦是我国重点关注的有害生物。针对马铃薯金线虫ITS序列,设计了引物和TaqMan探针,使用15个马铃薯孢囊线虫群体和4个其他孢囊线虫样品进行验证,可高度灵敏地检测单个马铃薯金线虫的孢囊或幼虫,并可进行定量;最高检测灵敏度达到10fg;同时开展了混合样品和未知样品的检测,证明了引物的专化性和TaqMan探针的特异性。该检测方法可自动化检测马铃薯金线虫并进行定量,适合进行标准化的常规检测。

改良分子信标-实时PCR快速检测志贺菌

目的:建立改良分子信标-实时PCR检测志贺菌的快速方法,应用于志贺菌食物中毒的快速诊断和门诊肠道致病菌的检测。方法:根据GenBank公布志贺菌ipaH基因的保守序列,设计引物和改良分子信标探针,建立实时PCR-改良分子信标检测体系,应用于对志贺菌食物中毒的快速诊断和门诊肠道致病菌的检测。结果:改良分子信标-实时PCR反应体系DNA灵敏度为93 fgμ/l,菌液灵敏度为64 cfu/m l或2 cfu/PCR反应体系,无交叉反应。此反应体系检测67株志贺菌,均出现特异的荧光信号。对细菌性食物中毒样本等共657份样品进行志贺菌检测,42份志贺菌实时PCR阳性,其中41份志贺菌细菌培养阳性。从样品处理到检测结果仅需2 h^1 d时间。结论:改良分子信标-实时PCR检测体系快速、灵敏度高,特异性强,可用于志贺菌食物中毒的快速诊断,为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段,对于提高肠道门诊的工作效率有重要意义。

实时荧光PCR检测马铃薯白线虫技术研究

马铃薯胞囊线虫是马铃薯上最重要的有害生物之一,也是我国特别关注的重要植物检疫性线虫。针对马铃薯白线虫ITS序列,我们设计了引物和TaqMan探针,使用15种马铃薯胞囊线虫群体和4种其它胞囊线虫样品进行验证,可高度灵敏地检测单个马铃薯白线虫的胞囊或幼虫,最高检测灵敏度达到10fg;同时开展了混合样品和未知样品的检测,证明了引物的专化性和TaqMan探针特异性。该检测方法可自动化检测马铃薯白线虫并进行定量,适合进行标准化的常规检测。

分子信标-实时PCR法快速检测双歧杆菌的研究

为建立双歧制品中双歧杆菌快速、敏感、特异的检测方法,根据双歧杆菌16SrRNA/16SrDNA基因设计合成了双歧杆菌属特异性引物和分子信标探针,建立了快速检测双歧杆菌的分子信标-实时PCR检测方法,并对反应条件进行优化。检测方法重复性好,批内和批间变异系数均小于5%;特异性强,扩增曲线呈现明显的S型,无非特异性扩增;灵敏度高,是普通PCR的100倍,对纯双歧杆菌DNA的检出限为5.7fg/PCR反应体系,纯双歧杆菌菌液的检出限为2×103CFU/mL;线形范围宽,起始模板数在2×108CFU/mL～2×104CFU/mL之间具有良好的线性关系,相关系数大于97%。该方法具有灵敏、特异、简便和快速的特点,可用于对双歧杆菌原位菌数的定量检测。

改良分子信标-实时PCR快速检测产单核李斯特菌

目的:建立改良分子信标-实时PCR检测产单核李斯特菌(LMO)的快速方法,应用于食品中LMO的污染状况调查及食物中毒快速诊断。方法:根据GenBank公布的LMO hlyA基因的保守序列,设计引物和改良分子信标探针,建立改良分子信标-实时PCR检测体系,应用于食品中LMO检测。结果:改良分子信标-实时PCR反应体系DNA灵敏度为110 fg,菌液灵敏度为99 cfu/m l或4 cfu/PCR反应体系,无交叉反应。以此反应体系检测28株LMO,均出现特异的荧光信号。上述方法可将检测时间由原来的至少4 d缩短至1 d。对228份食品进行LMO检测,8份增菌液LMO实时荧光PCR阳性,其中6份LMO细菌培养阳性。结论:改良分子信标-实时PCR反应体系快速、灵敏度高,特异性强,能提高LMO的检出率和准确性,可应用于LMO食品污染状况调查及食物中毒的快速诊断。

实时荧光定量PCR检测核桃胶胞炭疽菌

为快速灵敏检测核桃炭疽病病原菌,根据Gen Bank中炭疽属(Colletotrichum)不同种的ITS序列差异,设计了核桃炭疽病病原菌胶胞炭疽菌(C. gloeosporioides)的特异性引物YH1/YH2,并优化建立了检测核桃胶胞炭疽菌的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测体系。结果表明:该引物能从实验室分离保存鉴定的13株核桃胶胞炭疽菌中特异性扩增出306bp的目的条带,而对于其他6种核桃常见病害病原菌、健康核桃植株组织及所有微生物总基因组DNA均未扩增出特异性条带;建立的实时荧光定量PCR检测体系灵敏度为1×10-3mg·L-1,是常规PCR检测方法的100倍;对10份采集于四川、陕西、湖北等地的林间感病核桃植株组织进行定量检测,实时荧光定量PCR的阳性检出率为80%,且样品病症表现越明显检测到的含菌量越高。建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法可用于核桃感病组织内胶胞炭疽菌的分子鉴定和早期检测。

改良分子信标—实时PCR快速检测霍乱弧菌

目的 建立改良分子信标—实时PCR检测霍乱弧菌的快速方法 ,应用于霍乱监测。 方法 根据GenBank公布的霍乱弧菌肠毒素基因A亚单位 (ctxA)的保守序列 ,设计一对引物和改良分子信标探针 ,并进行特异性和灵敏度分析 ;同时以 11种细菌作对照 ,建立改良分子信标检测霍乱弧菌的实时PCR反应体系 ,应用于霍乱监测。 结果 霍乱弧菌改良分子信标检测体系检测 12种细菌 ,只有霍乱弧菌有荧光信号 ,与其他细菌无交叉反应 ,DNA灵敏度为10 2 4fg/ul ,菌液灵敏度为 3 2cfu/ml或 3cfu/PCR反应体系。对 10 0份海产品和 3 0份腹泻病人大便标本进行检测 ,结果都为阴性。检测时间仅需 2h。 结论 改良分子信标—实时PCR检测体系快速、灵敏度高、特异性强 ,可用于霍乱的快速诊断 。

荧光定量PCR在药用植物基因表达及鉴别中的应用

实时荧光定量PCR是基于荧光信号的累积在DNA扩增过程中对整个实验进程进行实时监测的一种技术,具有较高的灵敏度与特异性,且定量准确、快速简便,因此在微生物分析、食品科学研究、临床诊断、肿瘤早期研究及遗传病研究等方面具有广泛的应用前景,近年来已逐渐应用于药用植物内参基因筛选、中药合成生物学、中药活性成分生物合成路线研究等领域。该文依据NCBI、国家知识基础设施数据库(CNKI)、中国学术期刊数据库(CSPD)等数据库对近5年实时荧光定量PCR在药用植物基因表达分析中的应用进行综述。

双重realtimePCR定量测定小麦条锈菌潜伏侵染方法的建立与应用

小麦条锈病是我国小麦生产上的重要病害之一。为高效准确地定量检测处于潜伏侵染阶段的小麦条锈菌,本研究根据已发表的小麦条锈菌和寄主小麦的引物,设计了各自的探针,建立了双重real-time PCR检测方法。为排除多个引物互作造成的干扰,对小麦条锈菌引物探针体系、小麦体系以及二者的双重real-time PCR体系进行了比较。CT值相关线性回归分析证明,引物之间互作很小,对定量检测无影响。已知浓度样品经梯度稀释,进行灵敏度检测,确定了双重real-time PCR对小麦条锈菌DNA和小麦DNA准确定量测定的最小检测限为0.4 pg和0.5 ng。同时建立了小麦条锈菌和小麦各自的标准曲线。用此方法检测来自两个不同地区的田间样本,得到的分子病情指数(MDI)与随后的发病趋势一致。本研究建立的双重real-time PCR分析方法可靠、高效、低误差,是对本实验室已有小麦条锈菌潜伏期分子检测方法的进一步优化。

小麦条锈菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了研究青海省小麦条锈菌在小麦潜育期叶片菌源量,文中以小麦条锈菌延伸因子EF1为引物,利用实时荧光定量PCR技术建立了小麦条锈菌潜育期菌源量检测体系。结果表明:(1)小麦条锈菌延伸因子EF1引物能从小麦叶片gDNA中扩增出特异性目的片段243 bp。(2)实时荧光定量PCR检测体系的灵敏度是常规PCR灵敏度的100倍。(3)铭贤169叶片接种小麦条锈菌后第1天到第8天均检测到条锈菌,且菌源量随着天数的变化呈指数型增长趋势。本研究建立的检测体系可检测到小麦条锈菌在小麦潜育期叶片菌源量,为早期小麦条锈病的发生和防治提供理论依据。

葡萄白粉病菌潜伏侵染量Real-time PCR检测方法建立

根据葡萄EF1-α基因序列设计引物F-g-6/R-g-6,根据葡萄白粉菌细胞色素P450基因序列设计特异性引物F-P450-Un/R-Un,分别建立葡萄叶片和葡萄白粉菌的real-time PCR检测方法,用于计算分子病情指数。结果表明:使用real-time PCR方法对酿酒葡萄‘赤霞珠’叶片DNA和葡萄白粉菌DNA测定的灵敏度分别为10^(-2)和10^(-5) ng·μL^(-1),分别是常规PCR的100倍和1 000倍。同时建立葡萄叶片DNA和白粉菌DNA各自的标准曲线,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关系数分别为0.99637和0.99564。利用建立的real-time PCR检测方法对葡萄尚未发病的30个田间样品进行检测,共检测到22个样品中含有葡萄白粉菌,其分子病情指数与18d后的田间病情指数极显著相关(相关系数为0.916)。建立的葡萄白粉菌潜伏侵染量real-timePCR分子检测体系,能够为葡萄白粉病的早期诊断和监测预警提供理论支持。

3种松材线虫分子检测技术的比较分析

分别用特异性引物法、ITS-PCR-RFLP法和实时荧光PCR法对松材线虫进行了检测,通过检测时间、检测精度和操作情况等方面的比较得出:特异性引物PCR法操作简便、成本低,是目前的常规检测技术;ITS-PCR-PFLP法可以鉴定到小种,相比特异性引物法更具说服力,但耗时较多,适用于线虫种群分化研究和种类鉴定,而不适合作为一种快速检测技术;实时荧光PCR法耗时短,灵敏度高,操作简便安全,只是仪器设备要求较高,适合松材线虫的口岸检验检疫工作。

松材线虫两种实用分子检测技术

为检验已开发的SCAR标记与实时PCR两种分子检测方法鉴定松材线虫的可靠性,本文选用线虫未知种样品7个以及已知种样品3个为实验材料,采用上述两种分子检测方法进行检测,并且对7个线虫未知种样品进行形态鉴定。结果表明:1)运用SCAR标记检测,第2、3、4、7号4个未知种样品与8号松材线虫样品出现了一条清晰、明亮的860bp特异条带,第1、5、6号样品与9号拟松材线虫、10号大核滑刃线虫均未出现扩增谱带,表明第2、3、4、7号4个待测样品中含有松材线虫,而第1、5、6号3个待测样品中不含有松材线虫;2)运用实时PCR检测,第2、3、4、7号4个样品与8号松材线虫样品表现有明显的阳性扩增信号,其余样品均未出现扩增信号,也无循环阈值(Ct值);3)对7个未知种样品的形态鉴定结果为:第2、4、7号样品为松材线虫样品,3号样品中除松材线虫外还含有其他线虫,第1、5、6号3个样品不含松材线虫。对于松材线虫的检测,两种分子检测结果与形态鉴定结果完全一致,且两种分子检测方法对松材线虫都具有很强的特异性,都可以在较短时间内对松材线虫进行鉴定。其中SCAR标记检测方法约需2h,实时PCR检测方法约需1h。实现了对松材线虫幼虫快速检测目标,检测结果便于判读。

食品污染产单核李斯特菌不同检测方法学评估

目的评价以不同方法检测食品中污染产单核李斯特菌(LMO)效果,并对其检测方法进行优化。方法同时用国标法、改良国标法、改良分子信标-实时荧光PCR法、免疫磁性分离法对深圳市2004～2006年食品样品进行LMO分离鉴定并进行比较。结果228份样品中8份增菌液LMO实时荧光PCR阳性,其中6份LMO细菌培养阳性。国标法、改良国标法,改良分子信标-实时荧光PCR法、免疫磁性分离法都能检出LMO,检出率分别为2.63%、2.63%、3.50%、2.63%。深圳市食品中LMO的污染率为2.63%(国标法),速食类冻品污染率为12.8%(国标法)。结论荧光PCR法检出率最高,将检测时间由原来的至少4～5d缩短至1d,可用于食品污染LMO状况调查的初筛和食物中毒的快速诊断;国标法与改良国标法的检出率相等,而后者的操作更方便。免疫磁性分离法的检出率最低。

分子生物学技术在双歧杆菌检测中的应用

从核酸探针、聚合酶链式反应、分子标记、实时PCR等分子生物学技术在双歧杆菌检测中的应用等方面作以综述,并指出各种检测技术的局限性及应用前景。