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ODC1基因对前列腺癌细胞PC-3 LncRNA表达影响的初步观察与分析
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作者 宋尖卓 马健 陈鹏 《新疆医科大学学报》 CAS 2024年第4期526-532,共7页
目的探讨鸟氨酸脱羧酶1(ODC1)基因对前列腺癌细胞PC-3 LncRNA表达的影响,为进一步研究其作用及调控机制提供一些实验基础和线索。方法以前列腺癌细胞PC-3作为研究对象,敲低ODC1基因,经q-PCR检测及WB检测验证后采用Illumina Novaseq 6000... 目的探讨鸟氨酸脱羧酶1(ODC1)基因对前列腺癌细胞PC-3 LncRNA表达的影响,为进一步研究其作用及调控机制提供一些实验基础和线索。方法以前列腺癌细胞PC-3作为研究对象,敲低ODC1基因,经q-PCR检测及WB检测验证后采用Illumina Novaseq 6000,PE150模式进行高通量测序,测序结果应用编码潜能分析方法(CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、LGC分析)进行预测筛选,对筛选出的lncRNAs行差异分析、顺式作用元件分析以及GO和KEGG富集分析。再选择文献报道中与前列腺癌关系密切的几个功能lncRNAs,采用q-PCR进行验证。结果(1)在ODC1敲低PC-3细胞中筛选到341个lncRNA,差异表达的lncRNA中上调154个,下调128个。符合条件的差异lncRNA与差异表达基因共表达的顺式调控靶标有38个。(2)差异表达lncRNAs行GO和KEGG富集分析显示,lncRNA靶标基因参与体内多种生物学通路,如磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路(PI3K-Akt信号通路)、Ras信号通路等,还与肿瘤血管生成、细胞群增殖、正调控细胞分裂等密切相关。(3)q-PCR法验证结果:LINC00973、TERC表达显著下调、LINC00638表达显著上调,与GO和KEGG富集分析得到的lncRNA差异表达情况一致。结论敲低ODC1基因可导致PC-3细胞lncRNAs差异表达,ODC1基因有可能通过lncRNAs影响细胞信号通路,促进肿瘤的发生发展。本实验为进一步研究ODC1基因在前列腺癌中的作用提供了一些新的实验基础。 展开更多
关键词 前列腺癌 ODC1基因 lncRNA 差异表达
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CAPN1和CAST基因在牦牛不同组织中的表达差异研究 被引量:7
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作者 姚慧 陈智华 +2 位作者 钟金城 曾贤彬 柴志欣 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2014年第3期139-141,149,共4页
为检测钙蛋白酶基因(CAPN1)和钙蛋白酶抑制基因(CAST)在牦牛心、肝、脾、肺、肾、胃、眼肌、腹肌等不同组织中的表达水平,采用实时荧光定量PCR技术分析这2个基因的表达规律。结果显示,CAPN1和CAST基因在牦牛的8种组织中均有表达,但在不... 为检测钙蛋白酶基因(CAPN1)和钙蛋白酶抑制基因(CAST)在牦牛心、肝、脾、肺、肾、胃、眼肌、腹肌等不同组织中的表达水平,采用实时荧光定量PCR技术分析这2个基因的表达规律。结果显示,CAPN1和CAST基因在牦牛的8种组织中均有表达,但在不同组织的表达量存在差异。CAPN1基因在眼肌中的表达量最高,其次为腹肌,在肌肉中的表达量显著高于内脏组织,内脏组织中,在肝脏的表达量最高,其次为肾脏,胃中的表达量最低;CAST基因在胃中的表达量最高,其次为眼肌、腹肌,在肾脏中的表达量最低。 展开更多
关键词 牦牛 CAPN1基因 CAST基因 实时荧光定量PCR 基因表达差异
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蒙古羊ADAMTS1基因外显子3多态性检测及在卵巢和子宫组织中差异表达分析 被引量:5
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作者 何小龙 李蓓 +4 位作者 刘永斌 祁云霞 吴江鸿 特日格勒 荣威恒 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期399-406,共8页
为揭示蒙古羊卵巢组织差异表达基因ADAMTS1外显子3的遗传多态性及在单、双羔蒙古羊卵巢和子宫组织中的表达差异性,本试验分别采用PCR-SSCP技术结合DNA直接测序技术对蒙古羊ADAMTS1基因外显子3的遗传多态位点进行了检测;采用实时荧光定量... 为揭示蒙古羊卵巢组织差异表达基因ADAMTS1外显子3的遗传多态性及在单、双羔蒙古羊卵巢和子宫组织中的表达差异性,本试验分别采用PCR-SSCP技术结合DNA直接测序技术对蒙古羊ADAMTS1基因外显子3的遗传多态位点进行了检测;采用实时荧光定量PCR(RQ-PCR)技术对蒙古羊ADAMTS1基因在单、双羔蒙古羊卵巢和子宫组织中的差异表达量进行了分析。结果表明,蒙古羊ADAMTS1基因的第3外显子第141碱基处存在C→T的点突变,而该处突变未能引起氨基酸序列的变化,χ2适合性检验结果表明整个蒙古羊群体呈现低度多态(PIC=0.233)并处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.05);RQ-PCR检测结果表明ADAMTS1基因在双羔羊卵巢组织和子宫组织中的表达量均高于单羔羊,分别是单羔羊相应组织表达量的2.04和2.30倍。结果表明,ADAMTS1基因对于蒙古羊的多羔性状具有重要的作用,是蒙古羊多羔主效基因。 展开更多
关键词 蒙古羊 ADAMTS1基因 多态性 差异表达 主效基因
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Myf5、Myf6基因在黔北麻羊与努黔F1代不同组织表达差异性的研究 被引量:7
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作者 王鑫 苑洪霞 +2 位作者 骆金红 许厚强 陈祥 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第5期54-58,共5页
实验旨在探究Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代各组织间的相对表达水平。应用实时荧光定量PCR法检测Myf5、Myf6基因在黔北麻羊(3只)和努黔F_1代(3只)的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、股二头肌和臂三头肌等组织间的相对... 实验旨在探究Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代各组织间的相对表达水平。应用实时荧光定量PCR法检测Myf5、Myf6基因在黔北麻羊(3只)和努黔F_1代(3只)的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、股二头肌和臂三头肌等组织间的相对表达量。结果表明:各组织Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代间表达差异不显著;2种基因在黔北麻羊臂三头肌、股二头肌和背最长肌相对表达量均极显著高于肾脏、肝脏、心脏、脾脏、肺脏(P<0.01),其中Myf5基因在肾脏相对表达量显著高于脾脏和肺脏(P<0.05),Myf6基因在心脏和肝脏相对表达量均显著高于脾脏(P<0.05);2种基因在努黔F_1代臂三头肌、股二头肌和背最长肌相对表达量均极显著高于肝脏、肾脏、心脏、脾脏、肺脏(P<0.01),心脏和肝脏相对表达量均显著高于肺脏(P<0.05)。综上,Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代8种组织中均有表达且表达量不等,在肌肉组织中的表达量最高。 展开更多
关键词 Myf5基因 Myf6基因 表达差异 黔北麻羊 努黔F1
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基于加权基因共表达网络鉴定肾移植术后排斥反应中巨噬细胞M1亚型相关基因 被引量:1
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作者 董博清 李杨 +6 位作者 石玉婷 张静 冯新顺 郑瑾 李潇 丁小明 薛武军 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期83-92,共10页
目的鉴定肾移植术后排斥反应中巨噬细胞M1亚型表达的相关基因并构建风险模型预测移植肾存活。方法在基因表达综合(GEO)数据库下载肾移植术后的GSE36059及GSE21374数据集。GSE36059包括发生排斥反应和稳定移植物的样本,使用该数据集进行... 目的鉴定肾移植术后排斥反应中巨噬细胞M1亚型表达的相关基因并构建风险模型预测移植肾存活。方法在基因表达综合(GEO)数据库下载肾移植术后的GSE36059及GSE21374数据集。GSE36059包括发生排斥反应和稳定移植物的样本,使用该数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异分析筛选差异表达的巨噬细胞M1亚型相关差异表达基因(M1-DEG)。随后将GSE21374数据集(包含了移植物丢失的随访数据)按照7∶3拆分为训练集以及验证集,在训练集中使用最小绝对收缩和选择算法(LASSO)筛选变量构建多因素Cox模型,并评估模型预测移植物存活的能力。使用CIBERSORT分析高、低风险组浸润的免疫细胞的差异,并分析两组间人类白细胞抗原(HLA)相关基因的分布,基因集富集分析(GSEA)用于进一步明确高风险组中富集的生物学过程以及通路。最后使用数据库预测与预后基因互作的微小核糖核酸(miRNA)。结果在GSE36059数据集中,筛选得到14个M1-DEG。在GSE21374数据集中,使用LASSO-Cox回归筛选出Toll样受体8(TLR8)、Fcγ受体1B(FCGR1B)、BCL2相关蛋白A1(BCL2A1)、组织蛋白酶S(CTSS)、鸟苷酸结合蛋白2(GBP2)及半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶招募域家族成员16(CARD16),基于这6个M1-DEG构建多因素Cox模型。风险模型在训练集中预测1年及3年移植物存活的受试者工作特征曲线下面积(AUC)分别为0.918和0.877,在验证集中预测1年及3年移植物存活的AUC分别为0.765及0.736。免疫浸润分析表明,高风险组静息及活化的CD4+记忆T细胞、γδT细胞、巨噬细胞M1亚型浸润增多(均为P<0.05)。高风险组HLAⅠ类基因表达上调。GSEA分析表明,高风险组免疫反应及移植物排斥反应富集。CTSS与8个miRNA相互作用、BCL2A1和GBP2与3个miRNA相互作用、FCGR1B与1个miRNA相互作用。结论本研究基于6个M1-DEG构建的预后风险模型对于预测移植肾存活具有良好的表现,可为早期对高风险受者干预提供依据。 展开更多
关键词 肾移植 排斥反应 移植肾丢失 巨噬细胞 M1亚型 加权基因表达网络分析 差异表达基因 免疫反应 微小核糖核酸
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基因表达谱芯片技术筛选XTP1基因转染细胞差异表达基因 被引量:3
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作者 刘妍 成军 +3 位作者 王春花 王建军 杨倩 纪冬 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2004年第1期24-27,共4页
目的 应用基因芯片技术 ,检测乙型肝炎病毒 (HBV)X蛋白 (HBxAg)反式激活基因XTP1的表达对肝母细胞瘤细胞系HepG2基因表达谱的影响 ,进一步阐明XTP1蛋白可能的分子生物学功能。方法 设计并合成XTP1基因序列特异性的引物 ,应用聚合酶链... 目的 应用基因芯片技术 ,检测乙型肝炎病毒 (HBV)X蛋白 (HBxAg)反式激活基因XTP1的表达对肝母细胞瘤细胞系HepG2基因表达谱的影响 ,进一步阐明XTP1蛋白可能的分子生物学功能。方法 设计并合成XTP1基因序列特异性的引物 ,应用聚合酶链反应 (PCR)技术扩增XTP1基因片段 ,以常规的分子生物学技术将获得的XTP1编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定 ,构建真核表达载体pcDNA3 1(-)_XTP1。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2 ,提取mRNA ,逆转录为cDNA ,与转染空表达载体pcDNA3 1(-)的HepG2细胞进行cDNA芯片分析。结果 构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定 ,证实准确无误。提取高质量的mRNA ,逆转录为cDNA ,进行cDNA芯片分析。在 115 2个基因表达谱的筛选中 ,发现有 3个基因表达水平显著上调 ,2 4个基因表达水平显著下调。结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了XTP1转染细胞后差异表达基因 ,为进一步阐明XTP1蛋白可能的生物学功能提供依据。 展开更多
关键词 基因表达 基因芯片 XTP1基因 基因转染 反式激活基因 乙型肝炎病毒 差异表达基因
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atp1基因在小麦BNS雄性不育系和自身转换系中的差异表达 被引量:4
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作者 赵大华 孙慧慧 +1 位作者 于同英 李友勇 《生命科学研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期488-493,共6页
atp1基因在植物中是线粒体基因组编码,其产物ATP1是线粒体ATP合酶F1的α亚基,在小麦BNS的雄性不育系和它的转换系中差异表达。为了检测该基因的表达丰度,探讨与BNS不育性的联系,以BNS不育系和它的转换系的幼穗、花药和穗轴等组织为材料... atp1基因在植物中是线粒体基因组编码,其产物ATP1是线粒体ATP合酶F1的α亚基,在小麦BNS的雄性不育系和它的转换系中差异表达。为了检测该基因的表达丰度,探讨与BNS不育性的联系,以BNS不育系和它的转换系的幼穗、花药和穗轴等组织为材料,利用实时荧光定量PCR方法,测定和比较该基因在不同组织中的表达水平,结果表明,该基因在各组织中的总表达量比内参甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因表达量高3-4个数量级;在幼穗及各穗轴营养组织中表达量一致;花药与营养组织比较,在不育系四分体和单核期花药中表达均上调;在不育系中,该基因表达量在单核期花药中显著下调。这些结果说明,线粒体atp1基因在小麦中是一个高水平表达基因,在BNS营养组织中组成型表达,在花药中特异性上调表达,在不育系中表达受到抑制,表现显著下调,表明atp1基因的下调表达与BNS不育性有关。 展开更多
关键词 小麦 BNS雄性不育 atp1 基因差异表达分析 荧光实时定量PCR
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奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)MR-1对氟西汀降解过程的转录组及功能基因分析
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作者 万宇 杭小帅 +7 位作者 王志刚 张澜 周莉 尤晓慧 朱冬冬 王燕 肖静 陈翔 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期532-540,共9页
该文研究了厌氧条件下奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)MR-1对氟西汀的降解性能,并从转录组学分析遗传分子代谢机制。结果表明,Shewanella oneidensis MR-1在厌氧条件下可有效降解体系中93.12%的氟西汀,降解速率达0.94 mg·L^... 该文研究了厌氧条件下奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)MR-1对氟西汀的降解性能,并从转录组学分析遗传分子代谢机制。结果表明,Shewanella oneidensis MR-1在厌氧条件下可有效降解体系中93.12%的氟西汀,降解速率达0.94 mg·L^(-1)·h^(-1)。采用Illumina高通量测序平台对降解氟西汀后的细菌与对照组细菌进行测序,通过基因本体数据库(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析,结合筛选的高表达高上调的差异表达基因,得到了耐受和降解氟西汀的功能基因,其中包膜应激反应膜蛋白基因、ABC转运蛋白基因、噬菌体休克蛋白PspA基因、氧化应激防御蛋白基因等在Shewanella oneidensis MR-1对环境的耐受中起重要作用;细胞色素C基因、硝基还原酶NfsB基因、乳酸利用蛋白基因等在氟西汀的降解转化中起关键作用。该研究从转录组水平分析了氟西汀的降解机制,可为Shewanella oneidensis MR-1在环境修复中的应用提供参考依据。 展开更多
关键词 Shewanella oneidensis MR-1 氟西汀 转录组 差异表达基因 功能基因
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从SAGE文库筛选的家蚕正反交F_1代3个差异基因的组织表达分析 被引量:1
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作者 周前凯 张彩霞 +6 位作者 王华 魏广兵 李娟 刘腾 金鑫 徐世清 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期674-679,共6页
家蚕许多数量遗传性状在品种的正反交之间存在明显差异,研究产生性状差异的分子机制对于家蚕育种具有重要指导意义。基于家蚕品种75新与7532正反交F1代同性别间的SAGE文库,比较、筛选出与家蚕抗逆性相关的3个表达差异显著基因——线粒... 家蚕许多数量遗传性状在品种的正反交之间存在明显差异,研究产生性状差异的分子机制对于家蚕育种具有重要指导意义。基于家蚕品种75新与7532正反交F1代同性别间的SAGE文库,比较、筛选出与家蚕抗逆性相关的3个表达差异显著基因——线粒体硫氧还蛋白2(TRx2)基因、谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)基因、抗菌肽(AMPs)基因。在幼虫5龄期设置高温(34℃)饲养环境,利用竞争性半定量RT-PCR方法检测3个差异基因在75新与7532的正反交F1代幼虫脂肪体、中肠和丝腺组织中的转录水平。TRx2基因和GPx基因在正反交F1代雌、雄幼虫的3个组织中均有表达,其中:TRx2基因在反交F1代雌、雄幼虫3个组织的转录水平总体上略高于正交F1代,表达趋势为先升高后降低,至5龄第6天的表达最高;GPx基因在正反交F1代雌性幼虫3个组织的转录水平在整个5龄期无明显差异,但雄性幼虫中该基因的转录水平在5龄第3天和第6天以反交F1代雄性幼虫略高,推测其抗氧化性能高于正交F1代雄性幼虫。AMPs基因在正反交F1代幼虫脂肪体中的转录水平最高,且正反交之间、雌雄之间无明显差异,推测该基因在脂肪体中的高水平表达对维持家蚕在高温环境下的体内稳态环境起重要作用。 展开更多
关键词 家蚕 正反交F1 差异表达基因 高温
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应用基因表达谱芯片技术筛选NS3TP1转染细胞差异表达基因 被引量:1
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作者 纪冬 成军 +2 位作者 刘妍 王建军 郭江 《世界华人消化杂志》 CAS 2004年第7期1707-1711,共5页
目的:应用基因芯片技术,检测丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)反式激活基因1(NS3TP1)的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响,进一步NS3TP1蛋白可能的分子生物学功能. 方法:设计并合成NS3TP1基因序列特异性的引物,应用聚合酶链... 目的:应用基因芯片技术,检测丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)反式激活基因1(NS3TP1)的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响,进一步NS3TP1蛋白可能的分子生物学功能. 方法:设计并合成NS3TP1基因序列特异性的引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增NS3TP1蛋白编码基因片段, 以常规的分子生物学技术构建表达载体pcDNA3.1(-)- NS3TP1.以脂质体技术转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析并比较. 结果:构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定,证实准确无误,提取高质量的总mRNA并进行逆转录成为cDNA,进行DNA芯片技术分析.在1 152个基因表达谱的筛选中,发现有26个基因表达水平显著上调,14个基因表达水平显著下调. 结论:应用基因表达谱芯片技术成功筛选了NS3TP1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明NS3TP1蛋白可能的生物学功能及HCV的致病机制提供理论依据. 展开更多
关键词 基因表达 芯片技术 筛选 NS3TP1转染细胞 差异表达基因 丙型肝炎病毒
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鹿茸不同生长期MALAT1基因的差异表达 被引量:1
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作者 夏彦玲 桂姗姗 +2 位作者 喻月婷 敖艳霖 曲昊淼 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期104-106,共3页
以不同生长期的鹿茸尖端组织为材料,采用mRNA差异显示技术检测不同生长期鹿茸尖端间充质组织的差异表达基因。对其中一条差异表达片段进行克隆测序分析,得到400 bp左右的片段,与野猪的非编码基因MALAT1有高度同源性,同源性为90%。进一... 以不同生长期的鹿茸尖端组织为材料,采用mRNA差异显示技术检测不同生长期鹿茸尖端间充质组织的差异表达基因。对其中一条差异表达片段进行克隆测序分析,得到400 bp左右的片段,与野猪的非编码基因MALAT1有高度同源性,同源性为90%。进一步实时荧光定量RT-PCR鉴定发现,该基因在鹿茸生长发育的前期和中期表达量高于后期,该基因在鹿茸快速生长期的上调表达暗示其在鹿茸生长发育过程中发挥作用,是鹿茸生长发育相关基因的候选基因。 展开更多
关键词 鹿茸 MRNA差异显示 差异表达基因 MALAT1 实时荧光定量RT-PCR
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CYP11A1基因在藏猪和藏梅猪卵巢、子宫和输卵管组织表达差异 被引量:3
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作者 刘锐 李江凌 +3 位作者 陈晓晖 龚建军 杨跃奎 吕学斌 《中国猪业》 2016年第12期59-62,共4页
CYP11A1基因是催化类固醇激素生成过程中的第一个水解酶,也是该过程的限速酶,对于受到激素调节的动物繁殖生理过程有重要作用。本文研究了CYP11A1基因在产仔数有明显差异两个猪种卵巢、子宫和输卵管三个组织中的表达差异,结果发现CYP11A... CYP11A1基因是催化类固醇激素生成过程中的第一个水解酶,也是该过程的限速酶,对于受到激素调节的动物繁殖生理过程有重要作用。本文研究了CYP11A1基因在产仔数有明显差异两个猪种卵巢、子宫和输卵管三个组织中的表达差异,结果发现CYP11A1基因在卵巢组织中表达最丰富,且在两个不同猪种中有显著差异(P<0.05)。这说明CYP11A1基因猪卵巢功能发挥具有重要作用。 展开更多
关键词 CYP11A1基因 藏猪 藏梅猪 差异表达
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甘蓝型油菜BnMAPK1超量表达及中油821的转录差异表达分析
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作者 王珍 张晓莉 +6 位作者 刘淼 姚梦楠 孟晓静 曲存民 卢坤 李加纳 梁颖 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期856-868,共13页
甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是我国重要的油料作物之一,具有较高的产量及营养价值。挖掘油菜广谱抗逆基因并深入探究其分子机制,对提高油菜抗逆性且保证产量及品质具有重要意义。MAPK级联(Mitogen-activated protein kinase cascades... 甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是我国重要的油料作物之一,具有较高的产量及营养价值。挖掘油菜广谱抗逆基因并深入探究其分子机制,对提高油菜抗逆性且保证产量及品质具有重要意义。MAPK级联(Mitogen-activated protein kinase cascades)是多种信号跨膜传递的交汇点,参与生长发育、生物及非生物胁迫应答等生物学过程。为了解甘蓝型油菜BnMAPK1基因的生物学功能,本研究以BnMAPK1超量表达(OE)和中油821(CK)油菜为材料进行数字基因表达谱分析。结果显示,与CK相比,650个基因在OE油菜中差异表达;其中上调表达基因243个,下调表达基因407个。GO注释共富集到生物学过程118条途径,其中18条与光合作用相关(包含77个差异表达基因);分子功能7条途径,包括草酸氧化酶活性、锰离子结合、氧化还原酶活性等;细胞组分38条途径,包括叶绿体、质体、类囊体等。KEGG分析结果表明,BnMAPK1参与调控油菜光合作用、碳代谢、次生代谢物生物合成等14条过程。此外,利用实时荧光定量PCR验证8个候选基因在OE和CK油菜中的表达,其表达变化与测序结果基本一致。本研究结果为甘蓝型油菜BnMAPK1在生长发育及光响应等生物学过程中的功能分析奠定了基础,也为农作物广谱抗逆遗传育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 BnMAPK1 差异表达基因(DEGs) 光合作用 数字基因表达谱测序(DGE-seq)
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光照对贵州黄鸡ONECUT 1基因在不同产蛋期各组织中表达的影响
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作者 朱丽莉 杨波 +5 位作者 田维荣 李亮 李成军 李冬光 伍革民 张福平 《贵州农业科学》 CAS 2023年第11期49-54,共6页
【目的】分析光照对蛋鸡不同组织和不同产蛋时期ONECUT1基因的差异表达,探讨该基因对鸡产蛋性能的影响,为深入开展光照对鸡繁殖性能分子机理的研究奠定基础。【方法】选取贵州黄鸡体重相近的10周龄母鸡216只,在半舍饲养殖条件下(舍饲+... 【目的】分析光照对蛋鸡不同组织和不同产蛋时期ONECUT1基因的差异表达,探讨该基因对鸡产蛋性能的影响,为深入开展光照对鸡繁殖性能分子机理的研究奠定基础。【方法】选取贵州黄鸡体重相近的10周龄母鸡216只,在半舍饲养殖条件下(舍饲+运动场)随机分为自然光照组和早晚各增光1 h组,140日龄、200日龄、480日龄屠宰各4只,采集垂体、下丘脑、视网膜、输卵管和卵巢等组织,利用qRT-PCR技术检测ONECUT1基因的差异表达。【结果】ONECUT1基因在肌肉组织中表达量最高,输卵管、卵巢次之,肝脏最低。在垂体、下丘脑和卵巢组织中,ONECUT 1基因在产蛋高峰期(200日龄)的表达量显著高于开产日期(140日龄)和产蛋后期(480日龄)。垂体组织中200日龄的增光组显著高于自然光照组,输卵管中140日龄的自然光照组显著低于增光组。【结论】ONECUT1基因的表达具有时空特性,并受光照调节,与鸡产蛋性能有关。 展开更多
关键词 蛋鸡 贵州黄鸡 光照周期 ONECUT1基因 差异表达
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种植体周围炎炎性组织差异表达基因的筛选及验证
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作者 韦雨杏 董皓 +4 位作者 韦惠平 谢诚 陀杨娟 覃浩 曹勇 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2023年第30期4844-4849,共6页
背景:种植体周围炎严重影响着口腔种植修复的成功,目前仍然没有有效的治愈方法,其发病机制也尚未阐明。目的:寻找种植体周围炎发生相关的核心差异表达基因,并进行实验验证。方法:利用生物信息技术从GEO数据库中筛选种植体周围炎牙龈和... 背景:种植体周围炎严重影响着口腔种植修复的成功,目前仍然没有有效的治愈方法,其发病机制也尚未阐明。目的:寻找种植体周围炎发生相关的核心差异表达基因,并进行实验验证。方法:利用生物信息技术从GEO数据库中筛选种植体周围炎牙龈和健康牙龈的差异表达基因,并对差异基因进行富集分析。利用String数据库构建蛋白互作网络,并使用cytoscape软件筛选关键基因,采用RT-PCR和免疫组化检测对关键基因C3AR1表达进行验证。采用RT-PCR法检测RAW264.7细胞破骨向分化后C3AR1 mRNA的表达水平。结果与结论:①将GSE33774数据集中种植体周围炎牙龈和健康牙龈的基因数据行差异分析,得到有意义的上调基因33个,下调基因17个,共50个差异表达基因;GO和KEGG结果显示差异表达基因主要富集在免疫受体活性、C-C趋化因子受体活性功能,以及破骨细胞分化相关信号通路上;②共筛选出C3AR1、CD14、TLR4、CCR1、CYBB和FCGR2A 6个关键基因,RT-PCR、免疫组化实验结果证实,C3AR1在种植体周围炎组织中表达上调,且C3AR1在巨噬细胞破骨向分化后表达上调;③结果显示,C3AR1在种植体周围炎中高表达,可能是种植体周围炎骨质破坏的关键基因。 展开更多
关键词 种植体周围炎 C3AR1 生物信息学 差异表达基因 关键基因 单核巨噬细胞 破骨分化 骨质破坏
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P-糖蛋白编码基因mdr1在肝细胞癌中差异表达的定量检测
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作者 邱秀华 林川 +5 位作者 满晓波 张宝华 唐亮 程庆宝 吴孟超 王红阳 《中国医药导刊》 2006年第2期115-115,126,共2页
  化疗药对于肝细胞癌(HCC)的疗效较差,有研究表明其与多种多药耐药(multidrug resistance,MDR)基因有关[1],而多药耐药基因1(mdr1)的编码蛋白P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)在其中占有重要地位[2],本研究利用逆转录实时荧光...   化疗药对于肝细胞癌(HCC)的疗效较差,有研究表明其与多种多药耐药(multidrug resistance,MDR)基因有关[1],而多药耐药基因1(mdr1)的编码蛋白P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)在其中占有重要地位[2],本研究利用逆转录实时荧光聚合酶链反应(Real-time PCR)技术定量检测了mdr1基因在肝细胞癌中的表达. 展开更多
关键词 蛋白编码基因 MDR1基因 P-糖蛋白 肝细胞癌 定量检测 差异表达 实时荧光聚合酶链反应 多药耐药基因 编码蛋白 PCR)
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HSF1对LPS诱导的急性肺损伤小鼠的保护作用及其相关差异表达基因的筛选 被引量:8
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作者 肖归 王桂良 +6 位作者 陈广文 王小莉 张华莉 王慷慨 刘梅冬 刘可 肖献忠 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2073-2077,2083,共6页
目的:探讨热休克因子1(heat shock factor 1,HSF1)减轻脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的小鼠急性肺损伤的作用及其分子机制。方法:采用气管滴注LPS的方法制备小鼠急性肺损伤模型,观察HSF1野生型小鼠(HSF1^(+/+))和HSF1敲除小鼠(HSF... 目的:探讨热休克因子1(heat shock factor 1,HSF1)减轻脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的小鼠急性肺损伤的作用及其分子机制。方法:采用气管滴注LPS的方法制备小鼠急性肺损伤模型,观察HSF1野生型小鼠(HSF1^(+/+))和HSF1敲除小鼠(HSF1^(-/-))肺大体改变和肺组织病理改变,检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)中总蛋白、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素(interleukin,IL)-1β和IL-6的蛋白表达。采用基因芯片技术筛选经LPS处理后的HSF1^(+/+)和HSF1^(-/-)小鼠肺组织中的差异表达基因,并进一步采用real-time PCR对CXC趋化因子受体2(CXC chemokine receptor 2,CXCR2)的表达进行验证。结果:与经LPS刺激后的HSF1^(+/+)小鼠相比,经LPS刺激的HSF1^(-/-)小鼠肺大体和病理损伤加重,BALF中总蛋白、VEGF、TNF-α、IL-1β和IL-6的含量升高,差异具有统计学意义(P<0.05)。基因芯片分析发现,与经LPS处理的HSF1^(+/+)小鼠相比,HSF1^(-/-)小鼠共筛选出918个差异基因,有65个基因表达差异明显,其中Atg7、ccr1、cxcr2、Tbl1xr1、Mmp9、Pparg、Plcb2、Arrb2、Cntn1、Col4a6等共28个基因在HSF1^(-/-)小鼠的肺组织中表达明显上调;Fgfr1、Fgfr2、Map4k4、Ddx58、Tfg、Stat3、Smad4、Lamc1、Sdc3等共37个基因表达明显下调。Real-time PCR结果显示,CXCR2的mRNA水平在LPS刺激的HSF1^(-/-)小鼠肺组织较HSF1^(+/+)小鼠表达明显上调,表达趋势与基因芯片结果一致。结论:HSF1能减轻LPS诱导的小鼠急性肺损伤,CX-CR2可能参与了对肺组织的保护作用。 展开更多
关键词 急性肺损伤 热休克因子1 基因芯片 差异基因表达
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CYP11A1 mRNA在不同直径腔卵泡中的差异表达
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作者 白新宇 周稳 +8 位作者 赵熙来 胡凯 王若桐 蒋一帆 肖泽 王文豪 韩志鹏 妥有龙 刘春洁 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期210-213,237,共5页
为揭示CYP11A1基因对绵羊不同发育阶段卵泡的作用,本研究以绵羊不同直径腔卵泡为对象,采用实时荧光定量PCR技术分析CYP11A1基因在小、中和大卵泡的表达谱;利用生物信息学方法对CYP11A1进行预测。结果表明:CYP11A1基因表达在大卵泡中极... 为揭示CYP11A1基因对绵羊不同发育阶段卵泡的作用,本研究以绵羊不同直径腔卵泡为对象,采用实时荧光定量PCR技术分析CYP11A1基因在小、中和大卵泡的表达谱;利用生物信息学方法对CYP11A1进行预测。结果表明:CYP11A1基因表达在大卵泡中极显著高于小卵泡和中卵泡,且在中卵泡转录水平极显著高于小卵泡。随着绵羊卵泡直径的不断增加,CYP11A1基因表达量逐渐升高(P<0.05);软件预测结果表明CYP11A1蛋白理化性质稳定、结构稳定。研究表明,CYP11A1基因可能参与绵羊卵泡选择和优势化生长,直接影响成熟和排卵等重要发育过程,CYP11A1基因可以作为绵羊繁殖性状相关的候选基因。 展开更多
关键词 绵羊腔卵泡 CYP11A1基因 差异表达
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猪NAP1L5基因克隆、序列鉴定及在不同妊娠时期胎盘中的差异表达分析 被引量:1
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作者 顾婷 赵书红 李长春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期175-179,共5页
旨在获得猪NAP1L5基因的序列特征、组织表达及生物学功能等相关信息。本试验通过RT-PCR克隆了猪NAP1L5基因,并运用生物信息学方法分析了不同物种序列进化关系,运用荧光定量PCR技术检测了NAP1L5在梅山猪不同妊娠时期胎盘中的表达。序列... 旨在获得猪NAP1L5基因的序列特征、组织表达及生物学功能等相关信息。本试验通过RT-PCR克隆了猪NAP1L5基因,并运用生物信息学方法分析了不同物种序列进化关系,运用荧光定量PCR技术检测了NAP1L5在梅山猪不同妊娠时期胎盘中的表达。序列分析结果表明,猪NAP1L5基因CDS全长579bp,编码193个氨基酸。其核苷酸序列与牛的相似性为89%,其中氨基酸序列包含一段保守的核小体组装蛋白(Nucleosome assembly protein,NAP)特征序列。荧光定量结果表明NAP1L5基因随着妊娠时期的增长呈上升表达,在26和50d之间表达量差异极显著(P<0.01)。以上结果支持了NAP1L5基因可能与猪胎儿营养获取及早期发育有关,为进一步研究猪NAP1L5基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 NAP1L5基因 胎盘 差异表达
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中甸牦牛HIF-1α基因表达差异分析 被引量:3
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作者 唐嘉 杨宇 +4 位作者 杨凯 和占星 金显栋 亐开兴 王昕 《中国牛业科学》 2021年第3期1-5,共5页
[目的]以云南省迪庆州香格里拉市高山放牧和昆明市东郊小哨示范牧场圈养育肥1.5年以上的成年中甸牦牛为研究对象,比较两种饲养条件下组织器官中HIF-1α基因mRNA表达差异。[方法]采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测HIF-1α基因在不同... [目的]以云南省迪庆州香格里拉市高山放牧和昆明市东郊小哨示范牧场圈养育肥1.5年以上的成年中甸牦牛为研究对象,比较两种饲养条件下组织器官中HIF-1α基因mRNA表达差异。[方法]采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测HIF-1α基因在不同饲养条件下中甸牦牛不同组织中的表达水平。[结果]结果表明:中甸牦牛不同器官组织HIF-1α基因的相对表达量差异极显著(P<0.01);在不同饲养条件下相对表达量差异显著,高山放牧显著高于异地圈养育肥(P<0.05);在高山放牧的中甸牦牛肝脏中相对表达量显著高于圈养育肥的(P<0.05)。[结论]中甸牦牛不同组织器官中HIF-1α基因广泛表达且具有组织特异性,在不同海拔饲养的相对表达量具有显著差异,为牦牛的耐低氧机制研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 中甸牦牛 HIF-1Α基因 RT-QPCR 表达差异
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