利用GSS高通量测序技术分析不同生境下霍山石斛内生真菌群落的分布

目的研究不同地域及不同生长环境下霍山石斛内生真菌群落的分布特征。方法采用DNA分子标定技术确定不同霍山石斛样本的属种,利用GSS高通量测序技术分析霍山石斛样本内生真菌的种类。结果供试的所有来源的霍山石斛样本均为Dendrobium huoshanense。从10个霍山石斛样本(编号LP1、LP2、LD1、LD2、LS1、LS2、HP1、HP2、JP1、JP2)中分别获得OTU数540、390、405、376、121、601、423、426、392、394个,通过分析每个OTU对应的物种分类信息,这些霍山石斛样本的内生真菌群落分布可归属至种水平,且分别包含内生真菌140、110、134、128、133、142、144、127、151、135种;样本LP1和LP2共有的OTU在物种水平上占84.22%,LD1和LD2共有的OTU在物种水平上占95.58%,LS1和LS2共有的OTU在物种水平上占94.52%,HP1和HP2共有的OTU在物种水平上占93.59%,JP1和JP2共有的OTU在物种水平上占94.05%。结论不同地域及不同生长环境下霍山石斛(Dendrobium huoshanense)的内生真菌种类存在着差异性,相同地域及相同生长环境下霍山石斛(Dendrobium huoshanense)的内生真菌群落组成基本相同,霍山石斛(Dendrobium huoshanense)内生真菌的生长存在着地域专属性。

GSS高通量测序在川芎内生细菌群落多样性分析中的应用

目的:宿主线粒体DNA(mtDNA)及叶绿体DNA(cpDNA)污染严重影响植物内生细菌高通量测序分析,该研究旨在探索和评价药用植物内生细菌高通量测序中宿主基因扩增抑制的新策略。方法:以川芎为研究材料,在其内生细菌的16S rDNA聚合酶联式反应(PCR)过程中引入绿盾测序(GSS)技术以屏蔽宿主基因的非靶扩增,对比分析GSS-PCR及常规PCR在内生细菌及根际土壤细菌高通量测试分析中的性能差异。结果:与常规扩增相比,GSS-PCR显著降低了川芎高通量测序中mtDNA及cpDNA扩增,非靶基因占比降幅超过60%;且内生细菌群落多样性指数显著提高,物种注释信息成倍增加,但不影响对优势菌群物种组成信息的提取。对川芎16S rDNA V4区的GSS扩增比对V3-V4区的扩增显示出更低的宿主污染率和更丰富的内生细菌多样性。结论:GSS扩增策略可以显著降低川芎内生细菌的高通量分析中宿主基因污染,在同等测度深度下提高内生细菌多样性分析的准确性,有效改善内生细菌的高通量分析质量,这使得内生细菌的16S rDNA V3-V4区、V4区的高通量测序变得可行,结果更加可靠。该研究所采用的GSS技术为其他药用植物内生细菌的分析提供了方法参考。