SYBR GreenⅠ染料-实时荧光定量聚合酶链式反应法检测发酵乳中的霉菌和酵母含量

目的建立一种应用SYBR GreenⅠ染料的实时荧光定量聚合酶链式反应法快速检测发酵乳中的霉菌和酵母菌。方法本研究针对霉菌与酵母菌的保守序列设计引物,确定最优反应体系与反应条件。通过熔解曲线以及非目标菌株的检测验证该方法的特异性;通过菌悬液的梯度稀释检测确定该方法的灵敏度;通过菌悬液与发酵乳样品混合后进行检测,确定该方法的检出限,并得到标准曲线。结果该方法能够特异性的检测发酵乳中的霉菌、酵母菌,无交叉反应。该方法检测霉菌、酵母菌的灵敏度均为10^(2) CFU/mL,并且当菌悬液与发酵乳样品混合后,并没有降低该方法的检出限。在10^(2)~10^(6) CFU/mL浓度范围内,菌液浓度的对数值与循环阈值(cyclethreshold,Ct)具有良好的线性关系,可以在市售样品的检测中通过Ct值计算样品中目标菌的含量,更快的判断发酵乳是否被霉菌、酵母菌污染。结论该方法可用于发酵乳中霉菌和酵母菌的快速检测,为发酵乳的食品安全提供了技术保障。

猪圆环病毒3型TB GreenⅡ实时荧光定量PCR检测方法的建立和应用

为建立猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)快速、灵敏且特异的检测方法,针对PCV3全基因组的保守区域设计特异性引物,构建标准质粒,通过优化反应体系和反应程序,建立基于TB GreenⅡ的实时荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏感性、重复性和可行性进行验证。结果显示,建立的TB GreenⅡqPCR检测方法特异性良好,在4.74×10^(2)~4.74×10^(7)拷贝/μL的标准质粒间具有良好的线性关系(R^(2)=0.999)。建立检测方法的最低检出限为10拷贝/μL,与猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)和猪圆环病毒2型(PCV2)无交叉反应,组内变异系数为0.33%~0.62%,组间变异系数为0.40%~0.73%。对收集的132份临床样品进行检测,PCV3 TB GreenⅡqPCR方法检出率为9.10%(12/132),高于PCV3常规PCR方法的检出率(4.55%,6/132)。综上,建立的PCV3 TB GreenⅡqPCR检测方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于临床样品中PCV3感染的诊断、流行病学监测和实验室研究等。

非典型性瘟病毒SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速检测猪非典型性瘟病毒(APPV)的方法,本实验建立了APPV SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法。该方法特异性试验结果显示,除APPV外,猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒和猪轮状病毒等常见猪病病原检测均为阴性,表明其特异性良好;该方法最低检测限为2.8×10~3拷贝/μL,敏感性较高;重复性试验的组内、组间变异系数均小于1%。利用该方法对临床56份来自四川各地的临床病料样品进行检测,检出5份阳性样品,且与常规PCR检测方法的阳性符合率为100%。本研究建立的APPV荧光定量RT-PCR检测方法为APPV临床检出以及后期并发症的研究奠定了基础。

一种基于丹磺酰胺染料的高选择性汞(Ⅱ)离子荧光探针（英文）

对人类健康和社会环境而言,汞离子被认为是毒性最大的金属离子之一。本文设计、合成了一种新型基于丹磺酰胺染料的荧光探针,并研究了其对金属阳离子的识别性质。研究结果表明:该荧光探针在水溶液中,对汞离子具有高度的选择性和良好的灵敏度,且不受其它金属阳离子的干扰。该探针对汞离子的检测限可以达到2.1×10-8 mol/L。该探针极低的检测限和良好的水溶性表明其可用于活细胞中检测汞离子。生物成像实验证实该探针具有良好的细胞膜透性和生物相容性。

猪戊型肝炎病毒SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

目的建立一种快速检测猪戊型肝炎病毒(HEV)的方法。方法针对HEVORF2基因保守序列设计1对引物,基于SYBR GreenⅡ染料,建立了检测HEV的实时荧光定量RT-PCR方法。结果该方法只能对猪戊型肝炎病毒检测到荧光,对猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪嵴病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒均不能检测到荧光信号,特异性好;检测HEV时,在4.10×10~2~4.10×10~8拷贝/μL内具有良好的线性关系,灵敏度可以达到1.00×10~2拷贝/μL,扩增相关系数为0.996,扩增产物的熔解温度为84.0℃±0.1℃,该检测方法组内变异系数为0.83%~0.94%,组间变异系数为0.83%~0.94%,重复性较好。利用该方法对临床61份来自四川各地的猪肠内容物进行检测,检出9份阳性,且与常规PCR检测方法的阳性符合率为100%。结论建立的针对HEV的荧光定量RT-PCR有效可行,对HEV的临床检测和进一步研究奠定了基础。

钯(Ⅱ)-盐酸吗啉胍螯合物与卤代荧光素类染料相互作用的共振瑞利散射光谱及其分析应用

在pH值为4.2～4.4的HAc-NaAc介质中,盐酸吗啉胍(ABOB)与Pd(Ⅱ)反应形成螯合阳离子[Pd(ABOB)2]2+,它能进一步与曙红Y(EY)、赤藓红(Ery)和二溴荧光素(DBF)阴离子形成离子缔合物,此时将引起共振瑞利散射(RRS)的急剧增强并产生新的RRS光谱。盐酸吗啉胍与Pd(Ⅱ)和3种染料反应后的产物具有相似的光谱特征,最大RRS波长位于315nm附近。在一定条件下散射增强(ΔI)与ABOB浓度成正比,EY、Ery和DBF这3个体系的线性范围分别为0.012×10-6～1.2×10-6g/mL、0.23×10-6～2.3×10-6g/mL和0.24×10-6～1.5×10-6g/mL。方法具有较高的灵敏度,对于ABOB的检出限依次为0.0036×10-6、0.070×10-6和0.025×10-6g/mL,其中以EY体系灵敏度最高,其次是DBF和Ery。研究了适宜的反应条件和影响因素,表明本方法具有良好的选择性,并以EY体系为例考察了共存物质的影响。据此建立以曙红Y作探针,用RRS技术快速、简便,高灵敏测定ABOB的新方法。文中还对离子缔合物的形成和反应机理进行了讨论。

PCR-RFLP技术与结合SYBR GreenⅠ荧光染料的实时荧光PCR技术对HBV拉米夫定耐药基因检测效果分析

目的分析PCR-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)技术和结合SYBR GreenⅠ荧光染料的实时荧光PCR技术检测HBV拉米夫定耐药基因的效果。方法采用PCR-RFLP技术和结合SYBR GreenⅠ荧光染料的实时荧光PCR技术检测186例份乙肝血清标本拉米夫定耐药HBV DNA聚合酶204、180位点基因突变情况,并进行DNA测序验证。结果两种方法在HBV DNA聚合酶204位点均检出YIDD、YVDD、YMDD/YIDD、YMDD/YVDD、YIDD/YVDD突变类型,未检测出YSDD突变类型,检测结果与DNA测序验证结果比较差异均无统计学意义(χ~2=2.101、1.614,P均>0.05)。两种方法在HBV DNA聚合酶180位点均检出L180M、L180M+M204I、L180M+M204V突变类型,检测结果与DNA测序验证结果比较差异均无统计学意义(χ~2=0.054、1.614,P均>0.05)。结论 PCR-RFLP技术和结合SYBR GreenⅠ荧光染料的实时荧光PCR技术均可用于HBV拉米夫定耐药基因突变检测,但后者更适合大规模耐药基因突变筛查。

啮齿类螺杆菌SYBR Green Ⅱ荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种啮齿类螺杆菌(helicobacter rodentium)的快速检测方法。方法根据啮齿类螺杆菌16SrRNA的基因序列设计了1对特异性引物,建立了啮齿类螺杆菌SYBR GreenⅡ荧光定量PCR检测方法。结果在10~2拷贝/μL～10~7拷贝/μL浓度范围中标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系。该方法特异性良好,仅对啮齿类螺杆菌产生特异性扩增,且灵敏度可达到30拷贝/μL,组内和组间的变异系数均小于2%,具有良好的重复性。结论建立了SYBRGreenⅡ荧光定量PCR检测啮齿类罗杆菌的一种方法 。

基于(+)-二对甲基苯甲酰-D-酒石酸和铜(Ⅱ)构筑的配位聚合物的结构、热稳定性、荧光和染料吸附性质

合成了一种配位聚合物{[Cu(HDTTA)_(2)(DMF)(H_(2)O)]·DMF·H_(2)O}_(n)(1)(D-H_(2)DTTA=(+)-二对甲基苯甲酰-D-酒石酸,DMF=N,N-二甲基甲酰胺)。通过红外光谱、元素分析、X射线单晶衍射和粉末衍射表征了配合物1的结构。配合物1沿a轴为一维链状结构,在ab平面通过弱相互作用形成二维层状结构。热稳定性研究表明配合物1的主结构可在197℃以下稳定存在。在300 nm激发波长条件下,配体的荧光由于和Cu^(2+)离子配位而猝灭。配合物1对水溶液中亚甲基蓝染料表现出良好的特异性吸附效果,作用49 min后吸附率可达81%。

SYBR Green实时荧光定量PCR检测大豆转基因成分

采用SYBR Green实时荧光定量PCR技术,建立了食品中大豆转基因成分的定量检测方法。通过设计特异引物,扩增内源参照基因lectin和转基因靶基因CP4EPSPS,建立两种基因的拷贝数-CT标准曲线,根据标准曲线方程计算样品中的转基因含量,并且通过熔解曲线分析扩增反应特异性。结果表明,lectin和CP4EPSPS基因标准曲线线性关系好,R2值分别为0.9984和0.9953,方法的回收率为95%～110%,检测限为0.01%。本检测方法具有快速、灵敏、准确、特异、高通量等优点,可以作为食品中大豆转基因成分的定量检测方法。

SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测人c-myc基因方法的建立

目的构建含有c-myc基因的重组质粒并以其为模板,建立以SYBR GreenⅠ染料为荧光指示剂的实时荧光定量PCR(FQ-PCR)技术检测c-myc的标准曲线,为FQ-PCR准确检测c-myc奠定基础。方法用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法从人食管鳞癌组织的总mRNA中反转录扩增c-myc cDNA,将纯化的PCR产物与pGEM-T Easy载体进行连接,转化宿主菌DH-5α,然后挑选阳性克隆重组质粒,分别用PCR扩增、限制性核酸内切酶EcoRⅠ酶切进行鉴定并测序分析。用紫外分光光度计测质粒浓度,计算拷贝数制备FQ-PCR浓度梯度标准品。最后对质粒标准品进行FQ-PCR检测。结果PCR扩增、酶切鉴定及测序分析均证实c-myc重组到pGEM-T Easy载体上。建立了人c-myc标准曲线,其对数与相应的Ct值(循环阈值)具有良好的相关性,相关系数r2=-0.99～-1,斜率为-3.1～-3.6。结论所构建的人c-myc质粒标准品应用SYBR GreenⅠ荧光染料技术建立的标准曲线线性关系好,灵敏性和特异性高,准确可靠,此方法可作为FQ-PCR检测c-myc基因的标准方法。

Q热贝纳柯克斯体SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

根据Q热贝纳柯克斯体(Coxiella burnetii)插入序列IS1111序列设计引物,建立快速检测Q热的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释的含有目的扩增片段的重组质粒作为标准品,进行定量PCR反应。结果显示,该方法能检测出102个拷贝数的阳性质粒。标准曲线相关系数为0.991,扩增效率为98%。对结核分支杆菌、衣原体、布鲁氏杆菌及牛血液的核酸样品的特异性检测结果均为阴性。结果表明本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR法灵敏度高且特异性好,可用于临床检测。

鸡Caspase-1基因SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立快速定量检测鸡Caspase-1基因的方法,本研究根据鸡Caspase-1基因序列设计特异性检测引物,PCR扩增Caspase-1基因片段,构建pMD-Caspase-1重组质粒。以该重组质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增,建立标准曲线,并通过反应条件优化、特异性、敏感性及重复性等试验,建立了鸡Caspase-1基因SYBR Green I荧光定量PCR检测方法。结果显示,本研究建立的该荧光定量PCR方法在重组质粒标准品为1.0×10^(3)拷贝/μL~1.0×10^(8)拷贝/μL范围内具有良好的线性关系;该荧光定量PCR方法对Caspase-1基因的扩增具有较强的特异性;对重组质粒标准品的检测下限为1.0×10^(2)拷贝/μL,比常规PCR敏感100倍;批内和批间变异系数分别在0.51%~4.41%和0.37%~0.88%,重复性好。利用所建立的方法可以定量检测致病性禽腺病毒血清4型感染鸡不同组织中Caspase-1的转录水平。本研究方法的建立将为研究鸡Caspase-1在免疫反应和疫病发展过程中的作用提供技术支持。

基于牛呼吸道合胞体病毒F基因TB GreenⅡ荧光定量PCR检测方法的建立

为了对牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus,BRSV)进行准确定量检测,针对BRSV F基因设计特异性引物,构建pMD19T-BRSV-gF重组质粒,以其为模板优化反应条件及反应体系,建立TB GreenⅡ荧光定量PCR方法并应用于临床BRSV检测。结果显示,针对BRSV F基因建立的TB GreenⅡ荧光定量PCR方法标准曲线线性关系良好,相关系数为0.9952;灵敏度高,BRSV最低检测限达3.9×10^(1) copies/μL;特异性良好,可特异性检测出BRSV,对牛传染性鼻气管炎病毒和牛病毒性腹泻病毒的扩增呈阴性;重复性好,批内和批间重复性试验变异系数均小于2%。对50份临床样品进行检测,荧光定量PCR对BRSV的阳性检出率(26%)明显优于常规PCR方法(14%)。结果表明针对BRSV F基因建立的TB GreenⅡ荧光定量PCR检测方法适合BRSV的临床检测。

D型流感病毒实时荧光定量PCR方法的建立与应用

为了建立一种可以快捷、灵敏、安全地检测D型流感病毒(Influenza D virus,IDV)的实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-qPCR)方法,试验首先将IDV NP基因作为检测目标,根据其序列的保守区设计了一对RT-qPCR引物,然后采用单一变量法对RT-qPCR反应条件中的引物浓度和退火温度进行优化,建立了一种可检测IDV的RT-qPCR方法,并对该方法的灵敏度、重复性和特异性进行检测,最后应用该方法进行临床样本检测。结果表明:所建立的RT-qPCR方法的最佳引物浓度和退火温度分别为400 nmol/L和61℃,标准曲线为y=-3.572x+42.02(R^(2)=0.9993);该方法能检测到的最低拷贝数为8.30×10^(1)copies,灵敏度是常规PCR的100倍左右;组内重复和组间重复变异系数(CV)值均小于3%;同时检测牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛副流感病毒3型(BPIV-3)、牛疱疹病毒4型(BHV-4)和牛流行热病毒(BEFV)的结果均为阴性;应用该方法对收集到的244份有呼吸道症状的牛鼻拭子样品进行检测,阳性率为1.23%。说明成功建立了IDV RT-qPCR检测方法,该方法具有灵敏度高、重复性和特异性好的特点,为IDV的防控提供了可靠的技术支撑。

实时荧光定量PCR技术在转基因检测中的应用

实时荧光定量PCR技术是一种新型的核酸定性、定量检测、分析技术。随着转基因产品大规模商业化,转基因生物的环境安全和食用安全性问题引起了全球范围内广泛的争论和关注。实时监测、定量准确、灵敏度高、反应速度快、重复性好及PCR反应后不需电泳检测等优点,使RQ-PCR逐步成为转基因检测的重要工具。

一种基于多重实时荧光聚合酶链式反应熔解曲线分析的肉及肉制品掺假鉴别方法

为实现肉及肉制品掺假快速鉴别,分别以猪、牛线粒体DNA的COXⅠ,绵羊、山羊、狗、狐狸、貉线粒体DNA的16S rRNA及鸡、鸭线粒体DNA的12S rRNA基因为靶位点,设计扩增产物熔解温度(T_m值)具有显著性差异的特异性引物,建立一种用于快速鉴别肉或肉制品中猪、牛、绵羊、山羊、鸡、鸭、狗、狐、貉9种源性成分的5重实时荧光聚合酶链式反应熔解曲线分析方法,通过特异性、灵敏度及市售样品的检测,对该方法进行检验和评价。结果表明:方法具有良好的特异性及灵敏度,单物种DNA检出限为0.001~1 ng,多物种混合DNA检出限均为0.1 ng,通过市售样品检测表明该方法可用于实际样品(包括生鲜样品和熟制样品)掺假的快速鉴别。

实时荧光PCR检测γ-干扰素对大鼠神经干细胞versican基因表达的调控

目的建立检测硫酸软骨素蛋白多糖versican不同亚型mRNA的SYBR Green实时PCR方法,观察炎症因子γ-干扰素对大鼠神经干细胞中不同versican亚型基因表达的调控。方法分离孕大鼠胚胎的神经干细胞,在含有营养因子的基质中进行体外培养。当加入处理因素γ-干扰素并作用48h后,收集细胞,抽提RNA进行反转录。同时根据versican不同亚型的基因序列,设计特异性不同的引物,利用ABI7900PCR仪和SYBR Green,建立优化的实时荧光PCR反应条件,通过比较Ct(△△Ct)进行基因表达的相对定量分析。结果熔解曲线分析和琼脂糖凝胶电泳结果证实了PCR反应的特异性;相对定量结果显示,γ-干扰素可以上调versican V2基因的表达,但对versican V1的表达无影响。结论应用SYBR Green实时荧光PCR可以特异、准确、快速地分析versican不同亚型的基因表达差异,为系统研究其复杂的调控机制创造了有力条件。

抗除草剂转基因作物实时荧光定量PCR检测

建立了一种以SYBR Green Ⅰ为结合染料、快速准确检测转抗除草剂基因成分的实时荧光定量PCR方法.以转基因大豆与转基因玉米标准品为材料,通过使用特异性引物和SYBR Green I结合染料实时荧光定量PCR技术,对转基因农作物中外源抗除草剂基因进行了定量检测,绘制了两种基因扩增的标准曲线图,根据标准曲线方程计算外源基因含量;并作了溶解曲线、检测方法检测灵敏度和精密度的分析.研究发现,两者标准曲线方程线性关系良好,R2值分别达到0.9939与0.9924.通过已知标准品进行验证,实测值与真值接近,与实际含量的相对偏差是6.52%和7.90%.结果表明,SYBR Green I结合染料法完全可以用于转基因农作物定量PCR检测.

芦荟大黄素对人肺Ⅱ型上皮细胞F-actin细胞骨架的保护作用

目的 了解芦荟大黄素 (aloe emodinAE)对肺炎链球菌 (Streptococcuspneumoniae,S pn)侵袭人肺Ⅱ型上皮细胞A5 4 9后微丝肌动蛋白 (filamentousactin ,F actin)细胞骨架是否具有保护作用。方法 采用F actin特异性荧光染料 phalloidin观察S pn作用A5 4 9细胞前后的F actin细胞骨架重排情况 ,并用芦荟大黄素 (aloe emodin ,AE)预处理A5 4 9细胞后观察其与F actin细胞骨架重排的关系。结果 用AE预处理A5 4 9后S pn侵袭数为 (2 2±4 )CFU/孔 ,而没有用AE预处理的A5 4 9S pn侵袭数为 (138± 2 1)CFU/孔 ,经两样本均数t检验 ,有显著差异(P <0 0 1)。结论 AE对S pn侵袭人肺Ⅱ型上皮细胞A5 4 9F