广东历年PRRSV流行毒株与疫苗株的重组分析

从GenBank上可查的全部424株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)全基因序列中筛选出了42株来源于广东的PRRSV毒株全基因组序列与6株PRRSV疫苗株全基因序列,用RDP4(Recombination detecting program 4,RDP4)软件进行重组分析。发现广东株之间的重组事件集中在2010年、2011年和2015年。JXA1-RCN-2009作为亲本毒株出现在12个重组事件中,重组体的年份从2010年延续到2018年。疫苗株Ingelvac ATP-US-2006与CH-1R-CN-2008作为次要亲本毒株出现在事件10中,该事件的重组体为广东2018年的毒株。在事件18和25中可以见到疫苗株之间的重组,但软件同时显示该事件可能是自然进化而非重组。该研究对广东猪场科学规范的使用弱毒疫苗有着一定指导意义。

广东省猪生殖与呼吸综合征病毒主要结构蛋白基因的变异分析

根据GenBank中猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲株(ATCC VR-2332)基因序列分别设计合成了针对PRRSV ORF3、ORF5和ORF6基因的引物,利用RT-PCR从广东省送检的5份病料中均分别扩增得到了大小约787、630和550 bp的片段,将扩增的cDNA片段克隆入pMD 18-T载体并测序.应用DNAStar软件分析,并与国内外已发表毒株和疫苗株(RespPRRS/Repro、RespPRRS MLV)、LV4.2.1株的序列进行比较.结果显示,这5个毒株与CH-1a、HB-1(sh)、BJ-4、ATCC VR-2332、疫苗株等毒株ORF3、ORF5、ORF6的核苷酸同源性分别为87.2%～98.7%、85.4%～96.8%、91.8%～98.9%,推导的氨基酸同源性分别为84.6%～97.6%、84.5%～95.5%、94.8%～98.9%;而与LV4.2.1株的核苷酸同源性分别为56.1%～58.3%、54.4%～57.0%、62.2%～64.4%,推导的氨基酸同源性分别为53.9%～56.7%、54.0%～57.0%、78.0%～80.3%.基因系统发育树表明,广东省流行的PRRSV与HB-1(sh)株的亲缘关系比较近.