广西麻鸡卵巢组织中差异lncRNA筛选及ceRNA网络构建

【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支持。【方法】根据广西麻鸡从开产到41周龄的产蛋情况筛选出高产和低产的广西麻鸡各3只,并以其卵巢组织为材料,进行转录组测序,使用edgeR和DEseq2软件从测序得到的数据中筛选出差异表达的lncRNA、mRNA以及miRNA,利用miRanda软件和lncRNA的顺式作用分别预测miRNA和lncRNA的靶基因,对差异lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后,利用Cytoscape(v 3.8.2)软件构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络图。利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】本研究共获得广西麻鸡卵巢组织中438个差异表达的lncRNAs、18个差异表达的miRNAs以及301个差异表达的mRNAs。对上述差异表达的lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后发现,其显著富集于激素分泌调节、中胚层形成、中胚层发育以及中胚层形态发生等与产蛋有关的生物过程,以及MARK、甘露糖O-聚糖的生物合成、卵母细胞减数分裂、孕激素介导的卵母细胞成熟以及促性腺激素释放激素等信号通路。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得6个与产蛋性状相关的lncRNAs,分别是TCONS_00091814、TCONS_00051866、XR_006939520.1、XR_005839807.1、TCONS_00088588、TCONS_00037324。根据测序结果成功构建出包含9个miRNAs、60个lncRNAs和3个mRNAs的ceRNA网络图,且网络中所有的基因均在低、高产组中差异表达。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】通过RNA测序技术从广西麻鸡卵巢中筛选到了一系列差异表达的lncRNA,并筛选出了6个可能与产蛋性状相关联的lncRNAs,为进一步提高鸡的产蛋性能提供了理论支持。

布氏乳杆菌和枯草芽孢杆菌对广西麻鸡繁殖性能和卵巢发育的影响

试验旨在研究饲粮中添加布氏乳杆菌和枯草芽孢杆菌活菌液对产蛋高峰期广西麻鸡繁殖性能和卵巢发育的影响。选取健康状况良好、27周龄产蛋高峰期广西麻鸡480只,随机分为4组,每组3个重复,每个重复40只鸡。试验期9周。对照组饲喂基础饲粮,M1组在基础饲粮中添加布氏乳杆菌和枯草芽孢杆菌比例为1∶1的活菌液,L1组在基础饲粮中添加布氏乳杆菌活菌液,B1组在基础饲粮中添加枯草芽孢杆菌活菌液,益生菌制剂活菌数均为4.5×10^(8) CFU/mL。结果显示:与对照组相比,M1组第2~8周的产蛋率显著提高(P<0.05),平均产蛋率和合格种蛋率显著提高(P<0.05)。M1组血清雌激素(E)、孕酮(PROG)、促卵泡素(FSH)和促黄体素(LH)的生殖激素水平及卵巢雌激素受体(ER)mRNA、孕酮受体(PR)mRNA、促卵泡素受体(FSHR)mRNA和促黄体素受体(LHR)mRNA的相对表达量均显著提高(P<0.05)。研究表明,在饲粮中添加布氏乳杆菌和枯草芽孢杆菌混合菌液可改善产蛋高峰期广西麻鸡种鸡的繁殖性能,促进卵泡成熟和卵巢发育。

枯草芽孢杆菌与布氏乳杆菌对广西麻鸡生长性能、抗氧化能力及消化酶活性的影响

广西麻鸡市场消费潜力巨大,但生产效益有待提高。在国家禁止向饲粮添加抗生素和促生长剂的大背景下,益生菌、中草药和酶制剂等替抗产品成为当今的研究热点。本研究利用从广西采集筛选的益生菌种——枯草芽孢杆菌与布氏乳杆菌,通过饲养试验检验其对广西麻鸡雏鸡生长性能、抗氧化能力及消化酶活性的影响。结果显示,经42 d饲喂试验,枯草芽孢杆菌与布氏乳杆菌混合饲喂组(混合组)、枯草芽孢杆菌组、布氏乳杆菌组和对照组平均体重分别为442.65 g、410.24 g、408.13 g和385.03 g。与对照组相比,使用益生菌不仅可以显著提高平均体重(P<0.05),以混合组体重最重;还可以显著降低料重比,尤其是混合组极显著低于对照组(P<0.01);可以显著提高胰腺脂肪酶、蛋白酶、淀粉酶的含量和总抗氧化能力(TAOC)(P<0.05)。说明在广西麻鸡饲粮中添加枯草芽孢杆菌或布氏乳杆菌都能有效促进生长性能,并提高消化酶的活性及抗氧化能力,且两种菌混合使用效果最佳。

混合渣发酵料替代部分日粮对广西富凤麻鸡大肠微生物群落多样性的影响

【目的】探索罗汉果渣、豆腐渣、红薯皮和芋头粉4种组分混合渣发酵料替代部分日粮对广西富凤麻鸡肠道微生物菌群的影响,同时评估混合渣发酵料替代日粮的最佳比例,为混合渣发酵料在鸡养殖生产中的应用提供参考依据。【方法】选定60日龄广西富凤麻鸡(母鸡)20羽,随机分成4组,每组5羽,使用罗汉果渣、豆腐渣、红薯皮和芋头粉混合渣发酵料分别替代5%(R5)、10%(R10)和15%(R15)日粮,以全日粮为对照(CK),进行97 d的饲养试验。饲养结束后采集鸡大肠内容物,基于Illumina高通量测序技术探究混合渣发酵料替代日粮对广西富凤麻鸡大肠微生物群落多样性的影响。【结果】广西富凤麻鸡大肠微生物群落Chao1指数排序为R15>CK>R10>R5,Shannon指数排序为CK>R15>R10>R5,Simpson指数排序为CK=R15=R10>R5。各试验组间的Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数均无显著差异(P>0.05,下同)。在门分类水平上,拟杆菌门、厚壁菌门及变形菌门为优势菌门,拟杆菌门相对丰度排序为R10>R15>CK>R5,厚壁菌门相对丰度排序为R5>CK>R15>R10,变形菌门相对丰度排序为CK>R10>R15>R5。其中,R5试验组的变形菌门和Epsilonbacteraeota相对丰度显著低于CK(P<0.05,下同)。在属分类水平上,变形杆菌属相对丰度排序为CK>R10>R5>R15,且3个替代试验组的相对丰度显著低于CK;瘤胃梭菌属9相对丰度排序为R10>R15>CK>R5,仅R10试验组的相对丰度显著高于CK;粪杆菌属相对丰度排序为CK>R10>R5>R15,其中R15试验组的相对丰度显著低于CK。【结论】以罗汉果渣、豆腐渣、红薯皮和芋头粉4种组分的混合渣发酵料替代5%、10%和15%日粮饲喂广西富凤麻鸡,不会影响鸡肠道微生物群落的物种丰度及多样性;基于有益菌和有害菌的综合评估,10%添加比例能增加益生菌瘤胃梭菌属9相对丰度且对变形杆菌属的影响最小,为最优添加比例。

日粮添加巴西人参茎叶青贮对广西麻鸡的生长性能、屠宰性能及肌肉营养成分的影响

试验旨在探究日粮中添加不同水平的巴西人参茎叶青贮料对广西麻鸡的生长性能、屠宰性能及肌肉营养成分的影响,将200只80日龄广西麻鸡随机分为4组(对照组、试验1组、试验2组、试验3组),每组5个重复,每个重复10只鸡。对照组麻鸡饲喂基础日粮,试验1组、试验2组、试验3组麻鸡分别饲喂含巴西人参茎叶青贮料30%、40%、50%的试验日粮。试验期90 d。结果显示:与对照组相比,试验2组麻鸡的平均日增重显著提高(P<0.05),料重比显著降低(P<0.05);试验1组麻鸡的屠宰率及腹脂率显著升高(P<0.05);试验3组麻鸡胸肌水分含量显著增加(P<0.05)。与对照组相比,各试验组麻鸡胸肌中天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸含量均有所提高;各试验组腿肌中天冬氨酸、脯氨酸、丝氨酸、酪氨酸含量均有所提高。研究表明,日粮中添加巴西人参茎叶青贮饲料对广西麻鸡生长性能、屠宰性能及肌肉品质均具有一定程度的改善作用。

CALM1基因rs314448799位点突变对广西麻鸡产蛋量的遗传效应分析

为研究CALM1基因rs314448799及其相邻位点在广西麻鸡中的遗传效应,试验比较不同基因型个体之间产蛋量差异,并采用RT-qPCR技术检测CALM1基因在不同基因型个体卵巢、子宫组织中的表达水平。结果显示,四个位点中只有rs314448799位点与产蛋量显著相关,其中CC基因型个体的产蛋量最高,CT基因型个体的产蛋量次之,且均显著高于TT型(P<0.05)。通过定量分析发现,在卵巢中,rs314448799位点CC型和TT型个体的CALM1基因表达量差异不显著(P>0.05);但在子宫中,CC型个体的CALM1基因表达量显著高于TT型(P<0.05)。研究结果表明,通过对rs314448799位点上CC、CT、TT三种基因型个体的鉴定可对广西麻鸡高低产蛋量个体的筛选提供参考,同时也为广西麻鸡高产蛋量分子标记的开发提供理论依据。

广西麻鸡CALM1基因的克隆、序列分析和组织表达谱研究

为分析广西麻鸡CALM1基因的编码区序列及其表达规律,克隆了广西麻鸡CALM1基因编码区序列并进行生物信息学分析,应用实时荧光定量PCR技术检测产蛋期麻鸡在不同组织中CALM1基因的相对表达量。结果表明:广西麻鸡CALM1基因的编码区长度为450 bp,共编码149个氨基酸。与参考序列相比,起始密码子和终止密码子略有差异,不影响表达,另外存在2处错义突变(组氨酸突变为精氨酸,苏氨酸突变成为丙氨酸);物种间的同源性分析显示,广西麻鸡基因与原鸡(Gallus gallus)、普通猪(Susscrofa)、奶牛(Bos taurus)、裸鼹鼠(Heterocephalus glaber)、人类(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、黑猩猩(Pan troglodytes)、苏门答腊猩猩(Pongo abelii)、褐家鼠(Rattus norvegicus)的序列同源性分别为98.7%、89.4%、84.3%、89.8%、90.0%、86.7%、89.8%、90.0%、86.7%;进化树分析显示,广西麻鸡与原鸡亲缘关系最近,与奶牛和小鼠的亲缘关系最远。产蛋期CALM1的表达谱显示,CALM1基因在脑、胸肌、脾脏中高表达,在输卵管漏斗部和膨大部、心脏、腿肌、肺、肠中中度表达,而在皮肤、肝脏、卵巢、输卵管的峡部、子宫、肾脏低表达。研究结果为进一步研究鸡CALM1基因调控广西麻鸡繁殖功能奠定理论基础。

基于转录组测序挖掘广西麻鸡生长发育相关基因

【目的】通过对1和60日龄广西麻鸡腿肌进行转录组测序(RNA-Seq),筛选出广西麻鸡生长发育关键基因。【方法】选择1和60日龄健康母鸡各3只,分别采集腿肌组织,利用Illumina Novaseq6000平台进行mRNA转录组测序,利用DESeq2软件进行差异表达基因的分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出生长发育相关基因,并用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】转录组测序结果显示,6个样本分别获得34296198~41647642条clean reads。与1日龄腿肌相比,60日龄腿肌共获得2304个差异表达基因,其中998个基因上调,1306个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目572条,其中生物过程381条,细胞组分70条,分子功能121条。KEGG通路富集分析发现,共获得34个显著富集的信号通路,其中心肌收缩、MAPK信号通路、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导等与生长发育相关。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得5个生长发育相关基因,分别为肌球蛋白重链10(MYH10)、肌球蛋白链15(MYH15)、成纤维细胞生长因子10(FGF10)、成纤维细胞生长因子16(FGF16)、肌肉生长抑制素(GDF8)基因,其中MYH10、MYH15、FGF10为上调差异表达基因,FGF16和GDF8为下调差异表达基因。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】本试验通过对广西麻鸡1和60日龄2个不同生长阶段进行转录组测序分析,获得MYH10、MYH15、FGF10、FGF16、GDF8共5个与生长发育相关的关键基因,为后续进一步探讨广西麻鸡生长发育的分子调控机制提供参考。

发酵辣木叶对广西麻鸡生长性能、屠宰性能和肉品质的影响

试验探究日粮中添加不同水平发酵辣木叶对广西麻鸡的生长性能、屠宰性能和肉品质的影响。选取360只40日龄广西麻鸡,随机分为4组,每组6个重复,每个重复15只肉鸡。对照组肉鸡饲喂基础日粮,试验A、B、C组肉鸡分别饲喂基础日粮+10%发酵辣木、基础日粮+14%发酵辣木、基础日粮+18%发酵辣木。试验期49 d。结果显示,与对照组相比,试验B组广西麻鸡4 w末重显著升高(P<0.05)。与对照组相比,试验A组广西麻鸡的半净膛率显著降低(P<0.05),左胸肌率显著升高(P<0.05)。与对照组相比,试验A组、B组广西麻鸡的胸肌剪切力显著降低(P<0.05),试验组广西麻鸡的胸肌肌内脂肪极显著降低(P<0.01)。试验C组广西麻鸡的胸肌系水力极显著高于对照组、试验B组(P<0.01);试验A组、B组广西麻鸡的胸肌蒸煮损失显著低于对照组(P<0.05)。研究表明,日粮中添加10%发酵辣木能够提高肉鸡的左胸肌率和前4 w的生长速度,降低鸡肉剪切力、蒸煮损失和肌内脂肪,从而改善肉品质。

噬菌体及抗菌肽对广西麻鸡生长性能、肠道菌群及免疫功能的影响

试验旨在研究噬菌体和抗菌肽对广西麻鸡生长性能、肠道菌群和免疫功能的影响。选取35日龄广西麻鸡1 050只,随机分为7组,每组5个重复,每个重复30只鸡。对照组广西麻鸡饲喂基础日粮;试验组1在基础日粮中加入噬菌体300 g/t;试验组2在基础日粮中加入抗菌肽300 g/t;试验组3在基础日粮中加入噬菌体300 g/t+抗菌肽300 g/t;试验组4在基础日粮中加入噬菌体150 g/t+抗菌肽150 g/t;试验组5在基础日粮中加入噬菌体100 g/t+抗菌肽100 g/t;试验组6在基础日粮中加入噬菌体50 g/t+抗菌肽50 g/t。试验期35 d。结果显示:与对照组相比,试验组麻鸡的腹泻率和死淘率均显著降低(P<0.05);试验组麻鸡的肠道中乳酸杆菌数量均显著增加(P<0.05),大肠杆菌和沙门氏菌数量均显著降低(P<0.05);除试验组6外,其余试验组麻鸡的胸腺指数和脾脏指数均显著提高(P<0.05);试验组麻鸡的法氏囊指数均显著提高(P<0.05),试验组麻鸡血清免疫球蛋白G (IgG)含量均显著提高(P<0.05)。研究表明,噬菌体和抗菌肽能够降低广西麻鸡的料重比、腹泻率和死淘率,提高肠道乳酸杆菌数量,降低肠道大肠杆菌和沙门氏菌数量,提高免疫器官指数,增强肉鸡免疫功能,且两者合用效果更好,选取噬菌体100 g/t+抗菌肽100 g/t组合的效果最佳。

辣木叶提取物对广西麻鸡的屠宰性能、器官指数、肉品质和肠道形态结构的影响

为开发利用辣木资源,探讨饲粮中添加不同水平辣木叶提取物对广西麻鸡的屠宰性能、器官指数、肉品质和肠道形态结构的影响。以辣木叶粉为原料制备辣木提取物,采用单因素完全随机设计,选取720只28周龄广西麻鸡,随机分为4组,每组6个重复,每个重复30只。对照组麻鸡饲喂玉米-豆粕型基础日粮,试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组广西麻鸡分别在对照组的基础上添加100、150、200 mg/kg的辣木叶提取物,预试期1周,正试期8周。结果表明:(1)试验Ⅰ组腹脂率显著低于对照组(P<0.05),试验Ⅱ组腹脂率显著低于对照组、试验Ⅲ组(P<0.05);(2)试验Ⅱ、Ⅲ组脾脏指数显著高于对照组、试验Ⅰ组(P<0.05),不同水平辣木叶提取物对其他器官指数无显著影响(P>0.05);(3)试验Ⅰ组胸肌系水力、腿肌系水力显著高于对照组、试验Ⅱ、Ⅲ组(P<0.05);试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组胸肌剪切力显著低于对照组(P<0.05);试验Ⅱ组胸肌肉色、腿肌肉色显著高于对照组、试验Ⅰ、Ⅲ组(P<0.05);(4)试验Ⅰ、Ⅱ组空肠绒毛高度显著高于对照组(P<0.05);试验Ⅱ、Ⅲ组空肠隐窝深度显著低于对照组(P<0.05);试验Ⅰ、Ⅱ组十二指肠绒毛/隐窝值显著高于对照组、试验Ⅲ组(P<0.05)。综上所述,广西麻鸡饲粮中添加不同水平辣木叶提取物可以提高脾脏指数,改善腹脂率、肉品质和小肠形态结构。在28周龄广西麻鸡母鸡饲粮中添加150 mg/kg辣木叶提取物具有更优效果。

日粮添加罗汉果渣在广西麻鸡生产中的应用效果研究

为研究罗汉果渣在广西麻鸡生产中的应用效果,选定60日龄的广西麻鸡280只,随机分成7组,每组40只,进行100 d的饲养试验。试验1组为对照组(替代量为0%),试验2、3、4组鸡群分别使用纯罗汉果渣替代3%、6%、9%的全价日粮,试验5、6、7组鸡群分别使用罗汉果混合渣替代5%、10%、15%的全价日粮。试验结束测定试验鸡群的增重、饲料养分消化率、血液生化指标、屠宰性能等相关数据。试验结果显示:(1)添加6%的纯罗汉果渣及5%的罗汉果混合渣分别获得最高的均增重,且均增重分别比对照组提高了17.24%、19.35%,但差异不显著(P>0.05)。(2)日粮添加15%罗汉果混合渣可以显著提高广西麻鸡对日粮干物质及粗脂肪的消化率,分别比对照组提高了5.06%、12.61%。且添加罗汉果渣均有提高粗蛋白消化率的趋势,其中日粮添加6%罗汉果渣,粗蛋白消化率比对照组显著提高78.39%。但是降低了粗纤维和磷的消化率。(3)日粮添加9%纯罗汉果渣的鸡群白细胞、红细胞及血红蛋白数量最高,且白细胞数目、红细胞数目分别比对照组提高了5.58%、42.76%,血红蛋白含量是对照组的2.38倍。日粮添加5%罗汉果混合渣的鸡群平均血红蛋白含量和平均血红蛋白浓度较对照组均显著提高(P<0.05),且分别是对照组的2.47倍、2.39倍。(4)广西麻鸡日粮添加6%的纯罗汉果渣鸡群的综合屠宰性能最高,半净膛率、全净膛率及胸肌率均为最高,分别比对照组提高了5.49%、5.46%、8.75%,但差异不显著(P>0.05)。因此,罗汉果渣可以替代部分日粮在广西麻鸡生产中使用,且对鸡群具有促进生长、提高饲料养分消化率、提高屠宰性能等效果。

广西麻鸡活重、体尺与产蛋量的关系分析

为探究广西麻鸡活重及体尺性状与个体产蛋量的相关性,以某公司提供的广西麻鸡为观测对象,连续30 d产蛋数据为依据,进行了初步研究和分析。结果显示,个体最高产蛋数24个,最低0个,产蛋数集中分布在10~19个,产蛋数在该区间的个体共71羽,占鸡群的46.71%。广西麻鸡产蛋期活重与产蛋量呈极显著负相关(P<0.01),两者相关系数达到中度相关(r=-0.647)。其他体尺性状包括体斜长、龙骨长、胫长与产蛋量的差异不显著(P>0.05)。综上所述,可以根据活重对广西麻鸡的选育做出指导,研究可为广西麻鸡育种工作提供数据参考。