不同牛种CSN1S1基因启动子区SNP研究

为研究牛CSN1S1基因启动子多态性,选择产奶性能差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种CSN1S1基因5'调控区及第1外显子部分序列总长1035bp。结果表明:CSN1S1基因5'调控区存在3个新SNPs位点:G-531A、C-706T、T-761C,2个牛品种在各位点表现出不同多态性特征。生物信息学软件预测CSN1S1基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点造成核心启动子区2个重要转录因子结合位点消失,而产生3个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构有明显改变,目标序列未发现CpG岛。研究结果为进一步确定CSN1S1启动子功能奠定实验基础。

牛α-乳清蛋白基因5′调控区多态性研究

试验选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种α-乳清蛋白(alpha-lactalbumin,LALBA)基因5′调控区及第1外显子部分序列总长1126bp。结果表明,LALBA基因5′调控区存在5个SNPs位点:T-114C、C-166T、A-225C、C-344T、T-778C,T-114C仅在务川黑牛表现多态性。生物信息学软件预测LALBA基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点导致11个转录因子结合位点消失,其中1个位于核心启动子区,产生5个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构发生明显改变,目标序列未发现CpG岛。

不同牛种SOCS6基因5′调控区多态性分析

为筛选SOCS6基因启动子区域单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)并研究其对启动子功能元件的影响,选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果表明,SOCS6基因5′调控区存在4个SNP位点,分别为T-513G、C-401T、A-332G和T-180G。生物信息学软件预测得到SOCS6基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近部分转录因子结合位点消失和新位点产生。多态性位点对转录因子结合位点有显著影响,但并不改变CpG岛大小。

贵州黑白花奶牛OPN基因多态性及其与产奶性状的关联分析

为探讨贵州黑白花奶牛的产奶性状与OPN基因多态性的关联,试验以200头贵州黑白花奶牛为供试动物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术,利用OPN基因的序列设计引物,对其多态性与奶牛产奶性状的相关性进行分析。结果表明,贵州黑白花奶牛OPN基因多态性有2种等位基因M和N,等位基因频率分别为0.62和0.38,群体多态信息含量为0.360,杂合度为0.689,M等位基因是群体中的优势等位基因;MM型个体的乳脂率和305 d产奶量显著或极显著优于NN型(P<0.05或P<0.01);MM型个体305 d产奶量显著优于MN型(P<0.05)。结果显示,OPN的MM基因型可作为选择高乳脂率和高产奶量的分析标记。

牛STAT1基因启动子区多态性研究

为筛选STAT1基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果表明:STAT1基因5'调控区及第1外显子存在3个SNPs位点,分别为:T-537G、T-508A、C+10T。生物信息学软件预测得到STAT1基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNP位点导致1个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点。CpG岛范围未受到突变位点影响,但STAT1基因RNA二级结构在突变后显著改变。研究结果为进一步确定STAT1启动子功能奠定试验基础。

贵州荷斯坦奶牛甘油二酯酰基转移酶基因多态性及其与产奶性状的关联分析

甘油二酯酰基转移酶(diacylglycerol acyl-transferase 1,DGAT1)是控制甘油三脂合成的关键酶。近年来DGAT1基因被鉴定出来,被认为是奶牛乳脂率的一个重要功能候选基因。该研究以贵州荷斯坦奶牛为试验动物,利用奶牛DGAT1基因序列设计引物,以RCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测了奶牛DGAT1基因第8外显子的碱基突变。结果共检测到AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.5588、0.3824和0.0588,等位基因A和B的频率分别为0.7549和0.2451;该碱基突变对305d校正产奶量和乳脂率的影响均达到显著水平(P<0.05),乳蛋白率影响不显著(P>0.05);多重比较结果表明,AA和AB型对305d校正产奶量和乳脂率均显著高于BB型(P<0.05)。结果显示,DGAT1基因突变对贵州荷斯坦奶牛泌乳性状有较大的遗传效应,可用于其泌乳性状的分子标记辅助选择。

牛JAK2基因启动子区多态及生物信息学研究

为筛选JAK2基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响,选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果表明,JAK2基因5'调控区及第1外显子存在2个SNPs位点,分别为G+5A、G+104A。生物信息学软件预测得到JAK2基因核心启动子区,SNP位点导致9个转录因子结合位点消失,而产生1个新的转录因子结合位点。G+5A对转录因子结合位点、RNA二级结构和CpG岛均有显著影响。

不同牛种STAT5B基因启动子多态性分析

目的:试验旨在筛选STAT5B基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响,为地方牛种选种选育提供一定理论依据。方法:选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果:STAT5B基因5'调控区及第1外显子存在3个SNPs位点,分别为:T-181C、C-31G、T+119C。生物信息学软件预测得到STAT5B基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNP位点导致5个转录因子结合位点消失,而产生8个新的转录因子结合位点。软件未发现可能的CpG岛范围,但STAT5B基因RNA二级结构和最小自由能在突变后显著改变。结论:DNA池结合测序技术可快速筛选SNP位点,STAT5B启动子区存在功能性SNP位点。