8个地方鸡品种的体尺、屠宰性能及肉品质的比较及综合评价

【目的】通过比较分析贵州省8个地方鸡品种的体尺、屠宰性能及肉品质性状差异,为贵州地方鸡种的保护开发和利用提供基础数据。【方法】采用常规方法对乌蒙乌骨鸡、威宁鸡、普定高脚鸡、兴义矮脚鸡、黔东南小香鸡、赤水乌骨鸡、长顺绿壳蛋鸡和瑶山鸡的体尺指标、屠宰性能和肉品质性状指标进行测定,利用主成分分析法构建肉用性状综合评价模型。【结果】贵州8个地方鸡品种体尺性状、屠宰性能及肉品质指标存在明显差异,但屠宰率均大于86%,全净膛率均大于67%,8个品种均表现出了较佳的产肉性能;成功构建了肉用鸡综合评价模型,评分结果为:威宁鸡>乌蒙乌骨鸡>普定高脚鸡>赤水乌骨鸡>瑶山鸡>兴义矮脚鸡>黔东南小香鸡>长顺绿壳蛋鸡。【结论】8个地方鸡品种均表现出了良好的产肉性,是优质的肉鸡种质资源;综合评价结果显示,威宁鸡和乌蒙乌骨鸡肉用性能比较出色。

基于SNP芯片分析贵州地方鸡品种(类群)的遗传多样性

【目的】了解贵州地方鸡品种遗传多样性及确定品种间的遗传关系,为贵州地方鸡品种(类群)资源的保护和创新利用提供参考依据。【方法】采集香炉山鸡(SL)、瑶山鸡(YS)、黔东南小香鸡(XX)和威宁鸡(WN)共66份血液样本,基于京芯一号鸡55K SNP芯片对4个贵州地方鸡品种(类群)进行SNP位点检测,采用Plink v1.90、VCFtools v0.1.17和Admixture v1.3分别进行遗传多样性、群体结构及亲缘关系分析。【结果】4个贵州地方鸡品种(类群)的有效群体含量(Ne)介于3.1~3.2,且期望杂合度(He)均低于观察杂合度(Ho),多态信息含量(PIC)排序为威宁鸡(0.8583)>瑶山鸡(0.8350)>黔东南小香鸡(0.8123)>香炉山鸡(0.8001),均大于0.50,呈高度多态性,遗传多样性丰富。基于状态同源(IBS)遗传距离矩阵构建的系统发育进化树显示,香炉山鸡的分支最长、威宁鸡的分支最短。主成分分析(PCA)结果表明,4个贵州地方鸡品种(类群)间的界限分明,且各品种(类群)间无相互渗透现象;在Admixture祖代分析中,祖先集群数量(K)=2时,群体分群效果最佳,说明4个贵州地方鸡品种(类群)有2个共同的祖先。4个贵州地方鸡品种(类群)间的群体分化系数(Fst)接近0.05,说明群体间并未产生明显分化。4个贵州地方鸡品种(类群)的G矩阵亲缘关系分析结果和IBS遗传距离分析结果一致,香炉山鸡群个体间的亲缘关系和遗传距离最近,而威宁鸡群个体间的亲缘关系和遗传距离最远。【结论】4个贵州地方鸡品种(类群)遗传多样性较丰富,且品种(类群)间的界限明显,无相互渗透现象,但亲缘关系中有部分品种(类群)间存在近交风险,因此今后的育种工作应进一步改良香炉山鸡和黔东南小香鸡的配种方式,并适当增加群体数量及公母比例,以避免近交衰退。

FABP4基因在3个贵州地方鸡种中多态性研究

为系统筛查贵州地方鸡FABP4基因多态性。该试验以3个贵州地方鸡种(高脚鸡、百宜黑鸡和乌蒙凤鸡)为研究对象,构建品种DNA池,PCR扩增FABP4基因所有外显子及部分内显子区域,采用直接测序结合生物信息技术检测FABP4基因多态性。结果显示,在3个贵州地方鸡资源群体中共发现C51T和T1751C 2个SNPs位点,其中C51T位于第一外显子区,属于同义突变位点;等位基因频率估算发现,C51T位点在3个地方鸡种中多态丰度较高,T1751C位点在群体中多态丰度低;生物信息学得出,C51T位点突变后,鸡FABP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能提升,稳定性降低。该试验成功挖掘出贵州地方鸡FABP4基因外显子及部分内含子区域变异位点,以期为贵州地方鸡分子标记开发利用提供参考。

贵州省地方品种鸡禽白血病病毒流行株的亚型鉴定及其分子特征分析

为了解贵州省9个地方品种鸡群中禽白血病病毒(ALV)流行株亚型与分子特征,本研究2016年从该省8个地区9个地方品种鸡群共采集380份鸡蛋样品。采集卵白用ELISA试剂盒检测ALV-P27抗原,阳性卵白接种CEF和DF1细胞分离病毒,培养7 d后检测细胞培养液中ALV-P27抗原,对感染细胞cDNA以4对ALV特异性引物进行PCR鉴定与分型。并选取9个鸡群的部分ALV分离株进行gp85基因的克隆测序与序列分析。结果表明,9个鸡群的卵白样品ALV-P27抗原阳性率为0~36%;阳性卵白的CEF和DF1细胞培养上清P27抗原检测结果相同,阳性率为26.8%(15/56),并鉴定出其亚型全部为J亚型(ALV-J)。已测序的21株ALV-J gp85基因序列与国内外ALV-J参考株同源性为86.6%~100%;进化树分析显示,21株ALV-J分离株在不同的分支,其进化关系和来源之间未发现明显规律。本研究表明,贵州省9个地方品种鸡群有6个存在ALV-J感染。其中,3个当地培育的品种鸡ALV感染率为0;而来自3个地区的绿壳蛋鸡ALV-P27抗原阳性率普遍较高(26.7%~36.0%)。本研究补充了我国禽白血病流行病学的数据并为该病的防制提供了调查依据。

3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析

以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响。结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区。T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响。

贵州地方鸡种资源存在的问题及对策

在家鸡漫长的养殖历史中,贵州形成了丰富的地方鸡品种资源。由于人为因素以及某些自然因素的影响,贵州地方鸡品种的开发与保护形势不容乐观,个别鸡品种的种群数量呈下降趋势。通过对部分地区地方鸡种分布的调查及相关文献资料,对贵州地方鸡品种的发展现状进行了介绍,指出了贵州地方鸡品种产业化发展的制约因素,提出了保护对策。

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

【目的】明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据。【方法】以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响。【结果】在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变。在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性。A234G位点突变对鸡MSTN基因m RNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变。鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高。【结论】MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究。

贵州地方品种鸡ALV流行病学调查

为了解2019—2021年贵州地方品种鸡AL病毒(Avian leukosis virus,ALV)流行情况。采用DF-1细胞对贵州9个地方品种鸡331份血浆进行ALV的分离;利用ALV p27抗原ELISA检测法对贵州地方品种鸡708份血样、180份蛋清、61份泄殖腔棉拭子进行检测。结果表明:贵州地方品种鸡331份血浆样品分离出6株ALV,总阳性率1.81%(6/331);2019—2021年采集贵州省不同品种鸡血样708份进行ALV p27抗原ELISA检测,共检测出289份阳性,总阳性率40.81%(289/708);180份蛋清中检测出39份阳性,总阳性率21.7%(39/180)。61份泄殖腔棉拭子中检测出16份阳性,总阳性率26.20%(16/61);说明贵州地方不同品种鸡存在不同程度的ALV感染,本研究为丰富贵州地区品种鸡感染ALV情况资料和贵州地方品种鸡AL的防控奠定基础。