燕麦AsSOS1基因克隆及盐胁迫下的表达分析

为探索燕麦主要耐盐基因AsSOS1(Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白)的功能,本研究以耐盐品种青永久195为供试材料,在种子实生苗沙培3周后克隆AsSOS1基因,对其蛋白序列进行同源比对并分析理化性质,预测蛋白的跨膜结构和亲/疏水性以及二级和三级结构,用qRT-PCR分析100 mmol/L NaCl胁迫下AsSOS1基因在燕麦根、茎、叶中的表达。结果表明,AsSOS1的开放阅读框长度为3411 bp,编码1137个氨基酸;AsSOS1蛋白分子量为126.088 KDa,等电点6.62,属于酸性蛋白,稳定系数45.14,疏水性蛋白;AsSOS1蛋白二级结构中包含48.20%的α-螺旋和33.77%的无规则卷曲,三级结构与二级结构预测结果一致,以α-螺旋为主;跨膜结构域预测结果显示,AsSOS1蛋白中包含胞外结构域、跨膜螺旋结构域和胞内结构域,其中氨基酸序列11~424是Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白的保守序列,预测该区域与植物耐盐性相关;进化分析发现,其与硬直黑麦草的亲缘关系最近,相似度高达96%。正常生长条件下,AsSOS1基因在燕麦根、茎、叶中均有表达;在100 mmol/L NaCl胁迫下,AsSOS1基因在茎和根中的表达量分别增加了171.4%和54.1%,说明AsSOS1受盐胁迫诱导,在燕麦耐盐过程中起重要作用。

MC1R基因在白羽乌骨鸡和黑羽乌骨鸡肌肉和皮肤中的表达分析

本试验旨在探明MC1R基因在白羽乌骨鸡和黑羽乌骨鸡黑色素沉积中的影响效应,为更好地开发利用地方乌骨鸡提供理论依据。以白羽乌骨鸡(丝羽乌骨鸡、竹丝鸡)和黑羽余干乌骨鸡为研究对象,屠宰拔毛后立刻测定胸部皮肤、大腿部皮肤的亮度L^(*)值,然后把测定过肤色的胸皮和大腿皮剪开,测定皮肤下面的胸肌、腿肌亮度L^(*)值,获得胸肌、腿肌、胸皮和大腿皮乌色度的变化趋势,同时比较MC1R基因在3种乌骨鸡的4种组织中的差异表达量。结果发现:2~17周龄期间,随着周龄的增加,3种乌骨鸡腿皮、胸皮、胸肌和腿肌L^(*)值均呈增加趋势;2周龄时MC1R在3种乌骨鸡胸肌、腿肌中的相对表达量较高,随后表达量呈现下降趋势,而在3种乌骨鸡胸皮和腿皮中的表达量变化趋势不同;2周龄时MC1R基因在黑羽余干乌骨鸡腿肌、胸皮和腿皮中的表达量显著大于2种白羽乌骨鸡;6周龄时MC1R基因在黑羽余干乌骨鸡腿肌和胸皮的表达量显著大于2种白羽乌骨鸡;10周龄时MC1R基因在黑羽余干乌骨鸡腿肌的表达量显著大于2种白羽乌骨鸡;10、12、17周龄时MC1R在丝羽乌骨鸡腿皮的表达量显著高于其他乌骨鸡;MC1R基因表达量与黑羽余干乌骨鸡肤色和肉色L^(*)值不相关,而与白羽乌骨鸡腿肌L^(*)值显著相关。结果提示,MC1R基因对白羽乌骨鸡和黑羽乌骨鸡黑色素沉积的影响效应不同,本研究为培育乌色度更高、不同羽色的乌骨鸡新品种提供了科学理论依据。

花生COP1基因的克隆及表达特征分析

为了探究花生中COP1基因的序列及表达特征,本研究从花生中克隆获得2个COP1基因,分别命名为AhyCOP1a和AhyCOP1b,以此为基础进行了相关分析。结果显示,AhyCOP1a和AhyCOP1b分别长2103 bp和2049 bp,均含有13个外显子和12个内含子。聚类结果显示AhyCOP1a和AhyCOP1b与双子叶作物的COP1基因聚成一类,且分别与AduCOP1和AipCOP1亲缘关系最近,表明AhyCOP1a和AhyCOP1b的进化分别始于花生野生种Ar⁃achis duranensis和A.ipaensis。此外,AhyCOP1a和AhyCOP1b分别有6个和7个WD40重复基序。各类物种的COP1基因在N端相似度较低,在C端WD40结构域部分相似性较高,表明WD40结构域是COP1基因的主要核心功能区域。组织表达结果显示,AhyCOP1a和AhyCOP1b在地上部的表达显著高于地下部,花中最高,其次为叶和茎。但AhyCOP1a在地下组织的表达量在显著高于AhyCOP1b,暗示AhyCOP1a在地下组织发育过程中的作用更大。此外还发现光照可以促进花生COP1基因的表达,表明花生中COP1基因的表达受光照显著影响。总之,本研究结果初步明确了花生中COP1基因的序列及表达特征,为后续深入探究COP1基因的分子功能奠定了基础。

陆地棉GhUGP1基因的克隆与表达分析

为进一步了解UGPase在棉花中的作用,根据全基因组测序结果,筛选且克隆了在陆地棉纤维发育过程中的关键基因GhUGP1。利用生物信息学方法对其核苷酸和氨基酸序列进行分析,通过同源重组技术,将GhUGP1基因的编码序列构建到原核表达载体pMAL-C4x上,通过IPTG诱导蛋白表达来确定IPTG诱导蛋白的最佳条件,最后利用Western Blot鉴定重组蛋白。结果显示,GhUGP1(XP_040931642.1)全长序列6572 bp,编码区1404 bp,编码467个氨基酸,预测分子质量约为51.493 ku,等电点为5.86。氨基酸序列比对分析发现在陆地棉、亚洲棉、木槿等不同物种间UGP序列的相似率为90.63%。进化树分析结果显示GhUGP1蛋白与亚洲棉UGP蛋白亲缘关系最近,同源性最高并在一个分支上。亚细胞定位结果显示该蛋白为核膜共定位。蛋白诱导时由于IPTG浓度梯度结果差别不明显,选择IPTG终浓度为0.3 mmol/L,而温度梯度和时间梯度结果差异明显,确定最佳诱导温度为28℃,最佳诱导时间为6 h,蛋白溶解及纯化的温度和时间为28℃诱导6 h。Western Blot结果表明重组蛋白的大小正确,最终成功获得了大小为95.9 ku的pMAL-C4x-GhUGP1重组蛋白,为后期对GhUGP1功能深度解析提供帮助。

大白菜BrCYP83B1基因的克隆及表达分析

【目的】细胞色素P450家族是十字花科植物硫苷合成重要的酶系,其中CYP83亚家族主要参与核心结构的合成,旨在探究大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)CYP83B1基因的功能。【方法】利用RT-PCR技术克隆BrCYP83B1基因,通过生物信息学软件分析其编码蛋白理化性质、同源性及启动子顺式作用元件,利用RT-qPCR技术分析BrCYP83B1的表达模式,并构建其植物超表达载体。【结果】BrCYP83B1 cDNA序列全长为1500 bp,编码499个氨基酸,编码蛋白属于细胞色素P450超家族,主要定位于细胞质,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,与甘蓝型油菜、青花菜的CYP83B1蛋白具有较高的同源性。启动子分析表明,该基因启动子区域包含水杨酸、脱落酸及茉莉酸甲酯等激素响应的顺式作用元件,说明BrCYP83B1基因表达可能受激素调控。RT-qPCR分析结果表明,BrCYP83B1基因在大白菜的根、茎、叶、花和果中均有表达,且以叶中的表达量最高;茉莉酸甲酯够显著促进该基因的表达,而水杨酸处理对其表达具有一定的抑制作用,脱落酸处理下基因先上调后又下调。【结论】BrCYP83B1可能参与大白菜对激素的响应调控。

H5N1亚型禽流感病毒神经氨酸酶蛋白在昆虫细胞中的表达与鉴定

研究旨在利用昆虫细胞-杆状病毒表达系统制备H5N1亚型禽流感病毒(AIV)的神经氨酸酶(NA)蛋白。试验为获得具有良好反应原性的NA蛋白,将H5N1亚型AIV(DK/YN/S4469/2022)密码子优化后的N1基因插入载体pFastBac1,构建的重组转移载体pFastBac1-N1转化至DH10Bac感受态细胞,经过蓝白斑筛选获得阳性重组杆粒rBacmid-N1,然后将重组杆粒转染至sf9昆虫细胞,获得N1亚型重组杆状病毒。结果显示:N1重组蛋白在sf9昆虫细胞中正确表达,并且该重组蛋白具有良好的反应原性,能够与N1蛋白单克隆抗体3F3发生特异性反应,其仅能识别N1亚型鸡血清,特异性较好。研究成功制备了N1重组蛋白,为NA蛋白表达方法提供参考并为临床血清样品的N1抗体检测方法的建立奠定基础。

NAP1L1基因在脑胶质瘤中的表达特性研究

目的:分析脑胶质瘤组织及癌旁正常组织中核小体组装蛋白1-like-1(NAP1L1)表达情况,并探讨其表达与患者临床病例特征及生存预后的关系。方法:回顾性选取2018年1月~2020年10月在右江民族医学院附属医院进行治疗的86例脑胶质瘤患者作为研究对象,收集患者脑胶质瘤组织及癌旁正常组织。采用实时定量PCR法检测脑胶质瘤组织及癌旁正常组织中NAP1L1表达情况;收集患者临床资料,根据NAP1L1表达情况以NAP1L1表达<3.04视为低表达组(n=32),≥3.04视为高表达组(n=54),分析NAP1L1表达与患者临床病理特征的关系;对患者进行为期36个月的随访,Kaplan-Meier生存曲线分析NAP1L1表达与脑胶质瘤患者预后的关系。结果:与癌旁正常组织比较,脑胶质瘤组织中NAP1L1表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.01)。NAP1L1低表达组和高表达组在病理分级、Ki-67指数、KPS评分及术后是否复发方面比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。随访36个月,86例患者生存率为52.33%(45/86);经Kaplan-Meier生存曲线分析,NAP1L1低表达患者中位生存时间为31个月,明显高于NAP1L1高表达患者的19个月,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:NAP1L1在脑胶质瘤中呈明显高表达,且其表达与患者病理分级、Ki-67指数、KPS评分、术后是否复发及生存预后明显相关。NAP1L1有可能成为神经胶质瘤发病机制的有前途的生物标志物和治疗靶点。

BAP1在肝细胞肝癌中的表达及其与预后的关系

目的探讨BRCA1相关蛋白1(BAP1)在肝细胞肝癌(LIHC)中的表达变化及其与预后的关系。方法从UALCA获得癌症基因组图谱(TCGA)中LIHC的BAP1 m RNA表达水平及临床数据并进行数据分组和处理。采用R3.2.2软件进行分析。比较BAP1在癌组织与正常组织中的表达差异,并分析LIHC患者各亚组临床指标的BAP1表达水平与正常组织的差异。采用寿命表法计算生存率,采用Kaplan-Meier法比较BAP1高表达组和中低表达组患者的生存率,并绘制患者的生存曲线。结果LIHC组织中BAP1 mRNA表达中位数为37.748 TPM,明显高于正常组织中的18.444 TPM,差异有显著统计学意义(P<0.01);患者的性别、年龄、种族、体质量、组织学类型、组织学分级、淋巴结、TNM分期Ⅰ~Ⅲ期、TP53突变的各组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异均有统计学意义(P<0.05),而Ⅳ期组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05);患者的中位生存时间为27.18个月,1年、2年、3年、4年、5年生存率分别为0.57%、0.31%、0.20%、0.13%、0.08%;BAP1 m RNA高表达的整体生存率较BAP1mRNA中低表达者短,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论BAP1 m RNA在LIHC中呈高表达,高表达组生存率较低,提示预后不良。

HN1L、PLK1在食管胃交界腺癌中的表达及与肿瘤进展和患者预后的关系研究

目的探讨血液和神经表达1样蛋白(HN1L)、Polo样激酶1蛋白(PLK1)在食管胃交界腺癌(AEGJ)中的表达及其与肿瘤进展和患者预后的关系。方法回顾性收集2017年6月至2020年6月邯郸市第一医院手术切除的105例AEGJ组织及其距离肿瘤边缘5 cm处的癌旁组织。采用免疫组化法观察并比较癌组织和癌旁组织HN1L、PLK1表达评分,比较不同临床特征AEGJ患者癌组织HN1L、PLK1表达评分,采用Pearson相关分析两种蛋白表达评分的相关性,根据表达评分分组,生存分析采用Kaplan-Meier生存曲线,预后分析采用多因素Cox回归分析。结果癌组织中HN1L、PLK1表达评分均显著高于癌旁组织(均P<0.05)。相比于肿瘤-淋巴结-远处转移(TNM)分期Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移AEGJ患者,TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移AEGJ患者癌组织HN1L、PLK1表达评分显著升高(均P<0.05)。癌组织HN1L表达评分与PLK1表达评分呈正相关(P<0.01)。AEGJ患者3年总生存率为43.8%。生存分析显示,HN1L高表达组患者和PLK1高表达组患者3年总生存率均显著低于HN1L低表达组和PLK1低表达组(均P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,淋巴结转移、TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、HN1L和PLK1高表达是影响AEGJ患者预后的独立危险因素(均P<0.01)。结论AEGJ患者癌组织HN1L、PLK1表达与肿瘤恶性程度有关,可作为预测患者预后的潜在指标。

KDM6B及FOXO1在浆液性卵巢癌组织中的表达及临床意义

目的:探讨赖氨酸特异性去甲基化酶(lysine [K]-specific demethylase 6B,KDM6B)和叉头框蛋白O1(forkhead box protein O1,FOXO1)在浆液性卵巢癌(serous ovarian cancer,SOC)中的表达水平及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法:纳入我院妇科2018年04月至2023年04月收治入院接受手术治疗并经过病理证实的367例SOC患者和150例卵巢良性肿瘤患者。采用免疫组织化学法检测KDM6B、FOXO1蛋白在SOC组织中的表达水平,并分析二者表达水平与临床病理特征的关系。应用Pearson相关系数分析SOC组织中KDM6B与FOXO1蛋白表达的相关性。利用Kaplan-Meier法和Log-rank检验对不同KDM6B、FOXO1蛋白表达水平的SOC患者预后的差异进行比较。结果:KDM6B与FOXO1蛋白SOC组织中高表达率分别为48.77%和53.13%,显著高于正常卵巢组织的21.33%和32.00%(P均<0.05)。不同KDM6B蛋白表达水平的SOC患者在年龄、肿瘤分化程度、有无淋巴结转移、FIGO分期的差异具有统计学意义(P<0.05),FOXO1蛋白表达水平与患者肿瘤分化程度、有无淋巴结转移、FIGO分期有关(P<0.05)。SOC组织KDM6B与FOXO1蛋白表达呈正相关(r=0.668,P<0.05)。KDM6B、FOXO1蛋白高表达者的总生存率和无进展生存率均显著低于低表达者(P<0.05)。结论:KDM6B、FOXO1蛋白在SOC组织中高表达,二者表达水平呈正相关,且KDM6B、FOXO1蛋白高表达者预后较低表达者更差,提示二者均可能在SOC发生发展中发挥促癌作用,且可作为影响SOC患者预后的关键因素,可能是潜在的SOC早期诊断和预后评估标志物。

共表达甲状腺转录因子1与p40的非小细胞肺癌患者临床病理特征分析

目的探讨共表达甲状腺转录因子1(TTF-1)和p40的非小细胞肺癌(NSCLC)患者的临床病理特征。方法收集7例共表达TTF-1和p40的NSCLC患者的资料,回顾性分析其临床特征、病理形态、免疫表型及分子特征,并复习相关文献。结果患者中位年龄58岁,多为男性且吸烟者;影像显示为外周型肿块。肿瘤细胞呈实性巢状排列,瘤细胞呈圆形、卵圆形或多角形,胞质透明或嗜酸性,核分裂象>10个/10HPF;3例可见脉管内癌栓。同一群肿瘤细胞同时表达TTF-1和p40,CK7、p63、CK5/6和napsinA呈灶性或弥漫表达,增殖指数Ki-67阳性10%~90%。2例采用ARMS-PCR法分别检测到表皮生长因子受体(EGFR)18号外显子G719A/S/C突变和21号外显子L858R突变,1例采用二代测序法检测到TPM3-ROS1融合突变和ROS1(G2032R)突变。随访1~46个月,2例患者分别于22、46个月死亡,3例患者出现颈部淋巴结或脑转移。结论共表达TTF-1和p40的NSCLC具有独特的临床病理特征,临床进展快,预后差,可能是一种新的肿瘤实体。

唾液腺腺泡细胞癌中NR4A3基因重排及NOR-1蛋白表达分析

目的:探讨NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达在唾液腺腺泡细胞癌中的表达及在鉴别诊断中的价值。方法:收集2020年5月—2024年1月于上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔病理科诊断的唾液腺癌119例,包括腺泡细胞癌(acinic cell carcinoma,AciCC)63例,黏液表皮样癌(mucoepidermoid carcinoma,MEC)31例,分泌性癌(secretory carcinoma,SC)25例。分别使用荧光原位杂交和免疫组织化学染色检测NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达情况,采用SPSS 18.0软件包对数据进行统计学分析。结果:AciCC主要发生于大唾液腺。与MEC和SC相比,AciCC好发于女性(P=0.006)。NR4A3基因重排在AciCC、MEC和SC中的阳性率分别为76.2%(48/63)、0%(0/10)和0%(0/7),NOR-1蛋白表达在AciCC、MEC和SC中的阳性率分别为92.1%(58/63)、9.7%(3/31)和0%(0/25),差异具有统计学意义(P<0.001)。单独使用NR4A3基因重排诊断AciCC时,灵敏度和特异度分别为76.2%和100%。单独使用NOR-1蛋白表达诊断AciCC时,灵敏度和特异度分别为92.1%和94.6%。联合使用NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达诊断AciCC时,灵敏度和特异度分别为96.8%和94.6%,曲线下面积为0.896,诊断价值最优。结论:AciCC好发于女性,主要发病部位为大唾液腺。NR4A3基因重排仅见于AciCC中,在诊断工作中具有100%的特异性,但敏感性较低。NOR-1蛋白表达检测具有很好的灵敏度和特异度,可作为鉴别AciCC、MEC和SC的初筛和替代方法。联合使用NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达检测具有最优的诊断价值。

MAFA-PDX1过表达慢病毒感染人脐带间充质干细胞向胰岛素分泌细胞的分化

背景:干细胞来源胰岛β细胞移植被认为是治疗1型糖尿病的有效手段。人脐带间充质干细胞是理想的细胞来源,但其向胰岛β细胞分化的效率不高。目的:研究MAFA、PDX1修饰促进人脐带间充质干细胞向胰岛素分泌细胞分化的潜能。方法:构建MAFA-PDX1过表达慢病毒载体,用细胞形态学、RT-qPCR法、双硫腙染色比较3种方案[方案A:单纯慢病毒组;方案B:先药物(尼克酰胺、β-巯基乙醇)诱导再加慢病毒组;方案C:慢病毒和药物诱导同时进行组]诱导人脐带间充质干细胞分化为胰岛素分泌细胞的效率和潜能。结果与结论:(1)细胞形态学改变:经3种方案诱导后细胞形态均发生了改变,方案B在诱导第11天细胞聚集生长最为明显,出现聚集生长的胰岛样细胞团;(2)RT-qPCR检测胰岛相关基因的表达差异:同一诱导时间点3种方案横向比较,在诱导第5天,方案C的MAFA和PDX1基因表达量最高,方案B的GCG基因表达量最高;在诱导第11天,方案B的MAFA、PDX1基因表达量以及INS和GLUT2基因表达量最高;(3)双硫腙染色鉴定锌离子:3种方案诱导第11天部分细胞被双硫腙染成棕红色,其中方案B中部分小岛状细胞被染成棕红色,颜色较深(阳性表达);(4)结果表明,MAFA和PDX1共过表达可促进人脐带间充质干细胞向胰岛素分泌细胞分化;MAFA-PDX1基因修饰联合药物诱导方案优于单纯基因修饰方案。

胃癌组织中IL-32与Apaf-1蛋白的表达及意义

目的 分析胃癌组织中白细胞介素-32(Interleukin-32,IL-32)与凋亡蛋白酶激活因子-1(Apoptotic Protease Activating Factor-1,Apaf-1)的表达及意义。方法 回顾性选取2019年1月—2022年12月南通市肿瘤医院收治的100例胃癌患者的临床资料,分别取其胃癌组织标本(胃癌组)和正常胃黏膜标本(癌旁组),通过免疫组化法(Streptavidin-perosidase,SP)检测胃癌标本与正常标本中IL-32、Apaf-1蛋白的阳性表达情况。结果胃癌组IL-32阳性表达率高于癌旁组,Apaf-1蛋白阳性表达率低于癌旁组,差异有统计学意义(P均<0.05);胃癌患者高中分化程度与低分化程度之间,浸润深度<肌层与≥肌层之间,TNM分期为Ⅰ、Ⅱ期与分期为Ⅲ、Ⅳ期之间以及有无淋巴结转移之间的IL-32、Apaf-1蛋白阳性表达率对比,差异有统计学意义(P均<0.05)。结论 IL-32与Apaf-1蛋白的阳性表达可为胃癌患者的临床诊断和治疗提供重要的参考价值。

长链非编码RNA TUG1和UCA1在结肠癌组织中的表达及临床意义

目的探究长链非编码RNA TUG1和UCA1在结肠癌组织中的表达及临床意义。方法选取2018年5月—2020年5月收治的80例结肠癌患者为研究对象,利用原位杂交与qRT-PCR法检测TUG1和UCA1的表达,对表达情况和患者病理特征及预后进行研究。结果UCA1和TUG1在结直肠癌组织表达过程中与性别、年龄以及病理情况关系较小(P>0.05),和患者肿瘤大小、是否存在淋巴结转移、疾病的分化情况以及分期情况高度相关(P<0.05)。UCA1和TUG1高表达患者肿瘤更大,淋巴结存在转移情况,分化程度较高且TNM分期以Ⅰ/Ⅱ为主;80例患者进行随访36个月,中位生存时间33.75个月,死亡人数16例,术后总生存率80.00%(64/80);Kaplan-Meier生存分析显示UCA1和TUG1高表达死亡12例,生存38例,生存率76.00%(38/50);UCA1和TUG1低表达死亡4例,生存26例,生存率86.66%(26/30)。结论直肠癌组织中lncRNA TUG1和UCA1高表达与低表达对患者疾病预后有一定影响。

SFRP4、HMGB1、DEPDC1B及PD-L1表达在三阴性乳腺癌组织中的临床意义

目的探讨分泌性卷曲相关蛋白4(SFRP4)、高迁移率族蛋白B1(HMGB1)、DEP结构域蛋白1B(DEPDC1B)、程序性死亡蛋白配体-1(PD-L1)在三阴性乳腺癌(TNBC)组织中表达意义。方法选取83例TNBC患者作为研究对象,均于术中采集肿瘤组织及癌旁正常组织,采用免疫组化SP法检测SFRP4、HMGB1、DEPDC1B及PD-L1表达情况,比较肿瘤组织及正常组织内上述表达情况;并分析SFRP4、HMGB1、DEPDC1B及PD-L1表达与患者年龄、绝经状态、肿瘤直径、淋巴结转移、肿瘤分期等病理特征的关系。结果肿瘤组织内SFRP4、HMGB1、DEPDC1B及PD-L1阳性表达率高于正常组织,差异有统计学意义(P<0.05);SFRP4、HMGB1、DEPDC1B及PD-L1阳性表达患者肿瘤直径≥3 cm、临床分期Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移占比高于SFRP4、HMGB1、DEPDC1B及PD-L1阴性表达患者,差异有统计学意义(P<0.05)。结论SFRP4、HMGB1、DEPDC1B及PD-L1在TNBC组织内存在较高表达,且高表达与肿瘤分期、淋巴结转移关系密切,可用于指导临床完善治疗方案。

陆川猪MyoD1基因克隆及组织表达分析

为探究陆川猪骨骼肌生长发育过程中MyoD1基因所起作用,对陆川猪成肌细胞决定基因1(MyoD1)进行克隆,展开生物信息学分析,对其在陆川猪不同组织中的表达进行分析,以NCBI上已公布的野猪MyoD1基因序列为模板,进行特异性引物设计,克隆陆川猪MyoD1基因CDS区,并与NCBI已公布的野猪、牛、绵羊、人、小鼠、大鼠基因序列进行相似性比对,由此构建系统进化树,通过在线软件开展生物信息学分析,而后使用实时荧光定量PCR检测在陆川猪不同组织中MyoD1基因的相对表达量。陆川猪MyoD1基因CDS区全长960 bp,共编码319个氨基酸,碱基突变共存在5处,与野猪、牛、绵羊、人类、小鼠、大鼠的MyoD1基因CDS序列相似性分别为99.2%,93.0%,92.3%,90.0%,84.3%,84.0%,其中与野猪相似性最高,表明二者亲缘关系最为接近;陆川猪MyoD1基因原子总数为4680,蛋白的分子质量为33.99 ku,分子式为C_(1457)H_(2296)N_(442)O_(471)S_(14);不稳定系数为63.87,表明其缺乏稳定性;等电点为5.63,属于酸性蛋白;不存在跨膜结构,存在35处磷酸化位点及1处糖基化位点;蛋白二级结构以无规则卷曲为主,占比60.69%。陆川猪MyoD1基因在背最长肌中的表达量最高,且显著高于其他组织,表达量最低的组织为肾脏。陆川猪各组织中均有MyoD1基因表达,且主要在背最长肌中表达,由此推测,MyoD1基因在陆川猪肌肉生长发育过程中可能起到至关重要的作用。

灰毡毛忍冬花器官发育相关LmSOC1基因克隆及表达分析

【目的】克隆灰毡毛忍冬MADS-box家族基因SOC1(SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CO1),对其进行生物信息学和表达模式分析,为探究灰毡毛忍冬花冠不开放机制奠定理论基础。【方法】基于花蕾型灰毡毛忍冬转录组数据,筛选到开花调控基因LmSOC1的Unigene序列并克隆全长cDNA序列,通过生物信息学分析和实时荧光定量PCR技术分析编码蛋白特性和不同品种中LmSOC1基因的表达特异性,最后将LmSOC1基因插入到原核表达质粒载体pTOPO-D1中,并在表达宿主BL21(DE3)中进行蛋白表达。【结果】LmSOC1基因包含645bp的ORF区,LmSOC1蛋白不含信号肽、无跨膜区,为稳定的亲水性蛋白。系统进化树分析表明,LmSOC1蛋白与黄花蒿、榴莲、可可等的SOC1蛋白亲缘关系更近。实时荧光定量PCR分析表明,在2个花蕾型灰毡毛忍冬品种的花蕾和叶片中均检测到LmSOC1基因的表达,而叶片中表达量明显高于花蕾。同时,在早期花蕾中LmSOC1基因的表达量高于晚期花蕾,在‘金翠蕾’品种中这一表达差异极显著(P<0.01)。最后成功在大肠杆菌BL21(DE3)中表达出重组蛋白。【结论】通过对LmSOC1基因的克隆和表达分析发现,该基因可能在灰毡毛忍冬花器官发育过程中发挥重要作用,为进一步研究该基因在植物花发育中的生物学功能奠定了基础。

东方蜜蜂微孢子虫nce-miR-11248及其靶基因SGT1的生物信息学和表达谱研究

【目的】对前期鉴定所获得的东方蜜蜂微孢子虫的nce-miR-11248进行表达和序列验证,预测、分析其靶基因,并检测nce-miR-11248及其靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达谱,为进一步开展nce-miR-11248调控东方蜜蜂微孢子虫侵染的功能及作用机制研究提供参考。【方法】利用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-11248的真实性;利用相关生物信息学软件预测nce-miR-11248的靶基因,并分析其编码蛋白的分子特性;使用MEME和TBtools软件预测SGT1蛋白的保守基序和结构域,通过Mega 11.0软件进行氨基酸序列多重比对,采用邻接法构建系统进化树。采集东方蜜蜂微孢子虫孢子侵染1,2,4,6和8 d的意蜂工蜂中肠组织,采用RT-qPCR检测nce-miR-11248及其靶基因SGT1的表达谱。【结果】nce-miR-11248在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在,其序列长度为25 bp。nce-miR-11248的靶基因为SGT1。SGT1蛋白分子式为C_(765)H_(1213)N_(195)O_(241)S_(4),分子质量约为17.10 ku,脂溶系数为82.67,等电点为5.50,亲水系数为-0.709,不含典型的信号肽和跨膜结构域,可同时定位于细胞核、线粒体和过氧化物酶体。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、泛胞虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1中均含有4个保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3和Motif 4)和1个结构域(SGT1超家族结构域)。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1聚为一支,且东方蜜蜂微孢子虫与家蚕微孢子虫的SGT1进化距离最近。相较于侵染东方蜜蜂微孢子虫后1 d,侵染后2,4,6和8 d nce-miR-11248的表达量均显著下调(P<0.05);侵染后2,4,6和8 d SGT1的表达量均下调,其中侵染后4,6和8 d的表达量与2 d的差异达显著水平(P<0.05)。【结论】nce-miR-11248在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在;东方蜜蜂微孢子虫与家蚕微孢子虫的SGT1亲缘关系最近;随着侵染时间的延长,nce-miR-11248及其靶基因SGT1在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达量均呈持续下降;nce-miR-11248和SGT1是潜在的参与调控微孢子虫侵染过程的因子。

西方蜜蜂AmAGO1蛋白的分子特性、时空表达谱及抗体制备

【目的】Argonaute(AGO)家族是一类在进化上高度保守的蛋白家族,其在真核生物中主要参与形成RNA诱导沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC),进而通过沉默基因表达参与诸多生物学过程。蜜蜂AGO蛋白的相关研究迄今仍然缺失。本研究拟通过预测西方蜜蜂Apis mellifera的AGO1(AmAGO1)理化性质和分子特性,解析AmAGO1在西方蜜蜂中的时空表达谱,并制备AmAGO1的多克隆抗体,为深入开展AmAGO1的功能与机制研究提供参考和基础。【方法】PCR扩增西方蜜蜂AmAGO1的编码序列(coding sequence,CDS);通过生物信息学预测AmAGO1蛋白的理化性质和分子特性;利用RT-qPCR检测AmAGO1在西方蜜蜂工蜂卵、3日龄幼虫、7日龄预蛹、8日龄预蛹、12日龄蛹以及1,2,6,12,15和18日龄成虫以及工蜂成虫触角、咽下腺、脑、表皮、中肠、脂肪体和毒腺中的表达量;构建原核表达质粒后诱导表达AmAGO1融合蛋白,并鉴定其表达形式;制备AmAGO1多克隆抗体,利用ELISA,Western blot和免疫沉淀(immunoprecipitation,IP)分别检测抗体效价、灵敏度和特异性。【结果】成功克隆到西方蜜蜂AmAGO1的CDS;AmAGO1含928个氨基酸,分子式为C4624H7332N1316O1325S51,分子量约为104.2 kD,等电点为9.31,平均亲水系数为-0.2965,含86个磷酸化位点及典型的PAZ结构域和PIWI结构域,但不存在典型的信号肽;AGO1在智人Homo sapiens、斑马鱼Danio rerio、黑腹果蝇Drosophila melanogaster、家蚕Bombyx mori、西方蜜蜂、东方蜜蜂A.cerana和欧洲熊蜂Bombus terrestris中具有较高的氨基酸序列一致性;西方蜜蜂和东方蜜蜂的AGO1聚为一支,同源性最高。AmAGO1在西方蜜蜂工蜂卵、幼虫、预蛹、蛹和成虫中均有表达但表达量存在差异,3日龄幼虫和7日龄预蛹中AmAGO1的表达量显著低于卵中的表达量,而8日龄预蛹和12日龄蛹中AmAGO1的表达量显著高于卵中的表达量;AmAGO1在1,2,6,12,15和18日龄工蜂体内均有表达但表达量也存在差异,其中1日龄成虫体内AmAGO1的表达量显著高于其他日龄成虫体内的表达量;AmAGO1在工蜂成虫触角、毒腺、脑、中肠、咽下腺、脂肪体和表皮中均有表达但表达量存在差异,触角中AmAGO1的表达量与咽下腺中的相差无几,但二者均显著高于毒腺、脑、中肠、脂肪体和表皮中AmAGO1的表达量;AmAGO1融合蛋白的表达形式为包涵体;制备的AmAGO1多克隆抗体具有较高的效价、灵敏度和特异性。【结论】AmAGO1可能是亲水性胞内蛋白,含有典型的PAZ结构域和PIWI结构域;AmAGO1在西方蜜蜂工蜂不同组织和不同发育阶段发挥潜在的重要功能;成功制备出高效价、高灵敏度和强特异性的AGO1多克隆抗体。