2022—2023年北京市通州区甲型H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的分析2022—2023年北京市通州区流感病原学监测中甲型H3N2亚型流感病毒的血凝素(hemagglutinin,HA)基因特性,为流感防控提供科学依据。方法对通州区2022—2023年流感病原学监测结果进行统计分析,选取不同时间分离到的34株甲型H3N2亚型流感毒株,进行HA基因扩增和测序,应用MEGA11进行HA基因的核苷酸和氨基酸变异分析,采用邻接法构建HA基因遗传进化树,在线预测N-糖基化位点,分析其基因变异和进化特征。结果2022—2023年共检测流感病原学监测样本3660件,流感病毒核酸阳性率为21.50%,其中甲型H3N2亚型流感病毒占比为57.81%。发热疫情样本共计4855件,流感病毒核酸阳性率为54.25%,其中甲型H3N2亚型流感病毒占比为61.50%。34株甲型H3N2亚型流感病毒的HA基因序列与疫苗株A/Darwin/9/2021相比,核苷酸相似度为97.00%~98.50%,氨基酸相似度为97.40%~98.10%。基因进化分析显示,2022—2023均分布在3c.2a1b.2a分支,2022年8—11月分离的14株毒株分布在1a.1亚分支,2023年2—3月分离的20株毒株则分布在2a.3a.1亚分支。与疫苗株相比,2022—2023年的34株毒株在4个抗原决定簇上(B、C、D和E)发生了多位点氨基酸变异,且在186和225位点上均发生了替换。2022年的14株毒株,增加了158NYTY位点,存在13个潜在糖基化位点,2023年的20株分离株122NESF糖基化位点丢失,共有12个潜在糖基化位点存在。结论2022—2023年,北京市通州区人群中流行的甲型H3N2亚型流感病毒分布在2个进化分支上,2023年3C.2a1b.2a.2a.3a.1分支取代了2022年3C.2a1b.2a.1a.1分支,成为流行株。及时分析流感病毒基因特性和进化趋势,对流感的防控有重要意义。

H3N2亚型猪流感病毒NS1基因的克隆与序列分析

从鸡胚尿囊液中提取H3N2亚型猪流感病毒(SIV)的RNA,根据已发表的A型流感病毒的核苷酸序列,设计了一对特异性引物,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)成功地扩增了SIV的NS1基因．将NS1基因的cDNA克隆后进行了序列测定,测序结果表明,所扩增的778 nt片段包含了完整的NS1基因的开放阅读框．核苷酸序列比较分析结果表明,该毒株与A／Swine／Texas／4199-2／98(H3N2)、A／Swine／Iowa／533／99(H3N2)、A／Swine／HongKong／126／ 82(H3N2)、A／Swine／Pingtung／7-12／99(HIN2)核苷酸序列的同源性为92．7％～98．6％,推导的氨基酸序列同源性为92．6％～96．3％．

一株H3N2亚型猪流感病毒广东分离株的基因组序列分析

从广东省疑似流感发病猪分离到1株H3N2亚型猪流感病毒（A/Swine/Guangdong/01/2005（H3N2））,对其各个基因进行克隆与测序,并与GenBank中收录的其它猪流感、禽流感和人流感的相关基因进行比较,结果表明,HA全基因与广东2003~2004年分离的H3N2猪流感毒株的核苷酸序列同源性在99%以上,与纽约90年代末分离的H3N2人流感毒株同源性在98.5%以上;NA基因与纽约1998~2000年分离的H3N2人流感毒株的核苷酸序列同源性在99%以上;NS基因、M基因的核苷酸序列与H1N1亚型猪流感毒株A/swine/HongKong/273/1994（H1N1）的核苷酸序列同源性较高,分别为97.9%、98.4%,与美洲A/swine/Iowa/17672/1988（H1N1）的核苷酸序列同源性分别为96.7%、97.1%;其他基因的核苷酸序列与H3N2人流感毒株具有很高的同源性。因此,推测其M和NS基因来源于H1N1亚型猪流感病毒,HA、NA及其他基因均来源于H3N2亚型人流感病毒。表明此H3N2亚型猪流感病毒为H3N2亚型人流感病毒和H1N1亚型猪流感病毒经基因重排而得到的重组病毒。

H3N2亚型猪流感病毒血凝素基因的原核表达及间接ELISA诊断方法的建立

采用RT-PCR扩增H3N2亚型猪流感病毒HA1基因。将该片段插入到原核表达载体pET-30a(+)中,构建原核表达载体pET-HA1。阳性质粒转化宿主菌BL21,经IPTG诱导,HA1基因获得表达,其重组蛋白以包涵体的形式存在。通过改变IPTG的浓度和诱导时间,确定表达HA1基因的最佳诱导条件。Western blot分析表明表达产物具有良好的抗原活性。用纯化的表达产物作为包被抗原建立了检测H3亚型猪流感病毒抗体的间接ELISA方法,确定抗原最佳包被浓度为4μg/mL,血清最佳稀释度为1∶100,阳性标准初步判定为:待检血清OD值>0.4,而且待检血清OD值/阴性血清OD值>2。应用此方法对309份临床血清样品进行了检测,并与HI方法进行了比较,结果表明基于重组HA蛋白的间接ELISA方法可用于H3N2亚型猪流感病毒感染的初步诊断。

人源H3N2亚型猪流感病毒A/Swine/Guangdong/1/2005的分离鉴定及全基因遗传演化分析

2005年从广东某猪场采集疑似流感病猪的病料(气管和肺脏)样品共40份,通过MDCK细胞培养分离到6株A型流感病毒,经过血凝抑制和PCR扩增方法鉴定均为H3N2亚型。挑选其中一个代表株A/swine/Guangdong/1/05(H3N2)(SwGD1/05)进行全基因组测序并与GenBank中相关序列比较,结果发现SwGD1/05的8个基因分别与人流感病毒相关基因氨基酸同源性高达98.5%～99.4%;SwGD1/05的8个基因进化树中分别位于北美和欧洲人流感病毒进化谱系位置;由此推测SwGD1/05可能来源于北美或欧洲人源流感病毒株。这一结果为阐明猪作为流感病毒传播的中间宿主作用提供了的理论支持,本研究具有重要的人类公共卫生意义。

H_3N_2亚型猪源流感病毒NS基因的克隆与序列分析

根据GenBank上已发表的H3N2亚型的猪流感病毒NS基因序列,设计合成一对引物,对四个猪流感病毒广东株提取RNA,运用RT-PCR方法获得了4株H3N2亚型猪源流感病毒广东分离株A/Swine/Guangdong/01/04(H3N2)、A/Swine/Guangdong/02/04(H3N2)、A/Swine/Guangdong/03/04(H3N2)、A/Swine/Guangdong/04/04(H3N2)的NS基因序列,并对所得序列进行比较分析。序列分析表明,四个毒株NS基因的核苷酸序列与参考毒株的NS基因相似性高达90%以上,说明近年来广东的H3N2亚型猪流感病毒NS基因变异较小。遗传进化关系表明本实验四个毒株的NS基因和香港2000-2002年间的猪流感病毒的NS基因与1998-2002年间美洲流行的人流感病毒的NS基因在遗传进化树中位于同一个分支,这说明它们可能有着相近的亲缘关系。

H3N2亚型猪流感病毒HA1、HA2基因的原核表达及抗原性分析

血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白是猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的一个重要蛋白,在疾病预防和治疗中具有重要作用。本试验旨在克隆和表达H3N2亚型猪流感病毒A/swine/Henan/1/2010(H3N2)的HA1和HA2基因。用含有H3N2亚型SIV的鸡胚尿囊液提取RNA,RT-PCR扩增后将目的基因定向克隆到pET-28a(+)原核表达载体上,并将其转入宿主菌BL21(DE3)pLyS进行表达,IPTG诱导后经SDS-PAGE检测并用该病毒重组HA蛋白制备的特异性单克隆抗体1C10作为一抗对两种蛋白进行Western blotting分析。SDS-PAGE结果显示,得到HA1和HA2大小分别为34.8、23.2ku的重组蛋白,Western blotting结果表明,HA1蛋白与1C10单克隆抗体具有良好的反应原性,且1C10单克隆抗体表位在HA1蛋白上。本试验结果为进一步研究血凝素蛋白的结构和功能,以及建立快速诊断方法和基因工程疫苗提供材料。

H3N2亚型猪流感病毒中国分离株的克隆纯化及生物学特性

以有限稀释克隆法对 2 9株 H3N2亚型猪流感病毒 ( SIV)不同地区分离株进行纯化 ,并对其生物学特性进行了研究。结果 ,8株对鸡呈现中等致病力 ,2 1株对鸡呈现低致病力。不同地区 SIV分离株 (第 5代 )的 EID50 差异较大 ,以安徽分离株最高 ,为 10 - 1 0 .77/ 0 .2 m L,其他毒株在 10 - 5.5～ 10 - 1 0 .56 / 0 .2 m L 之间。黑龙江省分离株和浙江省分离株的L D50 高达 10 - 2 .84 / 0 .1m L ,其他分离株在 10 - 1 .1 7～ 10 - 2 .56 / 0 .1m L之间。经鸡胚分离传代后 ,SIV分离株均能凝集0 .7%人“O”型血、绵羊、兔、豚鼠、小鼠、大鼠及鸡的红细胞 ,其红细胞凝集谱的差异主要表现在对马、牛、驴、猪红细胞的凝集特性上。大部分 SIV分离株为热不稳定型 ,部分毒株表现为中等热稳定型和热稳定型。从其抗原特性看 ,大部分 SIV分离株表现为亲和相 ,对 AIV参考毒株 DKUK6 3和 SIV参考毒株 SWTN77表现出较高的 HI滴度 ;部分分离株经鸡胚传代后 ,出现了相别的变异。

中国“人-猪-禽”基因重排H1N2亚型猪流感病毒全基因克隆及遗传进化的研究

【目的】为了研究2006年从广西病猪肺组织中分离的H1N2亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Guangxi/13/2006(H1N2)(Sw/GX/13/06)的遗传学特性和8个基因的来源。【方法】运用RT-PCR方法对其全基因进行了克隆并运用分子生物学软件对其基因序列进行了遗传进化分析。【结果】血凝素(HA)、核蛋白(NP)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因来源于猪古典H1N1亚型流感病毒;神经氨酸酶(NA)和聚合酶蛋白(PB1)基因来源于人的H3N2亚型流感病毒;聚合酶蛋白(PA)和聚合酶蛋白(PB2)基因来自于禽流感病毒。【结论】可见Sw/GX/13/06是一株"人-猪-禽"三源基因重排H1N2亚型SIV,且与美国(1999?2001年)和韩国(2002年)分离到该型病毒的有明显的亲缘关系。据我们所知,这是中国首次报道含有禽流感病毒基因片段的重排H1N2SIV,该病毒是否对养猪业和人类公共卫生健康具有潜在的威胁,有待于进一步研究。

H3N2亚型猪流感病毒实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

根据H3N2亚型猪流感病毒(SIV)血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因保守序列,分别设计并合成了特异性引物和TaqMan MGB探针,利用实时荧光定量PCR技术检测SIV。使用含有选定检测序列的重组质粒pMD18-H3HA、pMD18-N2NA标准品绘制标准曲线,其相关系数分别为0.99015(H3HA)和0.99947(N2NA)。检测结果显示,该方法的敏感性可达100 copies/μL,除H3N2亚型SIV外,对H1亚型、H9亚型SIV以及猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪瘟病毒、猪生殖与呼吸综合征病毒和猪2型圆环病毒的检测均为阴性,应用该方法对实验室感染样品进行检测,其结果与病毒分离结果的符合率为95.83%。表明,该方法特异性强、重复性好,有望成为H3N2亚型SIV的一种特异、敏感、快速的定量检测方法。

2009～2013年广西H1N1和H3N2亚型猪流感病毒血清学调查

摘要：【目的】了解广西H1N1和H3N2亚型猪流感病毒（SIV）的存在形势及其流行规律，为下一步有效监测和防控猪流感（SI）提供理论依据和原始溯源。【方法】对2009～2013年于广西11个地级市的屠宰场、规模化养猪场和个体养殖户采集的1170份猪血清进行血凝抑制（Hr）试验检测，统计欧洲禽源H1N1（EA．H1N1）亚型和新型人源重组H3N2（Hu．H3N2）亚型4株毒株（LB144和BB2、NNXD和JGB4）的抗体阳性率，并分析H1N1和H3N2亚型毒株的存在形势及其流行规律。【结果】2009-2013年，EA．H1N1亚型LB144毒株的平均抗体阳性率高达20．68％，且保持稳定，是广西地区主要的流行毒株；Hu．H3N2亚型JGB4毒株从2010年开始流行，且呈逐渐蔓延的趋势，平均抗体阳性率为19．96％。广西北海、南宁、玉林、贺州、桂林、贵港和柳州市受到EA—H1N1和Hu—H3N2亚型毒株多重感染，且感染程度较严重；百色、河池和防城港市的感染程度相对较低。育肥猪最易感染SIV，尤其是BB2和JGB4毒株，其抗体阳性率分别达66．00％和40．00％。EA—H1N1亚型毒株间的交叉感染阳性率（21．52％）略低于Hu—H3N2亚型毒株间的交叉感染阳性率（27．45％），而两株不同亚型毒株交叉感染时以BB2与JGB4毒株的交叉感染阳性率最高（16．23％），3株交叉感染时以BB2、NNXD和JGB4毒株间的交叉感染阳性率最高（11．60％），4株同时交叉感染阳性率也有6．96％。【结论】广西猪群已普遍存在EA-H1N1和Hu．H3N2亚型毒株混合感染的现象，尤其是地处两省边界上的地级市感染更严重，并以育肥猪和保育猪较易感。因此在sI防控工作中，除做好哺乳仔猪和种猪的日常管理外，还应减少保育猪的外来应激，适当调整育肥猪的饲养密度，以减少新型SIV重组毒株的产生。

H9N2亚型猪流感病毒山东分离株的分离鉴定及其HA、NP、NS基因序列分析

从山东地区疑似流感发病猪分离到 10株流感病毒 ,经国家流感中心鉴定均为 A型流感病毒 H9N2亚型。将其中 1株 Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3(H9N2 )的血凝素基因 (HA)、核蛋白基因 (NP)和非结构蛋白基因 (NS)进行克隆与测序 ,与Gen Bank收录的其他猪流感和禽流感 H9N2亚型的相关基因进行比较 ,推测 Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3(H9N2 )可能源于禽流感病毒 H9N2亚型和 H5 N1亚型的重组病毒 ;Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3的 HA氨基酸裂解位点与其他 H9N2亚型不同 ,Sw/ SD/1/ 2 0 0 3的 HA氨基酸裂解位点是 R- S- L- R- G,而其他猪流感和禽流感 H9N2亚型都是 R- S- S- R- G。

表达H3N2亚型猪流感病毒HA的重组伪狂犬病病毒对仔猪的免疫效力评价

利用猪流感病毒(Swineinfluenza virus,SIV)与伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)血清学阴性的4周龄断奶仔猪,对此前构建的表达SIVA/Swine/Inner Mogolian/547/2001(H3N2)血凝素(HA)基因的重组伪狂犬病病毒(rPRV-HA)进行了免疫效力评价。按每头105.0PFU rPRV-HA肌肉注射断奶仔猪(n=12),同时设Bartha-K61免疫对照组(n=5)和非免疫攻毒对照组(n=5)。免疫后35d用2×105.0TCID50的SIVA/Swine/Heilongjiang/74/2000(H3N2)进行强毒攻击。rPRV-HA免疫组免疫后7d均可检测到高滴度针对SIV的血凝抑制(HI)抗体,而所有对照组小猪仅在攻毒后7d才开始产生针对SIV的HI抗体;rPRV-HA免疫组在病理学保护方面明显优于对照组,支气管和肺泡冲洗液病毒分离结果显示,攻毒后7d rPRV-HA免疫组没有检测到病毒,而两个对照组可检测到病毒。以上试验结果表明,rPRV-HA免疫猪对同亚型SIV的攻击具有很好的保护作用。

1996～2005年中国H3N2亚型人流感病毒神经氨酸酶基因特性分析

测定了1996～2005年间在中国分离并保存的395株H3N2亚型人流感病毒神经氨酸酶（NA）基因序列，应用生物信息学工具进行了分析。结果表明：NA基因序列的进化树表现为一主要进化主干伴随多侧分支进化，同一年份的毒株可以分为几个分支存在；疫苗株在NA基因序列进化树上存在明显的滞后现象；NA没有氨基酸的丢失与插入；抗原决定簇大部分位点保守且各抗原决定簇之间的变异情况各有特点，其中197～199位、431～434位和339～347位点的变异频率最高，而153位、328～336位、367～370位、400～403位抗原决定簇的氨基酸变异频率相对比较小；除了抗原决定簇外还有些氨基酸位点的变异频率很高，它们分别是18、23、30、93、143、208、216、221、249、265、267、307、385、437位氨基酸，其中143位和267位这两个位点的变异频率高于抗原决定簇位点，具体生物学意义还需要进一步研究；NA蛋白的酶活性中心位点高度保守；二硫键和糖基化位点保守。NA基因的这些特点为流感的预防、控制以及NA抑制剂药物的应用提供了一定的参考依据。

猪流感病毒H1、H3、N1、N2亚型分型RT-PCR方法的建立

根据GenBank中H1N1和H3N2亚型猪流感病毒(SIV)血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和M基因保守序列,分别设计合成了5对特异性引物,利用RT-PCR技术对SIV的型和亚型进行鉴定。结果表明,该方法的型RT-PCR可以检测出104 EID50病毒量所提取的RNA;H1、H3、N1和N2的亚型RT-PCR均可以检测出104 EID50病毒量所提取的RNA。除每对特异性引物所对应的亚型外,对其他亚型及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CS-FV)的检测均为阴性,应用该方法对临床样品进行检测,其结果与病毒分离结果符合率为100%。结果表明,该方法特异性好、敏感性高,有望成为SIV的一种特异、敏感、快速的分型检测方法,为猪流感分子流行病学的调查奠定了良好的基础。

十五种中药体外抗H3N2亚型猪流感病毒效果的研究

为了观察15种中药抗H3N2亚型猪流感病毒的效果,试验通过先加中药再加病毒、先加病毒再加中药及中药和病毒混合后一起加这3种加药方式,采用鸡胚培养法和血凝(HA)试验研究了赤芍药等15种中药在体外抗猪流感病毒的效果;然后,将有显著效果的中药筛选出来,测定其治疗指数(TI)和半数有效量(ED50)。结果表明:在3种加药方式中,赤芍药和贯众抗猪流感病毒的效果最显著。

H3N2亚型流感病毒分离株全基因组序列特征分析及其临床意义

目的分析H3N2亚型流感病毒流行株的全基因组序列及其与临床特征的相关性。方法检测2014年12月—2015年3月收集的呼吸道感染患者鼻拭子样本,对其中H3N2亚型流感病毒株PCR扩增后直接进行全基因组测序,分析其核酸序列特征及氨基酸变异情况。结果与WHO推荐2014—2015流感疫苗株参考病毒株相比,来自不同患者的14个病毒株HA1蛋白抗原决定簇均发生不同程度突变,抗原决定簇结构改变较明显的病毒株其宿主具有更高的体温和更严重的临床表现。全部14个病毒株发生HA1蛋白E190D氨基酸突变。6个病毒株NA蛋白出现1个新增糖基化位点。1个病毒株存在导致金刚烷胺耐药的M2蛋白V27A突变。全部14个病毒株PB1-F2蛋白发生I18T突变。结论 M2蛋白耐药突变的出现和PB1-F2蛋白氨基酸突变提示分离获得的H3N2流感病毒株在进化过程中曾经结合H1N1亚型流感病毒基因片段。HA1蛋白抗原决定簇突变的增加可能引发患者更强的免疫反应。

数字RT-PCR技术检测H3N2亚型猪流感病毒方法的建立

试验旨在利用新型荧光探针——分子信标,建立一种检测猪流感病毒的新方法。根据H3N2亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的H3和N2基因的保守基因序列,分别设计并合成了特异性引物和分子信标探针,利用数字RT-PCR技术检测H3N2亚型SIV。结果显示,该数字RT-PCR检测方法与其他主要相关病毒均不发生交叉反应,重复性良好;对猪H3N2流感病毒而言,最低可检测到106倍稀释的病毒株。数字RT-PCR方法能够对RNA模板定量分析。在H3N2SIV的鉴定上,数字RT-PCR方法较实时荧光定量PCR方法更灵敏、准确。

贵州省2010年H3N2亚型流感病毒HA1基因序列分析

目的了解2010年贵州省H3N2亚型流感病毒HA1基因变异特征。方法用MD-CK细胞分离流感病毒,采用血凝抑制试验分型鉴定,随机选取8株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取,逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因产物测序,测定的序列用相关的生物信息软件进行分析。结果贵州省各代表株在同一分支。该分支与2008-2009年疫苗推荐株A/Brisbane/10/2007(H3N2)接近,与WHO 2010年疫苗推荐株A/Perth/16/2009(H3N2)相距较远。结论2010年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年我市H3N2亚型流感预防效果不好,以至于H3亚型在我省成为优势株,引起广泛流行。

SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR法检测猪流感H3N2亚型病毒方法的建立

本试验针对H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因建立SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR检测方法。根据GenBank上的SIV N2基因序列设计一对引物,扩增片段406bp。纯化扩增目的片段后连接pMD18-T载体中,命名为pMD18-TN2,转化入E.coli DH5α,测序正确作为阳性模板,优化反应条件建立方法。此荧光PCR方法所能检测最低病毒含量为75copies/μL,拥有良好的特异性和重复性。此方法的建立将为流感病毒N2亚型神经氨酸酶基因定型检测提供一种有效方法。