一种新的基于3D图形的进化树构造方法

生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法越来越成熟。基于DNA序列的3D图形表示法,提出一种新的进化树构造方法:将DNA基本序列表示成空间3D图形,并计算与序列相对应的非负实对称矩阵;计算新的特征参数C表征序列特性,并获得相对进化距离;基于可凝聚的层次聚类算法构造不同基因序列的进化树。采用中国不同地区的12组禽流感基因HA(H5N1)序列进行试验,最后获得了相应的进化关系。

表达禽流感H5N1血凝素抗原(HA)和H9N2血凝素抗原(HA)融合基因重组腺病毒二价苗的构建

为了构建禽流感病毒H5N1亚型禽流感病毒HA和H9N2亚型禽流感HA融合基因表达的重组腺病毒。根据流行病学调查并参考文献研究结果,合成了优势流行H5N1和H9N2的保护性抗原HA基因的融合基因片段,并将该融合基因片段克隆到在pUC57载体,命名为pUC-57H5H9HA。该融合基因片段经特异酶切后与腺病毒穿梭质粒pDC315连接,获得携带目的融合基因腺病毒穿梭质粒pDC315-H5H9HA;将该重组穿梭质粒与AdMax腺病毒包装系统的骨架质粒(pBHGlox(delta)E1,3Cre)经Cre/loxP酶切重组,构建成重组腺病毒(rAd-H5H9HA);Ad-H5H9HA感染293细胞后,扩增病毒基因,纯化病毒及检测病毒滴度。PCR鉴定及基因测序分析,H5N1HAH9N2HA(H5H9HA)融合基因表达的重组腺病毒载体构建成功;经过重组腺病毒r Ad-H5H9HA免疫SPF鸡后的抗体检测,证实了重组腺病毒r Ad-H5H9HA诱导了H5N1和H9N2的特异抗体,而且抗体水平达到了国家免疫标准。本研究成功构建的重组腺病毒rAd-H5H9HA,可以作为预防H5N1和H9N2两个亚型病毒的二价疫苗使用,为将来禽流感的预防控制提供了一种新的可能。

H5N1亚型流感病毒血凝素(HA)蛋白的表达鉴定及免疫原性研究

目的为了获得H5N1HA蛋白,利用昆虫杆状病毒表达系统表达了A/meerkat/Shanghai/SH-1/2012(clade2.3.2.1)的HA基因并获得重组H5N1亚型流感病毒HA蛋白。方法将H5N1亚型2.3.2.1谱系的HA蛋白基因扩增并克隆到pFastBacⅠ载体中,构建重组穿梭质粒,转染昆虫sf9细胞后获得重组杆状病毒,对大量培养后表达的H5N1HA蛋白进行SDS-PAGE、Western blot和间接免疫荧光检测。分别在0d和14d用纯化的表达产物HA蛋白免疫小鼠,免疫两周后进行H5N1攻毒试验,记录小鼠体重变化率及生存率。结果测序鉴定重组表达载体构建正确;SDS-PAGE显示纯化的表达蛋白分子质量为65ku;Western blot分析该蛋白能够被兔抗流感病毒IgG识别;鸡抗流感病毒抗体间接免疫荧光法测定HA蛋白的表达,在感染HA的昆虫细胞中出现特异性荧光;攻毒试验表明HA蛋白能够在小鼠体内诱导产生免疫应答并且保护H5N1流感病毒的致死性攻击。结论成功的表达了H5N1的HA蛋白,并且此HA蛋白能成功的诱导小鼠体内的免疫反应,并起到良好的保护作用。