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5-甲酰基胞嘧啶修复机理的理论探究
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作者 陈泽琴 李绛 王佳 《绵阳师范学院学报》 2019年第2期47-52,共6页
5-甲酰基胞嘧啶(5-formylcytosine,5-fC)是胞嘧啶的主要氧化损伤之一,其形成对基因的表达具有显著影响.本文采用量子化学密度泛函理论(DFT)对5-fC的修复机理进行了理论研究.所有反应物、中间体、产物和过渡态的构型均采用B3LYP/6-311++G... 5-甲酰基胞嘧啶(5-formylcytosine,5-fC)是胞嘧啶的主要氧化损伤之一,其形成对基因的表达具有显著影响.本文采用量子化学密度泛函理论(DFT)对5-fC的修复机理进行了理论研究.所有反应物、中间体、产物和过渡态的构型均采用B3LYP/6-311++G(d,p)方法进行全优化.该修复机理分为六步:首先,咪唑提供质子使5-fC的N_3原子质子化,随后为巯基乙醇对C_6原子的亲核加成和水分子对C_5-甲酰基C=O的亲核加成,然后依次为C_5-脱甲酸,C_6-脱巯基乙醇和N_3-去质子化反应.计算结果表明:咪唑对5-fC上N_3原子的质子化破坏了嘧啶环上的共轭,增大了C_6原子的电荷密度,有利于随后巯基乙醇的亲核进攻;巯基乙醇的亲核加成为无能垒的自发放热过程,而脱巯基乙醇为吸热反应; C_5-脱甲酸反应为整个反应的决速步骤,活化能为47. 7 kcalmol^(-1).该研究从电子水平上解释了5-fC修复的本质,完善了DNA碱基氧化损伤的修复机理. 展开更多
关键词 5-甲酰基胞嘧啶 DNA氧化损伤 修复机理 密度泛函理论
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Molecular mechanism of base pairing infidelity during DNA duplication upon one-electron oxidation
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作者 Jóhannes Reynisson 《World Journal of Clinical Oncology》 CAS 2010年第1期12-17,共6页
The guanine radical cation(G?+)is formed by one-electron oxidation from its parent guanine(G).G?+is rapidly deprotonated in the aqueous phase resulting in the formation of the neutral guanine radical[G(-H)?].The loss ... The guanine radical cation(G?+)is formed by one-electron oxidation from its parent guanine(G).G?+is rapidly deprotonated in the aqueous phase resulting in the formation of the neutral guanine radical[G(-H)?].The loss of proton occurs at the N1 nitrogen,which is involved in the classical Watson-Crick base pairing with cytosine(C).Employing the density functional theory(DFT),it has been observed that a new shifted base pairing configuration is formed between G(-H)?and C constituting only two hydrogen bonds after deprotonation occurs.Using the DFT method,G(-H)?was paired with thymine(T),adenine(A)and G revealing substantial binding energies comparable to those of classical G-C and A-T base pairs.Hence,G(-H)?does not display any particular specificity for C compared to the other bases.Taking into account the long lifetime of the G(-H)?radical in the DNA helix(5 s)and the rapid duplication rate of DNA during mitosis/meiosis(5-500 bases per s),G(-H)?can pair promiscuously leading to errors in the duplication process.This scenario constitutes a new mechanism which explains how one-electron oxidation of the DNA double helix can lead to mutations. 展开更多
关键词 Base pairing density functional theory DEPROTONATION DNA DUPLICATION DUPLICATION rate GUANINE neutral RADICAL Nucleotides oxidative DNA damage RADICAL lifetime
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HClO致DNA碱基dG氧化损伤的密度泛函研究 被引量:2
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作者 冯莹柱 王伯初 +2 位作者 陈双扣 周太刚 杨丽君 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期599-602,共4页
HClO与碱基dG的反应是致DNA突变的重要原因之一,应用密度泛函理论研究HClO致DNA碱基dG氧化损伤的的反应机理,在DFT(BLYP/GGA)水平上将反应过程中主要反应物、产物的几何构型全优化,确认中间体和过渡态,计算了反应路径的能量。尤其详细... HClO与碱基dG的反应是致DNA突变的重要原因之一,应用密度泛函理论研究HClO致DNA碱基dG氧化损伤的的反应机理,在DFT(BLYP/GGA)水平上将反应过程中主要反应物、产物的几何构型全优化,确认中间体和过渡态,计算了反应路径的能量。尤其详细分析致癌氧化物1-oxo-dG→dS的转变过程,找到了转变机制。 展开更多
关键词 hcio 鸟嘌呤(dg) 氧化损伤 密度泛函
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