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菠菜HD-ZIP Ⅲ基因家族鉴定与表达分析
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作者 刘梓涵 张琪悦 +4 位作者 袁满 翁莉 邵锋 顾立君 蔡晓锋 《上海师范大学学报(自然科学版中英文)》 2024年第3期352-361,共10页
植物叶片在生长发育过程中,近-远轴极性的建立与维持是叶片正常行使光合效应、呼吸作用、蒸腾作用的结构基础.HD-ZIPⅢ是重要的叶片近轴极性基因,本研究在菠菜(Spinacia oleracea)基因组中鉴定到3个HD-ZIPⅢ基因家族成员,依次命名为SoHB... 植物叶片在生长发育过程中,近-远轴极性的建立与维持是叶片正常行使光合效应、呼吸作用、蒸腾作用的结构基础.HD-ZIPⅢ是重要的叶片近轴极性基因,本研究在菠菜(Spinacia oleracea)基因组中鉴定到3个HD-ZIPⅢ基因家族成员,依次命名为SoHB1,SoHB2和SoHB3,并对其蛋白理化性质、保守结构域和进化关系进行了分析.研究结果表明:3个HD-ZIPⅢ蛋白都具有4个保守结构域.共线性分析表明:菠菜SoHB1,SoHB2和SoHB3分别与拟南芥ATHB8,ATREV和ATHB15存在共线性关系.启动子顺式作用元件预测结果表明:菠菜HD-ZIPⅢ家族基因启动子上游包含光响应、逆境胁迫反应、激素响应等顺式作用元件.在不同叶型菠菜种质中的表达模式分析结果表明:单戟型叶片的SoHBs表达量最高;此外,经干旱胁迫处理后,SoHB1,SoHB2和SoHB3的基因表达量普遍下降;对菠菜包括根、茎、薹叶、功能叶、薹叶柄、功能叶柄等部位进行表达分析,发现SoHB1在根部表达最为丰富,SoHB2和SoHB3在薹叶处表达最为丰富. 展开更多
关键词 菠菜(Spinacia oleracea) hd-zipⅲ基因家族 干旱胁迫 基因表达量
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桔梗过氧化物酶Ⅲ基因家族的鉴定及辐射后表达分析 被引量:2
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作者 刘霄 杜艳 +4 位作者 李雪虎 晋玲 马晓辉 王富胜 周利斌 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1089-1098,共10页
为探究过氧化物酶Ⅲ(peroxidase classⅢ,PERs)基因家族在药用植物响应电离辐射中的作用,本试验研究了中药材桔梗的PERs(PgPERs)家族成员特性,及桔梗幼苗经高能重离子束和X射线辐射处理后PgPERs基因的表达量变化。通过序列比对、结构域... 为探究过氧化物酶Ⅲ(peroxidase classⅢ,PERs)基因家族在药用植物响应电离辐射中的作用,本试验研究了中药材桔梗的PERs(PgPERs)家族成员特性,及桔梗幼苗经高能重离子束和X射线辐射处理后PgPERs基因的表达量变化。通过序列比对、结构域鉴定和蛋白保守基序分析,共获得53个PgPERs,其蛋白的序列长度多数为258~621个氨基酸,碱性蛋白占多数。启动子区调控元件分析结果说明PgPERs存在多个与生长发育、植物激素和逆境胁迫相关的顺式作用元件。进化分析结果显示,PgPERs基因家族主要分为5个簇,与拟南芥过氧化物酶Ⅲ(AtPERs)有29对共线性关系。高能重离子束辐射桔梗幼苗后检测到3个PgPERs基因表达量上调,X射线辐射处理后有8个PgPERs基因差异表达。这些差异基因编码的蛋白质二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三级结构的相似度高,并含有跨膜螺旋。以上结果表明,不同类型的电离辐射处理桔梗幼苗后,其PgPERs响应机制并不相同。本研究结果为探究电离辐射影响桔梗生长发育和辐射响应过程提供了新的视角。 展开更多
关键词 桔梗 过氧化物酶 基因家族 电离辐射 重离子束
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荆芥HD-Zip基因家族的全基因组鉴定及分析
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作者 周佩娜 党静洁 +4 位作者 邵永芳 石遵睿 张琳 刘潺潺 吴啟南 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期12-21,共10页
【目的】鉴定荆芥Schizonepeta tenuifolia的HD-Zip基因家族,利用生物信息学方法分析其在全基因组中的分布和相关特征以及在不同时期中的表达规律,为该家族基因的进一步研究奠定基础。【方法】根据已经表征的HD-Zip基因,筛选荆芥基因组... 【目的】鉴定荆芥Schizonepeta tenuifolia的HD-Zip基因家族,利用生物信息学方法分析其在全基因组中的分布和相关特征以及在不同时期中的表达规律,为该家族基因的进一步研究奠定基础。【方法】根据已经表征的HD-Zip基因,筛选荆芥基因组内的HD-Zip基因序列,利用MEME、PlantCARE、NCBI、MEGA X、MCScanX、Circos等在线网站及软件对蛋白序列进行基本理化性质分析、进化树构建、染色体定位、基因结构分析、共线性基因分析等。【结果】在荆芥全基因组中共鉴定到42条HD-Zip基因序列,它们可被分为4个亚家族,分别含有16、7、5、14个基因,亚家族之间的基因长度、结构及保守基序差异显著,但在亚家族内部保守,荆芥基因组与拟南芥Arabidopsis thaliana基因组共线性分析发现有37对基因,可能具有相似的生物学功能。荆芥的4个亚家族基因的顺式元件中均高频出现了光响应、脱落酸响应、MeJA响应等元件,在不同生长时期的叶片及部位的转录组数据中具有不同的表达趋势,Ⅰ亚家族主要在幼叶中表达,Ⅱ和Ⅲ亚家族主要在根中在表达,Ⅳ亚家族主要在叶中表达。【结论】在荆芥基因组中共获得42条HDZip基因序列,被分为4个亚家族(HD-ZipⅠ~Ⅳ),亚家族内部高度保守,亚家族之间差异显著,其基因结构、保守结构域及表达模式不同。亚家族Ⅰ和Ⅱ,亚家族Ⅲ和Ⅳ亲缘关系更近,HD-Zip基因具有组织表达差异性,协同调控了荆芥的生长发育和次生代谢。 展开更多
关键词 荆芥 hd-zip基因家族 表达分析 系统进化
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甜瓜HD-Zip家族基因的鉴定及在表皮毛发育中的表达分析 被引量:1
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作者 周云新 曹磊 +5 位作者 王际宇 王盼乔 李琼 杨路明 胡建斌 侯娟 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第2期241-257,共17页
【目的】研究HD-Zip家族基因在甜瓜表皮毛发育过程中的表达模式和功能。【方法】利用生物信息学方法对甜瓜HD-Zip家族基因进行全基因组鉴定、染色体定位、系统进化分析、基因结构分析、理化性质分析、保守序列分析、顺式作用元件预测、... 【目的】研究HD-Zip家族基因在甜瓜表皮毛发育过程中的表达模式和功能。【方法】利用生物信息学方法对甜瓜HD-Zip家族基因进行全基因组鉴定、染色体定位、系统进化分析、基因结构分析、理化性质分析、保守序列分析、顺式作用元件预测、共线性分析、蛋白互作网络预测和调控该家族基因的MicroRNA预测,并结合甜瓜不同组织部位和不同表皮毛材料的转录组分析及qRT-PCR验证,筛选与甜瓜表皮毛发育相关的基因。【结果】甜瓜基因组编码37个HD-Zip家族成员,不均等地分布在9条染色体上。该家族成员分为4个亚家族,各亚家族成员具有相似的基因结构和保守基序。共线性分析显示,甜瓜HD-Zip家族基因的形成存在着连锁遗传且伴随串联复制、片段复制等染色体复制事件的发生,其基因组进化过程与黄瓜高度相似。顺式元件分析显示,该家族成员含有与表皮毛发育相关的赤霉素、茉莉酸、脱落酸和水杨酸响应元件。调控HD-Zip家族基因的MicroRNA主要有miRNA166、miRNA17和miRNA395家族。不同表皮毛甜瓜材料的转录组分析显示,该家族中CmHDZ1、CmHDZ3、CmHDZ14、CmHDZ17和CmHDZ36基因在无表皮毛材料中表达显著下调,CmHDZ21、CmHDZ23和CmHDZ28基因表达显著上调。进一步在不同表皮毛材料的子房和叶片中的表达模式分析显示,与有表皮毛材料相比,CmHDZ5、CmHDZ14、CmHDZ17基因在无表皮毛材料中表达显著下调,CmHDZ22基因表达显著上调。【结论】甜瓜中编码37个HD-Zip家族基因,基于其在甜瓜不同组织部位和不同表皮毛材料中的表达模式分析,筛选到9个与甜瓜表皮毛发育密切相关的CmHDZs基因,其中CmHDZ1、CmHDZ14、CmHDZ17基因在无表皮毛甜瓜中的表达显著下调,可能参与赤霉素和茉莉酸途径介导的甜瓜表皮毛发育的正调控,CmHDZ22基因在无表皮毛甜瓜中表达显著上调,可能负调控表皮毛的发育。 展开更多
关键词 甜瓜 hd-zip家族基因 生物信息学 表皮毛发育
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苹果HD-ZipⅠ家族基因序列特征及其在果实中的激素响应 被引量:6
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作者 温小红 姜永华 +2 位作者 亢键 王豪杰 任小林 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第21期4314-4322,共9页
[目的]对苹果基因组中挖掘得到的HD-Zip Ⅰ(Homeodomain leucine zipper Ⅰ)家族基因进行生物信息预测,结合生理生化数据为苹果果实发育的激素调控网络研究提供最佳候选基因。[方法]应用Ex PASy进行HD-ZipⅠ家族蛋白基本理化性质分析,采... [目的]对苹果基因组中挖掘得到的HD-Zip Ⅰ(Homeodomain leucine zipper Ⅰ)家族基因进行生物信息预测,结合生理生化数据为苹果果实发育的激素调控网络研究提供最佳候选基因。[方法]应用Ex PASy进行HD-ZipⅠ家族蛋白基本理化性质分析,采用MEME和PLACE软件预测各成员启动子含有的顺式作用元件及其功能,利用GSDS绘制基因内含子/外显子结构示意图;通过内源乙烯浓度、可溶性固形物、可滴定酸、硬度等品质指标检测‘皇家嘎啦’苹果果实在不同激素处理条件下的后熟进程;运用半定量RT-PCR分析HD-Zip I家族各成员对外源激素的响应。[结果]鉴定完整的22个HD-ZipⅠ基因可以细分为5个亚类,同一亚类基因的内含子/外显子结构相似,但仍有差异;各基因起始密码子上游-600 bp区域内广泛分布多个响应赤霉素、细胞分裂素、茉莉酸、乙烯和脱落酸的顺式作用元件,以(GA/TC)8重复序列最为保守和丰富。乙烯和脱落酸两种激素处理后,果实内源乙烯浓度及硬度等各指标变化表现出极高的相似度,均加快了‘皇家嘎啦’果实的后熟进程;不同于其他各家族成员,MdHZ1和MdHZ17两个基因的转录水平在乙烯和脱落酸处理后48 h均被不同程度的上调,而在有延缓果实衰老效果的腐胺(PUT)和赤霉素(GA4)处理组中表现为下调,表明MdHZ1和MdHZ17可能与果实的后熟进程有较为紧密的联系。MdHZ16在成熟果实组织中未检测到表达,其他家族成员的激素响应特性未表现出一定的规律性,表明同一家族内即使结构相似的基因也并不一定呈现相似的表达模式,家族基因上游调控机制有一定的复杂性。[结论]通过苹果基因组扫描获得22个HD-Zip I基因,这些基因编码的蛋白结构相似度较高;基因启动子区域含有多个参与不同激素交互作用的顺式作用元件,这或许为家族成员差异响应各外源激素处理的原因;MdHZ1和MdHZ17两个基因与果实的后熟进程表现出较为紧密的联系,可以作为候选基因进行果实后熟相关方面的深入研究。 展开更多
关键词 苹果 hd-zip家族 激素 后熟 差异表达基因
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水稻HD-Zip Ⅲ家族成员OsHox10的功能分析 被引量:2
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作者 杨波 罗倩 +6 位作者 靳亚军 熊炜 孔晓聪 王荃 邳瑞雪 石雨鹭 栾维江 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2018年第5期36-41,共6页
为了探究HD-ZipⅢ家族成员之一OsHox10在水稻发育中的功能,构建了OsHox10的过量表达载体并获得了转基因株系,明确了OsHox10基因的表达模式和亚细胞定位,并初步了解它与植物激素及抗旱性的关系.表型观察发现,过量表达OsHox10能使水稻叶... 为了探究HD-ZipⅢ家族成员之一OsHox10在水稻发育中的功能,构建了OsHox10的过量表达载体并获得了转基因株系,明确了OsHox10基因的表达模式和亚细胞定位,并初步了解它与植物激素及抗旱性的关系.表型观察发现,过量表达OsHox10能使水稻叶片出现不同程度的皱缩、卷曲,尤其是靠近叶鞘部分卷曲明显. OsHox10基因的组织特异性表达结果表明,OsHox10在水稻不同器官中都有表达,但主要在分裂旺盛的部位,如茎顶端分生组织及不同时期的幼穗中表达量较高.亚细胞定位结果表明,OsHox10定位于细胞质中或者细胞膜上.分析OsHox10在植物激素及干旱条件处理下的表达,结果发现,激素及干旱处理均能够诱导OsHox10基因的表达,表明OsHox10可能与水稻响应激素信号和干旱胁迫有关. 展开更多
关键词 水稻 hd-zip 家族 OsHox10 过表达 亚细胞定位
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白桦HD-Zip基因家族生物信息学及应答盐胁迫分析 被引量:6
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作者 王家啟 张曦 李莉 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期931-938,共8页
HD-Zip转录因子蛋白家族是植物特有的一类转录因子蛋白,在植物生长发育和抵抗逆境胁迫等过程中发挥着重要作用。利用白桦全基因组数据库,获得白桦35条HD-Zip蛋白序列,参考拟南芥中该家族的分类方法,将这些成员分成HD-ZipⅠ-Ⅳ四个亚家族... HD-Zip转录因子蛋白家族是植物特有的一类转录因子蛋白,在植物生长发育和抵抗逆境胁迫等过程中发挥着重要作用。利用白桦全基因组数据库,获得白桦35条HD-Zip蛋白序列,参考拟南芥中该家族的分类方法,将这些成员分成HD-ZipⅠ-Ⅳ四个亚家族,并对这些成员的蛋白保守结构域、氨基酸组成、染色体分布、和理化性质等进行了预测和分析。从高盐处理的白桦幼苗根组织的转录组数据,鉴定了7个差异表达的基因。本研究为进一步研究白桦HD-Zip家族基因调控白桦耐盐性的功能提供了理论支持。 展开更多
关键词 白桦 hd-zip 基因家族 生物信息学分析
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大麦HD-Zip基因家族密码子偏好性分析 被引量:7
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作者 李媛 多杰措 +1 位作者 熊辉岩 段瑞君 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期144-153,共10页
同源异型域-亮氨酸拉链(homeodomain-leucine zipper,HD-Zip)蛋白在植物生长发育和适应性抗逆过程中发挥着至关重要的调控作用,而密码子偏好性分析是大麦HD-Zip转录因子家族分子进化及功能研究的重要补充。为探究大麦HD-Zip转录因子家... 同源异型域-亮氨酸拉链(homeodomain-leucine zipper,HD-Zip)蛋白在植物生长发育和适应性抗逆过程中发挥着至关重要的调控作用,而密码子偏好性分析是大麦HD-Zip转录因子家族分子进化及功能研究的重要补充。为探究大麦HD-Zip转录因子家族密码子偏好性特征,利用CUSP、CHIPS及CodonW等软件(程序)对32个大麦HD-Zip基因进行了分析。结果显示,大麦HD-Zip家族基因偏好以C或G结尾的密码子,使用频率最高的密码子是CUG,最优密码子为AUC和AGG。该家族基因GC3值分布较分散(0.48~0.98),有62.5%的基因ENC值小于35;GC12与GC3的相关性较强,大多数ENC值频数处于0.03~0.11的范围内,实际ENC值与预期ENC值相近,证明大麦HD-Zip家族基因密码子偏好性较弱,且在进化过程中主要受突变压力的影响。聚类分析表明,基于相对同义密码子使用度的HD-Zip基因聚类与物种进化关系没有必然相关性。对大麦HD-Zip家族代表基因HD-Zip IV 5进行最适受体分析发现,大肠杆菌更适合作为其异源表达受体,遗传转化模式植物中水稻更适合作为该基因的表达受体。本研究为大麦HD-Zip转录因子家族进一步功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 大麦 hd-zip基因家族 密码子偏好性 异源表达受体
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辣椒HD-Zip基因家族鉴定、系统进化及表达分析 被引量:6
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作者 邵晨冰 黄志楠 +2 位作者 白雪滢 王云鹏 段伟科 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1004-1017,共14页
【目的】鉴定辣椒HD-Zip基因家族,并利用生物信息学方法系统分析其在基因组中的分布、基因结构、进化分化特征及在不同组织中的时空表达特异性,解析该家族的进化特征及生物学功能。【方法】根据已报道及PlantTFDB数据库中的拟南芥HD-Zi... 【目的】鉴定辣椒HD-Zip基因家族,并利用生物信息学方法系统分析其在基因组中的分布、基因结构、进化分化特征及在不同组织中的时空表达特异性,解析该家族的进化特征及生物学功能。【方法】根据已报道及PlantTFDB数据库中的拟南芥HD-Zip序列,利用本地BLAST工具在我国辣椒测序品种‘遵辣1号’基因组中比对,并利用Pfam、SMART工具进一步验证。采用EMBOSS Programs、MEGA、GSDS、MEME、MCScanX、OrthoMCL、Circos等软件预测辣椒HD-Zip基因家族成员蛋白理化性质,构建系统进化树,定位染色体,分析基因结构、基因复制类型及直系、旁系同源基因。基于GEO数据库,运用R软件、本地perl语言及Cytoscape分析辣椒HD-Zip组织表达差异并绘制共表达网络。【结果】本研究在‘遵辣1号’基因组中鉴定获得42条辣椒HD-Zip,命名为CaHDZ01-CaHDZ42。CaHDZs长度跨度较大,70%CaHDZ蛋白的pI小于7.0。除CaHDZ42,其余基因不均匀地分布在12条染色体上,部分基因为片段复制。该基因家族可分为4个亚族,分别含有18、9、5、10个HD-Zip,基因结构及蛋白结构域差别显著。辣椒、番茄和拟南芥3个物种中的直系同源基因对数目大体相同,但同为茄科的辣椒和番茄之间的稍多;辣椒中的旁系同源基因少于番茄和拟南芥,说明辣椒基因组的倍增事件并没有使CaHDZs明显扩增。对无油樟、水稻、玉米、番茄、马铃薯、辣椒‘CM334’、辣椒‘Zunla-1’、毛果杨、葡萄以及拟南芥9个代表物种的HD-Zip进化特征分析结果表明,从被子植物开始,HD-Zip基因家族就稳定存在4个亚族。推测在形成4个亚族前,HD-Zip分为两组,其中一组分化成Ⅰ和Ⅱ亚族,而另一组则分化成为Ⅲ和Ⅳ亚族。CaHDZs在根、茎、叶、花芽、花和果实不同发育时期的表达模式分析结果显示,4个亚族具有不同程度的表达趋势。其中Ⅰ亚族基因在辣椒不同组织中的表达量均较高,且不同成员间表达模式不同,CaHDZ22在茎中的表达最高,表明该基因可能对辣椒茎的生长有重要作用。Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ亚族基因在不同组织中的表达量相对较低,但部分基因在特定组织中具有较大的表达量。如CaHDZ34在辣椒果实成熟后期具有较大高的表达量,CaHDZ02和CaHDZ28在果实膨大时表达较高,CaHDZ04在果实成熟前期具有较高的表达量。CaHDZs表达网络中有33对基因表达趋势的相关系数(PCC)大于0.8,6对大于0.9,表明CaHDZs协同调控了辣椒的生长发育,不同亚族之间也具有协同性。【结论】在‘遵辣1号’基因组中鉴定获得42条CaHDZs,可分为4个亚族,不同亚族的基因结构、蛋白保守结构域及表达模式不同。在进化过程中,辣椒HD-Zip保守性高,数目没有明显扩增,Ⅰ和Ⅱ亚族、Ⅲ和Ⅳ亚族关系更近。CaHDZs具有组织表达差异性,协同调控了辣椒的生长发育。 展开更多
关键词 辣椒 hd-zip基因家族 系统进化 表达分析
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Ⅲ型家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症易感基因UNC13D参与同源重组修复 被引量:1
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作者 常丽贤 曾慧敏 +6 位作者 周全全 高敏 魏蔚 周剑峰 安文彬 袁卫平 竺晓凡 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期692-695,共4页
本研究从DNA双链断裂同源重组修复角度探讨UNC13D(秀丽新小杆线虫)基因参与Ⅲ型家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 3,FHL3)的发病机制。利用DNA同源重组修复方法,检测正常对照组及U... 本研究从DNA双链断裂同源重组修复角度探讨UNC13D(秀丽新小杆线虫)基因参与Ⅲ型家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 3,FHL3)的发病机制。利用DNA同源重组修复方法,检测正常对照组及UNC13D基因下调后DR-U2OS细胞同源重组修复率的变化情况,并研究此基因的相关功能。结果表明:下调DR-U2OS细胞的UNC13D基因表达后,同源重组修复率较正常对照组明显下降,且差异有统计学意义(P<0.05),提示UNC13D编码蛋白Munc13-4不仅参与到细胞毒颗粒的胞吐过程中,而且在DNA双链断裂修复中也起作用。结论:UNC13D基因突变可能通过抑制细胞毒颗粒的胞吐和降低DNA双链断裂后的同源重组修复率参与FHL3发病过程,这一研究结果为揭示FHL3的发病机制提供新的理论基础。 展开更多
关键词 家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 UNC13D基因 DNA双链断裂 同源重组修复
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谷子Ⅲ型PRX基因家族全基因组鉴定及干旱胁迫下表达分析 被引量:4
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作者 马鑫磊 许瑞琪 +5 位作者 索晓曼 李婧实 顾鹏鹏 姚锐 林小虎 高慧 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期2517-2532,共16页
Ⅲ型过氧化物酶(ClassⅢperoxidase,PRX)是植物中特有的过氧化物酶家族,在植物生长发育以及非生物胁迫中发挥重要作用。谷子作为C4植物是禾本科抗逆研究的模式植物,然而目前对于谷子中Ⅲ型过氧化物酶家族基因功能鲜有报道。为探究谷子... Ⅲ型过氧化物酶(ClassⅢperoxidase,PRX)是植物中特有的过氧化物酶家族,在植物生长发育以及非生物胁迫中发挥重要作用。谷子作为C4植物是禾本科抗逆研究的模式植物,然而目前对于谷子中Ⅲ型过氧化物酶家族基因功能鲜有报道。为探究谷子Ⅲ型过氧化物酶基因家族(SitPRXs)在干旱胁迫和ABA诱导下的表达模式,进行了全基因组表达分析。本研究利用生物信息学方法在谷子全基因组中鉴定出132个Ⅲ型PRX基因家族成员,并根据其在染色体上位置顺序依次命名为SitPRX1~SitPRX132。通过对谷子、拟南芥和水稻的系统进化分析将其分为5个亚家族,基因结构和保守基序分析表明同一亚家族具有较高的保守性。基因复制分析显示,17个SitPRX基因(13%)存在片段复制,78个SitPRX基因(59%)存在串联复制,串联复制事件在SitPRX基因扩增中起重要作用。谷子与拟南芥、水稻和玉米的物种间同源性分析显示谷子中大多数SitPRXs是在双子叶植物和单子叶植物分化后形成的。转录组分析显示,SitPRX基因家族成员在谷子幼苗、根、茎、叶以及圆锥花序中表达存在差异。启动子顺式作用元件分析显示,79个SitPRXs含有与干旱胁迫响应相关的顺式作用元件,进一步qRT-PCR分析显示,SitPRX12、SitPRX41、SitPRX81、SitPRX110和SitPRX126受PEG和ABA诱导表达,表明这些基因可能通过ABA依赖的信号通路来调控和响应干旱胁迫,可作为进一步研究Ⅲ型PRX基因家族抗旱功能的候选基因。研究结果为全面解析SitPRX基因结构与生物学功能、抗旱分子机制以及分子育种提供了新信息,以期为今后培育高效抗逆作物新品种提供思路。 展开更多
关键词 型过氧化物酶 基因家族分析 干旱胁迫响应 谷子
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森林草莓HD-ZipⅠ亚家族基因的鉴定及表达分析
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作者 李春 王永 +1 位作者 李义 丁静 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期47-57,共11页
[目的]本文旨在鉴定森林草莓同源异型域-亮氨酸拉链家族(homeodomain-leucine Zipper,HD-Zip)Ⅰ亚家族的转录因子,分析其序列属性及表达模式,为其进一步功能研究和利用奠定基础。[方法]运用生物信息学方法,鉴定和分析森林草莓HD-ZipⅠ... [目的]本文旨在鉴定森林草莓同源异型域-亮氨酸拉链家族(homeodomain-leucine Zipper,HD-Zip)Ⅰ亚家族的转录因子,分析其序列属性及表达模式,为其进一步功能研究和利用奠定基础。[方法]运用生物信息学方法,鉴定和分析森林草莓HD-ZipⅠ亚家族基因的系统进化关系、蛋白基序、基因结构、复制方式及启动子元件等;利用公共转录组数据和荧光定量PCR技术,分析其在花和早期果实中以及黑暗、脱落酸(ABA)、6-苄氨基嘌呤(6-BA)或水杨酸(SA)处理的离体叶片中的表达模式。[结果]森林草莓HD-ZipⅠ亚家族包含11个基因,它们含有0~3个内含子,相对均匀地分布在第1和3~7号染色体上。全基因组/片段复制是HD-ZipⅠ亚家族基因扩张的主要复制方式。光和激素响应元件是其启动子区所占比例最高的2类顺式作用元件。转录组数据显示,多数HD-ZipⅠ基因在森林草莓除成熟花粉粒和胚之外的花和早期果实组织中表达量较高。5个HD-ZipⅠ亚家族基因的定量结果表明,FvH 4_1g20230、FvH4_5g36570、FvH4_5g15520和FvH4_7g32570基因在ABA、6-BA或SA处理3和6 h时有响应;FvH 4_7g32570基因在黑暗时被诱导,FvH4_5g36570、FvH4_7g32570、FvH4_1g20230、FvH4_5g15520基因在ABA诱导的离体叶片衰老过程中发生显著的表达变化;而在6-BA处理的叶片中,这5个基因的表达与对照相比均无持续的显著变化。[结论]HD-ZipⅠ亚家族基因很可能在黑暗和ABA诱导的森林草莓离体叶片衰老过程中起重要的调控作用,并参与森林草莓花和早期果实的发育以及激素响应过程。 展开更多
关键词 森林草莓 hd-zipⅠ亚家族基因 叶片衰老 激素处理
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甘蓝型油菜HD-ZIP基因家族的鉴定和表达分析 被引量:1
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作者 昝领兄 李开祥 +1 位作者 贾永鹏 杜德志 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1351-1363,共13页
为揭示HD-ZIP蛋白家族成员在甘蓝型油菜全基因组中的分布及相关特征,通过生物信息学方法共鉴定出74个HD-ZIP转录因子,分别被定位到甘蓝型油菜的19条染色体和8条随机序列;这74个HD-ZIP蛋白都含有高度保守的HD-ZIP结构域;系统发育进化树... 为揭示HD-ZIP蛋白家族成员在甘蓝型油菜全基因组中的分布及相关特征,通过生物信息学方法共鉴定出74个HD-ZIP转录因子,分别被定位到甘蓝型油菜的19条染色体和8条随机序列;这74个HD-ZIP蛋白都含有高度保守的HD-ZIP结构域;系统发育进化树将该家族成员聚为4大类;共线性分析发现大部分基因不仅在A和C染色体组间存在共线性,而且在各自染色体组内也存在串联重复事件;基因表达分析发现,大部分HD-ZIP家族基因在根和叶中均有表达,并且在根中表达的基因多于叶片,受到盐胁迫处理时,大部分基因表达量会增加。初步明确了甘蓝型油菜HD-ZIP家族成员结构特点和相关功能,为进一步研究甘蓝型油菜HD-ZIP蛋白家族基因的生物学功能奠定了基础,为油菜抗性育种工作提供科学依据。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 hd-zip蛋白基因家族 差异表达
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龙眼体胚发生过程HD-Zip全基因组与生物功能分析 被引量:4
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作者 张春渝 徐小萍 +5 位作者 陈晓慧 张舒婷 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 赖钟雄 《园艺与种苗》 CAS 2019年第6期27-32,共6页
[目的]了解龙眼HD-Zip基因家族的结构特征以及在不同体胚及不同组织器官中的作用。[方法]采用生物信息学分析方法对龙眼HD-Zip基因家族进行基因鉴定。对其蛋白质结构域及性质、内含子外显子结构位置分布、系统进化树、保守基序和结构域... [目的]了解龙眼HD-Zip基因家族的结构特征以及在不同体胚及不同组织器官中的作用。[方法]采用生物信息学分析方法对龙眼HD-Zip基因家族进行基因鉴定。对其蛋白质结构域及性质、内含子外显子结构位置分布、系统进化树、保守基序和结构域以及在体胚发生早期不同阶段和不同组织中基因表达的FPKM值进行分析。[结果]龙眼HD-Zip基因家族有18个成员,分为4个亚家族,各家族的氨基酸数目不同,等电点介于4.70~9.37,基因家族的内含子数目可能与家族分类有关,且此基因家族具有多个保守的结构域。龙眼HD-Zip基因在不同的体胚与组织器官中表达模式多样。[结论]龙眼HD-Zip家族基因可能参与胚胎发育与组织器官的形成,展现其功能的多样性。 展开更多
关键词 龙眼 体胚发生 hd-zip 基因家族 鉴定
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南极eelpout(Lycodichthys dearborni)多聚体Ⅲ型抗冻蛋白基因的克隆及进化分析 被引量:4
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作者 於静 Chi Hing C.Cheng +1 位作者 Arthur L.DeVries 陈良标 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第8期789-794,共6页
冰冻海洋中生存的南极eelpout(Lycodichthysdearborni)体内能合成高浓度的Ⅲ型抗冻蛋白(AFPⅢ)。为了寻找新的AFPⅢ基因,构建了L.dearborni肝脏cDNA文库。通过斑点杂交筛选此文库,发现一个2.87kb 的cDNA克隆,LD12。序列分析采用DNAssist... 冰冻海洋中生存的南极eelpout(Lycodichthysdearborni)体内能合成高浓度的Ⅲ型抗冻蛋白(AFPⅢ)。为了寻找新的AFPⅢ基因,构建了L.dearborni肝脏cDNA文库。通过斑点杂交筛选此文库,发现一个2.87kb 的cDNA克隆,LD12。序列分析采用DNAssist2.0和ClustalX1.8软件。结果显示,LD12分子由12个串联重复的片段构成,每一个片段编码一个61个氨基酸(aa)的Ⅲ型抗冻蛋白分子和一个9aa的连接子。这是第一次在合成AFPⅢ的极地鱼类中发现这样的多聚蛋白结构基因。有趣的是,组成、结构和起源都不相同的抗冻糖蛋白AF GP,其基因也呈现类似的多聚蛋白结构的现象。因此,这种独特的多聚基因结构可能是鱼类基因组在适应极端寒冷的环境中采取的一种普遍方式。 展开更多
关键词 南极eel pout 型抗冻蛋白 串联重复 多聚体蛋白基因 基因家族进化
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普通烟草HD-Zip Ⅲ家族全基因组鉴定和表达分析 被引量:6
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作者 陈浣 吕婧 孙玉合 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期3034-3041,共8页
植物HD-Zip Ⅲ家族基因在维持分生组织生长、调节避荫反应、决定新生叶背腹性方面起着重要作用。我们通过生物信息学分析对普通烟草(Nicotiana tobacum)TN90基因组序列中的HD-Zip Ⅲ进行广泛预测,并分析了其理化性质、基因结构、进化关... 植物HD-Zip Ⅲ家族基因在维持分生组织生长、调节避荫反应、决定新生叶背腹性方面起着重要作用。我们通过生物信息学分析对普通烟草(Nicotiana tobacum)TN90基因组序列中的HD-Zip Ⅲ进行广泛预测,并分析了其理化性质、基因结构、进化关系、亚细胞定位、表达谱等信息。本研究在栽培烟草TN90中发现了19个HD-Zip Ⅲ基因的候选序列,通过系统发生分析,可将栽培烟草HD-Zip Ⅲ基因家族成员分为两个亚家族。所有基因参与烟草叶、茎、根、花等各个器官的不同发育时期的表达。这些研究为烟草HD-Zip Ⅲ基因功能的深入分析提供了理论依据。 展开更多
关键词 栽培烟草 hd-zipⅲ基因家族 进化分析 基因表达分析
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抗盐基因Gm01g04890大豆子叶节遗传转化研究 被引量:6
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作者 柯丹霞 熊文真 +1 位作者 彭昆鹏 李祥永 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第1期46-51,共6页
利用根癌农杆菌介导的大豆子叶节转化方法,将转录因子HD-Zip家族基因Gm01g04890分别导入测序品种Willimas 82(W82)和小粒豆品种东农50(DN50)两种大豆品种的子叶节中.探讨了种子萌发时间、农杆菌菌液浓度、侵染条件、共培养时间和乙酰丁... 利用根癌农杆菌介导的大豆子叶节转化方法,将转录因子HD-Zip家族基因Gm01g04890分别导入测序品种Willimas 82(W82)和小粒豆品种东农50(DN50)两种大豆品种的子叶节中.探讨了种子萌发时间、农杆菌菌液浓度、侵染条件、共培养时间和乙酰丁香酮(AS)浓度等因素对大豆子叶节形成不定芽的影响,优化了大豆子叶节遗传转化体系.T0代再生植株经草铵膦筛选以及RT-PCR检测,Gm01g04890基因已成功转入并整合于大豆基因组,获得了转Gm01g04890基因的DN50大豆抗性植株. 展开更多
关键词 大豆 子叶节遗传转化 hd-zip家族 抗盐基因
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两例家族性醛固酮增多症Ⅲ型患者的遗传学及临床特点
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作者 王宇 童安莉 +3 位作者 高寅洁 崔云英 周玥 李玉秀 《中华内分泌代谢杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期164-167,共4页
家族性醛固酮增多症Ⅲ型极其罕见,国内尚无报道。本文报道2例家族性醛固酮增多症Ⅲ型(FH-Ⅲ)病例,患者均在儿童早期出现严重高血压和低钾血症,1例患者的肾上腺明显增大并在20岁时出现库欣综合征的临床表现,双肾上腺切除后患者的症状完... 家族性醛固酮增多症Ⅲ型极其罕见,国内尚无报道。本文报道2例家族性醛固酮增多症Ⅲ型(FH-Ⅲ)病例,患者均在儿童早期出现严重高血压和低钾血症,1例患者的肾上腺明显增大并在20岁时出现库欣综合征的临床表现,双肾上腺切除后患者的症状完全缓解;另1例患者的影像学显示肾上腺正常,用螺内酯治疗后患者的血压和血钾均得到良好控制。这2例患者均存在KCNJ5胚系突变,分别为c.433G>C,p.Glu145Gln和c.452G>A,p.Gly151Glu。 展开更多
关键词 家族性醛固酮增多症 KCNJ5基因突变 临床特征
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血小板膜糖蛋白基因多态性与缺血性脑卒中 被引量:3
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作者 鹿树军 赵斌 《国外医学(遗传学分册)》 2005年第2期113-117,共5页
血小板膜糖蛋白是细胞黏附受体整合素家族的成员,在血小板黏附、聚集和血栓形成的过 程中起着关键作用。研究发现血小板膜糖蛋白基因多态性影响着GP Ia/Ⅱa、GP Ib-IX-V及GPⅡb/Ⅲa等 受体的功能,并可能是缺血性脑卒中的遗传危险因素... 血小板膜糖蛋白是细胞黏附受体整合素家族的成员,在血小板黏附、聚集和血栓形成的过 程中起着关键作用。研究发现血小板膜糖蛋白基因多态性影响着GP Ia/Ⅱa、GP Ib-IX-V及GPⅡb/Ⅲa等 受体的功能,并可能是缺血性脑卒中的遗传危险因素。本文就血小板膜糖蛋白基因多态性的研究进展 及与缺血性脑卒中的关系作一综述。 展开更多
关键词 血小板膜糖蛋白 缺血性脑卒中 基因多态性 GPⅡh/a 遗传危险因素 整合素家族 血小板黏附 黏附受体 血栓形成 研究发现 GPIb
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Fcγ受体基因多态性与肾脏疾病相关性研究进展
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作者 石岩 张绍轩 +3 位作者 周广宇 吕强 张亚平 刘锋 《中国实验诊断学》 2014年第3期503-505,共3页
Fcγ受体属于免疫球蛋白超家族中的一员,其中FcγRⅡA、ⅡB、ⅢA、ⅢB有多态性,并因此调节FcγR和IgG亲和力:FcγRI与IgG的亲和力最高,FcγRⅢ次之,FcRγⅡ的亲和力最低.FcγR通过与IgG结合,产生一系列生理或病理反应,它的多态性不仅... Fcγ受体属于免疫球蛋白超家族中的一员,其中FcγRⅡA、ⅡB、ⅢA、ⅢB有多态性,并因此调节FcγR和IgG亲和力:FcγRI与IgG的亲和力最高,FcγRⅢ次之,FcRγⅡ的亲和力最低.FcγR通过与IgG结合,产生一系列生理或病理反应,它的多态性不仅影响人体的生理平衡,在一定的条件下也参与免疫介导的有关疾病. 展开更多
关键词 受体基因多态性 FCΓ受体 疾病相关性 IgG亲和力 免疫球蛋白超家族 FcγR 肾脏 生理平衡
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