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青稞HD-ZipⅣ 5基因克隆及表达探究
被引量:
2
1
作者
李媛
多杰措
+2 位作者
张超
熊辉岩
段瑞君
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期2769-2777,共9页
同源异型域-亮氨酸拉链(homeodomain-leucine zipper, HD-Zip)蛋白是高等植物特有的转录因子,在植物的生长、发育和抗逆适应中发挥重要的调控作用。本研究通过RT-PCR技术,从青稞(肚里黄品种)中克隆了HD-ZipⅣ5基因的CDS序列,进行生物信...
同源异型域-亮氨酸拉链(homeodomain-leucine zipper, HD-Zip)蛋白是高等植物特有的转录因子,在植物的生长、发育和抗逆适应中发挥重要的调控作用。本研究通过RT-PCR技术,从青稞(肚里黄品种)中克隆了HD-ZipⅣ5基因的CDS序列,进行生物信息学分析,并以大麦(Morex)为对照,利用荧光定量PCR(qPCR)比较分析了HD-ZipⅣ5在青稞不同组织和不同胁迫条件下的表达模式。结果表明,青稞HD-ZipⅣ5基因的CDS序列(2 388 bp)编码了796个氨基酸,与大麦HD-ZipⅣ5基因序列相比存在8个SNP变异,生物信息学分析显示该蛋白分子质量为85 679.38 Da,等电点为6.08,具有亲水性。qPCR结果显示青稞各组织中HD-ZipⅣ5在叶片中表达量最高,与大麦的组织表达模式一致;冷、盐及干旱胁迫下,青稞幼苗叶片HD-ZipⅣ5受盐胁迫诱导强烈表达,根HD-ZipⅣ5对干旱胁迫显著响应,与大麦中表达模式存在差异。本研究为HD-ZipⅣ5可能在青稞的叶片生长发育及抗逆适应中的作用提供科学依据。
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关键词
青稞
hd-zipⅳ
5
克隆
表达
原文传递
森林草莓HD-Zip Ⅳ亚基因家族的全基因组鉴定与分析
2
作者
张藉粱
陈红
+1 位作者
安华明
鲁敏
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2022年第3期783-793,共11页
同源异型域-亮氨酸拉链蛋白(homeodomain-leucine-zipper, HD-Zip)作为高等植物所特有的一种转录因子,参与了高等植物形态建成、生长发育和逆境调控。本研究采用生物信息学方法,旨在鉴定和注释森林草莓中HD-ZipⅣ亚基因家族的全基因组序...
同源异型域-亮氨酸拉链蛋白(homeodomain-leucine-zipper, HD-Zip)作为高等植物所特有的一种转录因子,参与了高等植物形态建成、生长发育和逆境调控。本研究采用生物信息学方法,旨在鉴定和注释森林草莓中HD-ZipⅣ亚基因家族的全基因组序列,分析FvH4HDZIV基因的系统和分子进化,明确HD-ZipⅣ基因的分布,同时分析FvH4HDZIV基因结构与其启动子顺式调控元件。结果表明,森林草莓中预测具有8个HD-ZipⅣ基因,氨基酸的长度范围为698~830,分子量范围为78 060.90~89 980.74 kD,等电点为5.4~7.52,亚细胞定位得到Fv H4HDZI蛋白均定位于细胞核;本试验获得的8个目标基因分散在森林草莓7条染色体中的5条染色体上,LG2和LG4上无FvH4HDZIV基因的分布,在连锁群1、5、7上均定位了2个FvH4HDZIV基因;通过建立系统进化树进行进一步分析,发现的FvH4HDZIV8位于Ⅰ-a,FvH4HDZIV2和FvH4HDZIV4位于Ⅲ-a,FvH4HDZIV1和FvH4HDZIV3位于Ⅴ-a中;同时,所有成员都有内含子,内含子的数目在8~12,数目相对稳定,且数量较多,内含子相位分析结果表明大多数内含子采用相位0方式剪接;此外,通过对启动子调控元件分析发现,森林草莓HD-Zip Ⅳ基因启动子区域存在多种调控元件,由此可推测,它们可以被多种转录因子以及各种内源和外源因素调控,从而参与生物体的各种功能。本研究结果为HD-Zip Ⅳ基因家族参与森林草莓生物功能的进一步研究提供了生物信息学参考依据。
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关键词
森林草莓
hd-zipⅳ
家族
鉴定与分析
原文传递
题名
青稞HD-ZipⅣ 5基因克隆及表达探究
被引量:
2
1
作者
李媛
多杰措
张超
熊辉岩
段瑞君
机构
青海大学生态环境工程学院
青海大学农牧学院
青海省农林科学院青海省青稞遗传育种重点实验室
出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期2769-2777,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31640005
31560052)资助
文摘
同源异型域-亮氨酸拉链(homeodomain-leucine zipper, HD-Zip)蛋白是高等植物特有的转录因子,在植物的生长、发育和抗逆适应中发挥重要的调控作用。本研究通过RT-PCR技术,从青稞(肚里黄品种)中克隆了HD-ZipⅣ5基因的CDS序列,进行生物信息学分析,并以大麦(Morex)为对照,利用荧光定量PCR(qPCR)比较分析了HD-ZipⅣ5在青稞不同组织和不同胁迫条件下的表达模式。结果表明,青稞HD-ZipⅣ5基因的CDS序列(2 388 bp)编码了796个氨基酸,与大麦HD-ZipⅣ5基因序列相比存在8个SNP变异,生物信息学分析显示该蛋白分子质量为85 679.38 Da,等电点为6.08,具有亲水性。qPCR结果显示青稞各组织中HD-ZipⅣ5在叶片中表达量最高,与大麦的组织表达模式一致;冷、盐及干旱胁迫下,青稞幼苗叶片HD-ZipⅣ5受盐胁迫诱导强烈表达,根HD-ZipⅣ5对干旱胁迫显著响应,与大麦中表达模式存在差异。本研究为HD-ZipⅣ5可能在青稞的叶片生长发育及抗逆适应中的作用提供科学依据。
关键词
青稞
hd-zipⅳ
5
克隆
表达
Keywords
Tibet Hulless barley
hd-zipⅳ
5
Cloning
Expression
分类号
S512.3 [农业科学—作物学]
Q943.2 [生物学—植物学]
原文传递
题名
森林草莓HD-Zip Ⅳ亚基因家族的全基因组鉴定与分析
2
作者
张藉粱
陈红
安华明
鲁敏
机构
贵州大学农学院
出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2022年第3期783-793,共11页
基金
本研究由国家自然科学基金项目(32060657)
贵州省科技计划项目(2020-1Y113)
贵州省高层次创新型人才培养计划项目(黔科合人才20164016)共同资助。
文摘
同源异型域-亮氨酸拉链蛋白(homeodomain-leucine-zipper, HD-Zip)作为高等植物所特有的一种转录因子,参与了高等植物形态建成、生长发育和逆境调控。本研究采用生物信息学方法,旨在鉴定和注释森林草莓中HD-ZipⅣ亚基因家族的全基因组序列,分析FvH4HDZIV基因的系统和分子进化,明确HD-ZipⅣ基因的分布,同时分析FvH4HDZIV基因结构与其启动子顺式调控元件。结果表明,森林草莓中预测具有8个HD-ZipⅣ基因,氨基酸的长度范围为698~830,分子量范围为78 060.90~89 980.74 kD,等电点为5.4~7.52,亚细胞定位得到Fv H4HDZI蛋白均定位于细胞核;本试验获得的8个目标基因分散在森林草莓7条染色体中的5条染色体上,LG2和LG4上无FvH4HDZIV基因的分布,在连锁群1、5、7上均定位了2个FvH4HDZIV基因;通过建立系统进化树进行进一步分析,发现的FvH4HDZIV8位于Ⅰ-a,FvH4HDZIV2和FvH4HDZIV4位于Ⅲ-a,FvH4HDZIV1和FvH4HDZIV3位于Ⅴ-a中;同时,所有成员都有内含子,内含子的数目在8~12,数目相对稳定,且数量较多,内含子相位分析结果表明大多数内含子采用相位0方式剪接;此外,通过对启动子调控元件分析发现,森林草莓HD-Zip Ⅳ基因启动子区域存在多种调控元件,由此可推测,它们可以被多种转录因子以及各种内源和外源因素调控,从而参与生物体的各种功能。本研究结果为HD-Zip Ⅳ基因家族参与森林草莓生物功能的进一步研究提供了生物信息学参考依据。
关键词
森林草莓
hd-zipⅳ
家族
鉴定与分析
Keywords
Woodland strawberry
hd-zipⅳ
Identfication and analysis
分类号
S668.4 [农业科学—果树学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
青稞HD-ZipⅣ 5基因克隆及表达探究
李媛
多杰措
张超
熊辉岩
段瑞君
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
原文传递
2
森林草莓HD-Zip Ⅳ亚基因家族的全基因组鉴定与分析
张藉粱
陈红
安华明
鲁敏
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2022
0
原文传递
已选择
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