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小麦HD2基因家族的全基因组鉴定及热胁迫下的表达模式分析
1
作者
李梓彰
丁宁
+3 位作者
田文
郑文杰
张珊
闻珊珊
《麦类作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期1166-1173,共8页
组蛋白去乙酰化酶(histonedeacetylase,HDAC)负责去除组蛋白上的乙酰基团,在生物体的生长发育和非生物胁迫响应方面具有重要作用。本研究根据其他植物中HD2基因家族序列,利用生物信息学方法对小麦中的HD2基因进行鉴定,并对其基本生物学...
组蛋白去乙酰化酶(histonedeacetylase,HDAC)负责去除组蛋白上的乙酰基团,在生物体的生长发育和非生物胁迫响应方面具有重要作用。本研究根据其他植物中HD2基因家族序列,利用生物信息学方法对小麦中的HD2基因进行鉴定,并对其基本生物学特性和调控网络等进行分析。结果表明,有12个小麦HD2基因被鉴定,并根据蛋白质序列C端是否含有锌指结构将其分为Group1和Group2两个亚家族;这些基因的编码蛋白均定位于细胞核内。利用WheatExp数据和RNA-seq数据对小麦HD2基因在不同组织和不同逆境胁迫下的表达模式进行分析,结果表明,小麦HD2基因在不同组织和不同逆境下均存在差异表达。同时,利用qRT-PCR技术对其在小麦12个生长发育时期的叶片中响应热胁迫的表达模式进行分析,结果表明,其在小麦挑旗期和抽穗期表达量明显上升。
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关键词
小麦
hd2基因家族
全
基因
组鉴定
热胁迫
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职称材料
gRNA二级结构对拟南芥HD2基因CRISPR/Cas9编辑率的影响
2
作者
黄轩雅
欧艺鹏
+1 位作者
魏淑怡
林娟
《复旦学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期146-157,共12页
近年来,利用基因编辑工具编辑特定基因逐渐成为一种获得突变体的主要方法。CRISPR/Cas9编辑技术是目前最新和最高效的基因编辑技术。然而,这一技术在植物中的编辑率受到很多因素的影响,例如如何设计gRNA以及如何避免脱靶效应等。为了探...
近年来,利用基因编辑工具编辑特定基因逐渐成为一种获得突变体的主要方法。CRISPR/Cas9编辑技术是目前最新和最高效的基因编辑技术。然而,这一技术在植物中的编辑率受到很多因素的影响,例如如何设计gRNA以及如何避免脱靶效应等。为了探究gRNA的二级结构对拟南芥基因编辑的影响,我们选择了拟南芥基因组中的组蛋白去乙酰化酶(HDACs)基因家族中一个植物特有的亚家族(HD2)为靶基因,通过设计这一亚家族中3个HD2基因不同的CRISPR/Cas9靶点,观察不同gRNA接头二级结构对CIRSPR/Cas9编辑率的影响。结果显示:不同gRNA接头二级结构对基因的编辑率会有一定的影响,当二级结构由一段单链RNA、5个茎环、2个突环和3个发夹环组成的时候,编辑率最高。该研究可为后续人们使用以tRNA为策略设计gRNA的CRISPR/Cas9工具时选择合适的靶点,为提高基因编辑率提供基础。
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关键词
CRISPR/Cas9
gRNA
RNA二级结构
hd
2
基因
亚
家族
编辑率
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职称材料
题名
小麦HD2基因家族的全基因组鉴定及热胁迫下的表达模式分析
1
作者
李梓彰
丁宁
田文
郑文杰
张珊
闻珊珊
机构
西北农林科技大学农学院
出处
《麦类作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期1166-1173,共8页
基金
高校基本科研业务费资助项目(Z109021508)
文摘
组蛋白去乙酰化酶(histonedeacetylase,HDAC)负责去除组蛋白上的乙酰基团,在生物体的生长发育和非生物胁迫响应方面具有重要作用。本研究根据其他植物中HD2基因家族序列,利用生物信息学方法对小麦中的HD2基因进行鉴定,并对其基本生物学特性和调控网络等进行分析。结果表明,有12个小麦HD2基因被鉴定,并根据蛋白质序列C端是否含有锌指结构将其分为Group1和Group2两个亚家族;这些基因的编码蛋白均定位于细胞核内。利用WheatExp数据和RNA-seq数据对小麦HD2基因在不同组织和不同逆境胁迫下的表达模式进行分析,结果表明,小麦HD2基因在不同组织和不同逆境下均存在差异表达。同时,利用qRT-PCR技术对其在小麦12个生长发育时期的叶片中响应热胁迫的表达模式进行分析,结果表明,其在小麦挑旗期和抽穗期表达量明显上升。
关键词
小麦
hd2基因家族
全
基因
组鉴定
热胁迫
Keywords
Wheat
hd
2
gene family
Expression profiles
Abiotic stress
分类号
S512.1 [农业科学—作物学]
S330 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
gRNA二级结构对拟南芥HD2基因CRISPR/Cas9编辑率的影响
2
作者
黄轩雅
欧艺鹏
魏淑怡
林娟
机构
复旦大学生命科学学院
复旦大学遗传工程国家重点实验室
出处
《复旦学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期146-157,共12页
基金
国家自然基金面上项目(31170287)。
文摘
近年来,利用基因编辑工具编辑特定基因逐渐成为一种获得突变体的主要方法。CRISPR/Cas9编辑技术是目前最新和最高效的基因编辑技术。然而,这一技术在植物中的编辑率受到很多因素的影响,例如如何设计gRNA以及如何避免脱靶效应等。为了探究gRNA的二级结构对拟南芥基因编辑的影响,我们选择了拟南芥基因组中的组蛋白去乙酰化酶(HDACs)基因家族中一个植物特有的亚家族(HD2)为靶基因,通过设计这一亚家族中3个HD2基因不同的CRISPR/Cas9靶点,观察不同gRNA接头二级结构对CIRSPR/Cas9编辑率的影响。结果显示:不同gRNA接头二级结构对基因的编辑率会有一定的影响,当二级结构由一段单链RNA、5个茎环、2个突环和3个发夹环组成的时候,编辑率最高。该研究可为后续人们使用以tRNA为策略设计gRNA的CRISPR/Cas9工具时选择合适的靶点,为提高基因编辑率提供基础。
关键词
CRISPR/Cas9
gRNA
RNA二级结构
hd
2
基因
亚
家族
编辑率
Keywords
CRISPR/Cas9
gRNA
RNA secondary structure
hd
2
family
editing efficiency
分类号
Q946-3 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
小麦HD2基因家族的全基因组鉴定及热胁迫下的表达模式分析
李梓彰
丁宁
田文
郑文杰
张珊
闻珊珊
《麦类作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
下载PDF
职称材料
2
gRNA二级结构对拟南芥HD2基因CRISPR/Cas9编辑率的影响
黄轩雅
欧艺鹏
魏淑怡
林娟
《复旦学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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职称材料
已选择
0
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参考文献
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