高粱过敏性诱导反应基因家族HIR的鉴定及表达分析

为研究高粱HIR基因家族成员的表达特性,采用生物信息学分析方法和实时荧光定量(qRT-PCR)技术,对高粱HIR基因家族进行鉴定和分析。结果表明:高粱中有5个HIR成员(SbHIR1~SbHIR5),分布于高粱第2、3、7、9、10号染色体上;系统进化分析发现高粱与玉米的亲缘关系最近;不同物种间及物种内HIR基因的有效密码子数相对保守;基因结构分析表明,高粱HIR基因内含子数为1~6个;Motif分析表明,高粱SbHIR2蛋白缺失Motif 5和Motif 8,其余高粱HIR成员均具有9个Motif;高粱HIR蛋白二级结构以α-螺旋为主;qRT-PCR分析显示,高粱HIR基因家族成员在根、茎和叶中表达量存在差异,且能响应脱落酸、赤霉素和flg22的胁迫。