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用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用
被引量:
9
1
作者
刘春莉
李春华
+1 位作者
陈慰祖
王存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2005年第11期1229-1234,共6页
用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式,结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活...
用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式,结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活性起到关键作用.当侧链基团为没食子酰基时,可以提高该类抑制剂与整合酶的结合能力.采用线性相互作用能方法(LIE)计算了该类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,预测值与实验值相吻合,均方根偏差RMSD为1.39kJ·mol-1,以上结果可为基于结构的HIV-1整合酶抑制剂设计提供有用的信息.
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关键词
hiv-
1
整合酶抑制剂
整合酶
分子动力学模拟
咖啡酰基
没食子酰基
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职称材料
题名
用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用
被引量:
9
1
作者
刘春莉
李春华
陈慰祖
王存新
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2005年第11期1229-1234,共6页
基金
北京市自然科学基金(5032002
5042003)
+1 种基金
北京市教委科技发展计划项目(20040005013
KZ200410005002)资助项目~~
文摘
用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式,结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活性起到关键作用.当侧链基团为没食子酰基时,可以提高该类抑制剂与整合酶的结合能力.采用线性相互作用能方法(LIE)计算了该类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,预测值与实验值相吻合,均方根偏差RMSD为1.39kJ·mol-1,以上结果可为基于结构的HIV-1整合酶抑制剂设计提供有用的信息.
关键词
hiv-
1
整合酶抑制剂
整合酶
分子动力学模拟
咖啡酰基
没食子酰基
Keywords
hiv-1 integrase inhibitor
,
integrase
,
molecular dynamics simulation
,
dicaffeoyl group
,
digalloyl group
分类号
O621.2 [理学—有机化学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用
刘春莉
李春华
陈慰祖
王存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2005
9
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