q^2引导构象选择CoMFA方法研究HIV-1 RT抑制剂

对未知受体结构的药物设计其主导方法CoMFA来说,柔性目标分子的多种构象造成了问题的复杂性.本文介绍交叉验证参数R^2(q^2)引导的构象选择CoMFA方法,选择化合物的最佳构象.将一组47个HIV-1 RT抑制剂进行有、无构象选择的CoMFA分析来作评价.根据化合物的活性、毒性、选择性指数(毒性/活性比)等实验数据构建得到的模型,其交叉验证参数q^2为0.7以上,非交叉验证的相应参数为0.94以上,最后,还经过试验集化合物验证该模型的预测能力,置信度(1-α)>0.99.

HIV-1 RT抑制剂研究I.1,3-二苄基-6-(3,4-环氧丁基)尿嘧啶的合成

报道了 1,3 二苄基 6 ( 3 ,4 环氧丁基 )尿嘧啶的合成新方法 .以 6 甲基尿嘧啶 ( 1)为起始物 ,经 1,3 二苄基 6 甲基尿嘧啶 ( 2 )及未见文献报道的 1,3 二苄基 6 ( 3 丁烯基 )尿嘧啶 ( 3 )和 1,3 二苄基 6 ( 3 羟基 4 溴丁基 )尿嘧啶 ( 4 ) ,首次高收率合成了 1,3 二苄基 6 ( 3 ,4 环氧丁基 )尿嘧啶 ( 5 ) 。

靶向HIV-1跨膜蛋白gp41的多肽类融合抑制剂的研究进展

跨膜蛋白gp41是治疗获得性免疫缺陷综合征的重要靶点。恩夫韦肽是首个被FDA批准的以gp41为靶点的多肽类融合抑制剂。然后,恩夫韦肽较短的半衰期、较低的耐药遗传屏障和较低的效力限制了它的临床应用。近年来,以gp41为作用靶点开发出来的多肽类融合抑制剂表现出了较好的效力和稳定性。为此,笔者主要对靶向跨膜蛋白gp41的多肽类融合抑制剂的研究状况进行了综述。

应用假病毒技术研究HIV-1复制抑制剂

建立以HIV-1复制为靶点的细胞水平假病毒药理筛选模型,并运用该模型筛选化合物库中随机选取的化合物。细胞水平的HIV-1假病毒药理筛选模型是应用水泡性口膜炎病毒的外壳糖蛋白(vesicular stomatitis virusglycoprotein,VSV-G)包装HIV-1核心建立的,简称VSVG/HIV模型。细胞被VSVG/HIV感染后,病毒携带的报告基因的表达水平(荧光素酶活性或GFP阳性细胞比例)反映了HIV-1的复制水平。对HIV-1复制有抑制作用的化合物应用VSVG/MLV模型对其特异性地进一步检测。被感染细胞中报告基因的表达水平与病毒稀释度呈显著的剂量依赖效应。阳性药物齐多夫定(zidovudine,AZT)、拉米夫定(lamivudine,3TC)、去羟基苷(didanosine,DDI)可剂量依赖性地抑制HIV-1的复制,其IC50分别为48.5 nmol.L-1、0.13μmol.L-1和1.73μmol.L-1,与文献报道一致。在随机筛选的500个化合物中有3个化合物可以抑制HIV-1的复制,IC50分别为1.92、5.38和3.39μmol.L-1,而对MLV的复制无影响。VSVG/HIV假病毒系统是一种安全、有效的针对HIV-1复制的药理筛选模型。当将此模型与VSVG/MLV模型联合使用时,可判断化合物作用的特异性。实验表明:3个化合物,2-甲硫基-5-(4-甲基苯并)酰胺基-1,3,4-噻二唑(化合物A)、N-(3-羟基苯基)-2-(4-异丁基苯基)丙酰胺(化合物B)和N-(4-甲基吡啶基)-4-甲基苯磺酰胺(化合物C)可以特异性抑制HIV-1的复制。

阻断HIV-1进入细胞的抑制剂研究

为了解决HlV-1病毒耐药的难题，研究阻断病毒进入细胞的抑制剂是一个重要途径，通过对近年来国内外学者在阻断HIV-1病毒进入宿主细胞的抑制剂方面所发表的文献进行分析，概述了阻断HIV-1病毒进入宿主细胞的抑制剂的研究进展．阻断病毒进入细胞的抑制剂具有强大的抗逆转录病毒作用，它的优势在于可以对抗目前所有的HIV-1耐药毒株，它分为阻断病毒与细胞吸附的抑制剂、阻断病毒进入的抑制剂及阻断病毒与细胞融合的抑制剂．提出了研究抑制剂时可考虑的几个不同靶点．

HIV-1整合酶抑制剂的研究进展

HIV-1整合酶(integrase)是逆转录病毒复制所必需的酶,因而成为抗艾滋病(AIDS)药物设计的一个合理的靶点。本文综述了近几年的HIV-1整合酶及其抑制剂的发展现状,就如何将作用于整合酶靶点的先导化合物转变成有效的抗艾滋病药物进行了讨论。

基于分子对接的6-萘甲基取代HEPT类HIV-1逆转录酶抑制剂构效关系研究

采用分子对接方法得到了一系列 6-萘甲基取代 HEPT类逆转录酶抑制剂分子与 HIV-1逆转录酶复合物模型 ,从中抽取出抑制剂分子的活性构象 ,进一步应用 Co MFA和 Co MSIA方法建立了具有较好预测能力的 3 D-QSAR模型 ,深入探讨了这些化合物的定量构效关系 ,为进一步的药物设计奠定了良好的基础 .另外 ,以化合物 1 3及其相应的 β异构体 2 4为代表 ,结合量子化学从头算分子轨道理论方法考察了它们的前线轨道 ,为阐明 α和 β系列化合物的活性差异提供了理论依据 .

HIV-1蛋白酶的表达、纯化及其抑制剂体外筛选方法的建立

从HIV-1IIIB病毒RNA经RT-PCR得到HIV-1蛋白酶编码序列,克隆到pet28a质粒中构建HIV-1蛋白酶表达载体。阳性克隆转染E.coliBL21DE3,经IPTG诱导,蛋白酶以包涵体的形式表达,表达量占菌体总蛋白量的40%。包涵体经TritonX-100洗涤后溶解于8M尿素,溶解后的蛋白溶液经sephacyls-200H.R分子筛柱纯化后纯度达到90%以上,收集蛋白酶峰稀释复性并通过超滤进行浓缩。经检测,纯化的蛋白酶具有较高的活性。用荧光标记的蛋白酶底物检测不同浓度indinavir对蛋白酶活性的影响,表明该方法可以用于蛋白酶抑制剂的筛选。

天然产物中的HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂

综述了天然产物中对 HIV- 1逆转录酶具有抑制活性的化合物的来源和分类。重点介绍了几种 HIV - 1非核苷类逆转录酶抑制剂 ( NNRTIs)的性质、特点、抗 HIV- 1活性及其构效关系。从天然资源和传统中草药发现具有新结构、新作用机制的天然 NNRTIs是开发研制抗 HIV- 1药物的一条极有希望的途径。

非核苷类逆转录酶抑制剂在抗HIV-1中的作用

目的 阐述非核苷类逆转录酶 (RT)抑制剂的性质、特点和在治疗HIV 1感染中的作用。方法 参阅相关文献对其进行综述。结果与结论 非核苷类RT抑制剂是一大类化学结构各异的化合物 ,它们结合于RT上一个非底物结合的变构部位 ,使RT失去活性。从天然化合物中寻找新的非核苷类RT抑制剂是一条治疗HIV

传统中药数据库中HIV-1蛋白酶抑制剂计算机虚拟筛选

目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCMSP)中快速搜索HIV-1蛋白酶(Protease,PR)的中药小分子抑制剂。方法:采用Scripps研究所的Auto Dock Vina软件,对蛋白质晶体结构数据库PDB中PR与小分子抑制剂沙奎那韦(Saquinavir)形成的复合物(PDB代码:1HXB)三维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(沙奎那韦)为阳性对照,筛选出传统中药库TCMSP中2个类药性良好的化学成分与PR亲和力高于上市的抗艾滋病药物沙奎那韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计以及实验合成新的抗艾滋病药物。

HIV-1核衣壳蛋白NCp7抑制剂体外筛选方法的建立

目的表达HIV-1核衣壳蛋白(nucleocapside proteinp7,NCp7),并建立抑制剂筛选方法。方法从pBRU2/ADP202质粒经PCR得到HIV-1NCp7编码序列,克隆到pet28a质粒中构建HIV-1NCp7表达载体。阳性克隆转染E.coliBL21DE3,以IPTG诱导,细胞裂解液经Q SepharoseH.P和SP Sepharose H.P纯化后纯度达到90%以上。将具有锌离子逐出活性的H2O2和2,2′-联硫基二吡啶(2,2′-di-thiodipyridine,AT-2)与NCp7作用,用锌离子特异的荧光染料检测。用该方法检测KIZ-CM系列化合物。结果可以检测H2O2和AT-2的锌离子逐出活性,经该方法筛选,KIZ-CM10,18,19等化合物具有一定的锌离子逐出活性。结论在国内首次建立了HIV-1NCp7锌离子逐出方法,该方法可以用于NCp7抑制剂的筛选。

HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究

HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32′,Ile47,Gly49,Ile50/Ile50′,Ile84/Ile84′和Pro81′能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导.

药效团检索设计新的HIV-1蛋白酶抑制剂

通过对自建的未开发化合物三维结构库进行药效团检索,得到了4个对HIV-1蛋白酶有抑制活性的化合物,通过构象分析发现包含药效团的构象处于优势构象,而且4个结构都含有带两个邻位羟基的苯环和一个间位羰基的药效团以及公共子结构.通过计算发现它们的疏水参数都很小.在考虑满足包含药效团的结构特征和有适中的疏水参数两个因素的前提下,设计出了新的具有潜在抑制HIV-1蛋白酶活性的化合物.它们的结构都比检索得到的四个化合物更为简单。

HIV-1整合酶3′端加工抑制剂筛选方法的建立与优化

目的建立与优化HIV-1整合酶3'端加工抑制剂筛选方法。方法利用荧光共振能量转移原理建立筛选方法,用DNaseⅠ切割底物DNA确定底物检测波长,在该检测波长下,对缓冲液成分、底物浓度、酶浓度、金属离子浓度等影响整合酶活性的条件进行优化,并用阳性药物雷特格韦和杨梅黄素进行方法验证。结果检测波长为495 nm/525 nm,使用缓冲液1、底物浓度500 nmol·L-1,整合酶浓度1μmol·L-1,镁离子浓度20 mmol·L-1时整合酶3'端加工活性最强。在此反应条件下雷特格韦和杨梅黄素能有效地抑制整合酶3'端加工活性。用所建立的方法筛选到2个有较强抑制整合酶3'端加工活性的抑制剂。结论该文成功建立并优化了HIV-1整合酶3'端加工抑制剂筛选方法。

HIV-1整合酶抑制剂的研究进展

目的 介绍HIV治疗的新靶点———整合酶抑制剂 ,为寻找新的有效的抗艾滋病药物提供理论依据。方法 根据近年来国外文献进行综述。结果与结论 HIV复制过程中还有另一个重要的酶———整合酶 ,使病毒基因组整合于宿主细胞染色体 ,病毒在体内长期潜伏。整合酶是HIV自身特有的酶 ,也是一个抗HIV药物设计的理想靶点。目前整合酶抑制剂有DNA结合剂和拓扑异构酶抑制剂 ;核苷类 ;肽类 ;多羟基化芳香族化合物四大类。

取代基物化参数用于HEPT类HIV-1逆转录酶抑制剂的QSAR研究

用描述取代基电性、立体性和疏水性的物化参数对6-苯硫基取代胸腺嘧啶HETP类化合物进行了结构表征,并对化合物抑制H IV-1逆转录酶的活性进行了QSAR研究。经逐步回归筛选变量后,所建多元线性回归方程复相关系数R2及留一法交互检验R2cv分别为0.904和0.848 7。用预测集样本进行外部预测所得R2ext和Q2ext分别为0.928 9和0.929 4。结果表明,影响化合物活性的主要因素是嘧啶环5位X取代基,其电性和疏水性参数值越小,阻抑能力越强。

非核苷类HIV-1逆转录酶抑制剂Ⅱ6-(1-萘甲基)胸腺嘧啶类化合物三维定量构效关系

目的进一步研究6-(1-萘甲基)取代胸腺嘧啶类(HEPT)HIV-1逆转录酶抑制剂的构效关系。方法利用比较分子力场分析方法(CoMFA)对14个新合成的6-(1-萘甲基)取代HEPT类似物进行三维定量构效关系研究;对化合物与HIV-1逆转录酶的非底物结合部分(NNBP)作用情况进行了对接(Dock)研究;并建立了回归方程。结果用模型预测了2个6-(1-萘甲基)取代HEPT类化合物的-logEC50值,结果得以验证。空间立体效应占85.7％,静电立场效应占14.3％。结论对接结果显示:在NNBP中,化合物以蝴蝶双翅形的构象伸展开来,并以芳环与结合腔表面的芳香性氨基酸残基产生疏水性相互作用。6-位引入(1-萘甲基)可显著提高化合物的生物活性,空间效应是影响活性的主要因素,此模型可为进一步的结构优化提供理论指导。

HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂的研究进展

目的从第一代非核苷类逆转录酶抑制剂(nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor,NNRTI)的构效关系出发,阐述第二代 广谱抗病毒药物的性质和特点,并为第三代NNRTI的开发作有益启示。方法查阅、总结近几年国外有关文献。结果与结论 在抗HIV-1感染的治疗中,随着联合用药被广泛认可,NNRTI已成为继核苷类逆转录抑制刺(nucleoside reverse transcriptase in- hibitors,NRTI)和蛋白酶抑制荆(protease inhibitors,PI)之后又一研究热点。其研究方法也已由第一代的随机筛选进入了第二代 综合分子模拟、合成方法、生物利用度和药动学研究的策略开发。