基于ProtBert预训练模型的HLA-Ⅰ和多肽的结合预测算法

针对现有的第Ⅰ类HLA(HLA-Ⅰ)分子与多肽结合亲和力预测算法在特征构造时依赖传统序列评分函数的问题,为突破用经典机器学习算法构造氨基酸序列特征的局限性,提出一种基于蛋白质预训练模型ProtBert的HLA-Ⅰ与多肽的结合预测算法ProHLAⅠ.该算法利用生命体语言与文本语言在组成上的共性,将氨基酸序列类比句子,通过整合ProtBert预训练模型、BiLSTM编码和注意力机制的网络结构优势,对HLA-Ⅰ序列和多肽序列进行特征提取,从而实现HLA-Ⅰ独立于位点的多肽结合预测.实验结果表明,该模型在两组独立测试集中均取得了最优性能.

肿瘤患者血小板输注疗效影响因素及HLA-Ⅰ类抗体特异性分析

目的分析肿瘤患者血小板输注疗效影响因素及HLA-Ⅰ类抗体特异性。方法对四川省肿瘤医院2019年11月至2021年7月期间申请血小板输注的142名肿瘤患者筛查血小板抗体、判定输注疗效并分析其影响因素,对抗体阳性者检测并鉴定HLA-Ⅰ类抗体。结果肿瘤患者血小板抗体阳性率、HLA-Ⅰ类抗体阳性率及输注无效率为35.2%(50/142)、32.4%(46/142)及16.9%(24/142)。血小板抗体阳性者输注无效率为30.0%(15/50),高于血小板抗体阴性者[9.8%(9/92)](χ^(2)=9.428,P<0.05)。多因素Logistics结果显示性别(χ^(2)=12.608,P<0.001,OR=3.800,95%CI:1.819~7.940)为血小板抗体产生独立危险因素,血小板抗体(χ^(2)=8.648,P<0.05,OR=3.952,95%CI:1.581~9.878)为输注疗效独立危险因素。强阳性、阳性及弱阳性HLA-Ⅰ类抗体检出率为69.6%(32/46)、80.4%(37/46)及97.8%(45/46),检出率最高的抗体为抗-B*15∶12、抗-B*57∶03、抗-B*57∶01、抗-B*13∶02、抗-B*49∶01、抗-B*50∶01、抗-A*25∶01、抗-B*15∶01、抗-B*15∶02、抗-B*44∶02。MFI均值≥10000的HLA-Ⅰ类抗体共19种,包含抗-A*02∶01、抗-A*02∶03、抗-A*02∶06等。Wilcoxon检验示HLA-Ⅰ类抗体阳性者(n=46)CCI值低于HLA-Ⅰ类抗体阴性者(n=96)(P<0.05)。结论输注血小板的肿瘤患者中,女性为血小板抗体产生危险因素,血小板抗体阳性者容易发生输注无效,HLA-Ⅰ类抗体是主要的血小板抗体,提示HLA-Ⅰ基因配合型血小板能够改善输注疗效。

中国西安地区血小板捐献者HPA及HLA-Ⅰ分型的研究

为了研究中国西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ分型的分布及多态性,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠技术检测西安地区375位血小板无偿捐献者HPA和HLA-Ⅰ分型并进行统计分析。结果发现,在HPA-1-HPA-17中,HPA-7-HPA-14、HPA-16和HPA-17只有-aa型,不具多态性;仅在HPA-3、HPA-15中检出-bb型。在16个表现型为HPA-5ab中有9个样本同时表达HPA-15ab,另7个样本表达-15bb,未见-15aa表型。此次检出的表型有HPA-1aa-17aa、HPA-1ab、-2ab、-3ab、-3bb、-4ab、-5ab、-6ab、-15ab和-15bb。在375人中可观察到16种HLA-A特异性,占该座位可检出表型特异性的76%(16/21),其中大于1%的有11种;观察到36种HLA-B特异性,占该座位可检出表型特异性的84%(36/43),其中大于1%的有23种,均涵盖在中国北方地区HLA-Ⅰ特异性常见型里。在375人中观察到HLA-A-B单体型264种,频率大于1%的有30种。结论:西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ基因多态性基本符合中国北方地区分布情况,但具有西安地区特点。

不同IL-15转染对NCI-H446HLA-Ⅰ和HLA-Ⅱ表达及NK敏感性的影响

目的探讨不同形式IL15基因转染对人小细胞肺癌细胞株NCIH446细胞HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子表达及NK杀伤敏感性的影响。方法在本室已构建的3种细胞模型(转染IL15成熟肽基因的NCIH446/IL15mp细胞、转染原型IL15基因的NCIH446/IL15细胞和转染以IL2信号肽替代IL15信号肽的改型IL15基因的NCIH446/IL2spIL15mp细胞)基础上[1],以野生株细胞为对照,流式细胞分析仪(Fluorescenceactivatedcellsorter,FACS)分析这3种细胞HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子表达,四甲基偶氮唑蓝(MTT)法测定它们对NK杀伤的敏感性。结果野生株NCIH446细胞表面阳性表达HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子;转染IL15成熟肽基因或改型IL15基因后,这两种分子的表达均被抑制为阴性;转染原型IL15基因后,这两种分子的表达均被显著上调。5名不同健康志愿者的外周血单个核细胞(PBMC)对野生株NCIH446细胞的平均NK杀伤率最低,对NCIH446/IL15、NCIH446/IL15mp和NCIH446/IL2spIL15mp细胞的平均NK杀伤率依次升高。结论转染不同形式IL15基因对NCIH446细胞的免疫生物学特性影响不同。转染IL15成熟肽基因或改型IL15基因,抑制NCIH446细胞表面HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子表达;转染原型IL15基因,上调这两种分子的表达;转染不同形式IL15基因均可增强NCIH446细胞对NK杀伤的敏感性,但程度不同:以改型IL15者最高,IL15成熟肽者次之,原型IL15者最低。

中国多表位疫苗设计的HLA-Ⅰ积累表型频率空间预测系统(英文)

目的 建立HLA Ⅰ积累表型频率(CPF)的空间预测系统,旨在指导中国疫苗学家设计受HLA限制的多表位疫苗(包括DNA疫苗) ,并评价或预测根据不同HLA Ⅰ组合形式设计的多表位疫苗(或DNA疫苗)在中国不同地区的免疫效果。方法 通过构建中国境内人群HLA Ⅰ基因空间数据库,利用“克立格”技术建立CPF空间预测系统。结果 根据疫苗设计目的,设计者可利用该系统预测和估计特定地理位置上人群的CPF ,包括根据单个HLA座位(HLA A或HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗和根据两个HLA基因座位(HLA A和HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗在特定地理位置上人群的CPF值,从而估计或预测拟研制的或已研制的多表位疫苗在中国不同地理位置上人群中的免疫效果。结论 该预测系统可用于:①鉴别任何中国群体的期望CPF百分比,为设计疫苗组分提供依据;②在特定地理位置的人群中,预测限制性表位已知的多表位疫苗的理论免疫应答率;③在特定地理位置的人群中,识别因缺乏HLA Ⅰ限制性等位基因而不能对表位疫苗产生免疫应答的个体。

人肝癌细胞的HLA-Ⅰ类抗原表达

为了为肝癌细胞毒性 T细胞疫苗设计、构建及免疫治疗策略的决策提供体外实验研究依据 ,采用免疫细胞化学 L SAB法及流式细胞术观察了体外培养人肝癌细胞的 HL A- 类抗原表达情况。结果显示 ,人肝癌细胞株 Alexander、Hep G2、SMMC- 772 1、QGY- 770 3都有较强的 HL A- 类抗原表达 ,这使细胞毒性 T细胞杀伤肝癌细胞成为可能。

HLA-Ⅰ、CD8和CD4在宫颈不同病变组织中的表达及意义

目的检测人类白细胞抗原1(HLA-Ⅰ)类抗原、CD8和CD4分子在慢性宫颈炎、宫颈上皮内瘤样变(CIN)、宫颈癌和癌旁组织中的表达,探讨其表达与宫颈不同病变的关系。方法宫颈癌、CIN、慢性宫颈炎和癌旁组织标本各20份,采用免疫组织化学SP法检测HLA-Ⅰ类抗原、CD8和CD4分子的表达。结果在宫颈癌、CIN、慢性宫颈炎和癌旁组织中,HLA-Ⅰ类抗原的阳性表达率分别为40%、95%、100%和100%,宫颈癌组的表达率明显降低(P<0.01);CD8分子的阳性表达率分别为35%、95%、100%和100%,宫颈癌组的表达率明显降低(P<0.01);CD4分子的阳性表达率分别为45%、80%、100%和100%,宫颈癌组的表达率亦明显降低(P<0.01)。HLA-Ⅰ类抗原和CD8分子的表达呈正相关(r=0.913,P<0.001)。结论 HLA-Ⅰ类抗原、CD8和CD4分子在宫颈上皮内瘤变和宫颈癌组织中表达减少及无表达,3者在宫颈病变程度由低到高的发生发展过程中可能起着重要的保护作用。

杂色曲霉素对人外周血单个核细胞表面HLA-Ⅰ分子表达的影响

目的探讨杂色曲霉素(ST)对体外培养的人外周血单个核细胞表面(HPBMc)HLAⅠ分子表达的影响。方法采用流式细胞定量术(FCM)和免疫印迹(Westernblot)分析方法,研究不同浓度ST(0.125、0.25、0.5、1和2mgL)处理后人外周血单个核细胞表面HLAⅠ分子表达的变化。结果FCM定量分析结果表明,经不同浓度ST处理24小时后,与对照组相比,各组细胞HLAⅠ的平均荧光强度均降低,以较高浓度(0.5、1和2mgL)ST处理组降低更明显(P<0.05)。在0.125mgL到2mgL的浓度范围内,随ST处理浓度的升高,HLAⅠ荧光指数逐渐降低,两者呈明显的负相关(r=-0.841,P<0.01)。免疫印迹结果也表明,随ST浓度的增高,HLAⅠ分子降低越明显。结论提示在0.125mgL到2mgL的浓度范围内,ST抑制人外周血单个核细胞表面HLAⅠ分子的表达呈现出负的剂量-反应关系。

非经典HLA-Ⅰ类分子对母胎免疫耐受的调节

携带父系抗原的胚胎作为植入母体子宫腔内的半同种异体移植物,却不被母体排斥,有赖于母胎间复杂的免疫耐受。一旦母胎免疫耐受不足或缺失就可能导致反复妊娠丢失等病理性妊娠的发生。在正常妊娠过程中,胎儿绒毛外滋养细胞可特异性高表达非经典HLA-I类分子HLA-E、HLA-F、HLA-G,对母胎界面免疫耐受的维持及调节发挥着关键作用。

Eplets配型方法在HLA-Ⅰ类抗体所致血小板输注无效患者中的应用评价

目的了解Eplets配型方法在HLA-Ⅰ类抗体所致血小板输注无效（PTR）患者中的适用性。方法以PCR-SBT方法检测24名PTR患者及血小板供者的HLA基因型;利用Luminex技术平台、采用抗-HLA检测试剂（LSA）检测患者的HLA特异性抗体（DSA）;再借助HLA Matchmaker软件获得患者的预存HLA-Ⅰ类抗体对应的表位（Eplets）及DSA荧光指数中值（MFⅠ）;最后统计分析Eplets错配数对PTR的影响。结果对DSA不同MFⅠ阈值（1 000—3 000）的统计分析：DSA MFⅠ〈1 000时的血小板输注效果最佳,且随着DSA MFⅠ的增加,血小板输注效果均出现不同程度的下降。本组32次输注有效与PTR患者的DSA MFⅠ平均值分别为1 289.67±1 121.83 vs 4 078.60±2 578.57（P〈0.01）,Eplets错配数0—5的患者与错配数〉5的患者输注效果分别为29.38±22.47 vs 18.47±15.38（P〉0.05）。结论 Eplets配型方法结合DSAMFⅠ水平可筛选到适合的血小板供者,从而避免对于HLA-Ⅰ类抗体所致的PTR,保证输注效果。

HLA-Ⅰ、CD_(68)和CD_3抗原在胃癌及周围淋巴结的表达及意义

目的探讨HLA-Ⅰ、CD68和CD3抗原在胃癌及周围淋巴结的表达。方法胃癌组织30例,胃重度不典型增生组织30例做对照。周围淋巴结共40个。用抗HLA-Ⅰ、CD68和CD3的单克隆抗体采用SP法做免疫组化分析。结果阳性组织中细胞膜和细胞浆着色。HLA-Ⅰ抗原阳性表达率胃癌组织为16.67%,胃不典型增生组织为40%,二者差异有统计学意义(P<0.05);CD68阳性表达率为36.67%,胃不典型增生组织为26.67%,二者差异无统计学意义(P>0.05);CD3阳性表达率为20%,胃不典型增生组织为36.67%,二者差异无统计学意义(P>0.05)。淋巴结CD68阳性表达率为20%,CD3阳性表达率为35%。HLA-Ⅰ和CD68、CD3三者表达呈直线相关关系。结论胃癌HLA-Ⅰ表达下降,HLA-Ⅰ和CD68、CD3浸润有相关关系。

酸洗脱血小板表面HLA-Ⅰ类抗原对血小板活化和凋亡的影响

目的探讨酸洗脱血小板表面HLA-Ⅰ类抗原对血小板活化和凋亡的影响。方法将10(人)份健康人机采血小板(0.5 ml/份)用pH3柠檬酸缓冲液处理(同时以PBS处理作对照组)后,利用多色流式细胞技术检测血小板表面HLA-Ⅰ类抗原及P-选择素(CD62p)的表达,Annexin V染色检测血小板的早期凋亡率。结果 pH3柠檬酸缓冲液及PBS处理后的血小板表面HLA-Ⅰ类抗原的表达为(23.83±9.93)%vs.(98.15±2.20)%(P<0.05),CD62p的表达为(45.94±10.13)%vs(20.29±4.24)%(P<0.05),血小板的早期凋亡率为(65.29±15.74)%vs(14.65±5.09)%(P<0.05)。结论 pH3柠檬酸缓冲液处理血小板可有效去除血小板表面HLA-Ⅰ类抗原,并同时诱导血小板的活化和凋亡。

TAP和HLA-Ⅰ类抗原在人肝细胞癌中的表达

为探明肝细胞癌 (HCC)组织中抗原Ⅰ类递呈途径的存在状况 ,采用免疫组织化学技术对 3 0例HCC和2 8例癌旁组织中TAP与HLA -Ⅰ类抗原的表达进行了检测。结果显示 ,HCC和癌旁组织基本上都有较强的TAP和HLA -Ⅰ类抗原的表达 ,两者无明显差异 (x2 <0 0 2 ,P >0 0 5 ) ,这表明HCC中抗原Ⅰ类递呈途径可能基本正常 ,胞毒性T细胞 (CTL)能够杀伤HCC细胞 。

HLA-Ⅰ和CD_(68)、CD_3抗原在大肠癌及周围淋巴结表达的实验研究

目的探讨HLA-Ⅰ和CD68、CD3抗原在大肠癌及周围淋巴结的表达。方法41例大肠癌组织,其中Ⅰ级14例,Ⅱ级17例,Ⅲ级10例。周围淋巴结共62个。用抗HLA-Ⅰ、CD68和CD3的单克隆抗体采用SP法做免疫组化分析。结果阳性组织中细胞膜和细胞浆着色。大肠癌组织中HLA-Ⅰ抗原阳性表达率为36.59%,CD68阳性表达率为26.83%,CD3阳性表达率为29.27%;3者的表达呈直线相关关系(r值分别为-0.6785、0.4327、-0.087,P<0.05)。淋巴结CD68阳性表达率为12.90%,CD3阳性表达率为32.26%。结论大肠癌HLA-Ⅰ表达下降和CD68、CD3浸润有相关关系。

γ-干扰素基因的导入及删除对人肿瘤细胞HLA-Ⅰ、Ⅱ类抗原表达的影响

目的：制备有效的细胞因子基因修饰的肿瘤细胞作为“瘤苗”。方法：用缺陷型逆转录病毒作为载体将人γ－干扰素（ＩＦ－γ）含信号肽ｃＤＮＡ转导入人胃癌细胞株ＭＫＮ、４５，经Ｇ４１８筛选后得－ＩＦＮ－γ基因修饰株ＭＫＮ－４５－ＩＦＮ。ＰＣＲ方法测得有标记基因ＮｅｏＲ及ＩＦＮ－γ基因的存在，但经３个月连续传代培养后，ＰＣＲ仅能检测到ＮｅｏＲ基因，而未检出ＩＦＮ－γ基因、ＨＬＡ－Ⅰ、Ⅱ类单抗间接免疫荧光法流式细胞仪测定了上述相应时期ＩＦＮ－γ基因修饰肿瘤细胞ＨＬＡ－Ｉ、Ⅱ类抗原的表达。结果：随着ＩＦＮ－γ基因在染色体中被删除，ＨＬＡ－Ⅰ、Ⅱ类的表达又恢复至与ＭＫＮ－４５相同的水平。结论：为确保ＩＦＮ－γ基因的作用，应不断检测其基因的存在。

中国汉族个体HLA-Ⅰ类基因全长序列鉴定及多态性比较

目的鉴定中国汉族个体HLA-Ⅰ类3个基因座-A、-B、-C的全长序列并比较其各亚区多态性。方法利用前期已建立的HLA-Ⅰ类基因3.7-4.5 kb全长序列高保真扩增、克隆及步移测序方法,从业已经过HLA高分辨测序分型、结果已知的1 000(人)份中国汉族造血干细胞捐献者的血样中,分别选择含HLA-A、-B、-C所有血清学家系等位基因的标本45、38、52份做序列鉴定与比较。结果共获得汉族个体HLA-Ⅰ类基因110条全长序列,包括38个HLA-A等位基因4.2 kb序列,30个HLA-B等位基因3.7 kb序列,以及42个HLA-C等位基因4.3-4.5 kb序列;所获110个等位基因的全长序列均提交Gen Bank及IMGT/HLA数据库,获得WHO命名委员会的命名,其中首次报道全长序列的等位基因有70个,包括新等位基因21个、修正序列的等位基因2个、5'-启动子序列及3'-UTR序列或内含子序列的等位基因47个,其他40个等位基因均在5'-启动子及3'-UTR区,延伸了IMGT/HLA数据库中释放发布的全长序列。结论 1)所鉴定的全长序列可为HLA-Ⅰ类基因测序分型引物和探针的正确设计、HLA基因表达调控、分子进化及疾病关联等研究,提供详实的基础资料和信息;2)中国汉族个体HLA-C基因的第2、3外显子及3'-UTR区,与HLA-A、-B相应区域比较,其全长序列多态性水平及分布较独特,暗示HLA-C基因免疫学功能的独特性。

可溶性HLA-Ⅰ的检测用于对肾移植排斥反应的动态监控

目的:研究对肾移植术后可溶性HLA-Ⅰ(sHLA-Ⅰ)的含量进行动态监测的意义。方法:采用ELISA双抗夹心法测定血清中sHIA-Ⅰ含量,检测60例正常广东人sHLA-Ⅰ值,观察10例肾移植患者术后血清中sHLA-Ⅰ变化及其临床意义。结果:肾移植患者的sHLA-Ⅰ水平在临床出现急性排斥前1-3天显著增高,应用免疫抑制剂时s HLA-Ⅰ下降;未发生排斥反应者则无明显波动。结论:动态监测sHIA-Ⅰ能预示肾移植排斥的发生,对治疗效果及预后的判断也有重要价值。

96例血小板基因配型患者的HLA-Ⅰ类抗体特性分析及抗原免疫原性估算

目的 分析血小板基因配型患者的HLA-Ⅰ抗体特异性,并估算HLA抗原免疫原性。方法 标本来自医院送检本中心申请血小板基因配型的血小板输注无效(PTR)患者,共计96份。采用Luminex技术对患者标本进行HLA-Ⅰ抗体特异性检测,并根据MFI分析抗体表达水平。人群HLA抗原错配率、相对免疫原性根据HLA-A、-B位点等位基因频率分布和抗体检出频次分别进行估算。结果 96份患者标本均检出HLA-Ⅰ类抗体,但抗体种类分布较广。HLA-A、-B、-C磁珠包被抗原(共计97个)对应抗体的平均阳性检出率分别为0.38、0.47、0.28。在浙江人群中HLA-A和-B系统中,抗原频率较高的分别为HLA-A2、A11、A24和HLA-B60、B46、B58,其相对免疫原性分别为0.403、0.283、0.342和0.100、0.067、0.178。结论 PTR患者存在不同种类特性的HLA-Ⅰ抗体,证实不同HLA-A、-B抗原的相对免疫原性存在差异。

原发性肝细胞癌的HLA-Ⅰ类抗原表达

目的 确定体内原发性肝细胞癌细胞的 HL A - 类抗原表达情况。方法 采用免疫组织化学L SAB法对 6例原发性肝细胞癌冰冻组织进行研究。结果 6例标本的肝癌细胞都有较强的 HL A- 类抗原表达。结论 从 HL A- 类抗原表达角度看 ,研制肝癌

HBV野生株及C区突变株调节HLA-Ⅰ表达的作用

目的研究乙型肝炎病毒(HBV)及其C区突变对机体人类白细胞抗原-Ⅰ(HLA-Ⅰ)表达的影响和机制。方法构建HBVC区突变株G87、V60的真核表达载体,转染HepG2细胞,检测转染细胞中HLA-Ⅰ的表达以及抗原提呈相关基因LMP2、TAP1和tapasin的mRNA表达。结果各转染细胞株均能有效表达HBsAg;各转染细胞株均有HLA-Ⅰ表达,野生株略高于C区突变株G87、V60;TAP1mRNA表达上调,LMP和tapasinmRNA均未见明显表达。结论HBV能诱导HepG2细胞内HLA-Ⅰ分子的合成,使TAP1基因转录增强,HLA-Ⅰ的表达上调。相对于HBV野生株而言,C区突变株G87、V60使宿主细胞内HLA-ⅠmRNA及其蛋白的表达水平降低。