HLA-A26等位基因与银屑病环境危险因素的交互作用

目的 : 研究银屑病HLA -A2 6等位基因与环境危险因素之间的交互作用。方法 : 采用病例对照研究方法 ,调查 190例银屑病患者及同一地区的健康对照 191例 ,用多聚酶链反应 -序列特异性引物 (PCR -SSP)方法进行HLA -A2 6等位基因检测 ,对银屑病的环境危险因素及与HLA -A2 6等位基因间交互作用进行研究。结果 : (1)受潮、感染、外伤、嗜酒、吸烟、食鱼虾、药物和精神紧张均为银屑病的环境危险因素。 (2 )与正常对照组相比 ,HLA -A2 6等位基因与银屑病呈显著正相关 (P <0 .0 0 0 1)。(3 )HLA -A2 6等位基因与受潮、嗜酒和食鱼虾存在显著交互作用。结论 : HLA -A2 6等位基因似能增加受潮。

新等位基因HLA-A*24:233与HLA*-A26:89的分析确认

背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:应用PCR-SBT、GSSP测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行HLA高分辨分型,发现2个样本HLA-A位点均为异常基因,与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对,分析核苷酸序列的差异。结果与结论:2个样本HLA-A位点与目前已知的相应HLA-A等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*24:02:01的差异表现在第3外显子区域中的第360位碱基由G>C,导致第96位密码子由谷氨酰胺变为组氨酸,样本2与其同源性最高的A*26:01:01比较差异表现在第2外显子区域中第97位碱基由T>C,导致编码的第9位密码子由酪氨酸变为组氨酸。结果表明两个样本为HLA-A位点的新等位基因,已提交GenB ank进行注册,并已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*24:233与HLA-A*26:89。

中国北方汉族人群HLA-A、HLA-B、HLA-DR等位基因频率检测及其临床意义

目的从基因水平了解中国北方地区汉族人群人类白细胞抗原HLA-A、HLA-B、HLA-DR位点的 等位基因(以下分别简称为A等位基因、B等位基因及DR等位基因)频率,获得更完整、准确的HLA群体遗传学 数据。方法 应用聚合酶链反应一序列特异性引物(PCR-SSP)方法对2000名北方汉族健康志愿者进行A、B、DR 等位基因分型。结果鉴定了17个A等位基因,32个B等位基因,13个DRB1等位基因。最常见的基因型分别 为A*02、B*13、DRB1*15,其相应基因频率范围分别为0.2400-0.2767、0.1330-0.1432和0.1557-0.1707。结 论 本结果可作为我国HLA多态性研究的群体资料和正常参考值,对群体遗传、疾病关联研究以及寻找HLA 相合的异基因造血干细胞供者具有重要意义。

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征。方法采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B、DRB1等位基因及单体型频率。结果 4 082例样本中,共观察到204个HLA等位基因,其中频率>0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11∶01、A*24∶02、A*02∶01、B*46∶01、DRB1*09∶01、DRB1*15∶01。841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是"可靠的"(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条。结论获得上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据。

HLA-A~*02等位基因分型技术及汉族HLA-A~*02多态性研究

建立高分辨率的套式ＰＣＲ－ＳＳＰ，对１７个ＨＬＡ－Ａ＊０２等位基因分型。利用国际标准分型细胞进行特异性鉴定，并在５４例Ａ＊０２阳性的无血缘关系汉族健康人中应用。共检测到５个Ａ＊０２亚型，显示出较高多态性：其中Ａ＊０２１１（ｎ＝２）首次在东方人群检测到；Ａ＊０２０１频率最高，占有４８．２％；其余依次为Ａ＊０２０６、Ａ＊０２０７和Ａ＊０２０３。套式ＰＣＲ－ＳＳＰ既适用于移植供体选择，又可用于人类进化研究。

HLA-A*02等位基因与云南宣威肺癌相关性研究

目的:探讨HLA-A*02等位基因及其亚型在云南宣威肺癌患者中的分布频率,为肺癌高发区的防治研究提供群体遗传学资料。方法:选取宣威籍肺癌患者与健康对照组,运用序列特异性引物基因分型技术(PCR-SSP)进行HLA-A位点及其HLA-A*02亚型分型。按照病例-对照研究方法分析HLA-A等位基因在两组之间频率分布的差异及肺癌HLA-A*02亚型多态性分布。结果:肺癌组与健康对照组HLA-A*02阳性率分别为68.75%及47.50%,肺癌组HLA-A*02阳性率显著增加(P=0.004,OR=2.432,95%CI=1.314～4.500);两组间HLA-A*02等位基因频率分别为41.67%及25.00%,具有显著性差异(P<0.05);宣威健康人群HLA-A等位基因分布频率总体特征与中国南方汉族人群一致;HLA-A*02阳性的肺癌组样本经高分辨检出HLA-A*0201、0203、0206、0207四种等位基因亚型,频率分别为29.73%、16.22%、13.51%、40.54%,符合中国南方汉族人群以A*0207为主的特征。结论:HLA-A*02可能与宣威肺癌易感相关,肺癌患者HLA-A*02亚型以A*0207为主,宣威地区人群属于南方汉族人群。

一例HLA-A新等位基因A*2459的测序分析

本研究探讨HLA新等位基因HLA-A*2459的分子机制。样本DNA抽提采用PEL-FREEZ抽提试剂盒,利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA-A基因的第2-4外显子,PCR产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果显示:先证者样本中存在2个HLA-A等位基因,其中1个等位基因为HLA-A*1101,另1个经Blast验证其为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(DQ313255,DQ313256,DQ313257)。与最接近的HLA-A*24020101等位基因序列相比,新的等位基因仅在第3外显子上有1个核苷酸不同,即第527位T→C;这导致氨基酸第152位Val→Ala。结论:该等位基因为新的HLA-A等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2459。

HLA-A、B等位基因与中国北方地区汉族人皮肌炎/多发性肌炎的相关性研究

皮肌炎/多发性肌炎(Dermatomyositis DM/Polymy-ositis PM)均属特发性炎症性肌病,如肌炎同时伴有多种形态皮疹者称为皮肌炎.其病因及发病机理尚不清楚,可能与自身免疫异常、病毒感染及遗传有关.

新等位基因HLA-A＊ 1127的确认和序列分析

目的识别确认临床样本中一个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的A*1104的差异。结果该序列与已知的所有HLA-A等位基因序列不一致,与A*1104的差异表现在第3外显子区域中的核苷酸570 G→C,571 T→G导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸,色氨酸→甘氨酸。结论该基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2007年8月正式命名为HLA-A*1127。

HLA新等位基因HLA-A^＊ 33：39的序列分析及鉴定

目的人类白细胞抗原(HLA)新等位基因HLA-A*33∶39的序列分析及鉴定。方法利用多聚酶链反应—基于测序的分型(PCR-SBT)技术鉴定HLA新等位基因。结果发现1个与A*33∶03∶01序列相近的未知等位基因,实验结果表明其在A*33∶03∶01第4外显子649位G>A,其突变造成A*33∶03∶01氨基酸序列中192位的丙氨酸(A)>苏氨酸(T)。结论此为HLA-A位点的1个新等位基因,2010年10月被世界卫生组织HLA命名委员会命名为HLA-A*33∶0339。

高频等位基因HLA-A* 1101重链胞外域-BSP融合蛋白原核表达载体的构建及表达鉴定

目的:构建HLA-A*1101重链胞外域羧基端融合生物素化酶B irA底物肽(BSP)的融合蛋白(HLA-A11-BSP)原核表达载体,并在大肠杆菌中表达该融合蛋白。方法:以RT-PCR法扩增并克隆HLA-A*1101重链基因的cDNA,以PCR方法构建HLA-A11-BSP的表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,并以免疫印迹法进行鉴定。结果:从HLA-A2阴性的供者外周血单个核细胞中克隆到HLA-A*1101重链基因的cDNA,以此cDNA为模板,将编码HLA-A*1101重链胞外域1~276序列与编码BSP的序列融合,构建HLA-A11-BSP融合蛋白表达载体,重组质粒经测序验证。融合蛋白在BL21(DE3)中诱导后获得高效表达,约占菌体总蛋白的20%;其相对分子质量约为35 000,与理论值一致。免疫印迹分析显示表达产物主要存在于包涵体中,上清液中几乎无任何产物存在。结论:成功构建表达HLA-A11-BSP融合蛋白的原核表达载体,该融合蛋白在大肠杆菌中以包涵体形式获得高水平表达。

中国山东省威海、莱芜地区健康人群HLA-A、B、DRB1等位基因频率多态性调查

目的:分析人类白细胞抗原基因频率在山东省威海、莱芜地区健康人群中的遗传特征及其人群间分布的差异。方法:采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法对300名健康献血者进行HLA-A、B、DRB1分型。结果:共检出14个HLA-A等位基因,34个B等位基因,13个DRB1等位基因。比较威海和莱芜地区HLA人群基因频率差异为威海地区A*32基因频率显著高于莱芜地区(P<0.05),莱芜地区HLA-B*27基因频率显著高于威海地区(P<0.05)。结论:威海、莱芜地区人群很好的体现了中国北方人群的HLA基因型分布特点,同时也具有其自身的特殊性。这些比较数据为寻找HLA相合的无亲缘关系造血干细胞供者提供了重要的遗传学信息。

辽宁地区斑秃患者与HLA-A、HLA-B等位基因相关性研究

目的探讨HLA-A、HLA-B等位基因与斑秃的相关性。方法采用LABTypeTM SSO技术检测44例斑秃患者和200例正常对照的HLA-A、HLA-B等位基因频率。结果 HLA-A*11(χ2=6.08,P<0.05)、HLA-B*13(χ2=29.80,P<0.01)、HLA-B*40(χ2=8.04,P<0.01)、HLA-B*46(χ2=5.86,P<0.05)和HLA-B*51(χ2=8.82,P<0.01)的等位基因频率显著增高。结论 HLA-A*11、HLA-B*13、HLA-B*40、HLA-B*46和HLA-B*51可能是斑秃的易感基因。

湖北土家族人群HLA-A2超型等位基因与宫颈癌相关分析

目的探讨湖北土家族人群HLA A2超型各等位基因与宫颈癌的关联。方法采用PCR/SSPOP的HLA基因分型技术,利用一对引物扩增HLA A位点2、3外显子,并通过39个地高辛标记的寡核苷酸探针分别与扩增产物杂交,进行HLA A2超型各等位基因型分型,采用卡方检验,比较宫颈癌病例组和正常对照组中HLA A2超型中相应等位基因型构成比的差异。结果HLA A0202和HLA A0206在正常对照组和宫颈癌病人组的构成比有显著性差异(P<0.05)。结论HLA A0202(OR=0.36,95%CI=0.13-0.95)和HLA A0206(OR=0.21,95%CI=0.06-0.81)对于宫颈癌发生的易感性可能有保护作用,本次研究未发现其余7种等位基因与宫颈癌有关联。

四川骨髓库汉族人群HLA-A＊ 02等位基因分布

目的研究四川骨髓库汉族人群HLA-A* 02等位基因分布,分析HLA-A和HLA-B、-DRB1的单体型。方法在中华骨髓库四川分库8934名四川汉族造血干细胞志愿者4508份HLA-A* 02阳性样本中随机筛选110份,采用PCR-SBT分型技术对HLA-A* 02等位基因进行测序分析,用χ2检验比较四川骨髓库汉族与亚洲5个不同国家和地区以及美国亚裔人群A* 02等位基因分布的差异,并采用最大似然法计算HLA-A、-B和-DRB1的3位点单体型频率。结果共检出5种A* 02等位基因,A* 0207(49.59%)是优势等位基因,其余依次是A*02 0101(25.62%),A*02 0301(19.01%),A*02 0601(4.96%),A*02 05(0.83%)。同其它6个亚裔人群的相比,四川骨髓库汉族人群的HLA-A* 02等位基因分布与台湾人群的比较无统计学意义(P>0.05),而与香港,北京,美国亚太裔,日本,韩国等人群的比较均有统计学意义(P<0.01)。HLA-A* 0207-B*46-DRB1*09是四川骨髓库汉族人群最常见的单体型。结论四川汉族人群HLA-A* 02等位基因的分布符合南方汉族人群的分布特点,但更为集中。

新等位基因HLA-A~＊11：97与HLA-B~＊44：127的确认

背景:近几年来,随着分子生物学的发展及人类白细胞抗原分型技术的提高,人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。目的:识别并确认两个新的人类白细胞抗原等位基因。方法:应用PCR-SBT、GSSP及单链测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行人类白细胞抗原A,B,DRB1位点进行基因分型,对新等位基因进行DNA测序并与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对。结果与结论:两个样本各有一个位点与目前已知的相应人类白细胞抗原A、B等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*11:01:01的差异表现在第2外显子区域中的193G>T,194C>T,导致第41位密码子由丙氨酸变为亮氨酸,样本2与其同源性最高的B*44:02比较差异表现在第2外显子区域中第320位碱基由G>A,导致编码的第83位密码子由精氨酸变为组氨酸。说明两个样本分别为人类白细胞抗原A和B位点的新等位基因,并已被WHO人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原A*11:97和B*44:127。

前庭导水管扩大耳聋人群中SLC26A4单等位基因突变的出现率及致病相关性研究

目的：以SLC26A4基因热点突变c.919-2A＞G和p.H723R为对象，研究SLC26A4基因单等位基因突变在中国汉族非综合征大前庭导水管（enlarged vestibular aqueduct，EVA）耳聋人群中的出现频率，并通过与正常听力人群的比较评估该疾病SLC26A4单等位基因突变的检出与疾病发生的相关性。方法通过Sanger测序对121例EVA耳聋患者进行SLC26A4基因的全部外显子及剪切位点的序列筛查，经耳聋基因突变检测芯片对3056例正常听力对照进行热点突变筛查，分别确定c.919-2A＞G和p.H723R单杂合突变在两组人群中的出现频率，利用统计软件SPSS 19.0分析其统计学差异。结果121例EVA耳聋患者中有78例样本检出SLC26A4基因双等位基因突变，12例样本检出单等位基因突变，其中6例为c.919-2A＞G单杂合突变，2例为p.H723R单杂合突变，共占患病人群的6.61%；3056例正常听力对照中发现33例c.919-2A＞G和9例p.H723R单杂合突变，占对照人群的1.37%；Fisher’s exact检验显示，SLC26A4基因c.919-2A＞G和p.H723R单杂合突变的出现率在EVA耳聋组与正常对照组之间存在显著差异（P=0.001）。结论 SLC26A4单等位基因突变在EVA耳聋患者中的出现率显著高于正常对照人群，提示携带SLC26A4单等位基因突变的EVA耳聋患者可能存在无法用常规外显子测序方法所检出的其它致病基因突变，需进一步研究，并在相关遗传咨询中加以注意。

江苏8地市汉族人群HLA-A位点等位基因多态性分析

目的:分析来自中华骨髓库江苏分库8地市汉族造血干细胞志愿者HLA-A位点等位基因频率,了解江苏8地市汉族人群HLA-A位点等位基因分布特征。方法:采用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)技术,对中华骨髓库江苏分库共计27 143例汉族志愿者的HLA-A位点进行高分辨分型,按地市统计HLA-A位点等位基因频率并比较分析。结果:江苏8地市汉族人群共检测出85种HLA-A位点等位基因,其中常州55种,南京55种,镇江38种,扬州37种,淮安41种,宿迁44种,徐州42种,盐城41种。经统计分析,南京与镇江、扬州在A*02:01:01G、11:01、24:02、30:01、33:03等位基因频率上均无显著性差异。南京、镇江非常接近,常见的HLA-A位点等位基因依次为A*11:01、24:02、02:01:01G、33:03、30:01、02:07、02:06、31:01、01:01;常州、扬州非常接近,常见的HLA-A位点等位基因依次为A*11:01、24:02、02:01:01G、33:03、02:07、30:01、02:06、31:01、01:01。盐城、宿迁比较接近,常见的HLA-A位点等位基因大体依次为A*11:01、24:02、02:01:01G、30:01、33:03、02:07、02:06、01:01,仅在A*02:01:01G、30:01的顺序上有所区别。徐州、淮安也比较接近,常见的HLA-A位点等位基因大体依次为A*24:02、11:01、30:01、02:01:01G、33:03,仅在A*30:01、02:01:01G的顺序上有所区别。结论:江苏8地市汉族人群HLA-A位点等位基因频率分布与地域分布基本吻合,徐州、淮安与鲁南地区非常接近,南京、镇江、常州、扬州与上海、浙江有一定相似之处,为研究HLA-A位点等位基因与疾病的相关性以及人类遗传学提供了有意义的基础性资料。