AllType NGS11位点测序试剂在HLA-DPB1基因分型中的模棱两可结果分析

目的 统计分析AllType NGS 11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HLA-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况。方法 采用One Lambda公司AllType NGS 11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-DPB1基因,其中在Ion Torrent S5测序平台上检测了336个标本,在Illumina Miseq测序平台上检测了98个标本;并同步对434份标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DPB1基因。对HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因,采用Sanger测序法检测区分。使用TypeStream Visual专业软件指定NGS法的HLA-DPB1基因分型结果,直接计数法统计分析模棱两可组合比例。结果 NGS法以HLA-DPB1命名*后第3区域数字作为高分辨结果进行统计,434个标本中共有357个标本出现模棱两可结果,占82.3%(357/434);其中Ion Torrent S5测序平台336个标本有275个标本存在模棱两可结果,占81.8%(275/336),表现出45种类型;Illumina Miseq测序平台98个标本有82个标本存在模棱两可结果,占83.7%(82/98),表现出27种类型。所有标本HLA-DPB1基因经PCR-SSO法复核,未发现NGS法漏检HLA-DPB1等位基因情况。Sanger测序法检测区分41个标本,共43个HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可的等位基因,发现HLA-DPB1*13∶01∶01等位基因为25个,占58.1%(25/43);HLA-DPB1*107∶01等位基因为18个,占41.9%(18/43)。结论 应用AllType NGS 11位点测序试剂仍有较高比例的HLA-DPB1基因模棱两可组合结果。利用Sanger测序法分析HLA-DPB1基因1号外显子可区分解决部分HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因。

基于数据库探索HLA-DPB1基因在泛癌中的潜在价值

目的:探索HLA-DPB1在泛癌中的表达及其对患者预后、肿瘤免疫细胞浸润的影响及作用机制。方法:从UCSC XENA、TCGA数据库获取基因转录组和临床数据,从UALCAN、HPA数据库获取HLA-DPB1蛋白质在泛癌中的表达情况;使用Cox回归和Kaplan-Meier分析评估HLA-DPB1在泛癌中的预后价值;使用ESTIMATE算法和Timer数据库分析HLA-DPB1表达与免疫细胞浸润的相关性;使用cBioPortal数据库分析泛癌中HLA-DPB1的基因突变及其对预后的影响;使用STRING,GEPIA2及R包对HLA-DPB1相关基因进行GO功能注释及KEGG通路富集分析,进一步通过GSEA软件分析HLA-DPB1的生物学功能;采用Cancer SEA数据库分析HLA-DPB1对单个细胞功能状态的影响。结果:HLA-DPB1在大多数肿瘤组织中表达升高,HLA-DPB1高表达与宫颈鳞癌和腺癌(P=0.03)、肾透明细胞癌(P=1.8×10^(-3))、肺腺癌(P=1.0×10^(-4))、子宫内膜癌(P=0.02)、肉瘤(P=4.5×10^(-3))、皮肤黑色素瘤(P=5.6×10^(-7))的良好预后显著相关。HLA-DPB1基因突变存在于多种恶性肿瘤中,是皮肤恶性肿瘤的不良预后因素。HLA-DPB1表达促进肿瘤微环境中的免疫细胞浸润和免疫检查点相关基因的表达。HLA-DPB1可能通过FcεRI介导Ca^(2+)动员、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)激活及NF-κB激活等信号通路参与肿瘤免疫、炎症反应过程。结论:HLA-DPB1的表达水平与不同肿瘤患者的临床预后及免疫细胞浸润高度相关,HLA-DPB1有望成为新的肿瘤预后标志物和免疫治疗的潜在靶点。

HLA-DPB_1等位基因对广西汉族重症肌无力的遗传易感性研究

目的探讨ＨＬＡ－ＤＰＢ１等位基因对广西汉族重症肌无力（ＭＧ）的遗传易感性。方法用限制性片段长度多态性（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）多酶共同消化法对ＨＬＡ－ＤＰＢ１的３１个等位基因进行分型。结果发现广西汉族ＭＧ患者的ＨＬＡ－ＤＰＢ１０５０１及３６０１的频率明显高于正常人。ＤＰＢ１２７０１在全身型ＭＧ明显增多。ＤＰＢ１易感基因为纯合子时，ＭＧ发病早，并与全身型ＭＧ密切相关。早发病ＭＧ与晚发病ＭＧ、男性ＭＧ与女性ＭＧ、眼肌型ＭＧ与全身型ＭＧ的ＨＬＡ－ＤＰＢ１遗传背景有所不同。结论广西汉族ＭＧ的ＨＬＡ－ＤＰＢ１易感基因为０５０１、３６０１及２７０１，其中前两者对ＭＧ发病最重要。

HLA-DPB1 TCE错配及表达模型在同胞相合造血干细胞移植中的评估

目的回顾性调查陕西籍汉族同胞相合造血干细胞移植(HSCT)供受者HLA-DPB1配合情况以及HLA-DPB1 3′-UTR rs9277534分型,运用TCE(T-cell epitope)和表达模型进行风险评估。方法应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5TM)技术、基于LABScan■ 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对64对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1 10/10相合的同胞供受者进行HLA-DPB1基因分型和新等位基因的确证,对DPB1错配供受者rs9277534 SNP位点进行测序,依据DPB1 T-Cell Epitope Algorithm version 3.0和rs9277534基因型进行TCE模型和表达模型预测。结果在64例HSCT受者中共计检出14种DPB1等位基因,其中DPB1*05∶01∶01G、DPB1*02∶01和DPB1*04∶01∶01G频率分布最高,分别占31.25%、20.31%和16.41%;发现新等位基因1例,于2020年6月26日被正式命名为HLA-DPB1*1120∶01;检出的3对错配供受者均为单一DPB1位点不合,DPB1座位热点交换率为4.69%,且均为不允许错配(non-PM);rs9277534基因型分别为AG/AG、AG/GG和AA/AG,供受对1较供受对2和3可能存在更高发生急性移植物抗宿主病(aGVHD)的风险。结论同胞相合HSCT中仍需关注HLA-DPB1呈现的TCE不允许错配及表达模型所预示的移植后风险。

新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因多态性与肺结核易感的相关性研究

目的:探讨研究新疆石河子地区的汉族肺结核患者与汉族健康对照者的人类白细胞抗原(HLA)-DPB1等位基因的多态性及其与肺结核易感的相关性。方法:采用DNA水平基于测序的分型方法(Sequence-based typing,SBT),通过病例-对照研究93例新疆石河子地区汉族肺结核患者与96例同一地区的汉族随机健康对照者的HLA-DPB1位点的多态性,通过统计分析研究结果,筛选出易感和保护性基因。结果:在健康对照组中,共筛选出16个等位基因,其中HLA-DPB1*0501(28.1%)和HLA-DPB1*0201(27.6%)的基因频率显著高于其他位点,分别位居第一第二;病例组与对照组研究发现,HLADPB1*0201在对照组中的频率显著高于病例组(P<0.05)。而HLA-DPB1*0501在病例组的频率显著高于对照组(P<0.05)。结论:新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因频率与中国其他地区北方汉族人群大体一致;同时本研究提示HLADPB1*0501可能为新疆石河子地区汉族肺结核的易感性基因,而HLA-DPB1*0201则可能为其保护性基因。

山东地区汉族人HLA-DPB1基因单核苷酸多态性

使用第十一届国际组织相容性会议提供的HLA DPB1引物序列 ,由PCR技术扩增人HLA DPB1基因第二外显子。产物纯化后 ,直接核酸序列分折确定个体的HLA DPB1外显子核酸序列。使用基因定型软件与由国际上公布的HLA DPB1核酸序列构建的基因型核酸序列数据库进行比较 ,确定个体的基因型别、确定等位基因类型。研究结果提示中国人HLA DPB1第二外显子基因序列与国际上公布的序列基本一致 ,但有不同之处 ,多处存在单核苷酸多态性 (SNP) ,提示存在有新的等位基因。对 51例个体研究显示 ,出现频率最高的等位基因是DPB1 0 2 0 1 2。

HLA-DPB1及PRTN3基因和ANCA相关性小血管炎的相关性分析

背景 ANCA相关性小血管炎（ANCA-associated vasculitides,AAV）包括肉芽肿性多血管炎（granulomatosis withpolyangiitis,GPA）、显微镜下多血管炎（microscopic polyangitis,MPA）和嗜酸细胞性肉芽肿性多血管炎（eosinophilicgranulomatosis with polyangitis,EGPA）.前期的AAV易感基因研究主要着眼于白种人,鉴于人群异质性及种族差异的存在,故而本研究着眼于探究HLA-DPB1、PRTN3及CD226基因与中国北方汉族人群AAV的相关性.方法 使用Sequenom MassArray质谱阵列技术（Sequenom iPLEX assay,San Diego,CA）对待检者进行基因分型.本研究共纳入了196例AAV患者（GPA 100例,MPA 76例,EGPA 20例）和485名健康对照者.结果 GPA组与健康对照组比较,Rs3117242（HLA-DPB1）的T等位基因频率显著上升（68.0％ vs.50.4％）,差异有统计意义（OR=2.09,95％ CI：1.51～2.88,Pc ＜0.001）,但MPA组、EGPA组与健康对照组比较,差异均无统计学意义（Pc =0.09,Pc =0.94）.针对Rs3117242（HLA-DPB1）位点的基因型频率进行分析,其结果与等位基因频率分析结果类似.与健康对照组比较,无论是AAV组或GPA组或PA组或EGPA组,其他基因的SNP位点的等位基因频率或是基因型频率分布的差异均无统计学意义（Pc＞0.05）.结论 Rs3117242（HLA-DPB1）是中国北方汉族人群GPA的易感位点.这一研究为深入探讨GPA的发病机制提供了新的线索.

HLA-DPB1等位基因与重症肌无力相关性研究

①目的 探讨人类白细胞抗原 (HLA DPB1)在重症肌无力 (MG)发病中的作用。②方法 采用聚合酶链反应限制性长度多态性 (PCR RFLP)技术 ,对 34例MG病人及 5 1例健康人HLA DP对应的HLA DPB1基因进行分型 ,并对其DPB1的各等位基因的频率进行比较分析。③结果 HLA DPB1 0 5 0 1与MG有一定关系 (χ2 =9.81,P <0 .0 5 )。④结论 HLA

儿童系统性红斑狼疮与HLA-DPB1基因相关性研究

目的研究儿童系统性红斑狼疮(SLE)与人类白细胞抗原(HLA)-DPB1基因的相关性。方法对95例SLE患儿和74例正常对照者,应用序列特异性引物聚合酶链式反应扩增法(PCR-SSP)检测HLA-DPB1基因的等位基因。结果 DPB1*0501等位基因频率在SLE组(31.6%)明显低于对照组(48.0%),校正P值(Pc)<0.05,相对风险度(RR)为0.4792,预防分数(PF)为0.3730。DPB1*0201等位基因频率在狼疮脑病患儿明显高于正常对照组;DPB1*0501等位基因频率在狼疮脑病患儿明显低于正常对照组,但确切概率P值(Pf)>0.05;其余各等位基因频率在SLE组和对照组、SLE不同临床表型与对照组间均无显著性差异(Pf>0.05)。结论 DPB1*0501等位基因可能对儿童系统性红斑狼疮发病有保护性作用。

PCR-SBT法分析内蒙古地区鄂温克族人群HLA-DPB1等位基因型别

目的:调查内蒙古鄂温克族人群人类白细胞抗原(Humanleukocyteantigen,HLA)DPB1基因多态性。方法:采用SBT(sequecing-based-typing)法。结果:在所检测的DPB1等位基因中,共检出20个等位基因,其中频率最高的是DPB1*02012(24.4%),其次是DPB1*0402(22.6%),DPB1*0401(20.2%),DPB1*0501(10.7%),其余等位基因频率均低于5%。结论:内蒙古地区鄂温克族人群中HLA-DPB1分布特征有独特性,为本民族的人类学及疾病相关性研究提供依据。

骨肉瘤中HLA-DPB1等位基因的初步研究

为探索骨肉瘤与ＨＬＡⅠ类抗原关联的内在机制，采用聚合酶链反应／顺序特异的寡核苷酸探针方法，对２２例骨肉瘤和４８例正常组织对照进行ＨＬＡＤＰＢ１等位基因检测，结果显示，作为ＨＬＡⅡ类抗原的ＤＰＢ１等位基因与骨肉瘤无相关性。

HLA-DPB1基因型与疾病相关性的研究进展

HLA基因型别与移植和疾病密切相关 ,其中HLA DPB1曾被认为与疾病最不具有相关性 ,而最近几年的报道却认为DPB1与许多疾病密切相关。就此本文阐述了HLA

四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1与rs9277534等位基因频率及其连锁关系的分析

目的探讨四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1和rs9277534等位基因分布及其之间的连锁关系。方法从四川骨髓库中随机选取200例无血缘关系的四川汉族志愿者标本,采用PCR-SBT方法对其HLA-DPB1等位基因分型,Taq Man探针法对其rs9277534等位基因分型并通过测序验证结果。利用Arlequin 3.1软件计算HLA-DPB1与rs9277534之间的连锁不平衡参数。结果本组四川骨髓库汉族人群中的DPB1等位基因：以DPB1＊05∶01∶01G频率为最高：0.412 5（165/400）;rs9277534等位基因：A和G的频率分别为0.4（160/400）和0.6（240/400）,AA、GG、AG基因型频率分别为0.165（33/200）、0.375（75/200）和0.46（92/200）。有10种HLA-DPB1等位基因型与rs9277534等位基因A、G之间存在连锁不平衡,DPB1＊04∶02∶01G、DPB1＊02∶01∶02G、DPB1＊02∶02∶01G和DPB1＊17∶01∶01G与rs9277534A完全连锁,DPB1＊05∶01∶01G、DPB1＊03∶01∶01G、DPB1＊13∶01∶01G、DPB1＊14∶01∶01G和DPB1＊21∶01与rs9277534G完全连锁。DPB1＊04∶01∶01G与rs9277534A等位基因之间呈高度连锁不平衡（｜D＇｜=0.95,P〈0.01）。结论四川骨髓库汉族人群的HLA-DPB1部分等位基因与rs9277534A/G等位基因连锁,对临床选择造血干细胞移植供者有参考价值。

山西汉族类风湿关节炎与HLA-DPB1基因相关性研究初探

目的:探讨山西汉族类风湿关节炎(RA)与HLA-DPB1基因相关性。方法:用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法检测36例RA患者和36例健康人的HLA-DPB1基因型。结果:RA患者HLA-DPB1*2201等位基因的频率显著高于正常对照组。结论:HLA-DPB1*2201可能是山西汉族类风湿关节炎的易感基因。

A Study of the Best Probes to Detect HLA-DPB1, DQB1 Allele Genes

ＡＳｔｕｄｙｏｆｔｈｅＢｅｓｔＰｒｏｂｅｓｔｏＤｅｔｅｃｔＨＬＡ－ＤＰＢ１，ＤＱＢ１ＡｌｌｅｌｅＧｅｎｅｓＫｅＢｉｎｇｓｈｅｎ（克丙申）ａｎｄＳｕｎＸｉａｏｍｉｎｇ（孙晓明）（ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ＪｉｎａｎＭｉｌｉｔａｒｙＧ...

HLA-DPB1基因第2和第3外显子测序方法的建立及其多态性分析

目的建立HLA-DPB1基因第2～3外显子测序方法，并分析其多态性。方法根据HLA-DPB1基因序列，设计位点特异性引物扩增242名浙江汉族人群HLA-DPB1第2～3外显子序列，PCR扩增产物经双酶切后对第2和3外显子进行双向测序分析，采用Assign3．5＋SBT分析软件判读HLA-DPB1等位基因型。结果PCR扩增获得特异性的单一目的片段，其产物经直接测序后得到清晰的序列图。242名浙江汉族人群中共检测到18个HLADPB1等位基因，频率超过0．05的等位基因为DPB1＊05：01：01／135：0l（0．4112）、DPB1＊02：01：02（0．1901）、DPB1＊04：01：01（0．1136）以及DPB1＊02：02（0．0620），并确认1个新等位基因DPB1＊168：01。在第3外显子中发现9个多态性位点，其中517A〉T为本实验新检出的1个多态性位点。结论本实验建立的HLA～DPB1第2～3外显子测序方法是可行的，HLA-DPB1第3外显子存在一定多态性。

强直性脊柱炎与HLA-DPB_1等位基因关联的研究

强直性脊柱炎与ＨＬＡＤＰＢ１等位基因关联的研究蒋黎华范丽安杨珏琴姚芳娟周嘉陵许荣钟丽民强直性脊柱炎（ＡＳ）发病机制中有一个重要发现是其与人类白细胞抗原（ＨＬＡ）Ｂ２７之间的强相关，但其关联机制迄今不明。近年来有人认为，与某些肠本课题受国家自然科学基...

重症肌无力患者HLA-DPB1等位基因与自身抗体的关联研究

对 2 9例重症肌无力 (MG )患者同时进行了HLA DPB1分型 (聚合酶链反应 限制性片段长度多态性多酶共同消化法 )及AchRAb、Pre SmAb (ELISA )测定 ,籍以探讨MG患者HLA DPB1与AchRAb及Pre SmAb的相关关系。结果表明AchRAb阳性患者与DPB1 0 5 0 1、 2 70 1及 3 60 1密切相关 ,而AchRAb阴性患者与DPB1 3 60 1及 0 10 1相关 ;Pre SmAb阳性患者与DPB1 0 5 0 1、 3 60 1、 2 70 1相关外 ,还与 0 10 1相关 ,而Pre SmAb阴性患者与这些等位基因无明显相关关系。上述结果提示HLA DPB1与MG的AchRAb和Pre