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AllType NGS11位点测序试剂在HLA-DPB1基因分型中的模棱两可结果分析
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作者 董丽娜 陈男英 +3 位作者 王炜 章伟 何吉 朱发明 《中国输血杂志》 CAS 2023年第1期1-7,共7页
目的 统计分析AllType NGS 11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HLA-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况。方法 采用One Lambda公司AllType NGS 11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-D... 目的 统计分析AllType NGS 11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HLA-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况。方法 采用One Lambda公司AllType NGS 11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-DPB1基因,其中在Ion Torrent S5测序平台上检测了336个标本,在Illumina Miseq测序平台上检测了98个标本;并同步对434份标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DPB1基因。对HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因,采用Sanger测序法检测区分。使用TypeStream Visual专业软件指定NGS法的HLA-DPB1基因分型结果,直接计数法统计分析模棱两可组合比例。结果 NGS法以HLA-DPB1命名*后第3区域数字作为高分辨结果进行统计,434个标本中共有357个标本出现模棱两可结果,占82.3%(357/434);其中Ion Torrent S5测序平台336个标本有275个标本存在模棱两可结果,占81.8%(275/336),表现出45种类型;Illumina Miseq测序平台98个标本有82个标本存在模棱两可结果,占83.7%(82/98),表现出27种类型。所有标本HLA-DPB1基因经PCR-SSO法复核,未发现NGS法漏检HLA-DPB1等位基因情况。Sanger测序法检测区分41个标本,共43个HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可的等位基因,发现HLA-DPB1*13∶01∶01等位基因为25个,占58.1%(25/43);HLA-DPB1*107∶01等位基因为18个,占41.9%(18/43)。结论 应用AllType NGS 11位点测序试剂仍有较高比例的HLA-DPB1基因模棱两可组合结果。利用Sanger测序法分析HLA-DPB1基因1号外显子可区分解决部分HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因。 展开更多
关键词 二代测序 hla-dpb1基因 模棱两可 测序分析
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基于数据库探索HLA-DPB1基因在泛癌中的潜在价值
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作者 王司颖 闫瑞玲 +1 位作者 管保章 张伟 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS 北大核心 2023年第5期478-493,共16页
目的:探索HLA-DPB1在泛癌中的表达及其对患者预后、肿瘤免疫细胞浸润的影响及作用机制。方法:从UCSC XENA、TCGA数据库获取基因转录组和临床数据,从UALCAN、HPA数据库获取HLA-DPB1蛋白质在泛癌中的表达情况;使用Cox回归和Kaplan-Meier... 目的:探索HLA-DPB1在泛癌中的表达及其对患者预后、肿瘤免疫细胞浸润的影响及作用机制。方法:从UCSC XENA、TCGA数据库获取基因转录组和临床数据,从UALCAN、HPA数据库获取HLA-DPB1蛋白质在泛癌中的表达情况;使用Cox回归和Kaplan-Meier分析评估HLA-DPB1在泛癌中的预后价值;使用ESTIMATE算法和Timer数据库分析HLA-DPB1表达与免疫细胞浸润的相关性;使用cBioPortal数据库分析泛癌中HLA-DPB1的基因突变及其对预后的影响;使用STRING,GEPIA2及R包对HLA-DPB1相关基因进行GO功能注释及KEGG通路富集分析,进一步通过GSEA软件分析HLA-DPB1的生物学功能;采用Cancer SEA数据库分析HLA-DPB1对单个细胞功能状态的影响。结果:HLA-DPB1在大多数肿瘤组织中表达升高,HLA-DPB1高表达与宫颈鳞癌和腺癌(P=0.03)、肾透明细胞癌(P=1.8×10^(-3))、肺腺癌(P=1.0×10^(-4))、子宫内膜癌(P=0.02)、肉瘤(P=4.5×10^(-3))、皮肤黑色素瘤(P=5.6×10^(-7))的良好预后显著相关。HLA-DPB1基因突变存在于多种恶性肿瘤中,是皮肤恶性肿瘤的不良预后因素。HLA-DPB1表达促进肿瘤微环境中的免疫细胞浸润和免疫检查点相关基因的表达。HLA-DPB1可能通过FcεRI介导Ca^(2+)动员、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)激活及NF-κB激活等信号通路参与肿瘤免疫、炎症反应过程。结论:HLA-DPB1的表达水平与不同肿瘤患者的临床预后及免疫细胞浸润高度相关,HLA-DPB1有望成为新的肿瘤预后标志物和免疫治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 hla-dpb1 泛癌分析 免疫浸润 生存预后
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HLA-DPB1等位基因与四川汉族人哮喘的相关性研究 被引量:5
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作者 邬于川 刘春华 +2 位作者 范冬梅 王栩 黄黎 《中国临床医学》 北大核心 2007年第2期162-164,共3页
目的:探讨HLA-DPB1等位基因与哮喘之间是否存在相关性,从基因水平探讨支气管哮喘的发病机制。方法:用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析法,检测四... 目的:探讨HLA-DPB1等位基因与哮喘之间是否存在相关性,从基因水平探讨支气管哮喘的发病机制。方法:用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析法,检测四川汉族人HLA-DPB1基因多态性。用PCR技术对HLA-DPB1基因第2外显子(exon 2)进行体外扩增;然后用Ban II、Fok I、Dde I、Rsa I、EcoN I、BstU I 6种限制性内切酶对扩增产物进行酶切,电泳分离酶切片段,根据片段格局确定相应基因型别。结果:PCR扩增在327 bp有HLA-DPB1 exon 2目的基因产生。限制性内切酶酶切HLA-DPB1后,共检测到12种等位基因。HLA-DPB1*0201在哮喘患者组的出现频率显著低于对照组(P<0.05,RR=0.115<1)。结论:HLA-DPB1* 0201可能为支气管哮喘的抗性基因。 展开更多
关键词 HLA—DPB1等位基因 哮喘 四川汉族 PCR—RFLP
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HLA-DPB_1等位基因对广西汉族重症肌无力的遗传易感性研究 被引量:2
4
作者 莫雪安 黄文 +2 位作者 龙桂芳 马朝桂 郑金瓯 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 1998年第6期353-355,共3页
目的探讨HLA-DPB1等位基因对广西汉族重症肌无力(MG)的遗传易感性。方法用限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)多酶共同消化法对HLA-DPB1的31个等位基因进行分型。结果发现广西汉族MG患者的HLA-DP... 目的探讨HLA-DPB1等位基因对广西汉族重症肌无力(MG)的遗传易感性。方法用限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)多酶共同消化法对HLA-DPB1的31个等位基因进行分型。结果发现广西汉族MG患者的HLA-DPB10501及3601的频率明显高于正常人。DPB12701在全身型MG明显增多。DPB1易感基因为纯合子时,MG发病早,并与全身型MG密切相关。早发病MG与晚发病MG、男性MG与女性MG、眼肌型MG与全身型MG的HLA-DPB1遗传背景有所不同。结论广西汉族MG的HLA-DPB1易感基因为0501、3601及2701,其中前两者对MG发病最重要。 展开更多
关键词 重症肌无力 hla-dpb1 等位基因 遗传易感性
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上海地区汉族正常人及类风湿关节炎病人HLA-DPB1基因多态性分析 被引量:4
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作者 朱乃硕 王福庆 +1 位作者 陈诗书 王慧 《中国免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2000年第4期196-197,共2页
关键词 汉族 类风湿性关节炎 hla-dpb1基因 基因多态性
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新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因多态性与肺结核易感的相关性研究 被引量:1
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作者 卢丽君 吴江东 +3 位作者 左维泽 张万江 章乐 吴芳 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1225-1228,1249,共5页
目的:探讨研究新疆石河子地区的汉族肺结核患者与汉族健康对照者的人类白细胞抗原(HLA)-DPB1等位基因的多态性及其与肺结核易感的相关性。方法:采用DNA水平基于测序的分型方法(Sequence-based typing,SBT),通过病例-对照研究93例新疆石... 目的:探讨研究新疆石河子地区的汉族肺结核患者与汉族健康对照者的人类白细胞抗原(HLA)-DPB1等位基因的多态性及其与肺结核易感的相关性。方法:采用DNA水平基于测序的分型方法(Sequence-based typing,SBT),通过病例-对照研究93例新疆石河子地区汉族肺结核患者与96例同一地区的汉族随机健康对照者的HLA-DPB1位点的多态性,通过统计分析研究结果,筛选出易感和保护性基因。结果:在健康对照组中,共筛选出16个等位基因,其中HLA-DPB1*0501(28.1%)和HLA-DPB1*0201(27.6%)的基因频率显著高于其他位点,分别位居第一第二;病例组与对照组研究发现,HLADPB1*0201在对照组中的频率显著高于病例组(P<0.05)。而HLA-DPB1*0501在病例组的频率显著高于对照组(P<0.05)。结论:新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因频率与中国其他地区北方汉族人群大体一致;同时本研究提示HLADPB1*0501可能为新疆石河子地区汉族肺结核的易感性基因,而HLA-DPB1*0201则可能为其保护性基因。 展开更多
关键词 肺结核 hla-dpb1等位基因 多态性 易感性
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HLA-DPB1 TCE错配及表达模型在同胞相合造血干细胞移植中的评估 被引量:2
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作者 齐珺 王天菊 +7 位作者 郝剑 尚利侠 王满妮 武君华 陈乐 王小芳 房婕 李恒新 《中国输血杂志》 CAS 2020年第9期876-880,共5页
目的回顾性调查陕西籍汉族同胞相合造血干细胞移植(HSCT)供受者HLA-DPB1配合情况以及HLA-DPB1 3′-UTR rs9277534分型,运用TCE(T-cell epitope)和表达模型进行风险评估。方法应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5... 目的回顾性调查陕西籍汉族同胞相合造血干细胞移植(HSCT)供受者HLA-DPB1配合情况以及HLA-DPB1 3′-UTR rs9277534分型,运用TCE(T-cell epitope)和表达模型进行风险评估。方法应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5TM)技术、基于LABScan■ 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对64对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1 10/10相合的同胞供受者进行HLA-DPB1基因分型和新等位基因的确证,对DPB1错配供受者rs9277534 SNP位点进行测序,依据DPB1 T-Cell Epitope Algorithm version 3.0和rs9277534基因型进行TCE模型和表达模型预测。结果在64例HSCT受者中共计检出14种DPB1等位基因,其中DPB1*05∶01∶01G、DPB1*02∶01和DPB1*04∶01∶01G频率分布最高,分别占31.25%、20.31%和16.41%;发现新等位基因1例,于2020年6月26日被正式命名为HLA-DPB1*1120∶01;检出的3对错配供受者均为单一DPB1位点不合,DPB1座位热点交换率为4.69%,且均为不允许错配(non-PM);rs9277534基因型分别为AG/AG、AG/GG和AA/AG,供受对1较供受对2和3可能存在更高发生急性移植物抗宿主病(aGVHD)的风险。结论同胞相合HSCT中仍需关注HLA-DPB1呈现的TCE不允许错配及表达模型所预示的移植后风险。 展开更多
关键词 造血干细胞移植 hla-dpb1 T细胞表位 rs9277534 急性移植物抗宿主病
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山东地区汉族人HLA-DPB1基因单核苷酸多态性 被引量:1
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作者 克丙申 张胜兰 +3 位作者 邢万佳 黄象艳 周仲玲 徐军 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2002年第1期54-58,共5页
使用第十一届国际组织相容性会议提供的HLA DPB1引物序列 ,由PCR技术扩增人HLA DPB1基因第二外显子。产物纯化后 ,直接核酸序列分折确定个体的HLA DPB1外显子核酸序列。使用基因定型软件与由国际上公布的HLA DPB1核酸序列构建的基因型... 使用第十一届国际组织相容性会议提供的HLA DPB1引物序列 ,由PCR技术扩增人HLA DPB1基因第二外显子。产物纯化后 ,直接核酸序列分折确定个体的HLA DPB1外显子核酸序列。使用基因定型软件与由国际上公布的HLA DPB1核酸序列构建的基因型核酸序列数据库进行比较 ,确定个体的基因型别、确定等位基因类型。研究结果提示中国人HLA DPB1第二外显子基因序列与国际上公布的序列基本一致 ,但有不同之处 ,多处存在单核苷酸多态性 (SNP) ,提示存在有新的等位基因。对 51例个体研究显示 ,出现频率最高的等位基因是DPB1 0 2 0 1 2。 展开更多
关键词 白细胞抗原 核酸序列分析 hla-dpb1 单核苷酸多态性
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HLA-DPB1等位基因与重症肌无力相关性研究 被引量:2
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作者 王洪新 马春花 +1 位作者 程玲 毛雪梅 《青岛大学医学院学报》 CAS 2001年第2期123-124,共2页
①目的 探讨人类白细胞抗原 (HLA DPB1)在重症肌无力 (MG)发病中的作用。②方法 采用聚合酶链反应限制性长度多态性 (PCR RFLP)技术 ,对 34例MG病人及 5 1例健康人HLA DP对应的HLA DPB1基因进行分型 ,并对其DPB1的各等位基因的频率进... ①目的 探讨人类白细胞抗原 (HLA DPB1)在重症肌无力 (MG)发病中的作用。②方法 采用聚合酶链反应限制性长度多态性 (PCR RFLP)技术 ,对 34例MG病人及 5 1例健康人HLA DP对应的HLA DPB1基因进行分型 ,并对其DPB1的各等位基因的频率进行比较分析。③结果 HLA DPB1 0 5 0 1与MG有一定关系 (χ2 =9.81,P <0 .0 5 )。④结论 HLA 展开更多
关键词 重症肌无力 HLA-D抗原 基因 聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 hla-dpb1 相关性 等位基因
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HLA-DPB1及PRTN3基因和ANCA相关性小血管炎的相关性分析 被引量:2
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作者 吴子燕 吴庆军 +8 位作者 徐涓娟 陈思 孙菲 李萍 白伊娜 郑文洁 陈华 张奉春 李永哲 《标记免疫分析与临床》 CAS 2014年第6期709-714,共6页
背景 ANCA相关性小血管炎(ANCA-associated vasculitides,AAV)包括肉芽肿性多血管炎(granulomatosis withpolyangiitis,GPA)、显微镜下多血管炎(microscopic polyangitis,MPA)和嗜酸细胞性肉芽肿性多血管炎(eosinophilicgranulom... 背景 ANCA相关性小血管炎(ANCA-associated vasculitides,AAV)包括肉芽肿性多血管炎(granulomatosis withpolyangiitis,GPA)、显微镜下多血管炎(microscopic polyangitis,MPA)和嗜酸细胞性肉芽肿性多血管炎(eosinophilicgranulomatosis with polyangitis,EGPA).前期的AAV易感基因研究主要着眼于白种人,鉴于人群异质性及种族差异的存在,故而本研究着眼于探究HLA-DPB1、PRTN3及CD226基因与中国北方汉族人群AAV的相关性.方法 使用Sequenom MassArray质谱阵列技术(Sequenom iPLEX assay,San Diego,CA)对待检者进行基因分型.本研究共纳入了196例AAV患者(GPA 100例,MPA 76例,EGPA 20例)和485名健康对照者.结果 GPA组与健康对照组比较,Rs3117242(HLA-DPB1)的T等位基因频率显著上升(68.0% vs.50.4%),差异有统计意义(OR=2.09,95% CI:1.51~2.88,Pc <0.001),但MPA组、EGPA组与健康对照组比较,差异均无统计学意义(Pc =0.09,Pc =0.94).针对Rs3117242(HLA-DPB1)位点的基因型频率进行分析,其结果与等位基因频率分析结果类似.与健康对照组比较,无论是AAV组或GPA组或PA组或EGPA组,其他基因的SNP位点的等位基因频率或是基因型频率分布的差异均无统计学意义(Pc>0.05).结论 Rs3117242(HLA-DPB1)是中国北方汉族人群GPA的易感位点.这一研究为深入探讨GPA的发病机制提供了新的线索. 展开更多
关键词 ANCA相关性小血管炎(AAV) 肉芽肿性多血管炎(GPA) 显微镜下多血管炎(MPA) hla-dpb1基因 中国北方汉族人群
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儿童系统性红斑狼疮与HLA-DPB1基因相关性研究 被引量:1
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作者 张俊梅 李彩凤 何晓琥 《北京医学》 CAS 2010年第11期910-913,共4页
目的研究儿童系统性红斑狼疮(SLE)与人类白细胞抗原(HLA)-DPB1基因的相关性。方法对95例SLE患儿和74例正常对照者,应用序列特异性引物聚合酶链式反应扩增法(PCR-SSP)检测HLA-DPB1基因的等位基因。结果 DPB1*0501等位基因频率在SLE组(31.... 目的研究儿童系统性红斑狼疮(SLE)与人类白细胞抗原(HLA)-DPB1基因的相关性。方法对95例SLE患儿和74例正常对照者,应用序列特异性引物聚合酶链式反应扩增法(PCR-SSP)检测HLA-DPB1基因的等位基因。结果 DPB1*0501等位基因频率在SLE组(31.6%)明显低于对照组(48.0%),校正P值(Pc)<0.05,相对风险度(RR)为0.4792,预防分数(PF)为0.3730。DPB1*0201等位基因频率在狼疮脑病患儿明显高于正常对照组;DPB1*0501等位基因频率在狼疮脑病患儿明显低于正常对照组,但确切概率P值(Pf)>0.05;其余各等位基因频率在SLE组和对照组、SLE不同临床表型与对照组间均无显著性差异(Pf>0.05)。结论 DPB1*0501等位基因可能对儿童系统性红斑狼疮发病有保护性作用。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 hla-dpb1基因
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PCR-SBT法分析内蒙古地区鄂温克族人群HLA-DPB1等位基因型别
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作者 海荣 毕力夫 +1 位作者 徐安龙 苏秀兰 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期602-604,共3页
目的:调查内蒙古鄂温克族人群人类白细胞抗原(Humanleukocyteantigen,HLA)DPB1基因多态性。方法:采用SBT(sequecing-based-typing)法。结果:在所检测的DPB1等位基因中,共检出20个等位基因,其中频率最高的是DPB1*02012(24.4%),其次是DPB1... 目的:调查内蒙古鄂温克族人群人类白细胞抗原(Humanleukocyteantigen,HLA)DPB1基因多态性。方法:采用SBT(sequecing-based-typing)法。结果:在所检测的DPB1等位基因中,共检出20个等位基因,其中频率最高的是DPB1*02012(24.4%),其次是DPB1*0402(22.6%),DPB1*0401(20.2%),DPB1*0501(10.7%),其余等位基因频率均低于5%。结论:内蒙古地区鄂温克族人群中HLA-DPB1分布特征有独特性,为本民族的人类学及疾病相关性研究提供依据。 展开更多
关键词 PCR-SBT法 内蒙古 鄂温克族 hla-dpb1 等位基因 基因型别 人类白细胞抗原
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HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位基因重组的分析
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作者 陈晨 王炜 +3 位作者 陈男英 董丽娜 章伟 朱发明 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期855-859,共5页
目的:探讨2个家系人类白细胞抗原(HLA)座位的重组情况。方法:采集家系成员的外周血,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)和二代测序技术检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1座位,通过家系遗传分析... 目的:探讨2个家系人类白细胞抗原(HLA)座位的重组情况。方法:采集家系成员的外周血,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)和二代测序技术检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1座位,通过家系遗传分析确定个体HLA单体型。结果:家系1中单体型HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:02~DQB1*03:01~DPB1*05:01:01G与HLA-A*03:01~C*04:01~B*35:03~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G在HLA-B和HLA-DRB1座位间进行了交换,形成HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G。家系2中单体型HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*13:01:01G与HLA-A*11:01~C*07:02~B*38:02~DRB1*15:02~DQB1*05:01~DPB1*05:01:01G在HLA-DQB1和HLA-DPB1座位间进行了交换,形成HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*05:01:01G。结论:2个中国汉族人群家系分别发生了HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位间的基因重组。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原(HLA) 基因重组 二代测序 HLA-B和HLA-DRB1座位 HLA-DQB1hla-dpb1座位
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骨肉瘤中HLA-DPB1等位基因的初步研究
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作者 蒋黎华 张伟滨 +2 位作者 姚芳娟 范丽安 沈才伟 《实用癌症杂志》 1998年第3期190-192,共3页
为探索骨肉瘤与HLAⅠ类抗原关联的内在机制,采用聚合酶链反应/顺序特异的寡核苷酸探针方法,对22例骨肉瘤和48例正常组织对照进行HLADPB1等位基因检测,结果显示,作为HLAⅡ类抗原的DPB1等位基因与骨肉瘤无相... 为探索骨肉瘤与HLAⅠ类抗原关联的内在机制,采用聚合酶链反应/顺序特异的寡核苷酸探针方法,对22例骨肉瘤和48例正常组织对照进行HLADPB1等位基因检测,结果显示,作为HLAⅡ类抗原的DPB1等位基因与骨肉瘤无相关性。 展开更多
关键词 骨肿瘤 骨肉瘤 hla-dpb1 等位基因 病因 病理
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HLA-DPB1基因型与疾病相关性的研究进展
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作者 黄象艳 黄象娟 克丙申 《国外医学(临床生物化学与检验学分册)》 2004年第1期70-71,共2页
HLA基因型别与移植和疾病密切相关 ,其中HLA DPB1曾被认为与疾病最不具有相关性 ,而最近几年的报道却认为DPB1与许多疾病密切相关。就此本文阐述了HLA
关键词 hla-dpb1 基因型 疾病 相关性 研究进展 I型糖尿病 慢性关节炎 慢性铍疾病
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四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1与rs9277534等位基因频率及其连锁关系的分析
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作者 于浩 王春艳 +4 位作者 欧国进 纪欣 刘忠 王珏 陈强 《中国输血杂志》 CAS 2018年第2期147-151,共5页
目的探讨四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1和rs9277534等位基因分布及其之间的连锁关系。方法从四川骨髓库中随机选取200例无血缘关系的四川汉族志愿者标本,采用PCR-SBT方法对其HLA-DPB1等位基因分型,Taq Man探针法对其rs9277534等位基因分... 目的探讨四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1和rs9277534等位基因分布及其之间的连锁关系。方法从四川骨髓库中随机选取200例无血缘关系的四川汉族志愿者标本,采用PCR-SBT方法对其HLA-DPB1等位基因分型,Taq Man探针法对其rs9277534等位基因分型并通过测序验证结果。利用Arlequin 3.1软件计算HLA-DPB1与rs9277534之间的连锁不平衡参数。结果本组四川骨髓库汉族人群中的DPB1等位基因:以DPB1*05∶01∶01G频率为最高:0.412 5(165/400);rs9277534等位基因:A和G的频率分别为0.4(160/400)和0.6(240/400),AA、GG、AG基因型频率分别为0.165(33/200)、0.375(75/200)和0.46(92/200)。有10种HLA-DPB1等位基因型与rs9277534等位基因A、G之间存在连锁不平衡,DPB1*04∶02∶01G、DPB1*02∶01∶02G、DPB1*02∶02∶01G和DPB1*17∶01∶01G与rs9277534A完全连锁,DPB1*05∶01∶01G、DPB1*03∶01∶01G、DPB1*13∶01∶01G、DPB1*14∶01∶01G和DPB1*21∶01与rs9277534G完全连锁。DPB1*04∶01∶01G与rs9277534A等位基因之间呈高度连锁不平衡(|D'|=0.95,P〈0.01)。结论四川骨髓库汉族人群的HLA-DPB1部分等位基因与rs9277534A/G等位基因连锁,对临床选择造血干细胞移植供者有参考价值。 展开更多
关键词 hla-dpb1等位基因 rs9277534等位基因 等位基因频率 连锁不平衡 移植物抗宿主病
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Physio-Biochemical and Genetic Exploration for Submergence Tolerance in Rice (<i>Oryza sativa</i>L.) Landraces with Special References to <i>Sub</i>1 Loci 被引量:1
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作者 Sayani Goswami Reha Labar +2 位作者 Anupam Paul Malay Kumar Adak Narottam Dey 《American Journal of Plant Sciences》 2015年第12期1893-1904,共12页
In the present study a group of four indigenous and less popular rice genotypes (Meghi, Panibhasha, Jabra and Sholey) reported by growers as submergence tolerant lines from flood prone areas of south Bengal were explo... In the present study a group of four indigenous and less popular rice genotypes (Meghi, Panibhasha, Jabra and Sholey) reported by growers as submergence tolerant lines from flood prone areas of south Bengal were explored through study of nodal anatomy, physio-biochemical screening under submergence and genotyping with submergence tolerance linked rice microsatellite loci (RM loci). To identify the different allelic forms of different Sub1 compnents (Sub1A, Sub1B and Sub1C) among the studied lines, the genomic DNA of individual genotypes was amplified with three ethylene response factor like genes from Sub1 loci, located on rice chromosome 9. From the different physio-biochemical experiments performed in this investigation, it has been shown that Meghi and Jabra are the two probable potent genotypes which share common properties of both submergence tolerant and deep water nature whereas rest two genotypes (Sholey and Panibhasha) behave like typical deep water rice. The submergence tolerance property of Meghi was also confirmed from submergence tolerance linked SSR based genotyping by sharing with FR13A for some common alleles as reflected in fingerprint derived dendrogram. The rest of the genotypes shared a number of alleles and were included in a separate cluster. The common behaviour of Meghi and FR13A under submergence was also confirmed from genetic study of Sub1 loci through sharing of some common alleles for three Sub1 components (Sub1A, Sub1B and Sub1C loci). One SSR loci (RM 285) was identified as a potent molecular marker for submergence tolerance breeding programme involving these two selected rice lines (Meghi and Jabra) as donor plant through marker assisted selection. 展开更多
关键词 RICE SUBMERGENCE Tolerance RICE Microsatellite Sub1 loci Marker Assisted Breeding
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Loss of heterozygosity for loci on chromosome arms 1p and 10q in oligoden-droglial tumors: relationship to outcome and chemosensitivity 被引量:3
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作者 Thiessen B Maguire JA +3 位作者 McNeil K Huntsman D Martin MA Horsman D 《中国神经肿瘤杂志》 2003年第4期238-238,共1页
Oligodendroglial tumors frequently have deletions ofchromosomal loci on lp and l9q.Loas of heterozygosity(LOH)of chromosome 10 may be a negative prognostic factor.We reviewed 23 patients with oligodendroglial tumors,t... Oligodendroglial tumors frequently have deletions ofchromosomal loci on lp and l9q.Loas of heterozygosity(LOH)of chromosome 10 may be a negative prognostic factor.We reviewed 23 patients with oligodendroglial tumors,toevaluate the frequency of lp and 10q LOH and correlate with clinical outcome.Three loci(DlS402,DlSl 172,MCT118)on lp and 2 loci(Dl0S520 and D10S521)on 10q were analyzed for LOH using PCR techniques. 展开更多
关键词 in for of Loss of heterozygosity for loci on chromosome arms 1p and 10q in oligoden-droglial tumors relationship to outcome and chemosensitivity LOH on
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A Study of the Best Probes to Detect HLA-DPB1, DQB1 Allele Genes
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作者 克丙申 孙晓明 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 1995年第3期130-130,共1页
AStudyoftheBestProbestoDetectHLA-DPB1,DQB1AlleleGenesKeBingshen(克丙申)andSunXiaoming(孙晓明)(DepartmentofImmunolo... AStudyoftheBestProbestoDetectHLA-DPB1,DQB1AlleleGenesKeBingshen(克丙申)andSunXiaoming(孙晓明)(DepartmentofImmunology,JinanMilitaryG... 展开更多
关键词 hla-dpb1基因 DQB1基因 等位基因 基因探针
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在台湾HLA-DPB1*0201等位基因与室内灰尘螨变应原特异免疫球蛋白E应答的负相关性
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作者 齐法南 《医学信息(医学与计算机应用)》 2002年第9期552-552,共1页
关键词 变应原应答 变态反应 台湾省 hla-dpb1*0201等位基因 室内灰尘螨 免疫球蛋白E
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